# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.322 0.153 0.157 0.127 0.070 0.052 0.055 0.029 0.019 0.010 0.005 2 N 0.140 0.227 0.121 0.244 0.138 0.070 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 3 I 0.019 0.032 0.043 0.055 0.056 0.076 0.165 0.169 0.178 0.134 0.073 4 F 0.068 0.047 0.102 0.170 0.193 0.181 0.160 0.046 0.023 0.008 0.003 5 E 0.052 0.084 0.614 0.188 0.044 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.009 0.014 0.065 0.063 0.073 0.173 0.334 0.145 0.075 0.036 0.012 7 I 0.006 0.006 0.167 0.038 0.035 0.059 0.191 0.168 0.160 0.116 0.054 8 E 0.007 0.026 0.610 0.169 0.096 0.049 0.031 0.009 0.003 0.001 0.001 9 N 0.023 0.063 0.489 0.244 0.113 0.046 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 10 R 0.013 0.027 0.106 0.049 0.062 0.091 0.229 0.152 0.137 0.090 0.044 11 H 0.034 0.061 0.304 0.160 0.138 0.116 0.124 0.035 0.018 0.007 0.003 12 S 0.035 0.069 0.365 0.120 0.113 0.078 0.100 0.051 0.034 0.023 0.012 13 V 0.021 0.070 0.159 0.191 0.168 0.120 0.128 0.063 0.043 0.025 0.012 14 R 0.086 0.062 0.116 0.089 0.113 0.118 0.190 0.098 0.077 0.036 0.016 15 D 0.099 0.131 0.266 0.259 0.142 0.059 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 16 F 0.004 0.010 0.028 0.030 0.054 0.089 0.211 0.179 0.184 0.139 0.072 17 L 0.051 0.110 0.106 0.163 0.185 0.131 0.146 0.054 0.031 0.014 0.009 18 E 0.354 0.206 0.209 0.133 0.060 0.022 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 19 R 0.203 0.138 0.098 0.191 0.146 0.098 0.085 0.024 0.010 0.005 0.002 20 K 0.564 0.237 0.083 0.069 0.028 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 21 M 0.001 0.005 0.002 0.006 0.020 0.052 0.154 0.148 0.202 0.211 0.199 22 P 0.062 0.431 0.165 0.162 0.096 0.046 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 23 E 0.883 0.061 0.027 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.856 0.075 0.037 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.001 0.009 0.007 0.020 0.036 0.168 0.323 0.191 0.129 0.079 0.037 26 K 0.002 0.012 0.034 0.082 0.181 0.327 0.258 0.067 0.025 0.008 0.003 27 D 0.205 0.083 0.688 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.011 0.044 0.127 0.358 0.263 0.137 0.048 0.008 0.002 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.073 0.228 0.323 0.347 30 E 0.002 0.003 0.043 0.176 0.319 0.320 0.113 0.018 0.006 0.002 0.001 31 N 0.006 0.022 0.911 0.047 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.108 0.411 0.218 0.131 0.076 0.033 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.146 0.263 0.316 0.211 34 V 0.001 0.011 0.379 0.214 0.179 0.119 0.055 0.020 0.011 0.006 0.003 35 K 0.008 0.047 0.520 0.160 0.116 0.074 0.046 0.014 0.009 0.004 0.002 36 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.025 0.120 0.155 0.219 0.275 0.190 37 I 0.006 0.010 0.010 0.031 0.047 0.105 0.261 0.198 0.170 0.107 0.054 38 T 0.034 0.091 0.248 0.179 0.158 0.109 0.083 0.044 0.032 0.016 0.006 39 K 0.260 0.157 0.131 0.179 0.097 0.070 0.056 0.022 0.014 0.009 0.004 40 K 0.440 0.165 0.069 0.102 0.056 0.039 0.047 0.028 0.026 0.019 0.010 41 L 0.127 0.044 0.034 0.080 