# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0098 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.428 0.251 0.136 0.050 0.052 0.020 0.033 0.004 0.023 0.003 0.001 2 A 0.418 0.189 0.331 0.022 0.010 0.019 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 3 L 0.319 0.458 0.118 0.022 0.047 0.014 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 4 V 0.267 0.488 0.173 0.021 0.011 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 5 L 0.235 0.444 0.226 0.026 0.015 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 6 V 0.250 0.474 0.117 0.049 0.058 0.025 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 7 K 0.185 0.376 0.284 0.047 0.031 0.041 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 8 Y 0.159 0.262 0.233 0.167 0.088 0.017 0.023 0.006 0.037 0.007 0.001 9 G 0.121 0.065 0.152 0.048 0.172 0.016 0.073 0.196 0.010 0.146 0.001 10 T 0.271 0.215 0.281 0.115 0.082 0.014 0.004 0.002 0.007 0.009 0.001 11 D 0.271 0.027 0.097 0.502 0.011 0.042 0.022 0.011 0.011 0.005 0.002 12 H 0.061 0.288 0.363 0.008 0.074 0.021 0.016 0.001 0.164 0.004 0.001 13 P 0.523 0.005 0.261 0.046 0.001 0.071 0.004 0.001 0.003 0.001 0.084 14 V 0.652 0.088 0.101 0.080 0.016 0.018 0.013 0.006 0.021 0.003 0.001 15 E 0.647 0.079 0.147 0.069 0.011 0.028 0.009 0.002 0.006 0.002 0.001 16 K 0.651 0.071 0.095 0.099 0.019 0.023 0.024 0.005 0.011 0.001 0.001 17 L 0.436 0.176 0.177 0.113 0.045 0.018 0.019 0.004 0.011 0.001 0.001 18 K 0.589 0.184 0.105 0.038 0.015 0.038 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 19 I 0.568 0.178 0.150 0.054 0.012 0.025 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 20 R 0.668 0.122 0.076 0.080 0.021 0.014 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 21 S 0.349 0.108 0.100 0.319 0.036 0.026 0.034 0.005 0.021 0.001 0.001 22 A 0.076 0.261 0.509 0.043 0.048 0.045 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 23 K 0.010 0.284 0.563 0.014 0.076 0.024 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 24 A 0.885 0.006 0.076 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.301 0.002 0.009 0.608 0.001 0.002 0.009 0.062 0.002 0.003 0.001 26 D 0.014 0.095 0.491 0.111 0.008 0.119 0.080 0.001 0.081 0.001 0.001 27 K 0.088 0.297 0.487 0.061 0.021 0.025 0.013 0.001 0.006 0.001 0.002 28 I 0.016 0.794 0.155 0.002 0.014 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 29 V 0.023 0.799 0.106 0.002 0.013 0.027 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 30 L 0.026 0.486 0.262 0.005 0.019 0.157 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 31 I 0.082 0.547 0.143 0.030 0.062 0.081 0.004 0.001 0.048 0.002 0.001 32 Q 0.216 0.329 0.212 0.036 0.094 0.062 0.020 0.005 0.018 0.006 0.001 33 N 0.288 0.112 0.114 0.269 0.054 0.026 0.110 0.006 0.018 0.003 0.001 34 G 0.170 0.100 0.119 0.036 0.304 0.005 0.041 0.148 0.003 0.074 0.001 35 V 0.241 0.551 0.129 0.013 0.036 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 36 F 0.418 0.382 0.105 0.020 0.014 0.033 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 37 W 0.462 0.347 0.082 0.041 0.019 0.025 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 38 A 0.398 0.262 0.158 0.050 0.034 0.054 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 39 L 0.323 0.235 0.195 0.118 0.053 0.044 0.007 0.001 0.020 0.002 0.001 40 E 0.448 0.146 0.224 0.092 0.038 0.022 0.014 0.003 0.011 0.003 0.001 41 E 0.356 0.107 0.114 0.228 0.070 0.019 0.058 0.015 0.026 0.007 0.001 42 L 0.168 0.139 0.243 0.225 0.051 0.081 0.054 0.008 0.026 0.003 0.001 43 E 0.179 0.173 0.186 0.310 0.024 0.053 0.039 0.005 0.027 0.002 0.001 44 T 0.041 0.370 0.356 