# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0098 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.061 0.045 0.094 0.077 0.082 0.124 0.120 0.131 0.116 0.086 2 A 0.023 0.032 0.027 0.097 0.110 0.127 0.169 0.137 0.119 0.098 0.061 3 L 0.003 0.009 0.013 0.034 0.056 0.097 0.199 0.197 0.197 0.131 0.064 4 V 0.007 0.022 0.026 0.090 0.116 0.115 0.183 0.152 0.131 0.095 0.063 5 L 0.004 0.004 0.005 0.015 0.020 0.028 0.085 0.137 0.223 0.265 0.213 6 V 0.010 0.027 0.028 0.148 0.189 0.172 0.184 0.110 0.079 0.036 0.016 7 K 0.031 0.064 0.050 0.135 0.125 0.130 0.179 0.123 0.089 0.051 0.021 8 Y 0.036 0.052 0.031 0.110 0.129 0.137 0.200 0.135 0.089 0.057 0.023 9 G 0.214 0.184 0.065 0.173 0.116 0.076 0.075 0.041 0.029 0.018 0.009 10 T 0.187 0.129 0.043 0.112 0.095 0.083 0.111 0.082 0.070 0.057 0.032 11 D 0.425 0.227 0.068 0.136 0.062 0.032 0.024 0.011 0.008 0.004 0.003 12 H 0.259 0.136 0.038 0.113 0.103 0.101 0.105 0.061 0.046 0.027 0.011 13 P 0.475 0.244 0.050 0.103 0.052 0.029 0.020 0.011 0.008 0.005 0.003 14 V 0.110 0.067 0.028 0.091 0.100 0.115 0.156 0.112 0.106 0.075 0.041 15 E 0.094 0.095 0.067 0.164 0.147 0.142 0.134 0.072 0.048 0.025 0.012 16 K 0.090 0.111 0.118 0.323 0.181 0.092 0.048 0.020 0.010 0.005 0.002 17 L 0.016 0.020 0.030 0.060 0.072 0.113 0.177 0.175 0.163 0.113 0.061 18 K 0.023 0.047 0.098 0.217 0.185 0.132 0.131 0.073 0.055 0.026 0.013 19 I 0.005 0.003 0.011 0.014 0.016 0.025 0.088 0.132 0.222 0.238 0.247 20 R 0.004 0.022 0.128 0.281 0.240 0.163 0.100 0.031 0.018 0.008 0.005 21 S 0.019 0.049 0.065 0.093 0.091 0.116 0.207 0.128 0.122 0.070 0.041 22 A 0.002 0.002 0.003 0.008 0.011 0.029 0.090 0.122 0.185 0.222 0.326 23 K 0.100 0.236 0.186 0.191 0.132 0.076 0.052 0.014 0.008 0.003 0.002 24 A 0.136 0.133 0.142 0.237 0.130 0.091 0.076 0.027 0.015 0.008 0.005 25 E 0.566 0.200 0.084 0.097 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.004 0.004 0.028 0.066 0.124 0.295 0.217 0.156 0.072 0.032 27 K 0.044 0.121 0.077 0.245 0.245 0.168 0.074 0.016 0.006 0.002 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.076 0.131 0.241 0.275 0.256 29 V 0.002 0.003 0.004 0.022 0.039 0.072 0.202 0.207 0.198 0.150 0.100 30 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.016 0.075 0.123 0.231 0.262 0.273 31 I 0.001 0.002 0.005 0.014 0.019 0.036 0.122 0.166 0.224 0.236 0.175 32 Q 0.005 0.012 0.022 0.055 0.083 0.104 0.202 0.188 0.174 0.107 0.049 33 N 0.027 0.042 0.053 0.121 0.124 0.120 0.195 0.143 0.098 0.055 0.021 34 G 0.005 0.011 0.030 0.035 0.037 0.050 0.126 0.156 0.217 0.199 0.132 35 V 0.004 0.008 0.030 0.028 0.024 0.032 0.102 0.135 0.215 0.230 0.193 36 F 0.006 0.010 0.046 0.072 0.077 0.118 0.214 0.152 0.150 0.099 0.057 37 W 0.003 0.008 0.049 0.036 0.040 0.070 0.178 0.167 0.190 0.152 0.105 38 A 0.002 0.003 0.014 0.015 0.014 0.020 0.073 0.131 0.240 0.262 0.227 39 L 0.002 0.004 0.020 0.030 0.045 0.071 0.179 0.180 0.232 0.154 0.083 40 E 0.016 0.032 0.161 0.164 0.167 0.153 0.163 0.067 0.047 0.021 0.010 41 E 0.066 0.071 0.108 0.147 0.132 0.148 0.161 0.073 0.053 0.028 0.013 42 L 0.030 0.026 0.019 0.048 0.045 0.078 0.163 0.165 0.168 0.151 0.107 43 E 0.338 0.213 0.090 0.115 0.073 0.057 0.054 0.027 0.017 0.010 0.007 44 T 0.178 0.134 0.054 0.119 0.101 