0.074 0.127 0.163 0.120 0.111 0.074 0.046 42 D 0.202 0.233 0.111 0.189 0.103 0.064 0.050 0.023 0.015 0.007 0.004 43 W 0.036 0.032 0.076 0.064 0.062 0.092 0.148 0.134 0.154 0.118 0.083 44 K 0.094 0.117 0.089 0.205 0.158 0.113 0.103 0.052 0.038 0.022 0.010 45 I 0.046 0.032 0.047 0.067 0.074 0.103 0.144 0.132 0.157 0.116 0.082 46 N 0.042 0.056 0.049 0.148 0.141 0.154 0.175 0.100 0.073 0.040 0.021 47 L 0.020 0.019 0.037 0.053 0.062 0.089 0.164 0.158 0.167 0.133 0.097 48 S 0.065 0.082 0.076 0.161 0.147 0.124 0.139 0.087 0.065 0.036 0.018 49 S 0.127 0.153 0.081 0.177 0.147 0.112 0.088 0.049 0.035 0.020 0.011 50 F 0.003 0.007 0.003 0.012 0.019 0.034 0.094 0.144 0.223 0.244 0.215 51 P 0.033 0.046 0.023 0.108 0.166 0.174 0.184 0.106 0.086 0.049 0.025 52 S 0.082 0.066 0.041 0.113 0.108 0.119 0.162 0.106 0.104 0.062 0.037 53 Y 0.007 0.009 0.008 0.047 0.061 0.104 0.191 0.178 0.165 0.135 0.094 54 I 0.004 0.003 0.003 0.008 0.007 0.011 0.046 0.109 0.228 0.316 0.266 55 Y 0.001 0.003 0.015 0.053 0.083 0.139 0.212 0.170 0.154 0.104 0.066 56 A 0.006 0.010 0.111 0.065 0.058 0.084 0.150 0.138 0.177 0.128 0.072 57 K 0.007 0.016 0.021 0.084 0.142 0.201 0.278 0.131 0.072 0.035 0.013 58 A 0.006 0.007 0.011 0.013 0.013 0.026 0.087 0.137 0.245 0.278 0.178 59 E 0.037 0.069 0.070 0.231 0.220 0.158 0.122 0.050 0.028 0.012 0.004 60 K 0.141 0.126 0.252 0.182 0.104 0.072 0.059 0.029 0.020 0.010 0.005 61 H 0.081 0.135 0.067 0.151 0.126 0.128 0.136 0.071 0.051 0.036 0.019 62 F 0.015 0.013 0.008 0.025 0.044 0.097 0.200 0.183 0.177 0.139 0.097 63 D 0.368 0.230 0.118 0.125 0.077 0.038 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 64 E 0.200 0.160 0.144 0.214 0.123 0.072 0.048 0.018 0.011 0.006 0.004 65 L 0.017 0.014 0.011 0.031 0.036 0.053 0.130 0.142 0.192 0.192 0.183 66 V 0.013 0.011 0.020 0.073 0.132 0.211 0.223 0.135 0.099 0.053 0.030 67 E 0.059 0.101 0.361 0.210 0.118 0.078 0.043 0.015 0.009 0.004 0.002 68 Y 0.001 0.004 0.005 0.018 0.033 0.069 0.189 0.206 0.204 0.167 0.104 69 G 0.004 0.004 0.002 0.007 0.013 0.024 0.081 0.142 0.244 0.239 0.240 70 F 0.008 0.005 0.008 0.027 0.055 0.115 0.203 0.136 0.174 0.136 0.132 71 Q 0.002 0.011 0.024 0.073 0.111 0.162 0.252 0.148 0.116 0.066 0.037 72 G 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.020 0.080 0.140 0.221 0.252 0.265 73 E 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.020 0.077 0.126 0.222 0.263 0.272 74 Q 0.001 0.003 0.038 0.062 0.082 0.126 0.229 0.162 0.140 0.096 0.061 75 I 0.001 0.001 0.009 0.007 0.008 0.016 0.081 0.128 0.211 0.264 0.276 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.037 0.070 0.159 0.285 0.438 77 L 0.001 0.001 0.019 0.010 0.009 0.018 0.087 0.149 0.244 0.247 0.215 78 F 0.001 0.001 0.011 0.016 0.029 0.080 0.214 0.190 0.177 0.150 0.131 79 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.009 0.050 0.093 0.207 0.291 0.340 80 T 0.002 0.003 0.007 0.023 0.041 0.079 0.211 0.202 0.218 0.129 0.085 81 A 0.019 0.020 0.053 0.056 0.049 0.080 0.159 0.153 0.167 0.138 0.108 82 Q 0.021 0.029 0.030 0.076 0.100 0.141 0.238 0.155 0.110 0.066 0.033 