# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.132 0.069 0.135 0.091 0.073 0.082 0.069 0.069 0.058 0.045 2 A 0.031 0.037 0.023 0.091 0.109 0.117 0.166 0.145 0.124 0.099 0.057 3 L 0.004 0.013 0.011 0.043 0.080 0.130 0.229 0.192 0.162 0.092 0.044 4 V 0.009 0.019 0.019 0.066 0.081 0.089 0.159 0.158 0.161 0.136 0.101 5 L 0.006 0.005 0.005 0.020 0.029 0.040 0.113 0.167 0.228 0.227 0.158 6 V 0.015 0.037 0.031 0.134 0.144 0.138 0.178 0.129 0.110 0.056 0.027 7 K 0.025 0.042 0.029 0.091 0.091 0.108 0.177 0.158 0.139 0.095 0.045 8 Y 0.037 0.052 0.025 0.103 0.124 0.133 0.194 0.144 0.098 0.062 0.027 9 G 0.148 0.147 0.055 0.167 0.133 0.095 0.103 0.064 0.045 0.030 0.014 10 T 0.156 0.108 0.035 0.107 0.099 0.090 0.124 0.093 0.082 0.066 0.039 11 D 0.359 0.212 0.069 0.157 0.079 0.045 0.036 0.018 0.012 0.007 0.005 12 H 0.233 0.129 0.038 0.117 0.112 0.107 0.111 0.065 0.048 0.028 0.011 13 P 0.415 0.284 0.059 0.112 0.054 0.030 0.021 0.011 0.008 0.005 0.003 14 V 0.054 0.043 0.019 0.072 0.095 0.120 0.180 0.138 0.133 0.094 0.052 15 E 0.105 0.098 0.075 0.163 0.146 0.137 0.129 0.065 0.046 0.023 0.012 16 K 0.090 0.113 0.127 0.359 0.172 0.077 0.037 0.014 0.008 0.003 0.002 17 L 0.011 0.013 0.023 0.045 0.056 0.095 0.165 0.182 0.189 0.142 0.080 18 K 0.015 0.030 0.076 0.174 0.163 0.142 0.159 0.098 0.080 0.041 0.022 19 I 0.004 0.005 0.022 0.025 0.030 0.048 0.134 0.156 0.212 0.193 0.172 20 R 0.005 0.022 0.116 0.241 0.222 0.178 0.127 0.044 0.026 0.012 0.007 21 S 0.019 0.038 0.044 0.075 0.076 0.102 0.211 0.146 0.149 0.090 0.050 22 A 0.002 0.001 0.002 0.006 0.008 0.019 0.060 0.095 0.175 0.237 0.395 23 K 0.088 0.234 0.186 0.206 0.138 0.078 0.048 0.012 0.007 0.002 0.001 24 A 0.131 0.130 0.112 0.219 0.127 0.106 0.098 0.037 0.021 0.012 0.006 25 E 0.528 0.195 0.077 0.114 0.053 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 26 D 0.002 0.007 0.007 0.041 0.085 0.139 0.298 0.200 0.134 0.060 0.026 27 K 0.017 0.066 0.055 0.200 0.262 0.224 0.126 0.031 0.012 0.005 0.003 28 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.070 0.133 0.235 0.283 0.259 29 V 0.001 0.002 0.003 0.019 0.038 0.070 0.197 0.218 0.205 0.155 0.094 30 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.011 0.062 0.112 0.231 0.275 0.293 31 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.012 0.025 0.106 0.163 0.234 0.260 0.187 32 Q 0.003 0.009 0.016 0.041 0.065 0.092 0.205 0.197 0.192 0.124 0.056 33 N 0.020 0.034 0.049 0.106 0.113 0.116 0.199 0.156 0.112 0.068 0.028 34 G 0.003 0.006 0.019 0.023 0.025 0.035 0.109 0.157 0.237 0.229 0.158 35 V 0.002 0.005 0.024 0.022 0.018 0.024 0.083 0.121 0.213 0.250 0.237 36 F 0.003 0.007 0.039 0.061 0.068 0.107 0.204 0.160 0.171 0.115 0.064 37 W 0.002 0.005 0.036 0.033 0.046 0.094 0.223 0.180 0.177 0.125 0.079 38 A 0.001 0.002 0.012 0.012 0.011 0.017 0.069 0.126 0.243 0.270 0.237 39 L 0.002 0.003 0.012 0.025 0.045 0.079 0.206 0.193 0.229 0.135 0.071 40 E 0.020 0.041 0.167 0.182 0.165 0.153 0.150 0.059 0.038 0.017 0.008 41 E 0.099 0.109 0.107 0.160 0.136 0.139 0.134 0.053 0.036 0.018 0.008 42 L 0.015 0.015 0.009 0.031 0.032 0.059 0.139 0.168 0.184 0.183 0.165 43 E 0.278 0.243 0.098 0.135 0.090 0.063 0.049 0.021 0.012 0.007 0.005 