# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.014 0.427 0.030 0.031 0.025 0.026 0.007 0.049 0.041 0.029 0.082 0.159 2 A 0.207 0.006 0.159 0.052 0.016 0.024 0.075 0.034 0.083 0.046 0.005 0.069 0.224 3 L 0.401 0.002 0.030 0.060 0.006 0.012 0.105 0.048 0.045 0.020 0.002 0.212 0.058 4 V 0.430 0.002 0.012 0.002 0.003 0.011 0.191 0.117 0.059 0.002 0.002 0.048 0.121 5 L 0.426 0.002 0.023 0.013 0.001 0.007 0.190 0.113 0.063 0.002 0.002 0.072 0.086 6 V 0.355 0.005 0.104 0.022 0.001 0.004 0.087 0.042 0.106 0.015 0.005 0.104 0.149 7 K 0.068 0.016 0.310 0.015 0.006 0.006 0.019 0.008 0.111 0.153 0.016 0.103 0.169 8 Y 0.003 0.016 0.553 0.018 0.014 0.005 0.001 0.001 0.016 0.250 0.061 0.023 0.040 9 G 0.001 0.009 0.279 0.006 0.050 0.005 0.001 0.001 0.003 0.205 0.430 0.003 0.010 10 T 0.001 0.012 0.204 0.001 0.043 0.006 0.001 0.001 0.002 0.272 0.448 0.008 0.005 11 D 0.001 0.018 0.324 0.001 0.030 0.010 0.001 0.001 0.002 0.392 0.211 0.002 0.010 12 H 0.001 0.009 0.534 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.411 0.020 0.010 0.002 13 P 0.001 0.033 0.739 0.001 0.007 0.084 0.001 0.001 0.001 0.064 0.035 0.001 0.034 14 V 0.001 0.008 0.073 0.001 0.051 0.790 0.001 0.001 0.001 0.018 0.052 0.002 0.003 15 E 0.002 0.001 0.013 0.001 0.033 0.921 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.002 0.003 16 K 0.003 0.001 0.013 0.002 0.035 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.003 0.004 17 L 0.004 0.003 0.018 0.001 0.021 0.910 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 0.005 0.010 18 K 0.006 0.004 0.029 0.002 0.015 0.888 0.001 0.001 0.003 0.006 0.030 0.006 0.009 19 I 0.011 0.003 0.023 0.001 0.041 0.850 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 0.006 0.015 20 R 0.005 0.002 0.033 0.004 0.062 0.677 0.001 0.001 0.001 0.029 0.167 0.012 0.008 21 S 0.005 0.005 0.052 0.001 0.088 0.466 0.001 0.001 0.002 0.030 0.329 0.006 0.014 22 A 0.002 0.039 0.484 0.002 0.019 0.182 0.001 0.001 0.006 0.183 0.055 0.009 0.017 23 K 0.001 0.008 0.772 0.001 0.016 0.091 0.001 0.001 0.002 0.064 0.038 0.003 0.005 24 A 0.001 0.001 0.038 0.002 0.080 0.178 0.001 0.001 0.001 0.078 0.620 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.034 0.002 0.059 0.022 0.001 0.001 0.001 0.025 0.855 0.001 0.001 26 D 0.003 0.006 0.535 0.006 0.068 0.044 0.005 0.010 0.088 0.132 0.066 0.012 0.026 27 K 0.017 0.005 0.265 0.032 0.013 0.050 0.028 0.062 0.189 0.258 0.010 0.025 0.047 28 I 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.009 0.044 0.735 0.180 0.002 0.001 