# TARGET T0224 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0224.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5735 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.066 0.095 0.161 0.218 0.274 0.125 2 A 0.038 0.047 0.066 0.105 0.175 0.339 0.230 3 L 0.035 0.036 0.045 0.073 0.147 0.335 0.329 4 V 0.016 0.035 0.069 0.127 0.195 0.302 0.257 5 L 0.010 0.012 0.023 0.063 0.179 0.403 0.312 6 V 0.033 0.081 0.106 0.191 0.253 0.247 0.089 7 K 0.062 0.127 0.173 0.217 0.220 0.160 0.042 8 Y 0.102 0.139 0.187 0.218 0.201 0.124 0.028 9 G 0.281 0.266 0.185 0.154 0.080 0.029 0.005 10 T 0.377 0.206 0.153 0.135 0.086 0.037 0.007 11 D 0.533 0.272 0.118 0.053 0.017 0.006 0.001 12 H 0.443 0.284 0.149 0.085 0.029 0.009 0.001 13 P 0.578 0.251 0.095 0.048 0.020 0.006 0.001 14 V 0.137 0.186 0.224 0.222 0.164 0.060 0.007 15 E 0.103 0.183 0.248 0.249 0.151 0.057 0.009 16 K 0.217 0.401 0.228 0.103 0.035 0.013 0.002 17 L 0.022 0.069 0.164 0.288 0.307 0.136 0.013 18 K 0.007 0.035 0.107 0.239 0.319 0.262 0.030 19 I 0.003 0.006 0.016 0.064 0.243 0.541 0.127 20 R 0.021 0.132 0.242 0.296 0.197 0.099 0.014 21 S 0.006 0.043 0.113 0.238 0.297 0.267 0.036 22 A 0.001 0.008 0.036 0.175 0.425 0.333 0.022 23 K 0.062 0.236 0.337 0.249 0.102 0.013 0.001 24 A 0.237 0.395 0.241 0.102 0.023 0.002 0.001 25 E 0.151 0.488 0.252 0.085 0.019 0.004 0.001 26 D 0.001 0.014 0.095 0.329 0.434 0.123 0.003 27 K 0.002 0.015 0.091 0.301 0.419 0.161 0.012 28 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.066 0.599 0.325 29 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.347 0.621 30 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.159 0.819 31 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.143 0.839 32 Q 0.001 0.001 0.002 0.011 0.048 0.292 0.647 33 N 0.001 0.006 0.026 0.092 0.161 0.325 0.390 34 G 0.001 0.003 0.011 0.039 0.125 0.403 0.418 35 V 0.002 0.006 0.012 0.036 0.109 0.426 0.407 36 F 0.003 0.010 0.027 0.083 0.207 0.426 0.245 37 W 0.005 0.017 0.040 0.102 0.225 0.444 0.168 38 A 0.003 0.009 0.021 0.074 0.247 0.507 0.140 39 L 0.005 0.033 0.110 0.269 0.349 0.215 0.018 40 E 0.057 0.284 0.295 0.220 0.110 0.031 0.003 41 E 0.099 0.283 0.296 0.211 0.087 0.022 0.002 42 L 0.045 0.139 0.258 0.319 0.187 0.050 0.003 43 E 0.383 0.308 0.167 0.093 0.039 0.009 0.001 44 T 0.282 0.328 0.231 0.123 0.032 0.004 0.001 45 P 0.303 0.426 0.183 0.069 0.016 0.003 0.001 46 A 0.005 0.037 0.147 0.366 0.357 0.085 0.003 47 K 0.010 0.077 0.242 0.353 0.234 0.078 0.007 48 V 0.001 0.002 0.007 0.033 0.195 0.642 0.120 49 Y 0.001 0.004 0.015 0.068 0.251 0.522 0.140 50 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.075 0.417 0.489 51 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.068 0.398 0.522 52 K 0.002 0.029 0.101 0.216 0.262 0.275 0.115 53 D 0.008 0.066 0.186 0.300 0.247 0.146 0.047 54 D 0.004 0.014 0.038 0.093 0.238 0.491 0.121 55 F 0.014 0.020 0.042 0.113 0.282 0.451 0.078 56 L 0.049 0.128 0.218 0.276 0.209 0.103 0.017 57 A 0.053 0.076 0.123 0.238 0.263 0.209 0.039 58 R 0.030 0.063 0.093 0.181 0.268 0.287 0.079 59 G 0.156 0.228 0.200 0.170 0.138 0.090 0.019 60 Y 0.147 0.165 0.189 0.243 0.179 0.069 0.008 61 S 0.362 0.331 0.165 0.089 0.041 0.011 0.001 62 E 0.486 0.328 0.132 0.045 0.009 0.001 0.001 63 E 0.451 0.317 0.149 0.067 0.015 0.002 0.001 64 D 0.298 0.278 0.245 0.142 0.034 0.003 0.001 65 S 0.544 0.284 0.117 0.044 0.009 0.001 0.001 66 K 0.421 0.391 0.144 0.037 0.006 0.001 0.001 67 V 0.016 0.045 0.142 0.361 0.340 0.093 0.003 68 P 0.070 0.296 0.315 0.201 0.088 0.029 0.002 69 L 0.021 0.089 0.193 0.291 0.273 0.125 0.009 70 I 0.005 0.014 0.036 0.133 0.360 0.404 0.049 71 T 0.018 0.112 0.245 0.300 0.207 0.102 0.017 72 Y 0.017 0.047 0.098 0.216 0.316 0.260 0.046 73 S 0.068 0.178 0.240 0.237 0.166 0.094 0.018 74 E 0.045 0.176 0.274 0.274 0.153 0.068 0.009 75 F 0.007 0.015 0.042 0.142 0.336 0.398 0.060 76 I 0.033 0.078 0.145 0.243 0.288 0.192 0.021 77 D 0.116 0.351 0.296 0.163 0.055 0.017 0.001 78 L 0.080 0.068 0.116 0.281 0.321 0.128 0.007 79 L 0.092 0.137 0.188 0.261 0.220 0.096 0.007 80 E 0.370 0.330 0.173 0.088 0.031 0.008 0.001 81 G 0.524 0.319 0.115 0.035 0.006 0.001 0.001 82 E 0.403 0.242 0.173 0.124 0.047 0.010 0.001 83 E 0.683 0.217 0.064 0.026 0.008 0.002 0.001 84 K 0.599 0.244 0.103 0.040 0.012 0.002 0.001 85 F 0.528 0.231 0.138 0.072 0.026 0.005 0.001 86 I 0.664 0.182 0.088 0.049 0.014 0.003 0.001 87 G 0.748 0.153 0.063 0.026 0.008 0.002 0.001