# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.188 0.201 0.057 0.152 0.018 0.114 0.036 0.029 0.025 0.001 2 A 0.176 0.244 0.482 0.033 0.026 0.023 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 3 L 0.084 0.598 0.190 0.017 0.068 0.018 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 4 V 0.060 0.636 0.237 0.009 0.012 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 5 L 0.080 0.572 0.238 0.020 0.022 0.045 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 6 V 0.060 0.627 0.138 0.027 0.079 0.030 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 7 K 0.081 0.410 0.339 0.033 0.040 0.048 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 8 Y 0.106 0.257 0.355 0.084 0.098 0.021 0.024 0.009 0.031 0.015 0.001 9 G 0.139 0.088 0.171 0.058 0.190 0.016 0.048 0.150 0.009 0.128 0.001 10 T 0.296 0.204 0.252 0.127 0.081 0.012 0.006 0.003 0.007 0.011 0.001 11 D 0.251 0.031 0.119 0.457 0.016 0.040 0.036 0.024 0.012 0.011 0.002 12 H 0.052 0.304 0.381 0.004 0.053 0.020 0.015 0.001 0.168 0.003 0.001 13 P 0.352 0.004 0.367 0.021 0.001 0.091 0.002 0.001 0.003 0.001 0.159 14 V 0.731 0.069 0.079 0.057 0.011 0.018 0.009 0.003 0.020 0.002 0.001 15 E 0.785 0.043 0.095 0.042 0.005 0.019 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 16 K 0.706 0.051 0.056 0.119 0.019 0.016 0.019 0.004 0.009 0.001 0.001 17 L 0.472 0.143 0.149 0.141 0.045 0.016 0.017 0.006 0.009 0.001 0.001 18 K 0.614 0.176 0.084 0.036 0.017 0.037 0.014 0.002 0.019 0.001 0.001 19 I 0.625 0.138 0.135 0.059 0.010 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 20 R 0.691 0.100 0.085 0.073 0.018 0.015 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 21 S 0.355 0.061 0.081 0.397 0.020 0.026 0.035 0.005 0.021 0.001 0.001 22 A 0.068 0.216 0.555 0.053 0.040 0.050 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 23 K 0.011 0.266 0.559 0.016 0.091 0.024 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 24 A 0.903 0.005 0.054 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.304 0.003 0.012 0.608 0.002 0.002 0.011 0.052 0.002 0.003 0.001 26 D 0.023 0.094 0.435 0.176 0.009 0.101 0.096 0.002 0.064 0.001 0.001 27 K 0.053 0.394 0.441 0.038 0.028 0.024 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 28 I 0.014 0.764 0.184 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.016 0.814 0.101 0.002 0.013 0.026 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 30 L 0.026 0.471 0.273 0.006 0.016 0.165 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 31 I 0.079 0.544 0.149 0.032 0.060 0.079 0.004 0.001 0.049 0.002 0.001 32 Q 0.267 0.234 0.150 0.048 0.150 0.055 0.047 0.014 0.017 0.018 0.001 33 N 0.239 0.134 0.102 0.272 0.065 0.038 0.113 0.006 0.027 0.002 0.001 34 G 0.230 0.138 0.137 0.039 0.268 0.007 0.031 0.093 0.004 0.051 0.001 35 V 0.362 0.463 0.095 0.015 0.031 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 36 F 0.521 0.303 0.082 0.030 0.014 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 37 W 0.574 0.231 0.071 0.046 0.024 0.022 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 38 A 0.616 0.106 0.140 0.061 0.017 0.036 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 39 L 0.381 0.172 0.197 0.142 0.031 0.039 0.011 0.002 0.023 0.002 0.001 40 E 0.434 0.100 0.308 0.075 0.033 0.015 0.016 0.005 0.008 0.005 0.001 41 E 0.307 0.076 0.096 0.263 0.045 0.022 0.120 0.041 0.023 0.007 0.001 42 L 0.142 0.241 0.358 0.099 0.047 0.058 0.022 0.005 0.023 0.003 0.001 43 E 0.235 0.155 0.205 0.277 0.021 0.056 0.023 0.003 0.022 0.002 0.002 44 T 0.033 0.368 0.341 0.004 0.150 