0.007 0.006 29 V 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.046 0.888 0.033 0.001 0.001 0.003 0.002 30 L 0.035 0.001 0.024 0.002 0.001 0.028 0.085 0.716 0.085 0.002 0.003 0.005 0.014 31 I 0.027 0.003 0.210 0.019 0.005 0.065 0.023 0.229 0.298 0.031 0.023 0.046 0.020 32 Q 0.006 0.005 0.207 0.013 0.018 0.189 0.003 0.013 0.065 0.270 0.173 0.009 0.028 33 N 0.003 0.006 0.253 0.017 0.012 0.239 0.001 0.001 0.014 0.275 0.159 0.011 0.010 34 G 0.007 0.014 0.227 0.005 0.031 0.528 0.003 0.003 0.015 0.071 0.062 0.008 0.027 35 V 0.045 0.009 0.037 0.002 0.018 0.777 0.013 0.015 0.012 0.008 0.021 0.018 0.025 36 F 0.059 0.002 0.008 0.002 0.018 0.834 0.009 0.006 0.004 0.005 0.017 0.018 0.016 37 W 0.080 0.002 0.018 0.004 0.018 0.768 0.010 0.004 0.006 0.007 0.033 0.020 0.029 38 A 0.044 0.005 0.055 0.002 0.021 0.737 0.005 0.002 0.004 0.015 0.050 0.017 0.042 39 L 0.031 0.012 0.096 0.008 0.047 0.635 0.002 0.001 0.002 0.035 0.049 0.020 0.062 40 E 0.010 0.007 0.101 0.012 0.119 0.472 0.001 0.001 0.001 0.055 0.159 0.040 0.024 41 E 0.004 0.007 0.180 0.003 0.146 0.294 0.001 0.001 0.001 0.065 0.262 0.007 0.031 42 L 0.001 0.014 0.578 0.003 0.032 0.059 0.001 0.001 0.001 0.170 0.113 0.009 0.019 43 E 0.001 0.005 0.682 0.003 0.015 0.020 0.001 0.001 0.001 0.135 0.132 0.002 0.005 44 T 0.001 0.005 0.453 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.445 0.070 0.004 0.002 45 P 0.001 0.005 0.379 0.008 0.041 0.006 0.001 0.001 0.003 0.237 0.306 0.002 0.013 46 A 0.010 0.012 0.478 0.020 0.024 0.004 0.008 0.003 0.060 0.177 0.075 0.070 0.057 47 K 0.097 0.015 0.254 0.014 0.010 0.006 0.052 0.033 0.177 0.038 0.004 0.103 0.196 48 V 0.248 0.002 0.022 0.007 0.001 0.005 0.200 0.170 0.181 0.004 0.001 0.050 0.110 49 Y 0.341 0.002 0.010 0.007 0.001 0.004 0.220 0.166 0.078 0.001 0.001 0.150 0.018 50 A 0.243 0.004 0.023 0.002 0.001 0.004 0.184 0.171 0.108 0.002 0.001 0.028 0.230 51 I 0.074 0.003 0.196 0.213 0.003 0.012 0.042 0.042 0.190 0.019 0.006 0.135 0.065 52 K 0.022 0.006 0.322 0.020 0.047 0.055 0.005 0.003 0.063 0.228 0.071 0.053 0.103 53 D 0.002 0.004 0.089 0.011 0.060 0.173 0.001 0.001 0.010 0.263 0.365 0.007 0.014 54 D 0.002 0.013 0.178 0.015 0.101 0.196 0.001 0.001 0.011 0.145 0.319 0.010 0.009 55 F 0.003 0.036 0.175 0.001 0.162 0.415 0.002 0.006 0.015 0.050 0.098 0.005 0.032 56 L 0.017 0.013 0.093 0.006 0.151 0.434 0.006 0.014 0.014 0.036 0.191 0.014 0.011 57 A 0.025 0.009 0.081 0.002 0.265 0.349 0.004 0.010 0.008 0.039 0.177 0.012 0.019 58 R 0.007 0.010 0.056 0.002 0.096 