# TARGET T0224 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.008 0.008 0.020 0.014 0.007 0.870 2 A 0.576 0.022 0.016 0.048 0.018 0.021 0.299 3 L 0.745 0.007 0.016 0.039 0.033 0.019 0.141 4 V 0.785 0.006 0.024 0.048 0.023 0.024 0.090 5 L 0.792 0.020 0.015 0.044 0.027 0.025 0.078 6 V 0.624 0.008 0.024 0.040 0.055 0.044 0.205 7 K 0.299 0.027 0.027 0.037 0.228 0.077 0.305 8 Y 0.109 0.018 0.011 0.019 0.281 0.035 0.527 9 G 0.028 0.021 0.067 0.035 0.237 0.197 0.416 10 T 0.012 0.028 0.105 0.070 0.250 0.197 0.338 11 D 0.005 0.008 0.123 0.072 0.185 0.181 0.426 12 H 0.002 0.002 0.110 0.223 0.173 0.337 0.153 13 P 0.003 0.006 0.083 0.305 0.131 0.347 0.126 14 V 0.005 0.014 0.079 0.581 0.078 0.089 0.154 15 E 0.003 0.005 0.029 0.873 0.013 0.033 0.043 16 K 0.005 0.002 0.019 0.929 0.012 0.015 0.019 17 L 0.005 0.001 0.019 0.941 0.007 0.017 0.010 18 K 0.002 0.001 0.017 0.950 0.006 0.017 0.007 19 I 0.003 0.001 0.069 0.878 0.004 0.035 0.010 20 R 0.006 0.001 0.115 0.686 0.010 0.172 0.012 21 S 0.006 0.002 0.137 0.520 0.014 0.300 0.021 22 A 0.019 0.022 0.041 0.217 0.315 0.105 0.282 23 K 0.019 0.010 0.030 0.046 0.080 0.098 0.718 24 A 0.015 0.006 0.243 0.070 0.127 0.385 0.154 25 E 0.003 0.001 0.185 0.029 0.044 0.724 0.014 26 D 0.038 0.003 0.138 0.054 0.169 0.444 0.154 27 K 0.537 0.017 0.014 0.054 0.102 0.045 0.231 28 I 0.879 0.014 0.002 0.020 0.007 0.008 0.071 29 V 0.912 0.004 0.004 0.039 0.004 0.008 0.029 30 L 0.898 0.005 0.004 0.037 0.006 0.014 0.037 31 I 0.723 0.004 0.013 0.075 0.019 0.051 0.115 32 Q 0.425 0.005 0.047 0.206 0.077 0.078 0.162 33 N 0.198 0.005 0.057 0.388 0.160 0.108 0.083 34 G 0.338 0.008 0.036 0.428 0.054 0.071 0.065 35 V 0.418 0.008 0.013 0.475 0.024 0.018 0.046 36 F 0.449 0.003 0.015 0.485 0.014 0.012 0.021 37 W 0.436 0.002 0.033 0.486 0.007 0.020 0.017 38 A 0.456 0.005 0.061 0.400 0.014 0.037 0.028 39 L 0.394 0.010 0.052 0.341 0.050 0.064 0.089 40 E 0.273 0.007 0.046 0.164 0.124 0.137 0.249 41 E 0.106 0.006 0.052 0.071 0.234 0.201 0.331 42 L 0.082 0.019 0.055 0.034 0.202 0.149 0.458 43 E 0.055 0.018 0.064 0.034 0.259 0.202 0.369 44 T 0.070 0.017 0.030 0.024 0.296 0.075 0.489 45 P 0.113 0.009 0.016 0.018 0.141 0.090 0.613 46 A 0.307 0.012 0.012 0.020 0.123 0.055 0.471 47 K 0.606 0.013 0.009 0.012 0.109 0.017 0.235 48 V 0.895 0.010 0.003 0.006 0.012 0.003 0.070 49 Y 0.958 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.031 50 A 0.910 0.006 0.001 0.005 0.007 0.003 0.068 51 I 0.660 0.008 0.003 0.036 0.038 0.015 0.241 52 K 0.087 0.003 0.064 0.554 0.109 0.080 0.103 53 D 0.015 0.002 0.080 0.701 0.075 0.098 0.029 54 D 0.020 0.003 0.111 0.677 0.041 0.096 0.052 55 F 0.047 0.009 0.079 0.733 0.022 0.052 0.058 56 L 0.055 0.007 0.078 0.700 0.022 0.091 0.047 57 A 0.039 0.007 0.089 0.605 0.037 0.174 0.050 58 R 0.021 0.004 0.052 0.415 0.059 0.397 0.050 59 G 0.028 0.010 0.060 0.256 0.129 0.336 0.181 60 Y 0.033 0.012 0.097 0.201 0.098 0.073 0.485 61 S 0.033 0.008 0.216 0.359 0.061 0.157 0.166 62 E 0.040 0.005 0.252 0.315 0.077 0.205 0.106 63 E 0.037 0.028 0.208 0.239 0.121 0.156 0.210 64 D 0.046 0.010 0.119 0.173 0.124 0.161 0.367 65 S 0.022 0.005 0.113 0.088 0.162 0.510 0.099 66 K 0.034 0.004 0.050 0.032 0.099 0.584 0.197 67 V 0.124 0.003 0.001 0.005 0.079 0.008 0.780 68 P 0.598 0.011 0.001 0.003 0.133 0.005 0.250 69 L 0.847 0.025 0.001 0.002 0.008 0.003 0.114 70 I 0.899 0.011 0.001 0.002 0.011 0.002 0.075 71 T 0.631 0.008 0.001 0.003 0.023 0.002 0.333 72 Y 0.046 0.001 0.064 0.544 0.065 0.110 0.169 73 S 0.002 0.001 0.091 0.734 0.047 0.111 0.014 74 E 0.002 0.001 0.080 0.821 0.021 0.066 0.010 75 F 0.002 0.002 0.018 0.946 0.006 0.018 0.008 76 I 0.008 0.002 0.007 0.945 0.007 0.019 0.012 77 D 0.011 0.001 0.010 0.942 0.005 0.023 0.008 78 L 0.008 0.001 0.016 0.942 0.008 0.019 0.007 79 L 0.007 0.002 0.012 0.957 0.005 0.011 0.005 80 E 0.006 0.001 0.016 0.936 0.006 0.027 0.008 81 G 0.003 0.001 0.013 0.881 0.011 0.079 0.011 82 E 0.006 0.002 0.023 0.765 0.025 0.127 0.053 83 E 0.004 0.003 0.099 0.691 0.036 0.123 0.043 84 K 0.006 0.002 0.161 0.628 0.043 0.117 0.043 85 F 0.007 0.004 0.191 0.522 0.061 0.148 0.067 86 I 0.024 0.022 0.069 0.352 0.068 0.230 0.235 87 G 0.006 0.003 0.018 0.095 0.016 0.074 0.789