# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.090 0.229 0.135 0.132 0.038 0.073 0.046 0.026 0.018 0.001 2 N 0.694 0.018 0.047 0.044 0.009 0.104 0.057 0.004 0.018 0.004 0.001 3 I 0.978 0.003 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 F 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.965 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.983 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 N 0.411 0.002 0.004 0.572 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 10 R 0.327 0.101 0.272 0.165 0.006 0.052 0.045 0.006 0.026 0.001 0.001 11 H 0.389 0.136 0.144 0.090 0.032 0.029 0.147 0.013 0.016 0.004 0.001 12 S 0.523 0.080 0.185 0.022 0.109 0.011 0.006 0.018 0.003 0.042 0.001 13 V 0.859 0.050 0.017 0.050 0.007 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 R 0.825 0.060 0.045 0.046 0.007 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 15 D 0.806 0.028 0.046 0.067 0.010 0.014 0.019 0.004 0.006 0.001 0.001 16 F 0.643 0.043 0.060 0.208 0.004 0.014 0.013 0.002 0.013 0.001 0.001 17 L 0.479 0.138 0.293 0.039 0.016 0.011 0.010 0.001 0.009 0.003 0.001 18 E 0.553 0.020 0.106 0.242 0.007 0.023 0.030 0.008 0.007 0.002 0.001 19 R 0.084 0.252 0.522 0.032 0.018 0.029 0.015 0.001 0.048 0.001 0.001 20 K 0.167 0.072 0.663 0.021 0.001 0.057 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 21 M 0.056 0.326 0.459 0.008 0.011 0.044 0.004 0.001 0.091 0.001 0.001 22 P 0.098 0.013 0.852 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 23 E 0.964 0.002 0.010 0.017 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 24 R 0.907 0.003 0.012 0.061 0.003 0.002 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 25 V 0.825 0.005 0.013 0.127 0.001 0.014 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 26 K 0.937 0.008 0.017 0.026 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.940 0.003 0.011 0.028 0.005 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 28 D 0.772 0.005 0.008 0.174 0.005 0.015 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 29 I 0.958 0.001 0.001 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.937 0.001 0.004 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.762 0.009 0.034 0.175 0.001 0.004 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 37 I 0.734 0.027 0.092 0.087 0.004 0.026 0.015 0.002 0.012 0.001 0.001 38 T 0.578 0.040 0.086 0.239 0.014 0.017 0.011 0.005 0.005 0.004 0.001 39 K 0.629 0.054 0.116 0.116 0.027 0.009 0.021 0.014 0.008 0.007 0.001 40 K 0.453 0.081 0.167 0.184 0.012 0.046 0.021 0.005 0.028 0.001 0.002 41 L 0.356 0.204 0.275 0.061 0.021 0.034 0.015 0.003 0.027 0.003 0.001 42 D 0.311 0.114 0.238 0.108 0.030 0.096 0.062 0.006 0.029 0.004 0.003 43 W 0.473 0.142 0.173 0.119 0.038 0.020 0.012 0.007 0.012 0.003 0.001 44 K 0.451 0.225 0.122 0.103 0.038 0.019 0.015 0.005 0.019 0.003 0.001 45 I 0.535 0.160 0.163 0.044 0.043 0.017 0.013 0.004 0.016 0.006 0.001 46 N 0.285 0.171 0.252 0.103 0.030 0.087 0.027 0.003 0.038 0.001 0.002 47 L 0.459 0.150 0.121 0.181 0.011 0.039 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 48 S 0.416 0.175 0.189 0.104 0.070 0.014 0.008 0.003 0.008 0.012 0.001 49 S 0.203 0.026 0.056 0.453 0.011 0.084 0.115 0.010 0.038 0.003 0.001 50 F 0.084 0.252 0.373 0.013 0.023 0.032 0.014 0.001 0.206 0.001 0.001 51 P 0.602 0.006 0.331 0.020 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 52 S 0.570 0.105 0.119 0.090 0.040 0.016 0.027 0.019 0.009 0.003 0.001 53 Y 0.415 0.272 0.130 0.059 0.063 0.024 0.010 0.004 0.020 0.002 0.001 54 I 0.526 0.236 0.113 0.059 0.013 0.032 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 55 Y 0.487 0.234 0.116 0.066 0.035 0.034 0.007 0.001 0.018 0.002 0.001 56 A 0.620 0.112 0.112 0.068 0.041 0.020 0.010 0.004 0.010 0.003 0.001 57 K 0.686 0.082 0.087 0.075 0.020 0.016 0.013 0.003 0.016 0.002 0.001 58 A 0.735 0.039 0.086 0.076 0.011 0.019 0.013 0.004 0.009 0.007 0.001 59 E 0.803 0.034 0.078 0.038 0.012 0.012 0.009 0.002 0.006 0.005 0.001 60 K 0.822 0.011 0.035 0.085 0.010 0.008 0.016 0.007 0.002 0.002 0.001 61 H 0.564 0.027 0.046 0.275 0.011 0.025 0.026 0.005 0.018 0.002 0.001 62 F 0.610 0.041 0.053 0.224 0.005 0.030 0.019 0.003 0.013 0.001 0.001 63 D 0.839 0.020 0.034 0.053 