# TARGET T0224 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.154 0.037 0.021 0.448 0.012 0.015 0.086 0.022 0.031 0.025 2 A 0.312 0.053 0.005 0.002 0.555 0.002 0.004 0.022 0.005 0.006 0.034 3 L 0.197 0.112 0.011 0.004 0.622 0.006 0.007 0.018 0.003 0.004 0.016 4 V 0.335 0.058 0.005 0.001 0.531 0.002 0.004 0.019 0.004 0.006 0.032 5 L 0.292 0.108 0.020 0.014 0.428 0.020 0.013 0.027 0.009 0.012 0.059 6 V 0.126 0.193 0.046 0.025 0.351 0.028 0.050 0.094 0.027 0.021 0.039 7 K 0.122 0.071 0.027 0.021 0.119 0.026 0.062 0.087 0.089 0.260 0.116 8 Y 0.043 0.345 0.255 0.064 0.179 0.019 0.017 0.031 0.022 0.013 0.013 9 G 0.077 0.122 0.063 0.031 0.099 0.030 0.056 0.132 0.163 0.154 0.073 10 T 0.085 0.214 0.132 0.025 0.143 0.017 0.038 0.112 0.090 0.093 0.051 11 D 0.061 0.158 0.093 0.047 0.108 0.055 0.044 0.110 0.093 0.186 0.045 12 H 0.032 0.249 0.066 0.034 0.101 0.059 0.087 0.192 0.113 0.049 0.018 13 P 0.053 0.022 0.021 0.022 0.039 0.016 0.017 0.147 0.099 0.434 0.129 14 V 0.028 0.176 0.046 0.004 0.061 0.004 0.016 0.422 0.163 0.069 0.013 15 E 0.022 0.038 0.018 0.003 0.019 0.002 0.003 0.655 0.154 0.072 0.015 16 K 0.003 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.008 0.836 0.121 0.006 0.001 17 L 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.898 0.075 0.005 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.860 0.117 0.011 0.001 19 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.776 0.196 0.015 0.002 20 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.795 0.167 0.006 0.001 21 S 0.005 0.006 0.002 0.002 0.008 0.003 0.046 0.561 0.159 0.202 0.005 22 A 0.049 0.321 0.111 0.017 0.182 0.011 0.031 0.077 0.067 0.112 0.022 23 K 0.024 0.385 0.400 0.071 0.044 0.004 0.002 0.023 0.013 0.024 0.010 24 A 0.001 0.006 0.006 0.005 0.003 0.033 0.206 0.507 0.230 0.003 0.001 25 E 0.017 0.010 0.007 0.005 0.010 0.002 0.006 0.061 0.160 0.641 0.080 26 D 0.142 0.198 0.013 0.001 0.448 0.002 0.006 0.012 0.016 0.092 0.069 27 K 0.167 0.093 0.015 0.014 0.389 0.032 0.054 0.106 0.042 0.049 0.038 28 I 0.247 0.112 0.010 0.002 0.583 0.001 0.003 0.011 0.004 0.005 0.023 29 V 0.185 0.100 0.006 0.002 0.664 0.004 0.005 0.009 0.002 0.004 0.018 30 L 0.373 0.067 0.009 0.001 0.457 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.079 31 I 0.176 0.154 0.100 0.074 0.273 0.039 0.027 0.027 0.013 0.046 0.071 32 Q 0.026 0.090 0.079 0.210 0.055 0.188 0.177 0.097 0.035 0.034 0.010 33 N 0.040 0.029 0.019 0.046 0.028 0.025 0.067 0.168 0.136 0.340 0.103 34 G 0.033 0.350 0.188 0.064 0.136 0.010 0.010 0.086 0.043 0.059 0.021 35 V 0.202 0.146 0.014 0.003 0.433 0.006 0.016 0.140 0.021 0.006 0.014 36 F 0.365 0.022 0.005 0.010 0.259 0.033 0.035 0.171 0.031 0.012 0.058 37 W 0.165 0.107 0.033 0.030 0.345 0.019 0.012 0.176 0.045 0.019 0.048 38 A 0.224 0.092 0.032 0.006 0.280 0.006 0.017 0.172 0.059 0.049 0.062 39 L 0.111 0.150 0.046 0.015 0.189 0.020 0.060 0.201 0.093 0.068 0.049 40 E 0.048 0.149 0.045 0.042 0.099 0.061 0.240 0.179 0.065 0.053 0.019 41 E 0.106 0.272 0.147 0.037 0.176 0.026 0.035 0.028 0.033 0.084 0.055 42 L 0.299 0.096 0.036 0.016 0.255 0.008 0.015 0.051 0.055 0.046 0.124 43 E 0.084 0.050 0.026 0.034 0.092 0.100 0.139 0.113 0.172 0.148 0.043 44 T 0.025 0.192 