# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.003 0.002 0.008 0.010 0.003 0.898 2 A 0.652 0.016 0.003 0.009 0.006 0.005 0.309 3 L 0.901 0.006 0.004 0.011 0.007 0.003 0.068 4 V 0.966 0.003 0.004 0.007 0.002 0.002 0.016 5 L 0.951 0.004 0.003 0.007 0.002 0.002 0.031 6 V 0.892 0.009 0.004 0.006 0.019 0.006 0.064 7 K 0.538 0.018 0.008 0.007 0.112 0.019 0.298 8 Y 0.116 0.020 0.015 0.006 0.227 0.095 0.522 9 G 0.024 0.012 0.029 0.004 0.219 0.253 0.459 10 T 0.014 0.014 0.028 0.006 0.324 0.287 0.328 11 D 0.016 0.012 0.025 0.015 0.438 0.147 0.347 12 H 0.015 0.008 0.004 0.020 0.622 0.016 0.315 13 P 0.031 0.027 0.016 0.091 0.110 0.044 0.681 14 V 0.021 0.012 0.062 0.700 0.028 0.054 0.123 15 E 0.032 0.007 0.071 0.704 0.028 0.058 0.100 16 K 0.041 0.006 0.069 0.737 0.027 0.035 0.086 17 L 0.069 0.008 0.052 0.705 0.030 0.042 0.096 18 K 0.087 0.014 0.043 0.627 0.033 0.105 0.091 19 I 0.054 0.006 0.100 0.638 0.030 0.087 0.085 20 R 0.058 0.002 0.114 0.444 0.072 0.215 0.095 21 S 0.068 0.019 0.113 0.347 0.059 0.173 0.222 22 A 0.038 0.028 0.030 0.212 0.146 0.045 0.502 23 K 0.030 0.006 0.037 0.128 0.048 0.043 0.708 24 A 0.006 0.003 0.194 0.217 0.068 0.484 0.029 25 E 0.017 0.002 0.129 0.044 0.060 0.642 0.106 26 D 0.087 0.005 0.038 0.009 0.307 0.077 0.477 27 K 0.679 0.007 0.007 0.009 0.057 0.034 0.207 28 I 0.933 0.003 0.003 0.012 0.005 0.002 0.041 29 V 0.958 0.004 0.002 0.022 0.003 0.001 0.009 30 L 0.907 0.003 0.004 0.041 0.004 0.003 0.038 31 I 0.706 0.004 0.010 0.074 0.023 0.047 0.135 32 Q 0.318 0.005 0.010 0.063 0.212 0.086 0.306 33 N 0.159 0.011 0.015 0.163 0.279 0.131 0.242 34 G 0.208 0.004 0.022 0.403 0.096 0.180 0.086 35 V 0.235 0.007 0.023 0.632 0.021 0.043 0.039 36 F 0.220 0.006 0.020 0.700 0.016 0.021 0.019 37 W 0.194 0.002 0.035 0.697 0.015 0.035 0.021 38 A 0.249 0.006 0.032 0.607 0.013 0.051 0.042 39 L 0.136 0.006 0.086 0.615 0.032 0.047 0.078 40 E 0.089 0.006 0.120 0.394 0.095 0.201 0.095 41 E 0.053 0.006 0.060 0.118 0.069 0.487 0.208 42 L 0.029 0.010 0.007 0.014 0.090 0.025 0.826 43 E 0.035 0.008 0.011 0.015 0.092 0.039 0.800 44 T 0.080 0.008 0.010 0.008 0.315 0.037 0.542 45 P 0.120 0.007 0.026 0.010 0.105 0.092 0.639 46 A 0.448 0.009 0.012 0.005 0.138 0.026 0.362 47 K 0.775 0.003 0.004 0.003 0.021 0.008 0.186 48 V 0.975 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 49 Y 0.984 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 50 A 0.965 0.003 0.002 0.004 0.005 0.001 0.020 51 I 0.761 0.004 0.006 0.008 0.018 0.004 0.200 52 K 0.182 0.004 0.100 0.082 0.237 0.042 0.354 53 D 0.045 0.008 0.163 0.194 0.287 0.080 0.221 54 D 0.014 0.008 0.258 0.379 0.057 0.096 0.188 55 F 0.023 0.008 0.237 0.489 0.045 0.129 0.069 56 L 0.054 0.006 0.121 0.534 0.034 0.169 0.082 57 A 0.058 0.012 0.149 0.472 0.041 0.157 0.111 58 R 0.031 0.018 0.069 0.219 0.056 0.532 0.075 59 G 0.026 0.006 0.040 0.045 0.106 0.449 0.327 60 Y 0.048 0.013 0.058 0.038 0.144 0.057 0.642 61 S 0.071 0.038 0.107 0.061 0.202 0.088 0.432 62 E 0.049 0.011 0.241 0.079 0.224 0.187 0.210 63 E 0.061 0.024 0.166 0.084 0.245 0.167 0.252 64 D 0.058 0.018 0.231 0.043 0.133 0.131 0.386 65 S 0.052 0.011 0.074 0.028 0.176 0.499 0.160 66 K 0.084 0.015 0.039 0.006 0.083 0.519 0.254 67 V 0.205 0.024 0.003 0.002 0.123 0.004 0.639 68 P 0.386 0.005 0.005 0.002 0.040 0.006 0.557 69 L 0.915 0.015 0.008 0.002 0.010 0.003 0.046 70 I 0.889 0.027 0.004 0.003 0.015 0.002 0.060 71 T 0.720 0.016 0.009 0.004 0.035 0.003 0.213 72 Y 0.040 0.001 0.542 0.247 0.010 0.074 0.086 73 S 0.013 0.002 0.535 0.238 0.045 0.143 0.023 74 E 0.023 0.003 0.566 0.200 0.042 0.109 0.056 75 F 0.072 0.012 0.247 0.539 0.014 0.056 0.060 76 I 0.164 0.007 0.074 0.684 0.012 0.029 0.031 77 D 0.126 0.003 0.047 0.772 0.012 0.024 0.016 78 L 0.138 0.002 0.036 0.733 0.007 0.055 0.028 79 L 0.253 0.014 0.027 0.545 0.022 0.093 0.045 80 E 0.237 0.014 0.031 0.424 0.042 0.189 0.063 81 G 0.200 0.010 0.031 0.142 0.127 0.330 0.162 82 E 0.100 0.008 0.046 0.150 0.179 0.177 0.339 83 E 0.078 0.008 0.108 0.180 0.137 0.261 0.228 84 K 0.080 0.009 0.144 0.095 0.200 0.170 0.302 85 F 0.133 0.032 0.112 0.093 0.124 0.169 0.335 86 I 0.125 0.039 0.011 0.055 0.057 0.041 0.672 87 G 0.016 0.001 0.002 0.005 0.008 0.007 0.961