83 G 0.076 0.052 0.036 0.072 0.061 0.079 0.127 0.127 0.133 0.120 0.116 84 F 0.005 0.006 0.003 0.015 0.026 0.039 0.105 0.160 0.205 0.224 0.213 85 G 0.012 0.015 0.008 0.031 0.043 0.070 0.144 0.162 0.198 0.158 0.158 86 T 0.006 0.006 0.003 0.012 0.015 0.026 0.075 0.134 0.218 0.246 0.258 87 C 0.003 0.004 0.003 0.014 0.020 0.039 0.105 0.140 0.188 0.204 0.279 88 W 0.004 0.006 0.006 0.020 0.026 0.045 0.092 0.139 0.195 0.244 0.223 89 M 0.004 0.008 0.006 0.035 0.061 0.087 0.183 0.179 0.178 0.145 0.114 90 A 0.003 0.004 0.005 0.014 0.017 0.029 0.083 0.124 0.197 0.252 0.272 91 R 0.023 0.034 0.021 0.101 0.133 0.143 0.212 0.127 0.093 0.068 0.044 92 S 0.040 0.052 0.028 0.101 0.095 0.106 0.160 0.132 0.127 0.097 0.061 93 P 0.259 0.134 0.049 0.133 0.108 0.089 0.082 0.049 0.039 0.034 0.024 94 H 0.324 0.181 0.058 0.130 0.071 0.054 0.065 0.037 0.033 0.026 0.022 95 P 0.267 0.103 0.034 0.092 0.078 0.086 0.104 0.071 0.069 0.057 0.039 96 D 0.450 0.251 0.055 0.114 0.054 0.030 0.022 0.010 0.007 0.005 0.003 97 V 0.040 0.053 0.026 0.102 0.109 0.117 0.163 0.125 0.118 0.089 0.058 98 P 0.066 0.100 0.055 0.181 0.198 0.145 0.114 0.062 0.041 0.024 0.014 99 Y 0.004 0.011 0.012 0.067 0.116 0.148 0.235 0.180 0.125 0.071 0.033 100 I 0.001 0.004 0.004 0.024 0.050 0.101 0.203 0.220 0.181 0.132 0.079 101 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.065 0.152 0.234 0.274 0.252 102 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.028 0.110 0.186 0.239 0.234 0.179 103 F 0.001 0.003 0.005 0.015 0.019 0.034 0.127 0.170 0.245 0.225 0.157 104 G 0.006 0.011 0.011 0.054 0.068 0.086 0.169 0.179 0.183 0.154 0.081 105 Y 0.003 0.010 0.005 0.034 0.054 0.075 0.186 0.215 0.203 0.146 0.069 106 P 0.091 0.103 0.063 0.161 0.152 0.121 0.129 0.082 0.055 0.030 0.013 107 R 0.093 0.091 0.037 0.125 0.131 0.129 0.160 0.100 0.069 0.043 0.021 108 T 0.212 0.208 0.055 0.156 0.111 0.075 0.067 0.045 0.037 0.024 0.011 109 R 0.473 0.124 0.056 0.118 0.074 0.052 0.042 0.023 0.019 0.012 0.006 110 N 0.358 0.148 0.060 0.108 0.066 0.056 0.081 0.048 0.039 0.023 0.013 111 F 0.031 0.023 0.024 0.047 0.060 0.097 0.186 0.184 0.170 0.117 0.062 112 T 0.245 0.307 0.128 0.177 0.072 0.030 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 113 R 0.132 0.088 0.145 0.112 0.102 0.094 0.114 0.075 0.073 0.043 0.023 114 K 0.329 0.106 0.072 0.147 0.101 0.081 0.076 0.039 0.028 0.015 0.007 115 R 0.090 0.078 0.050 0.112 0.106 0.104 0.162 0.115 0.099 0.058 0.026 116 R 0.049 0.057 0.049 0.094 0.106 0.129 0.186 0.148 0.103 0.058 0.022 117 P 0.228 0.192 0.095 0.117 0.095 0.081 0.073 0.045 0.033 0.025 0.014 118 I 0.047 0.050 0.027 0.090 0.103 0.112 0.177 0.142 0.128 0.087 0.038 119 T 0.204 0.107 0.067 0.156 0.125 0.095 0.098 0.058 0.050 0.027 0.012 120 S 0.136 0.150 0.156 0.215 0.123 0.075 0.073 0.033 0.023 0.010 0.005 121 F 0.021 0.014 0.015 0.032 0.046 0.082 0.178 0.198 0.180 0.153 0.082 122 L 0.017 0.033 0.043 0.086 0.118 0.156 0.199 0.129 0.105 0.074 0.040 123 E 0.027 0.076 0.166 0.198 0.166 0.119 0.128 0.057 0.038 0.017 0.008 124 N 0.309 0.154 0.196 0.149 0.086 0.050 