# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.003 0.002 0.001 0.086 0.742 2 A 0.849 0.004 0.001 0.001 0.018 0.128 3 L 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 4 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 5 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 6 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 7 K 0.735 0.004 0.001 0.001 0.066 0.193 8 Y 0.184 0.019 0.003 0.002 0.232 0.560 9 G 0.031 0.017 0.007 0.002 0.572 0.371 10 T 0.016 0.017 0.014 0.003 0.674 0.276 11 D 0.014 0.011 0.021 0.008 0.652 0.294 12 H 0.016 0.016 0.014 0.019 0.612 0.322 13 P 0.010 0.012 0.017 0.074 0.369 0.518 14 V 0.005 0.007 0.066 0.711 0.122 0.088 15 E 0.017 0.005 0.054 0.764 0.101 0.060 16 K 0.029 0.004 0.054 0.758 0.107 0.049 17 L 0.096 0.007 0.031 0.675 0.106 0.084 18 K 0.143 0.008 0.032 0.666 0.079 0.072 19 I 0.138 0.005 0.060 0.659 0.086 0.052 20 R 0.115 0.003 0.050 0.695 0.071 0.066 21 S 0.135 0.008 0.055 0.531 0.095 0.175 22 A 0.143 0.039 0.026 0.204 0.149 0.440 23 K 0.101 0.015 0.035 0.074 0.496 0.280 24 A 0.026 0.004 0.251 0.076 0.561 0.081 25 E 0.028 0.003 0.129 0.026 0.747 0.067 26 D 0.134 0.006 0.078 0.015 0.683 0.084 27 K 0.693 0.010 0.008 0.019 0.097 0.173 28 I 0.965 0.003 0.002 0.007 0.009 0.013 29 V 0.978 0.001 0.001 0.012 0.003 0.005 30 L 0.957 0.002 0.001 0.020 0.006 0.014 31 I 0.777 0.005 0.006 0.047 0.066 0.100 32 Q 0.373 0.005 0.015 0.074 0.317 0.217 33 N 0.142 0.004 0.029 0.113 0.535 0.176 34 G 0.240 0.013 0.043 0.372 0.262 0.070 35 V 0.356 0.013 0.035 0.483 0.074 0.040 36 F 0.278 0.005 0.051 0.604 0.040 0.023 37 W 0.222 0.003 0.055 0.664 0.035 0.021 38 A 0.189 0.006 0.057 0.629 0.051 0.068 39 L 0.123 0.009 0.111 0.532 0.135 0.091 40 E 0.099 0.008 0.131 0.441 0.217 0.104 41 E 0.069 0.008 0.102 0.280 0.318 0.223 42 L 0.056 0.016 0.054 0.091 0.353 0.431 43 E 0.064 0.026 0.023 0.030 0.265 0.591 44 T 0.037 0.006 0.016 0.013 0.457 0.470 45 P 0.035 0.005 0.015 0.007 0.391 0.547 46 A 0.129 0.009 0.004 0.003 0.302 0.553 47 K 0.473 0.005 0.002 0.002 0.156 0.363 48 V 0.944 0.003 0.001 0.002 0.010 0.040 49 Y 0.987 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 50 A 0.960 0.003 0.001 0.019 0.003 0.014 51 I 0.857 0.003 0.005 0.040 0.021 0.073 52 K 0.174 0.003 0.049 0.349 0.124 0.301 53 D 0.047 0.002 0.094 0.413 0.289 0.155 54 D 0.025 0.011 0.151 0.522 0.260 0.030 55 F 0.016 0.005 0.113 0.745 0.106 0.015 56 L 0.012 0.004 0.137 0.790 0.043 0.013 57 A 0.004 0.001 0.140 0.822 0.028 0.004 58 R 0.002 0.001 0.045 0.923 0.015 0.014 59 G 0.002 0.002 0.012 0.079 0.061 0.844 60 Y 0.011 0.030 0.022 0.032 0.203 0.703 61 S 0.034 0.029 0.023 0.030 0.342 0.543 62 E 0.022 0.014 0.120 0.047 0.482 0.316 63 E 0.023 0.016 0.162 0.050 0.379 0.370 64 D 0.021 0.025 0.122 0.029 0.707 0.097 65 S 0.005 0.003 0.113 0.036 0.734 0.108 66 K 0.008 0.003 0.015 0.004 0.607 0.363 67 V 0.133 0.029 0.007 0.001 0.545 0.285 68 P 0.318 0.006 0.002 0.001 0.102 0.571 69 L 0.877 0.034 0.002 0.001 0.018 0.069 70 I 0.858 0.022 0.001 0.001 0.019 0.100 71 T 0.622 0.008 0.001 0.001 0.028 0.340 72 Y 0.127 0.001 0.111 0.474 0.089 0.198 73 S 0.039 0.001 0.140 0.623 0.123 0.074 74 E 0.032 0.002 0.122 0.718 0.109 0.018 75 F 0.047 0.004 0.057 0.807 0.058 0.026 76 I 0.046 0.001 0.027 0.901 0.018 0.007 77 D 0.033 0.001 0.016 0.930 0.014 0.007 78 L 0.046 0.001 0.012 0.908 0.014 0.018 79 L 0.096 0.005 0.009 0.774 0.041 0.075 80 E 0.180 0.007 0.024 0.584 0.096 0.108 81 G 0.236 0.008 0.029 0.344 0.216 0.167 82 E 0.192 0.014 0.057 0.297 0.249 0.191 83 E 0.117 0.009 0.102 0.144 0.365 0.263 84 K 0.145 0.010 0.112 0.122 0.364 0.247 85 F 0.164 0.027 0.048 0.113 0.266 0.382 86 I 0.138 0.048 0.014 0.077 0.174 0.548 87 G 0.041 0.008 0.002 0.011 0.100 0.838