44 T 0.243 0.188 0.081 0.169 0.107 0.080 0.072 0.031 0.017 0.008 0.004 45 P 0.309 0.186 0.056 0.181 0.130 0.065 0.041 0.016 0.009 0.005 0.004 46 A 0.008 0.015 0.011 0.044 0.067 0.102 0.197 0.180 0.183 0.117 0.076 47 K 0.025 0.088 0.067 0.299 0.243 0.159 0.082 0.020 0.009 0.004 0.002 48 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.062 0.133 0.238 0.287 0.259 49 Y 0.002 0.009 0.013 0.079 0.135 0.168 0.251 0.163 0.106 0.048 0.026 50 A 0.001 0.004 0.004 0.013 0.016 0.029 0.103 0.144 0.230 0.237 0.219 51 I 0.001 0.002 0.004 0.022 0.032 0.050 0.127 0.158 0.216 0.208 0.181 52 K 0.035 0.048 0.040 0.172 0.205 0.162 0.181 0.086 0.047 0.016 0.006 53 D 0.126 0.106 0.107 0.230 0.144 0.103 0.089 0.047 0.028 0.014 0.007 54 D 0.009 0.029 0.029 0.096 0.103 0.120 0.186 0.156 0.131 0.089 0.051 55 F 0.006 0.008 0.010 0.023 0.029 0.045 0.106 0.157 0.202 0.224 0.189 56 L 0.023 0.058 0.107 0.203 0.201 0.148 0.137 0.060 0.036 0.018 0.010 57 A 0.007 0.009 0.019 0.034 0.034 0.055 0.137 0.157 0.197 0.191 0.159 58 R 0.015 0.026 0.020 0.083 0.114 0.150 0.219 0.143 0.114 0.074 0.043 59 G 0.106 0.145 0.064 0.145 0.119 0.105 0.131 0.072 0.058 0.034 0.020 60 Y 0.010 0.011 0.012 0.023 0.030 0.042 0.098 0.118 0.194 0.227 0.235 61 S 0.110 0.220 0.089 0.220 0.157 0.083 0.069 0.025 0.015 0.008 0.005 62 E 0.419 0.214 0.069 0.142 0.069 0.038 0.025 0.011 0.007 0.004 0.002 63 E 0.313 0.135 0.060 0.156 0.110 0.086 0.066 0.030 0.020 0.013 0.010 64 D 0.192 0.143 0.054 0.132 0.127 0.103 0.104 0.057 0.043 0.024 0.020 65 S 0.227 0.136 0.052 0.132 0.108 0.096 0.108 0.063 0.041 0.025 0.012 66 K 0.372 0.205 0.060 0.181 0.099 0.046 0.025 0.006 0.003 0.002 0.001 67 V 0.002 0.002 0.001 0.006 0.011 0.020 0.070 0.140 0.243 0.256 0.249 68 P 0.059 0.177 0.087 0.293 0.183 0.104 0.059 0.020 0.010 0.005 0.003 69 L 0.021 0.031 0.021 0.089 0.102 0.144 0.221 0.154 0.118 0.066 0.033 70 I 0.005 0.003 0.002 0.009 0.018 0.035 0.111 0.175 0.242 0.215 0.185 71 T 0.015 0.202 0.078 0.249 0.170 0.104 0.088 0.040 0.028 0.015 0.010 72 Y 0.004 0.007 0.004 0.028 0.053 0.082 0.172 0.175 0.191 0.168 0.115 73 S 0.287 0.132 0.070 0.156 0.148 0.099 0.066 0.022 0.012 0.005 0.003 74 E 0.019 0.058 0.038 0.293 0.215 0.159 0.144 0.046 0.019 0.007 0.003 75 F 0.002 0.003 0.005 0.008 0.008 0.012 0.045 0.098 0.212 0.302 0.306 76 I 0.003 0.003 0.013 0.033 0.051 0.101 0.238 0.193 0.172 0.121 0.073 77 D 0.009 0.042 0.381 0.261 0.155 0.078 0.043 0.017 0.009 0.004 0.002 78 L 0.001 0.004 0.011 0.021 0.037 0.090 0.251 0.194 0.169 0.143 0.079 79 L 0.010 0.011 0.019 0.033 0.035 0.045 0.142 0.184 0.246 0.175 0.100 80 E 0.083 0.104 0.125 0.192 0.169 0.136 0.116 0.041 0.020 0.009 0.005 81 G 0.181 0.223 0.245 0.181 0.090 0.045 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 82 E 0.060 0.052 0.043 0.075 0.087 0.118 0.204 0.140 0.107 0.075 0.038 83 E 0.401 0.194 0.087 0.143 0.080 0.041 0.032 0.012 0.006 0.003 0.001 84 K 0.165 0.171 0.191 0.185 0.111 0.072 0.053 0.025 0.015 0.008 0.004 85 F 0.117 0.095 0.084 0.133 0.108 0.118 0.140 0.081 0.061 0.041 0.022 86 I 0.106 0.073 0.054 0.079 0.083 0.104 0.156 0.117 0.105 0.076 0.047 87 G 0.205 0.181 0.084 0.128 0.101 0.074 0.077 0.055 0.046 0.031 0.018