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 125 D 0.325 0.279 0.106 0.132 0.073 0.040 0.025 0.009 0.006 0.003 0.002 126 L 0.018 0.028 0.019 0.049 0.077 0.123 0.225 0.165 0.145 0.097 0.053 127 E 0.207 0.129 0.162 0.202 0.137 0.073 0.059 0.016 0.009 0.003 0.001 128 E 0.471 0.175 0.231 0.088 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.001 0.004 0.003 0.014 0.024 0.092 0.218 0.211 0.176 0.154 0.102 130 P 0.013 0.060 0.023 0.065 0.137 0.209 0.231 0.118 0.081 0.037 0.024 131 P 0.844 0.075 0.065 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 E 0.024 0.075 0.049 0.233 0.233 0.204 0.147 0.026 0.008 0.002 0.001 133 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.042 0.101 0.233 0.280 0.334 134 V 0.005 0.006 0.025 0.149 0.263 0.356 0.152 0.031 0.010 0.003 0.001 135 K 0.002 0.021 0.482 0.249 0.131 0.074 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 136 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.021 0.145 0.210 0.242 0.225 0.148 137 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.011 0.090 0.142 0.229 0.275 0.240 138 E 0.001 0.007 0.340 0.256 0.210 0.109 0.048 0.016 0.007 0.004 0.002 139 M 0.001 0.007 0.095 0.046 0.069 0.147 0.290 0.147 0.101 0.064 0.032 140 T 0.003 0.002 0.008 0.008 0.007 0.012 0.075 0.148 0.255 0.275 0.206 141 I 0.028 0.036 0.077 0.084 0.104 0.150 0.213 0.128 0.085 0.058 0.036 142 L 0.032 0.073 0.291 0.157 0.135 0.093 0.088 0.052 0.039 0.025 0.016 143 A 0.077 0.052 0.054 0.062 0.055 0.069 0.133 0.118 0.142 0.134 0.105 144 P 0.050 0.046 0.037 0.061 0.068 0.090 0.178 0.129 0.139 0.111 0.091 145 S 0.108 0.086 0.066 0.068 0.062 0.071 0.115 0.099 0.125 0.102 0.099 146 A 0.129 0.047 0.033 0.069 0.063 0.083 0.128 0.105 0.114 0.114 0.116 147 L 0.057 0.053 0.051 0.087 0.091 0.104 0.166 0.117 0.122 0.088 0.063 148 N 0.070 0.043 0.049 0.074 0.050 0.060 0.118 0.114 0.137 0.142 0.143 149 R 0.149 0.109 0.106 0.203 0.139 0.102 0.077 0.042 0.032 0.024 0.016 150 Q 0.011 0.023 0.020 0.066 0.070 0.097 0.208 0.177 0.150 0.112 0.066 151 P 0.045 0.105 0.124 0.285 0.181 0.107 0.064 0.034 0.023 0.017 0.015 152 W 0.002 0.002 0.002 0.009 0.016 0.032 0.158 0.190 0.270 0.204 0.114 153 K 0.011 0.077 0.050 0.432 0.263 0.109 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 154 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.083 0.271 0.340 0.267 155 K 0.004 0.021 0.019 0.281 0.368 0.193 0.085 0.020 0.007 0.001 0.001 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.049 0.121 0.291 0.318 0.204 157 T 0.004 0.019 0.016 0.195 0.281 0.204 0.171 0.071 0.030 0.008 0.002 158 G 0.189 0.463 0.050 0.145 0.068 0.040 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 159 G 0.173 0.144 0.055 0.215 0.151 0.101 0.071 0.042 0.028 0.015 0.005 160 E 0.647 0.218 0.035 0.069 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 161 L 0.143 0.132 0.047 0.153 0.143 0.113 0.131 0.067 0.044 0.019 0.008 162 C 0.034 0.047 0.027 0.079 0.088 0.142 0.197 0.155 0.124 0.070 0.037 163 I 0.025 0.047 0.055 0.128 0.135 0.162 0.189 0.104 0.073 0.049 0.032 164 S 0.062 0.099 0.192 0.168 0.140 0.104 