# TARGET T0223 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.005 0.012 0.215 0.180 0.577 2 N 0.011 0.013 0.008 0.309 0.065 0.596 3 I 0.001 0.001 0.003 0.969 0.006 0.020 4 F 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 5 E 0.001 0.001 0.008 0.974 0.014 0.003 6 A 0.001 0.001 0.010 0.969 0.017 0.003 7 I 0.001 0.001 0.011 0.963 0.021 0.004 8 E 0.001 0.001 0.011 0.945 0.028 0.015 9 N 0.001 0.001 0.006 0.624 0.114 0.255 10 R 0.004 0.002 0.004 0.261 0.162 0.568 11 H 0.007 0.006 0.013 0.137 0.210 0.628 12 S 0.052 0.025 0.059 0.213 0.280 0.370 13 V 0.135 0.008 0.160 0.256 0.278 0.162 14 R 0.148 0.010 0.139 0.263 0.279 0.159 15 D 0.254 0.024 0.061 0.178 0.272 0.211 16 F 0.096 0.030 0.024 0.084 0.500 0.266 17 L 0.028 0.013 0.015 0.051 0.655 0.237 18 E 0.020 0.008 0.010 0.019 0.579 0.364 19 R 0.036 0.045 0.004 0.024 0.336 0.555 20 K 0.018 0.020 0.001 0.010 0.068 0.883 21 M 0.016 0.037 0.001 0.018 0.074 0.853 22 P 0.006 0.003 0.003 0.059 0.073 0.855 23 E 0.001 0.001 0.020 0.917 0.025 0.038 24 R 0.001 0.001 0.016 0.956 0.018 0.010 25 V 0.001 0.001 0.015 0.967 0.012 0.005 26 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 27 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 28 D 0.001 0.001 0.002 0.973 0.014 0.010 29 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.006 0.010 30 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.007 31 N 0.001 0.001 0.003 0.969 0.013 0.014 32 L 0.001 0.001 0.005 0.979 0.007 0.008 33 L 0.001 0.001 0.019 0.933 0.026 0.021 34 V 0.001 0.001 0.038 0.902 0.040 0.019 35 K 0.001 0.001 0.030 0.716 0.137 0.115 36 F 0.002 0.002 0.021 0.183 0.328 0.463 37 I 0.005 0.005 0.051 0.108 0.351 0.479 38 T 0.010 0.006 0.187 0.129 0.426 0.243 39 K 0.014 0.005 0.300 0.199 0.340 0.142 40 K 0.051 0.012 0.231 0.195 0.313 0.197 41 L 0.109 0.008 0.111 0.183 0.359 0.230 42 D 0.115 0.009 0.074 0.195 0.342 0.265 43 W 0.152 0.011 0.075 0.226 0.322 0.214 44 K 0.202 0.012 0.076 0.266 0.284 0.161 45 I 0.297 0.009 0.057 0.224 0.238 0.175 46 N 0.383 0.012 0.040 0.225 0.172 0.167 47 L 0.321 0.014 0.026 0.310 0.168 0.161 48 S 0.192 0.010 0.018 0.451 0.142 0.187 49 S 0.150 0.014 0.006 0.161 0.175 0.494 50 F 0.118 0.018 0.015 0.245 0.212 0.391 51 P 0.145 0.008 0.039 0.259 0.188 0.361 52 S 0.258 0.007 0.099 0.376 0.124 0.135 53 Y 0.379 0.010 0.083 0.378 0.075 0.076 54 I 0.414 0.007 0.063 0.411 0.046 0.060 55 Y 0.522 0.004 0.049 0.343 0.039 0.042 56 A 0.497 0.006 0.032 0.357 0.045 0.064 57 K 0.414 0.009 0.024 0.318 0.092 0.142 58 A 0.340 0.019 0.015 0.199 0.230 0.197 59 E 0.194 0.011 0.021 0.129 0.432 0.213 60 K 0.083 0.011 0.023 0.069 0.585 0.227 61 H 0.058 0.017 0.024 0.055 0.619 0.227 62 F 0.052 0.015 0.031 0.140 0.510 0.252 63 D 0.059 0.009 0.049 0.244 0.430 0.210 64 E 0.070 0.010 0.057 0.283 0.382 0.198 65 L 0.113 0.016 0.085 0.356 0.271 0.159 66 V 0.160 0.016 0.075 0.445 0.168 0.136 67 E 0.190 0.012 0.060 0.436 0.133 0.169 68 Y 0.114 0.006 0.035 0.667 0.071 0.107 69 G 0.085 0.006 0.030 0.677 