# TARGET T0223 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.983 2 N 0.022 0.035 0.003 0.143 0.007 0.026 0.763 3 I 0.001 0.001 0.017 0.917 0.018 0.019 0.027 4 F 0.001 0.001 0.015 0.945 0.008 0.012 0.017 5 E 0.001 0.001 0.019 0.946 0.007 0.013 0.013 6 A 0.002 0.001 0.013 0.951 0.006 0.020 0.008 7 I 0.004 0.002 0.009 0.931 0.009 0.031 0.014 8 E 0.006 0.002 0.009 0.860 0.015 0.089 0.019 9 N 0.009 0.002 0.010 0.710 0.042 0.170 0.057 10 R 0.022 0.016 0.020 0.523 0.078 0.139 0.201 11 H 0.054 0.016 0.053 0.433 0.098 0.125 0.221 12 S 0.063 0.012 0.084 0.422 0.085 0.115 0.219 13 V 0.080 0.014 0.094 0.460 0.080 0.094 0.177 14 R 0.147 0.013 0.100 0.401 0.071 0.114 0.154 15 D 0.134 0.023 0.075 0.336 0.088 0.168 0.176 16 F 0.099 0.015 0.060 0.242 0.131 0.141 0.312 17 L 0.095 0.013 0.059 0.205 0.156 0.207 0.266 18 E 0.043 0.010 0.035 0.081 0.287 0.282 0.262 19 R 0.045 0.011 0.016 0.052 0.484 0.073 0.320 20 K 0.066 0.027 0.014 0.024 0.206 0.063 0.600 21 M 0.033 0.037 0.011 0.022 0.142 0.020 0.735 22 P 0.008 0.003 0.003 0.018 0.048 0.009 0.912 23 E 0.001 0.001 0.086 0.807 0.025 0.059 0.021 24 R 0.001 0.001 0.042 0.889 0.021 0.029 0.018 25 V 0.001 0.001 0.024 0.925 0.008 0.016 0.025 26 K 0.001 0.001 0.002 0.969 0.005 0.011 0.011 27 D 0.002 0.001 0.002 0.955 0.006 0.025 0.010 28 D 0.001 0.001 0.002 0.963 0.004 0.021 0.008 29 I 0.001 0.001 0.002 0.964 0.010 0.009 0.013 30 E 0.002 0.001 0.003 0.974 0.006 0.009 0.005 31 N 0.001 0.001 0.004 0.964 0.004 0.022 0.005 32 L 0.001 0.001 0.004 0.960 0.004 0.024 0.008 33 L 0.001 0.001 0.012 0.924 0.006 0.045 0.011 34 V 0.002 0.001 0.023 0.783 0.016 0.160 0.015 35 K 0.002 0.002 0.020 0.693 0.031 0.219 0.033 36 F 0.004 0.009 0.011 0.338 0.228 0.086 0.325 37 I 0.005 0.006 0.026 0.189 0.147 0.145 0.483 38 T 0.008 0.007 0.091 0.316 0.140 0.208 0.231 39 K 0.011 0.004 0.111 0.441 0.096 0.195 0.141 40 K 0.024 0.005 0.083 0.444 0.083 0.160 0.202 41 L 0.038 0.012 0.048 0.532 0.088 0.061 0.222 42 D 0.052 0.017 0.045 0.563 0.066 0.064 0.193 43 W 0.052 0.009 0.039 0.628 0.049 0.086 0.138 44 K 0.044 0.007 0.038 0.669 0.042 0.107 0.094 45 I 0.050 0.006 0.047 0.623 0.052 0.131 0.091 46 N 0.048 0.007 0.052 0.619 0.061 0.103 0.110 47 L 0.043 0.014 0.042 0.668 0.057 0.077 0.099 48 S 0.031 0.004 0.029 0.556 0.082 0.197 0.101 49 S 0.028 0.007 0.016 0.347 0.092 0.328 0.182 50 F 0.057 0.014 0.011 0.322 0.099 0.041 0.456 51 P 0.052 0.005 0.044 0.611 0.050 0.092 0.147 52 S 0.087 0.006 0.085 0.657 0.033 0.086 0.047 53 Y 0.178 0.012 0.102 0.589 