0.099 0.055 0.041 0.025 0.014 165 S 0.124 0.095 0.064 0.177 0.148 0.122 0.126 0.065 0.042 0.024 0.012 166 E 0.387 0.139 0.067 0.117 0.087 0.067 0.060 0.030 0.023 0.014 0.009 167 R 0.052 0.098 0.066 0.172 0.157 0.146 0.143 0.073 0.050 0.028 0.014 168 P 0.197 0.143 0.070 0.136 0.112 0.096 0.091 0.055 0.045 0.032 0.021 169 V 0.039 0.032 0.020 0.055 0.070 0.088 0.161 0.148 0.163 0.123 0.100 170 D 0.081 0.074 0.041 0.092 0.095 0.113 0.158 0.114 0.104 0.074 0.055 171 L 0.049 0.042 0.036 0.111 0.114 0.125 0.163 0.114 0.110 0.079 0.056 172 G 0.127 0.076 0.059 0.113 0.096 0.107 0.126 0.085 0.083 0.069 0.058 173 I 0.018 0.020 0.026 0.050 0.057 0.073 0.146 0.150 0.181 0.160 0.119 174 A 0.020 0.021 0.024 0.051 0.052 0.072 0.156 0.149 0.179 0.160 0.116 175 L 0.009 0.014 0.035 0.057 0.075 0.109 0.169 0.135 0.149 0.129 0.119 176 S 0.022 0.026 0.062 0.079 0.075 0.095 0.176 0.146 0.149 0.105 0.065 177 H 0.010 0.015 0.032 0.068 0.074 0.104 0.180 0.154 0.158 0.124 0.081 178 A 0.005 0.005 0.018 0.012 0.009 0.013 0.052 0.100 0.219 0.291 0.277 179 Y 0.005 0.013 0.035 0.093 0.125 0.157 0.222 0.139 0.113 0.065 0.033 180 L 0.003 0.007 0.027 0.022 0.027 0.041 0.131 0.163 0.235 0.205 0.139 181 T 0.029 0.057 0.070 0.144 0.162 0.161 0.180 0.088 0.058 0.035 0.017 182 A 0.092 0.131 0.074 0.119 0.093 0.094 0.140 0.093 0.082 0.055 0.028 183 R 0.166 0.112 0.103 0.193 0.151 0.111 0.083 0.037 0.027 0.012 0.005 184 E 0.388 0.161 0.147 0.133 0.060 0.041 0.035 0.015 0.011 0.005 0.003 185 I 0.050 0.048 0.072 0.097 0.097 0.124 0.198 0.126 0.100 0.059 0.028 186 F 0.043 0.031 0.053 0.073 0.076 0.113 0.193 0.153 0.127 0.089 0.049 187 K 0.064 0.097 0.257 0.196 0.139 0.094 0.082 0.035 0.020 0.010 0.005 188 R 0.058 0.087 0.203 0.178 0.133 0.119 0.099 0.051 0.037 0.024 0.012 189 E 0.119 0.127 0.065 0.140 0.127 0.111 0.120 0.072 0.062 0.041 0.017 190 P 0.261 0.124 0.092 0.101 0.076 0.078 0.095 0.059 0.057 0.037 0.020 191 V 0.152 0.125 0.096 0.141 0.121 0.094 0.120 0.060 0.050 0.028 0.013 192 I 0.085 0.057 0.054 0.092 0.078 0.092 0.144 0.122 0.129 0.091 0.056 193 Q 0.070 0.085 0.112 0.217 0.169 0.126 0.109 0.055 0.034 0.015 0.007 194 K 0.090 0.096 0.191 0.157 0.119 0.111 0.102 0.059 0.041 0.021 0.012 195 R 0.075 0.100 0.082 0.150 0.141 0.134 0.140 0.083 0.053 0.030 0.011 196 G 0.452 0.194 0.081 0.102 0.057 0.040 0.034 0.017 0.012 0.007 0.004 197 E 0.266 0.161 0.109 0.149 0.100 0.071 0.068 0.032 0.023 0.014 0.008 198 D 0.240 0.173 0.095 0.163 0.109 0.076 0.070 0.032 0.023 0.013 0.007 199 T 0.105 0.108 0.084 0.178 0.160 0.126 0.108 0.057 0.041 0.021 0.011 200 Y 0.064 0.061 0.060 0.111 0.125 0.135 0.185 0.113 0.081 0.044 0.021 201 C 0.027 0.033 0.047 0.107 0.114 0.131 0.171 0.134 0.117 0.079 0.040 202 L 0.023 0.049 0.061 0.125 0.138 0.139 0.179 0.120 0.088 0.055 0.023 203 I 0.049 0.057 0.077 0.108 0.091 0.090 0.147 0.128 0.117 0.087 0.050 204 L 0.033 0.033 0.051 0.071 0.080 0.097 0.161 0.138 0.147 0.120 0.068 205 N 0.081 0.165 0.091 0.191 0.154 0.101 0.090 0.054 0.040 0.023 0.010 206 P 0.188 0.126 0.048 0.107 0.107 0.087 0.102 0.085 0.072 0.050 0.028