0.076 0.125 70 F 0.039 0.003 0.041 0.787 0.057 0.073 71 Q 0.019 0.003 0.038 0.873 0.037 0.029 72 G 0.019 0.003 0.028 0.889 0.035 0.026 73 E 0.008 0.001 0.011 0.942 0.021 0.016 74 Q 0.009 0.002 0.007 0.935 0.017 0.030 75 I 0.005 0.001 0.005 0.973 0.007 0.010 76 V 0.009 0.001 0.004 0.971 0.008 0.007 77 L 0.007 0.001 0.004 0.979 0.006 0.004 78 F 0.008 0.001 0.004 0.976 0.006 0.005 79 L 0.004 0.001 0.005 0.978 0.007 0.006 80 T 0.004 0.001 0.009 0.960 0.013 0.013 81 A 0.005 0.001 0.018 0.921 0.029 0.026 82 Q 0.011 0.004 0.039 0.738 0.081 0.127 83 G 0.020 0.003 0.008 0.026 0.181 0.762 84 F 0.070 0.008 0.007 0.006 0.220 0.690 85 G 0.275 0.015 0.005 0.004 0.206 0.494 86 T 0.544 0.019 0.012 0.008 0.164 0.253 87 C 0.734 0.016 0.018 0.008 0.096 0.128 88 W 0.755 0.012 0.023 0.010 0.101 0.099 89 M 0.717 0.009 0.016 0.013 0.130 0.115 90 A 0.566 0.010 0.014 0.016 0.176 0.218 91 R 0.409 0.026 0.016 0.017 0.244 0.288 92 S 0.252 0.025 0.030 0.015 0.470 0.208 93 P 0.128 0.017 0.043 0.015 0.614 0.183 94 H 0.071 0.014 0.037 0.010 0.732 0.137 95 P 0.069 0.018 0.039 0.012 0.703 0.159 96 D 0.125 0.017 0.025 0.013 0.462 0.358 97 V 0.328 0.021 0.020 0.012 0.311 0.309 98 P 0.481 0.019 0.012 0.010 0.166 0.313 99 Y 0.718 0.017 0.012 0.010 0.107 0.137 100 I 0.794 0.005 0.011 0.011 0.079 0.100 101 I 0.875 0.003 0.007 0.009 0.048 0.057 102 V 0.897 0.005 0.005 0.010 0.040 0.043 103 F 0.858 0.003 0.005 0.015 0.049 0.070 104 G 0.815 0.007 0.004 0.017 0.063 0.093 105 Y 0.671 0.024 0.004 0.014 0.101 0.185 106 P 0.511 0.027 0.005 0.020 0.186 0.251 107 R 0.197 0.017 0.015 0.033 0.340 0.399 108 T 0.060 0.014 0.044 0.056 0.541 0.286 109 R 0.026 0.006 0.189 0.147 0.519 0.112 110 N 0.031 0.008 0.161 0.208 0.442 0.151 111 F 0.043 0.017 0.146 0.276 0.369 0.149 112 T 0.055 0.013 0.053 0.270 0.300 0.309 113 R 0.062 0.016 0.055 0.314 0.261 0.292 114 K 0.064 0.020 0.054 0.378 0.237 0.247 115 R 0.065 0.010 0.046 0.471 0.209 0.200 116 R 0.063 0.007 0.040 0.582 0.145 0.164 117 P 0.044 0.006 0.029 0.659 0.096 0.165 118 I 0.039 0.007 0.028 0.732 0.078 0.116 119 T 0.047 0.003 0.037 0.749 0.084 0.079 120 S 0.035 0.003 0.055 0.724 0.094 0.089 121 F 0.033 0.005 0.062 0.703 0.094 0.103 122 L 0.039 0.006 0.066 0.720 0.090 0.079 123 E 0.031 0.002 0.070 0.700 0.126 0.070 124 N 0.015 0.003 0.052 0.690 0.132 0.108 125 D 0.012 0.008 0.049 0.298 0.263 0.369 126 L 0.005 0.004 0.098 0.336 0.363 0.194 127 E 0.005 0.007 0.122 0.334 0.372 0.160 128 E 0.004 0.009 0.082 0.259 0.343 0.303 129 L 0.005 0.009 0.013 0.238 0.171 0.564 130 P 0.003 0.002 0.006 0.304 0.104 0.582 131 P 0.001 0.001 0.006 0.971 0.009 0.014 132 E 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.002 133 I 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 134 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 135 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.003 136 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 137 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 138 