0.024 0.048 0.049 54 I 0.342 0.009 0.059 0.506 0.014 0.029 0.041 55 Y 0.412 0.004 0.061 0.433 0.017 0.028 0.046 56 A 0.385 0.006 0.079 0.393 0.031 0.057 0.049 57 K 0.284 0.010 0.069 0.404 0.057 0.087 0.089 58 A 0.200 0.021 0.055 0.253 0.112 0.096 0.263 59 E 0.086 0.007 0.074 0.206 0.106 0.297 0.225 60 K 0.048 0.005 0.076 0.116 0.186 0.389 0.181 61 H 0.053 0.014 0.066 0.106 0.267 0.140 0.354 62 F 0.050 0.024 0.063 0.167 0.191 0.153 0.353 63 D 0.049 0.007 0.072 0.260 0.130 0.216 0.265 64 E 0.049 0.004 0.056 0.278 0.118 0.307 0.188 65 L 0.096 0.009 0.031 0.386 0.142 0.106 0.230 66 V 0.141 0.012 0.019 0.559 0.079 0.034 0.156 67 E 0.158 0.018 0.018 0.625 0.029 0.027 0.126 68 Y 0.083 0.006 0.015 0.786 0.021 0.027 0.063 69 G 0.039 0.001 0.006 0.889 0.021 0.013 0.030 70 F 0.018 0.001 0.004 0.946 0.009 0.007 0.015 71 Q 0.009 0.001 0.003 0.967 0.003 0.008 0.009 72 G 0.009 0.001 0.002 0.969 0.003 0.011 0.006 73 E 0.013 0.001 0.002 0.969 0.004 0.007 0.005 74 Q 0.013 0.001 0.002 0.971 0.004 0.005 0.005 75 I 0.005 0.001 0.001 0.983 0.002 0.005 0.003 76 V 0.007 0.001 0.002 0.978 0.002 0.008 0.003 77 L 0.007 0.001 0.003 0.967 0.003 0.016 0.004 78 F 0.004 0.001 0.004 0.957 0.004 0.027 0.004 79 L 0.005 0.001 0.010 0.934 0.013 0.026 0.012 80 T 0.006 0.001 0.028 0.871 0.023 0.054 0.017 81 A 0.016 0.003 0.059 0.637 0.056 0.182 0.048 82 Q 0.007 0.003 0.036 0.241 0.125 0.519 0.068 83 G 0.014 0.010 0.015 0.046 0.159 0.593 0.162 84 F 0.045 0.015 0.024 0.031 0.206 0.108 0.570 85 G 0.172 0.050 0.064 0.041 0.180 0.098 0.396 86 T 0.233 0.037 0.088 0.054 0.131 0.086 0.371 87 C 0.199 0.017 0.108 0.065 0.139 0.141 0.331 88 W 0.219 0.023 0.115 0.107 0.102 0.235 0.198 89 M 0.207 0.033 0.099 0.081 0.123 0.245 0.212 90 A 0.165 0.041 0.082 0.099 0.131 0.210 0.272 91 R 0.187 0.047 0.054 0.055 0.162 0.165 0.329 92 S 0.170 0.041 0.060 0.066 0.160 0.168 0.336 93 P 0.121 0.033 0.050 0.076 0.176 0.223 0.321 94 H 0.054 0.013 0.056 0.070 0.194 0.194 0.419 95 P 0.057 0.010 0.078 0.098 0.214 0.317 0.225 96 D 0.073 0.008 0.092 0.111 0.187 0.354 0.175 97 V 0.196 0.020 0.060 0.104 0.206 0.120 0.294 98 P 0.361 0.036 0.030 0.077 0.090 0.060 0.346 99 Y 0.563 0.015 0.028 0.053 0.071 0.030 0.239 100 I 0.700 0.008 0.028 0.034 0.058 0.023 0.148 101 I 0.833 0.009 0.015 0.024 0.025 0.011 0.083 102 V 0.914 0.005 0.005 0.020 0.007 0.005 0.044 103 F 0.902 0.004 0.004 0.018 0.009 0.008 0.056 104 G 0.804 0.007 0.004 0.018 0.038 0.015 0.114 105 Y 0.551 0.021 0.004 0.018 0.094 0.012 0.300 106 P 0.305 0.023 0.008 