# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.160 0.046 0.024 0.314 0.018 0.020 0.091 0.039 0.072 0.039 2 A 0.259 0.098 0.011 0.006 0.492 0.008 0.011 0.046 0.014 0.012 0.043 3 L 0.219 0.129 0.018 0.004 0.535 0.004 0.011 0.032 0.007 0.008 0.031 4 V 0.243 0.150 0.024 0.004 0.456 0.003 0.010 0.038 0.014 0.019 0.038 5 L 0.253 0.160 0.028 0.005 0.390 0.008 0.018 0.045 0.025 0.022 0.045 6 V 0.147 0.222 0.043 0.008 0.303 0.016 0.038 0.085 0.043 0.047 0.046 7 K 0.139 0.217 0.092 0.014 0.281 0.017 0.035 0.046 0.033 0.078 0.047 8 Y 0.119 0.231 0.158 0.048 0.220 0.026 0.054 0.050 0.030 0.024 0.039 9 G 0.040 0.088 0.084 0.091 0.066 0.072 0.051 0.134 0.155 0.175 0.043 10 T 0.042 0.269 0.114 0.032 0.176 0.028 0.060 0.095 0.067 0.088 0.030 11 D 0.104 0.034 0.024 0.016 0.087 0.024 0.052 0.092 0.098 0.317 0.153 12 H 0.045 0.319 0.229 0.026 0.168 0.012 0.024 0.094 0.035 0.030 0.018 13 P 0.078 0.139 0.066 0.008 0.135 0.006 0.016 0.305 0.108 0.093 0.045 14 V 0.038 0.066 0.017 0.004 0.063 0.007 0.021 0.557 0.166 0.047 0.014 15 E 0.022 0.064 0.014 0.005 0.058 0.007 0.015 0.664 0.107 0.035 0.009 16 K 0.030 0.022 0.006 0.004 0.048 0.006 0.024 0.683 0.111 0.051 0.014 17 L 0.058 0.065 0.014 0.004 0.102 0.006 0.021 0.595 0.092 0.031 0.011 18 K 0.045 0.057 0.013 0.005 0.098 0.008 0.022 0.541 0.107 0.078 0.026 19 I 0.098 0.077 0.012 0.004 0.165 0.005 0.016 0.369 0.155 0.061 0.039 20 R 0.017 0.037 0.017 0.008 0.037 0.033 0.157 0.484 0.154 0.042 0.013 21 S 0.047 0.044 0.022 0.004 0.046 0.005 0.021 0.095 0.118 0.548 0.050 22 A 0.230 0.235 0.037 0.006 0.248 0.003 0.008 0.046 0.036 0.068 0.083 23 K 0.009 0.386 0.444 0.037 0.049 0.010 0.004 0.019 0.016 0.022 0.004 24 A 0.008 0.014 0.012 0.006 0.017 0.010 0.071 0.566 0.286 0.009 0.003 25 E 0.070 0.063 0.014 0.005 0.074 0.010 0.032 0.343 0.149 0.148 0.091 26 D 0.106 0.195 0.012 0.003 0.370 0.002 0.005 0.031 0.027 0.215 0.035 27 K 0.275 0.035 0.004 0.004 0.512 0.010 0.022 0.060 0.022 0.026 0.030 28 I 0.136 0.125 0.006 0.002 0.713 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.007 29 V 0.139 0.074 0.003 0.001 0.749 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.023 30 L 0.400 0.075 0.006 0.001 0.404 0.001 0.002 0.007 0.002 0.014 0.091 31 I 0.236 0.110 0.050 0.031 0.232 0.027 0.024 0.030 0.017 0.081 0.163 32 Q 0.017 0.055 0.052 0.199 0.035 0.268 0.182 0.123 0.033 0.025 0.012 33 N 0.016 0.042 0.092 0.153 0.024 0.051 0.053 0.149 0.106 0.270 0.044 34 G 0.038 0.160 0.134 0.077 0.087 0.025 0.013 0.244 0.109 0.092 0.021 35 V 0.129 0.059 0.007 0.004 0.200 0.008 0.014 0.362 0.116 0.051 0.050 36 F 0.080 0.044 0.009 0.012 0.155 0.016 0.045 0.471 0.100 0.024 0.044 37 W 0.064 0.049 0.019 0.009 0.095 0.015 0.056 0.524 0.109 0.040 0.019 38 A 0.042 0.061 0.034 0.013 0.059 0.011 0.044 0.461 0.152 0.100 0.023 39 L 0.065 0.127 0.031 0.006 0.096 0.007 0.020 0.333 0.213 0.063 0.038 40 E 0.010 0.101 0.035 0.014 0.035 0.046 0.127 0.380 0.223 0.023 0.007 41 E 0.066 0.031 0.011 0.005 0.054 0.007 0.031 0.125 0.142 0.447 0.082 42 L 0.187 0.162 0.038 0.007 0.268 0.010 0.030 0.094 0.074 0.068 0.062 43 E 0.094 0.095 0.064 0.049 0.104 0.068 0.075 0.116 0.114 0.149 0.072 44 T 0.029 0.330 0.308 