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.008 0.011 139 M 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 140 T 0.001 0.001 0.010 0.973 0.012 0.005 141 I 0.001 0.001 0.025 0.923 0.037 0.014 142 L 0.001 0.001 0.023 0.698 0.159 0.120 143 A 0.001 0.001 0.012 0.073 0.361 0.552 144 P 0.003 0.012 0.059 0.045 0.526 0.355 145 S 0.019 0.016 0.207 0.043 0.545 0.171 146 A 0.028 0.004 0.377 0.042 0.452 0.098 147 L 0.068 0.009 0.344 0.040 0.424 0.116 148 N 0.112 0.008 0.090 0.018 0.522 0.250 149 R 0.141 0.013 0.028 0.011 0.432 0.376 150 Q 0.287 0.037 0.018 0.007 0.299 0.352 151 P 0.566 0.011 0.008 0.002 0.145 0.269 152 W 0.842 0.003 0.002 0.001 0.042 0.108 153 K 0.951 0.002 0.001 0.001 0.011 0.035 154 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 155 K 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 156 Y 0.913 0.003 0.001 0.001 0.012 0.072 157 T 0.587 0.011 0.001 0.001 0.079 0.321 158 G 0.164 0.011 0.001 0.001 0.194 0.630 159 G 0.014 0.002 0.004 0.004 0.361 0.616 160 E 0.007 0.006 0.217 0.313 0.344 0.113 161 L 0.018 0.005 0.215 0.428 0.278 0.057 162 C 0.020 0.004 0.205 0.478 0.250 0.043 163 I 0.043 0.007 0.069 0.478 0.236 0.167 164 S 0.064 0.019 0.068 0.508 0.222 0.119 165 S 0.076 0.008 0.061 0.493 0.237 0.125 166 E 0.095 0.007 0.034 0.403 0.263 0.198 167 R 0.123 0.013 0.036 0.347 0.293 0.189 168 P 0.099 0.005 0.054 0.423 0.238 0.182 169 V 0.120 0.011 0.067 0.388 0.241 0.174 170 D 0.135 0.010 0.078 0.383 0.276 0.119 171 L 0.067 0.004 0.040 0.543 0.196 0.150 172 G 0.069 0.006 0.014 0.150 0.230 0.531 173 I 0.152 0.014 0.010 0.121 0.219 0.484 174 A 0.252 0.009 0.020 0.115 0.146 0.458 175 L 0.606 0.007 0.057 0.135 0.081 0.115 176 S 0.807 0.003 0.037 0.085 0.030 0.039 177 H 0.882 0.002 0.015 0.066 0.015 0.020 178 A 0.907 0.002 0.004 0.058 0.011 0.018 179 Y 0.889 0.003 0.003 0.058 0.015 0.032 180 L 0.639 0.006 0.010 0.116 0.088 0.141 181 T 0.202 0.009 0.024 0.132 0.314 0.320 182 A 0.067 0.007 0.049 0.167 0.478 0.231 183 R 0.021 0.004 0.074 0.357 0.379 0.165 184 E 0.024 0.004 0.091 0.524 0.267 0.090 185 I 0.029 0.004 0.088 0.621 0.186 0.071 186 F 0.049 0.004 0.062 0.641 0.148 0.096 187 K 0.094 0.008 0.067 0.642 0.125 0.066 188 R 0.134 0.006 0.048 0.585 0.129 0.097 189 E 0.144 0.006 0.037 0.570 0.122 0.122 190 P 0.141 0.011 0.035 0.458 0.155 0.200 191 V 0.157 0.006 0.057 0.411 0.189 0.179 192 I 0.206 0.008 0.080 0.346 0.181 0.180 193 Q 0.274 0.011 0.052 0.217 0.201 0.246 194 K 0.458 0.019 0.031 0.107 0.175 0.211 195 R 0.324 0.024 0.015 0.076 0.200 0.361 196 G 0.207 0.025 0.020 0.061 0.392 0.293 197 E 0.059 0.004 0.122 0.216 0.493 0.106 198 D 0.081 0.007 0.152 0.204 0.455 0.101 199 T 0.183 0.011 0.153 0.237 0.348 0.067 200 Y 0.351 0.010 0.061 0.230 0.190 0.158 201 C 0.619 0.018 0.034 0.127 0.096 0.107 202 L 0.682 0.007 0.030 0.106 0.080 0.095 203 I 0.589 0.015 0.023 0.119 0.081 0.173 204 L 0.253 0.020 0.018 0.099 0.117 0.492 205 N 0.072 0.006 0.007 0.033 0.113 0.770 206 P 0.002 0.002 0.002 0.005 0.041 0.948