0.315 0.003 0.007 0.005 0.047 0.434 0.008 0.009 59 G 0.003 0.014 0.175 0.003 0.064 0.123 0.001 0.002 0.005 0.122 0.469 0.008 0.011 60 Y 0.003 0.028 0.640 0.004 0.037 0.047 0.001 0.001 0.005 0.122 0.069 0.010 0.036 61 S 0.001 0.021 0.440 0.020 0.122 0.051 0.001 0.001 0.004 0.159 0.153 0.015 0.012 62 E 0.001 0.014 0.284 0.003 0.264 0.078 0.001 0.002 0.006 0.184 0.137 0.007 0.020 63 E 0.001 0.023 0.397 0.004 0.181 0.111 0.001 0.003 0.007 0.114 0.135 0.006 0.016 64 D 0.001 0.017 0.527 0.006 0.142 0.069 0.001 0.001 0.004 0.133 0.089 0.005 0.007 65 S 0.001 0.003 0.126 0.004 0.075 0.034 0.001 0.001 0.003 0.149 0.597 0.004 0.003 66 K 0.001 0.004 0.139 0.019 0.017 0.003 0.001 0.001 0.006 0.127 0.679 0.001 0.004 67 V 0.001 0.007 0.727 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.179 0.002 0.022 0.004 68 P 0.001 0.009 0.649 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.254 0.045 0.004 0.003 0.026 69 L 0.003 0.029 0.098 0.005 0.002 0.001 0.023 0.071 0.704 0.016 0.005 0.013 0.028 70 I 0.011 0.033 0.166 0.005 0.002 0.001 0.044 0.148 0.488 0.012 0.002 0.059 0.028 71 T 0.006 0.017 0.353 0.003 0.002 0.002 0.016 0.082 0.383 0.015 0.002 0.020 0.099 72 Y 0.003 0.006 0.279 0.015 0.085 0.213 0.004 0.047 0.163 0.062 0.065 0.023 0.033 73 S 0.001 0.001 0.052 0.008 0.227 0.462 0.001 0.005 0.020 0.033 0.181 0.004 0.004 74 E 0.001 0.004 0.051 0.004 0.152 0.624 0.001 0.002 0.016 0.050 0.087 0.002 0.006 75 F 0.004 0.006 0.053 0.005 0.069 0.754 0.002 0.001 0.013 0.020 0.056 0.002 0.015 76 I 0.018 0.007 0.041 0.006 0.032 0.821 0.003 0.004 0.012 0.012 0.016 0.013 0.016 77 D 0.050 0.002 0.018 0.005 0.019 0.819 0.006 0.003 0.005 0.008 0.012 0.018 0.035 78 L 0.098 0.001 0.020 0.002 0.016 0.745 0.009 0.002 0.004 0.009 0.015 0.021 0.059 79 L 0.076 0.003 0.027 0.002 0.009 0.759 0.012 0.002 0.006 0.011 0.032 0.025 0.035 80 E 0.042 0.008 0.044 0.009 0.012 0.613 0.009 0.002 0.009 0.020 0.126 0.048 0.058 81 G 0.038 0.005 0.073 0.008 0.014 0.412 0.003 0.001 0.003 0.065 0.306 0.036 0.039 82 E 0.013 0.008 0.212 0.005 0.024 0.287 0.001 0.001 0.004 0.136 0.250 0.023 0.037 83 E 0.012 0.009 0.214 0.007 0.077 0.262 0.001 0.001 0.003 0.166 0.167 0.029 0.051 84 K 0.024 0.017 0.238 0.007 0.103 0.226 0.004 0.001 0.007 0.096 0.111 0.064 0.100 85 F 0.059 0.044 0.200 0.008 0.081 0.175 0.012 0.003 0.011 0.058 0.091 0.083 0.175 86 I 0.029 0.037 0.437 0.018 0.029 0.103 0.007 0.001 0.008 0.086 0.080 0.057 0.108 87 G 0.004 0.013 0.740 0.007 0.012 0.031 0.001 0.001 0.003 0.081 0.038 0.037 0.034