0.009 0.009 0.001 0.078 0.007 0.001 45 P 0.258 0.013 0.458 0.071 0.001 0.058 0.002 0.001 0.003 0.001 0.137 46 A 0.029 0.438 0.320 0.020 0.136 0.016 0.011 0.003 0.025 0.001 0.001 47 K 0.076 0.347 0.440 0.027 0.017 0.068 0.003 0.001 0.017 0.001 0.003 48 V 0.013 0.838 0.098 0.003 0.019 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 49 Y 0.011 0.830 0.052 0.005 0.039 0.026 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 50 A 0.019 0.569 0.229 0.004 0.059 0.071 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 51 I 0.141 0.313 0.222 0.062 0.062 0.136 0.006 0.001 0.053 0.003 0.002 52 K 0.796 0.033 0.109 0.018 0.015 0.009 0.007 0.001 0.004 0.006 0.001 53 D 0.854 0.005 0.020 0.084 0.004 0.008 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 54 D 0.599 0.054 0.066 0.180 0.009 0.044 0.014 0.001 0.032 0.001 0.001 55 F 0.752 0.095 0.064 0.047 0.007 0.017 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 56 L 0.894 0.038 0.025 0.018 0.005 0.009 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 57 A 0.814 0.042 0.034 0.090 0.008 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 58 R 0.547 0.031 0.062 0.334 0.009 0.003 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 59 G 0.105 0.004 0.020 0.068 0.014 0.010 0.344 0.399 0.007 0.029 0.001 60 Y 0.190 0.218 0.362 0.158 0.012 0.040 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 61 S 0.232 0.182 0.247 0.142 0.111 0.029 0.016 0.009 0.012 0.018 0.001 62 E 0.378 0.132 0.150 0.157 0.062 0.038 0.030 0.013 0.033 0.006 0.001 63 E 0.352 0.221 0.205 0.115 0.031 0.035 0.008 0.003 0.027 0.002 0.001 64 D 0.236 0.163 0.240 0.201 0.022 0.054 0.021 0.003 0.057 0.001 0.001 65 S 0.295 0.062 0.406 0.146 0.053 0.007 0.010 0.007 0.001 0.011 0.001 66 K 0.060 0.050 0.076 0.452 0.026 0.031 0.174 0.096 0.030 0.006 0.001 67 V 0.001 0.346 0.546 0.001 0.006 0.019 0.002 0.001 0.079 0.001 0.001 68 P 0.014 0.031 0.846 0.002 0.001 0.095 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 69 L 0.009 0.627 0.297 0.004 0.013 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 70 I 0.017 0.653 0.189 0.009 0.039 0.051 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 71 T 0.003 0.212 0.631 0.005 0.049 0.080 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 72 Y 0.612 0.069 0.073 0.056 0.045 0.056 0.026 0.007 0.054 0.003 0.001 73 S 0.869 0.003 0.019 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.642 0.050 0.035 0.184 0.046 0.003 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 75 F 0.524 0.145 0.132 0.121 0.028 0.018 0.014 0.004 0.008 0.003 0.002 76 I 0.266 0.505 0.131 0.013 0.021 0.022 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 77 D 0.393 0.194 0.288 0.017 0.006 0.078 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 78 L 0.509 0.281 0.122 0.029 0.017 0.025 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 79 L 0.431 0.326 0.122 0.059 0.025 0.020 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 80 E 0.311 0.192 0.321 0.105 0.038 0.011 0.007 0.002 0.010 0.002 0.001 81 G 0.128 0.016 0.062 0.038 0.073 0.005 0.122 0.419 0.006 0.132 0.001 82 E 0.314 0.131 0.322 0.095 0.025 0.052 0.027 0.003 0.025 0.005 0.002 83 E 0.422 0.171 0.234 0.081 0.031 0.026 0.013 0.004 0.012 0.003 0.002 84 K 0.450 0.131 0.253 0.071 0.030 0.029 0.015 0.002 0.016 0.002 0.001 85 F 0.420 0.194 0.171 0.133 0.018 0.031 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 86 I 0.242 0.219 0.192 0.229 0.027 0.042 0.011 0.002 0.035 0.001 0.001 87 G 0.143 0.097 0.196 0.052 0.165 0.012 0.036 0.078 0.013 0.207 0.001