0.022 0.080 0.038 0.525 107 R 0.108 0.017 0.027 0.046 0.132 0.227 0.442 108 T 0.044 0.010 0.058 0.064 0.247 0.272 0.305 109 R 0.034 0.006 0.096 0.129 0.292 0.202 0.240 110 N 0.048 0.012 0.098 0.203 0.158 0.249 0.233 111 F 0.061 0.020 0.079 0.218 0.154 0.140 0.329 112 T 0.076 0.020 0.048 0.248 0.160 0.084 0.363 113 R 0.078 0.016 0.056 0.399 0.093 0.102 0.255 114 K 0.068 0.015 0.062 0.431 0.072 0.101 0.251 115 R 0.068 0.015 0.049 0.392 0.093 0.059 0.326 116 R 0.056 0.009 0.062 0.505 0.059 0.073 0.236 117 P 0.036 0.007 0.058 0.543 0.063 0.091 0.202 118 I 0.028 0.009 0.078 0.567 0.048 0.090 0.179 119 T 0.030 0.005 0.081 0.557 0.054 0.154 0.119 120 S 0.031 0.008 0.084 0.546 0.062 0.152 0.116 121 F 0.025 0.013 0.082 0.492 0.116 0.093 0.179 122 L 0.030 0.014 0.063 0.497 0.068 0.103 0.225 123 E 0.019 0.008 0.086 0.540 0.072 0.120 0.154 124 N 0.008 0.004 0.074 0.507 0.094 0.196 0.116 125 D 0.004 0.005 0.085 0.455 0.092 0.178 0.181 126 L 0.003 0.006 0.174 0.484 0.074 0.140 0.119 127 E 0.003 0.001 0.135 0.501 0.072 0.224 0.064 128 E 0.001 0.003 0.138 0.486 0.056 0.250 0.065 129 L 0.004 0.009 0.017 0.402 0.320 0.047 0.202 130 P 0.004 0.007 0.006 0.246 0.067 0.054 0.615 131 P 0.001 0.001 0.018 0.900 0.010 0.059 0.011 132 E 0.001 0.001 0.008 0.936 0.006 0.039 0.009 133 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.003 0.005 0.005 134 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 135 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 136 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 137 V 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 138 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.009 0.001 139 M 0.001 0.001 0.004 0.975 0.003 0.014 0.003 140 T 0.001 0.001 0.024 0.934 0.005 0.030 0.006 141 I 0.003 0.001 0.042 0.778 0.015 0.154 0.008 142 L 0.002 0.001 0.036 0.636 0.039 0.254 0.031 143 A 0.005 0.013 0.017 0.154 0.373 0.104 0.336 144 P 0.007 0.012 0.047 0.064 0.213 0.169 0.489 145 S 0.014 0.016 0.157 0.057 0.162 0.203 0.391 146 A 0.024 0.023 0.260 0.047 0.160 0.160 0.325 147 L 0.032 0.018 0.241 0.036 0.148 0.182 0.344 148 N 0.034 0.022 0.120 0.023 0.206 0.180 0.415 149 R 0.020 0.051 0.045 0.008 0.396 0.131 0.350 150 Q 0.018 0.017 0.005 0.001 0.452 0.023 0.484 151 P 0.031 0.002 0.004 0.001 0.283 0.070 0.610 152 W 0.472 0.013 0.006 0.001 0.237 0.056 0.215 153 K 0.943 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 154 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 155 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 