0.101 0.135 0.078 0.050 0.032 0.017 45 P 0.258 0.179 0.050 0.165 0.132 0.076 0.060 0.029 0.023 0.015 0.012 46 A 0.051 0.039 0.026 0.077 0.090 0.108 0.179 0.142 0.142 0.092 0.055 47 K 0.062 0.118 0.075 0.291 0.212 0.132 0.073 0.021 0.010 0.004 0.002 48 V 0.001 0.002 0.002 0.009 0.013 0.026 0.094 0.174 0.241 0.254 0.184 49 Y 0.001 0.006 0.009 0.050 0.100 0.154 0.251 0.191 0.135 0.066 0.037 50 A 0.001 0.004 0.007 0.016 0.020 0.035 0.122 0.159 0.226 0.217 0.193 51 I 0.001 0.002 0.003 0.015 0.022 0.033 0.102 0.158 0.229 0.239 0.196 52 K 0.022 0.036 0.026 0.145 0.194 0.171 0.206 0.105 0.063 0.022 0.009 53 D 0.156 0.120 0.101 0.223 0.130 0.095 0.084 0.045 0.028 0.014 0.006 54 D 0.008 0.029 0.026 0.099 0.111 0.126 0.196 0.158 0.123 0.080 0.043 55 F 0.008 0.009 0.012 0.024 0.026 0.040 0.093 0.149 0.205 0.231 0.202 56 L 0.021 0.048 0.069 0.169 0.194 0.159 0.165 0.081 0.051 0.027 0.015 57 A 0.009 0.013 0.025 0.040 0.034 0.053 0.130 0.158 0.204 0.188 0.146 58 R 0.013 0.022 0.019 0.081 0.114 0.154 0.219 0.144 0.114 0.074 0.044 59 G 0.097 0.129 0.066 0.133 0.106 0.100 0.133 0.084 0.075 0.048 0.029 60 Y 0.010 0.012 0.012 0.024 0.032 0.044 0.096 0.120 0.194 0.225 0.229 61 S 0.091 0.194 0.095 0.214 0.160 0.090 0.085 0.032 0.021 0.010 0.007 62 E 0.294 0.176 0.069 0.162 0.104 0.071 0.058 0.029 0.020 0.012 0.006 63 E 0.323 0.166 0.079 0.174 0.103 0.068 0.045 0.019 0.012 0.007 0.005 64 D 0.149 0.095 0.045 0.110 0.120 0.118 0.140 0.084 0.065 0.040 0.034 65 S 0.262 0.164 0.061 0.137 0.101 0.082 0.087 0.049 0.030 0.019 0.010 66 K 0.443 0.203 0.054 0.149 0.081 0.039 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 67 V 0.002 0.002 0.001 0.006 0.012 0.020 0.071 0.138 0.240 0.254 0.254 68 P 0.079 0.198 0.090 0.282 0.167 0.095 0.054 0.018 0.009 0.005 0.003 69 L 0.019 0.031 0.023 0.108 0.128 0.169 0.225 0.135 0.093 0.047 0.021 70 I 0.003 0.003 0.002 0.007 0.015 0.032 0.109 0.180 0.246 0.218 0.184 71 T 0.009 0.168 0.067 0.233 0.173 0.115 0.107 0.053 0.039 0.021 0.015 72 Y 0.003 0.005 0.003 0.021 0.043 0.070 0.158 0.174 0.204 0.183 0.135 73 S 0.347 0.156 0.076 0.163 0.130 0.071 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 74 E 0.021 0.066 0.041 0.326 0.224 0.148 0.121 0.035 0.012 0.004 0.002 75 F 0.002 0.002 0.006 0.008 0.007 0.011 0.042 0.092 0.209 0.304 0.316 76 I 0.002 0.003 0.014 0.035 0.060 0.124 0.276 0.189 0.150 0.095 0.052 77 D 0.009 0.042 0.516 0.234 0.114 0.048 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 78 L 0.001 0.004 0.011 0.020 0.039 0.107 0.288 0.192 0.152 0.123 0.063 79 L 0.009 0.015 0.029 0.036 0.035 0.043 0.154 0.186 0.235 0.164 0.094 80 E 0.155 0.136 0.232 0.206 0.127 0.074 0.049 0.013 0.005 0.002 0.001 81 G 0.180 0.184 0.339 0.167 0.078 0.034 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 82 E 0.030 0.034 0.041 0.055 0.068 0.116 0.240 0.164 0.130 0.083 0.040 83 E 0.221 0.128 0.108 0.167 0.137 0.095 0.090 0.031 0.015 0.006 0.002 84 K 0.154 0.167 0.405 0.159 0.062 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 85 F 0.072 0.084 0.108 0.145 0.140 0.158 0.152 0.067 0.041 0.023 0.010 86 I 0.060 0.038 0.049 0.046 0.050 0.075 0.148 0.137 0.156 0.138 0.103 87 G 0.190 0.213 0.118 0.148 0.117 0.074 0.064 0.034 0.023 0.013 0.007