0.037 0.149 0.010 0.034 0.051 0.028 0.014 0.010 45 P 0.123 0.073 0.037 0.013 0.116 0.019 0.030 0.061 0.107 0.278 0.143 46 A 0.056 0.451 0.120 0.004 0.322 0.002 0.003 0.009 0.008 0.012 0.012 47 K 0.207 0.100 0.019 0.009 0.429 0.026 0.062 0.059 0.024 0.025 0.040 48 V 0.242 0.112 0.008 0.004 0.568 0.005 0.007 0.006 0.004 0.007 0.037 49 Y 0.225 0.082 0.005 0.001 0.589 0.002 0.003 0.006 0.006 0.015 0.068 50 A 0.131 0.271 0.047 0.001 0.495 0.001 0.002 0.015 0.007 0.013 0.018 51 I 0.215 0.275 0.036 0.003 0.250 0.002 0.005 0.037 0.024 0.040 0.114 52 K 0.017 0.083 0.025 0.017 0.049 0.026 0.059 0.466 0.238 0.009 0.009 53 D 0.023 0.036 0.010 0.004 0.036 0.006 0.018 0.517 0.245 0.084 0.021 54 D 0.051 0.069 0.016 0.004 0.064 0.003 0.014 0.454 0.174 0.137 0.015 55 F 0.058 0.018 0.004 0.002 0.042 0.005 0.010 0.593 0.194 0.050 0.024 56 L 0.046 0.048 0.012 0.008 0.058 0.017 0.107 0.374 0.198 0.088 0.046 57 A 0.125 0.077 0.042 0.015 0.189 0.010 0.051 0.220 0.124 0.092 0.054 58 R 0.020 0.197 0.189 0.050 0.073 0.072 0.151 0.143 0.073 0.023 0.011 59 G 0.069 0.043 0.049 0.031 0.045 0.012 0.014 0.047 0.051 0.486 0.153 60 Y 0.178 0.211 0.041 0.011 0.274 0.016 0.021 0.048 0.053 0.066 0.080 61 S 0.048 0.224 0.153 0.059 0.149 0.043 0.038 0.089 0.085 0.075 0.038 62 E 0.094 0.119 0.091 0.021 0.124 0.017 0.025 0.158 0.192 0.119 0.040 63 E 0.054 0.113 0.046 0.033 0.077 0.027 0.061 0.159 0.159 0.215 0.057 64 D 0.077 0.190 0.135 0.030 0.157 0.010 0.013 0.068 0.109 0.137 0.075 65 S 0.011 0.114 0.044 0.008 0.059 0.021 0.078 0.389 0.228 0.042 0.006 66 K 0.148 0.042 0.016 0.002 0.107 0.002 0.011 0.044 0.101 0.392 0.136 67 V 0.091 0.427 0.076 0.001 0.384 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.011 68 P 0.090 0.321 0.043 0.001 0.502 0.001 0.004 0.009 0.006 0.008 0.014 69 L 0.254 0.170 0.035 0.001 0.472 0.002 0.004 0.008 0.006 0.009 0.039 70 I 0.072 0.215 0.096 0.040 0.259 0.081 0.099 0.039 0.021 0.033 0.045 71 T 0.328 0.131 0.043 0.002 0.393 0.001 0.003 0.004 0.002 0.010 0.084 72 Y 0.025 0.068 0.025 0.004 0.058 0.002 0.002 0.198 0.453 0.145 0.020 73 S 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.012 0.030 0.709 0.220 0.015 0.001 74 E 0.004 0.005 0.002 0.002 0.007 0.001 0.010 0.796 0.137 0.033 0.003 75 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.796 0.114 0.058 0.003 76 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.859 0.107 0.011 0.003 77 D 0.009 0.010 0.002 0.001 0.018 0.001 0.008 0.884 0.056 0.007 0.004 78 L 0.006 0.008 0.004 0.002 0.008 0.003 0.034 0.765 0.114 0.052 0.004 79 L 0.015 0.024 0.010 0.004 0.020 0.007 0.053 0.687 0.138 0.036 0.006 80 E 0.009 0.104 0.030 0.016 0.028 0.039 0.114 0.484 0.135 0.033 0.006 81 G 0.031 0.049 0.038 0.037 0.032 0.028 0.077 0.301 0.095 0.264 0.047 82 E 0.068 0.083 0.038 0.022 0.085 0.021 0.033 0.226 0.166 0.197 0.060 83 E 0.035 0.181 0.066 0.032 0.115 0.029 0.040 0.294 0.160 0.034 0.015 84 K 0.078 0.060 0.021 0.012 0.095 0.017 0.073 0.293 0.175 0.125 0.050 85 F 0.091 0.112 0.047 0.017 0.160 0.029 0.131 0.213 0.077 0.086 0.037 86 I 0.130 0.181 0.053 0.024 0.177 0.022 0.044 0.129 0.071 0.100 0.069 87 G 0.041 0.175 0.158 0.105 0.099 0.062 0.039 0.126 0.076 0.094 0.025