0.004 0.111 0.011 0.010 0.002 0.082 0.012 0.001 45 P 0.169 0.011 0.550 0.056 0.001 0.086 0.004 0.001 0.004 0.001 0.119 46 A 0.038 0.379 0.374 0.022 0.120 0.017 0.021 0.005 0.020 0.002 0.001 47 K 0.091 0.367 0.411 0.025 0.017 0.065 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 48 V 0.013 0.843 0.097 0.003 0.018 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 Y 0.010 0.850 0.048 0.003 0.029 0.025 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 50 A 0.016 0.622 0.201 0.003 0.044 0.065 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 51 I 0.128 0.343 0.220 0.059 0.053 0.129 0.005 0.001 0.057 0.002 0.002 52 K 0.693 0.054 0.168 0.023 0.021 0.014 0.009 0.002 0.006 0.009 0.001 53 D 0.801 0.007 0.022 0.110 0.006 0.010 0.025 0.014 0.002 0.002 0.001 54 D 0.464 0.097 0.096 0.193 0.016 0.062 0.021 0.002 0.047 0.001 0.001 55 F 0.586 0.199 0.101 0.047 0.013 0.027 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 56 L 0.808 0.082 0.047 0.023 0.009 0.015 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 57 A 0.733 0.085 0.054 0.093 0.016 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 58 R 0.489 0.047 0.081 0.348 0.012 0.004 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 59 G 0.080 0.004 0.021 0.045 0.021 0.007 0.276 0.493 0.005 0.049 0.001 60 Y 0.252 0.199 0.325 0.158 0.015 0.035 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 61 S 0.259 0.197 0.231 0.148 0.095 0.027 0.012 0.007 0.011 0.013 0.001 62 E 0.406 0.175 0.139 0.119 0.086 0.022 0.017 0.009 0.022 0.005 0.001 63 E 0.361 0.208 0.177 0.150 0.031 0.034 0.009 0.003 0.026 0.002 0.001 64 D 0.176 0.201 0.234 0.210 0.029 0.065 0.023 0.003 0.058 0.001 0.001 65 S 0.234 0.127 0.323 0.186 0.091 0.008 0.009 0.007 0.002 0.011 0.001 66 K 0.051 0.146 0.131 0.364 0.060 0.038 0.119 0.044 0.040 0.007 0.001 67 V 0.001 0.415 0.473 0.001 0.008 0.017 0.002 0.001 0.084 0.001 0.001 68 P 0.010 0.038 0.851 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 69 L 0.007 0.573 0.352 0.003 0.011 0.039 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 70 I 0.006 0.754 0.118 0.004 0.049 0.033 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 71 T 0.001 0.173 0.668 0.002 0.039 0.096 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 72 Y 0.741 0.034 0.038 0.063 0.018 0.051 0.016 0.004 0.034 0.001 0.001 73 S 0.893 0.002 0.010 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.724 0.024 0.019 0.168 0.023 0.002 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 75 F 0.691 0.068 0.078 0.113 0.013 0.011 0.013 0.004 0.005 0.003 0.001 76 I 0.453 0.349 0.122 0.013 0.014 0.019 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 77 D 0.628 0.104 0.172 0.019 0.004 0.056 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 78 L 0.682 0.170 0.076 0.030 0.010 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 79 L 0.599 0.205 0.103 0.053 0.013 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 80 E 0.509 0.107 0.252 0.083 0.024 0.009 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 81 G 0.244 0.010 0.049 0.032 0.052 0.003 0.079 0.411 0.004 0.116 0.001 82 E 0.621 0.047 0.166 0.084 0.010 0.034 0.021 0.002 0.011 0.004 0.001 83 E 0.654 0.091 0.145 0.063 0.013 0.016 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 84 K 0.710 0.052 0.134 0.058 0.014 0.013 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 85 F 0.586 0.072 0.121 0.156 0.009 0.024 0.012 0.001 0.018 0.001 0.001 86 I 0.332 0.157 0.194 0.248 0.012 0.031 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 87 G 0.171 0.070 0.155 0.055 0.136 0.013 0.045 0.087 0.014 0.255 0.001