0.148 0.181 0.100 0.087 0.118 0.067 0.043 0.030 0.008 45 P 0.093 0.036 0.018 0.028 0.065 0.048 0.095 0.058 0.100 0.312 0.148 46 A 0.095 0.352 0.112 0.025 0.332 0.004 0.002 0.006 0.011 0.033 0.028 47 K 0.200 0.111 0.019 0.013 0.518 0.012 0.023 0.027 0.012 0.028 0.038 48 V 0.355 0.052 0.004 0.002 0.519 0.003 0.005 0.010 0.004 0.007 0.039 49 Y 0.170 0.193 0.035 0.006 0.545 0.006 0.004 0.004 0.002 0.005 0.029 50 A 0.304 0.141 0.020 0.001 0.492 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.034 51 I 0.106 0.269 0.092 0.057 0.110 0.043 0.018 0.038 0.033 0.114 0.120 52 K 0.017 0.270 0.207 0.109 0.107 0.020 0.040 0.153 0.064 0.009 0.004 53 D 0.004 0.014 0.013 0.011 0.006 0.010 0.023 0.577 0.273 0.060 0.008 54 D 0.019 0.028 0.009 0.002 0.050 0.004 0.018 0.562 0.263 0.038 0.008 55 F 0.013 0.003 0.001 0.002 0.010 0.003 0.006 0.597 0.290 0.059 0.016 56 L 0.004 0.006 0.003 0.003 0.006 0.007 0.109 0.740 0.109 0.011 0.002 57 A 0.018 0.024 0.011 0.009 0.022 0.008 0.039 0.508 0.110 0.235 0.015 58 R 0.007 0.650 0.132 0.017 0.087 0.025 0.030 0.033 0.012 0.005 0.002 59 G 0.239 0.019 0.011 0.007 0.052 0.001 0.003 0.015 0.011 0.163 0.477 60 Y 0.122 0.119 0.035 0.008 0.165 0.025 0.060 0.142 0.117 0.119 0.088 61 S 0.075 0.153 0.018 0.018 0.152 0.016 0.021 0.212 0.223 0.073 0.040 62 E 0.022 0.051 0.025 0.024 0.039 0.018 0.054 0.256 0.315 0.174 0.021 63 E 0.072 0.075 0.031 0.009 0.096 0.008 0.053 0.210 0.154 0.233 0.060 64 D 0.201 0.090 0.026 0.012 0.198 0.007 0.008 0.094 0.095 0.124 0.144 65 S 0.002 0.030 0.015 0.038 0.014 0.198 0.310 0.265 0.117 0.011 0.001 66 K 0.152 0.009 0.005 0.003 0.052 0.001 0.005 0.021 0.078 0.524 0.149 67 V 0.156 0.303 0.014 0.001 0.504 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 68 P 0.114 0.097 0.011 0.001 0.730 0.001 0.005 0.012 0.004 0.005 0.022 69 L 0.448 0.035 0.004 0.001 0.449 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.044 70 I 0.102 0.163 0.020 0.018 0.600 0.045 0.019 0.013 0.002 0.005 0.014 71 T 0.432 0.081 0.025 0.003 0.287 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.155 72 Y 0.038 0.080 0.053 0.064 0.068 0.013 0.009 0.205 0.262 0.158 0.049 73 S 0.003 0.023 0.013 0.022 0.006 0.041 0.081 0.609 0.178 0.020 0.003 74 E 0.003 0.018 0.010 0.004 0.011 0.003 0.033 0.669 0.147 0.098 0.005 75 F 0.011 0.005 0.003 0.003 0.009 0.003 0.010 0.779 0.130 0.035 0.010 76 I 0.005 0.013 0.004 0.003 0.016 0.006 0.028 0.784 0.133 0.006 0.002 77 D 0.026 0.007 0.003 0.001 0.026 0.001 0.017 0.795 0.095 0.011 0.018 78 L 0.007 0.007 0.003 0.003 0.009 0.005 0.023 0.811 0.102 0.028 0.003 79 L 0.017 0.031 0.005 0.001 0.039 0.002 0.016 0.721 0.140 0.021 0.006 80 E 0.004 0.015 0.007 0.007 0.010 0.015 0.059 0.686 0.180 0.016 0.002 81 G 0.014 0.016 0.011 0.010 0.022 0.020 0.173 0.549 0.096 0.078 0.012 82 E 0.042 0.043 0.022 0.013 0.045 0.024 0.063 0.402 0.196 0.113 0.036 83 E 0.033 0.081 0.029 0.009 0.074 0.007 0.023 0.425 0.261 0.042 0.016 84 K 0.012 0.027 0.012 0.010 0.024 0.028 0.096 0.494 0.241 0.047 0.007 85 F 0.034 0.041 0.029 0.020 0.053 0.033 0.170 0.328 0.130 0.146 0.017 86 I 0.058 0.191 0.071 0.031 0.128 0.029 0.064 0.187 0.102 0.107 0.032 87 G 0.058 0.104 0.140 0.121 0.094 0.045 0.029 0.107 0.075 0.169 0.057