156 Y 0.945 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 157 T 0.798 0.007 0.001 0.001 0.029 0.010 0.156 158 G 0.325 0.014 0.002 0.004 0.201 0.150 0.304 159 G 0.040 0.007 0.020 0.037 0.387 0.319 0.190 160 E 0.019 0.005 0.096 0.375 0.193 0.241 0.072 161 L 0.022 0.007 0.116 0.599 0.057 0.140 0.059 162 C 0.031 0.008 0.108 0.631 0.040 0.110 0.070 163 I 0.042 0.006 0.083 0.612 0.045 0.127 0.086 164 S 0.031 0.004 0.071 0.600 0.059 0.151 0.084 165 S 0.029 0.006 0.088 0.532 0.066 0.154 0.125 166 E 0.029 0.008 0.082 0.489 0.076 0.109 0.207 167 R 0.031 0.005 0.082 0.523 0.051 0.075 0.234 168 P 0.023 0.004 0.088 0.610 0.052 0.101 0.122 169 V 0.021 0.004 0.070 0.646 0.067 0.098 0.092 170 D 0.026 0.012 0.099 0.577 0.059 0.105 0.122 171 L 0.020 0.004 0.082 0.367 0.074 0.370 0.083 172 G 0.018 0.003 0.044 0.145 0.090 0.624 0.076 173 I 0.068 0.018 0.020 0.115 0.291 0.069 0.419 174 A 0.144 0.018 0.025 0.077 0.092 0.058 0.585 175 L 0.422 0.011 0.054 0.120 0.110 0.076 0.207 176 S 0.680 0.006 0.048 0.099 0.049 0.030 0.087 177 H 0.848 0.006 0.017 0.066 0.011 0.011 0.041 178 A 0.899 0.004 0.005 0.047 0.006 0.007 0.033 179 Y 0.841 0.012 0.006 0.043 0.014 0.014 0.070 180 L 0.610 0.010 0.009 0.053 0.070 0.037 0.212 181 T 0.256 0.013 0.016 0.081 0.172 0.100 0.362 182 A 0.063 0.012 0.031 0.160 0.237 0.130 0.367 183 R 0.034 0.010 0.070 0.321 0.167 0.172 0.226 184 E 0.028 0.004 0.070 0.463 0.139 0.173 0.122 185 I 0.028 0.004 0.071 0.587 0.078 0.119 0.113 186 F 0.046 0.008 0.053 0.620 0.058 0.092 0.124 187 K 0.075 0.009 0.054 0.624 0.049 0.082 0.107 188 R 0.103 0.008 0.046 0.590 0.060 0.082 0.111 189 E 0.105 0.009 0.049 0.546 0.069 0.102 0.122 190 P 0.103 0.007 0.054 0.497 0.069 0.123 0.147 191 V 0.099 0.009 0.078 0.471 0.059 0.111 0.172 192 I 0.126 0.009 0.105 0.405 0.075 0.126 0.153 193 Q 0.158 0.009 0.084 0.348 0.086 0.166 0.149 194 K 0.170 0.019 0.062 0.248 0.123 0.135 0.243 195 R 0.146 0.021 0.037 0.168 0.182 0.103 0.343 196 G 0.100 0.011 0.040 0.096 0.186 0.154 0.413 197 E 0.078 0.009 0.081 0.157 0.233 0.232 0.210 198 D 0.130 0.012 0.077 0.113 0.135 0.263 0.269 199 T 0.321 0.011 0.067 0.144 0.135 0.085 0.236 200 Y 0.480 0.011 0.050 0.130 0.078 0.035 0.216 201 C 0.560 0.014 0.033 0.141 0.044 0.029 0.178 202 L 0.696 0.007 0.018 0.114 0.031 0.027 0.107 203 I 0.645 0.018 0.012 0.096 0.047 0.035 0.147 204 L 0.396 0.022 0.005 0.054 0.102 0.046 0.376 205 N 0.084 0.011 0.001 0.012 0.006 0.028 0.859 206 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999