# TARGET T0224 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.357 0.178 0.151 0.148 0.092 0.063 0.011 2 A 0.258 0.136 0.144 0.173 0.163 0.103 0.022 3 L 0.164 0.122 0.116 0.164 0.201 0.180 0.053 4 V 0.143 0.092 0.101 0.150 0.207 0.251 0.057 5 L 0.103 0.062 0.088 0.173 0.241 0.266 0.067 6 V 0.161 0.168 0.196 0.211 0.174 0.079 0.010 7 K 0.394 0.234 0.162 0.112 0.075 0.022 0.001 8 Y 0.308 0.191 0.146 0.189 0.118 0.046 0.002 9 G 0.407 0.285 0.158 0.105 0.036 0.009 0.001 10 T 0.312 0.203 0.182 0.174 0.107 0.021 0.001 11 D 0.706 0.205 0.062 0.022 0.004 0.001 0.001 12 H 0.686 0.207 0.074 0.026 0.005 0.001 0.001 13 P 0.746 0.192 0.046 0.012 0.003 0.001 0.001 14 V 0.179 0.249 0.245 0.210 0.091 0.023 0.003 15 E 0.031 0.068 0.139 0.251 0.327 0.169 0.015 16 K 0.056 0.231 0.339 0.252 0.095 0.025 0.002 17 L 0.075 0.152 0.196 0.259 0.199 0.106 0.012 18 K 0.014 0.025 0.039 0.117 0.306 0.409 0.091 19 I 0.008 0.017 0.053 0.166 0.315 0.358 0.082 20 R 0.044 0.179 0.254 0.267 0.156 0.082 0.018 21 S 0.028 0.087 0.152 0.249 0.263 0.190 0.031 22 A 0.005 0.013 0.033 0.130 0.355 0.399 0.064 23 K 0.048 0.205 0.266 0.271 0.158 0.047 0.006 24 A 0.200 0.395 0.232 0.118 0.041 0.011 0.002 25 E 0.126 0.297 0.273 0.191 0.082 0.026 0.004 26 D 0.008 0.040 0.098 0.245 0.392 0.199 0.018 27 K 0.007 0.031 0.081 0.201 0.345 0.283 0.053 28 I 0.003 0.007 0.012 0.040 0.139 0.460 0.339 29 V 0.002 0.003 0.007 0.025 0.086 0.365 0.512 30 L 0.001 0.002 0.005 0.016 0.045 0.237 0.696 31 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.166 0.796 32 Q 0.001 0.001 0.004 0.017 0.083 0.312 0.582 33 N 0.001 0.002 0.008 0.036 0.127 0.351 0.476 34 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.038 0.218 0.729 35 V 0.001 0.002 0.004 0.015 0.049 0.294 0.636 36 F 0.003 0.008 0.026 0.106 0.239 0.456 0.163 37 W 0.003 0.009 0.029 0.100 0.265 0.454 0.139 38 A 0.002 0.008 0.020 0.063 0.189 0.514 0.204 39 L 0.005 0.023 0.055 0.165 0.367 0.343 0.042 40 E 0.029 0.169 0.264 0.323 0.169 0.043 0.003 41 E 0.113 0.304 0.275 0.204 0.083 0.019 0.001 42 L 0.105 0.237 0.270 0.252 0.109 0.026 0.001 43 E 0.407 0.379 0.138 0.056 0.017 0.003 0.001 44 T 0.126 0.225 0.283 0.252 0.100 0.013 0.001 45 P 0.215 0.390 0.262 0.105 0.024 0.003 0.001 46 A 0.028 0.097 0.174 0.316 0.307 0.076 0.004 47 K 0.020 0.132 0.212 0.316 0.208 0.102 0.009 48 V 0.001 0.003 0.011 0.054 0.224 0.566 0.141 49 Y 0.001 0.007 0.027 0.101 0.231 0.432 0.201 50 A 0.001 0.006 0.018 0.061 0.174 0.460 0.279 51 I 0.001 0.003 0.009 0.036 0.149 0.456 0.347 52 K 0.003 0.024 0.067 0.184 0.277 0.323 0.121 53 D 0.006 0.058 0.116 0.213 0.269 0.243 0.095 54 D 0.003 0.016 0.047 0.120 0.276 0.423 0.116 55 F 0.005 0.016 0.028 0.093 0.236 0.496 0.126 56 L 0.012 0.068 0.153 0.289 0.265 0.179 0.034 57 A 0.017 0.040 0.070 0.141 0.244 0.396 0.092 58 R 0.021 0.091 0.165 0.259 0.268 0.176 0.020 59 G 0.025 0.104 0.213 0.314 0.243 0.092 0.008 60 Y 0.013 0.035 0.073 0.194 0.373 0.283 0.029 61 S 0.085 0.272 0.284 0.236 0.099 0.022 0.001 62 E 0.210 0.452 0.218 0.090 0.025 0.005 0.001 63 E 0.159 0.287 0.285 0.197 0.062 0.010 0.001 64 D 0.060 0.140 0.234 0.336 0.198 0.031 0.001 65 S 0.371 0.398 0.161 0.056 0.012 0.002 0.001 66 K 0.417 0.391 0.145 0.039 0.006 0.001 0.001 67 V 0.026 0.063 0.146 0.329 0.336 0.095 0.005 68 P 0.087 0.297 0.290 0.206 0.094 0.025 0.001 69 L 0.019 0.059 0.133 0.282 0.310 0.180 0.017 70 I 0.013 0.035 0.069 0.164 0.310 0.354 0.055 71 T 0.020 0.083 0.156 0.274 0.278 0.166 0.023 72 Y 0.013 0.036 0.077 0.179 0.317 0.311 0.066 73 S 0.100 0.247 0.263 0.217 0.115 0.049 0.008 74 E 0.052 0.183 0.256 0.283 0.154 0.062 0.011 75 F 0.023 0.046 0.078 0.172 0.324 0.320 0.037 76 I 0.056 0.113 0.159 0.269 0.268 0.125 0.011 77 D 0.180 0.407 0.260 0.111 0.034 0.008 0.001 78 L 0.060 0.096 0.212 0.343 0.227 0.060 0.002 79 L 0.191 0.203 0.164 0.207 0.178 0.056 0.002 80 E 0.449 0.307 0.156 0.070 0.016 0.002 0.001 81 G 0.536 0.299 0.121 0.035 0.007 0.001 0.001 82 E 0.294 0.250 0.185 0.166 0.088 0.016 0.001 83 E 0.404 0.288 0.197 0.090 0.018 0.002 0.001 84 K 0.731 0.200 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 85 F 0.621 0.209 0.094 0.053 0.019 0.003 0.001 86 I 0.570 0.182 0.115 0.085 0.038 0.009 0.001 87 G 0.723 0.176 0.061 0.029 0.009 0.002 0.001