0.005 0.012 0.027 0.004 0.004 0.002 0.001 64 E 0.814 0.012 0.031 0.099 0.008 0.010 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 65 L 0.909 0.007 0.011 0.061 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 66 V 0.900 0.028 0.025 0.034 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 67 E 0.894 0.011 0.016 0.058 0.003 0.006 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 68 Y 0.609 0.043 0.038 0.281 0.012 0.004 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 69 G 0.697 0.016 0.033 0.038 0.030 0.005 0.044 0.066 0.005 0.066 0.001 70 F 0.747 0.044 0.058 0.085 0.013 0.030 0.005 0.002 0.010 0.004 0.001 71 Q 0.758 0.046 0.060 0.078 0.013 0.021 0.008 0.003 0.010 0.003 0.001 72 G 0.946 0.003 0.007 0.025 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 73 E 0.963 0.006 0.007 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.957 0.006 0.006 0.022 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.952 0.016 0.007 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.962 0.017 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.960 0.011 0.007 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 F 0.883 0.022 0.017 0.056 0.004 0.007 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 79 L 0.833 0.023 0.035 0.085 0.003 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 80 T 0.654 0.057 0.082 0.150 0.026 0.012 0.006 0.004 0.005 0.004 0.001 81 A 0.711 0.051 0.066 0.099 0.027 0.013 0.017 0.005 0.006 0.005 0.001 82 Q 0.216 0.035 0.079 0.607 0.013 0.009 0.028 0.003 0.009 0.001 0.001 83 G 0.047 0.006 0.027 0.016 0.053 0.003 0.122 0.501 0.003 0.222 0.001 84 F 0.173 0.178 0.213 0.324 0.030 0.038 0.015 0.002 0.021 0.002 0.002 85 G 0.068 0.050 0.116 0.048 0.205 0.007 0.065 0.206 0.004 0.230 0.001 86 T 0.159 0.319 0.221 0.100 0.126 0.033 0.010 0.006 0.017 0.007 0.001 87 C 0.159 0.343 0.186 0.091 0.083 0.046 0.024 0.004 0.059 0.005 0.001 88 W 0.204 0.282 0.296 0.063 0.069 0.047 0.010 0.005 0.017 0.004 0.003 89 M 0.153 0.387 0.195 0.120 0.038 0.044 0.011 0.002 0.049 0.001 0.001 90 A 0.149 0.213 0.262 0.075 0.174 0.021 0.038 0.022 0.013 0.030 0.002 91 R 0.157 0.176 0.223 0.207 0.046 0.072 0.046 0.010 0.056 0.005 0.003 92 S 0.036 0.329 0.447 0.005 0.073 0.016 0.016 0.002 0.068 0.006 0.001 93 P 0.174 0.018 0.593 0.038 0.001 0.061 0.001 0.001 0.003 0.001 0.110 94 H 0.021 0.207 0.391 0.007 0.025 0.047 0.011 0.001 0.289 0.001 0.001 95 P 0.560 0.006 0.339 0.037 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.002 0.025 96 D 0.139 0.027 0.077 0.623 0.005 0.039 0.048 0.016 0.024 0.001 0.001 97 V 0.014 0.310 0.531 0.003 0.015 0.021 0.007 0.001 0.099 0.001 0.001 98 P 0.077 0.010 0.834 0.009 0.001 0.055 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 99 Y 0.043 0.395 0.265 0.054 0.141 0.029 0.025 0.012 0.033 0.003 0.001 100 I 0.056 0.473 0.311 0.021 0.050 0.043 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 101 I 0.034 0.316 0.510 0.015 0.015 0.085 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 102 V 0.084 0.580 0.127 0.081 0.040 0.048 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 103 F 0.058 0.471 0.163 0.066 0.173 0.021 0.012 0.005 0.024 0.006 0.001 104 G 0.068 0.191 0.168 0.057 0.258 0.024 0.041 0.085 0.017 0.090 0.001 105 Y 0.046 0.453 0.206 0.019 0.057 0.037 0.013 0.001 0.165 0.002 0.001 106 P 0.190 0.033 0.595 0.044 0.007 0.070 0.007 0.003 0.008 0.004 0.039 107 R 0.252 0.178 0.324 0.106 0.056 0.033 0.013 0.009 0.014 0.014 0.002 108 T 0.180 0.112 0.274 0.179 0.043 0.074 0.066 0.018 0.041 0.008 0.004 109 R 0.390 0.149 0.209 0.107 0.046 0.018 0.040 0.016 0.019 0.007 0.001 110 N 0.373 0.105 0.206 0.174 0.018 0.040 0.051 0.010 0.020 0.003 0.001 111 F 0.298 0.174 0.245 0.141 0.052 0.030 0.025 0.011 0.017 0.006 0.001 112 T 0.235 0.311 0.275 0.064 0.043 0.023 0.013 0.003 0.029 0.003 0.001 113 R 0.325 0.127 0.419 0.034 0.022 0.030 0.012 0.003 0.022 0.004 0.002 114 K 0.415 0.131 0.296 0.091 0.017 0.023 0.013 0.002 0.009 0.002 0.002 115 R 0.261 0.153 0.291 0.151 0.030 0.043 0.031 0.006 0.028 0.004 0.002 116 R 0.053 0.345 0.451 0.003 0.029 0.020 0.009 0.001 0.088 0.001 0.001 117 P 0.095 0.011 0.805 0.004 0.001 0.065 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 118 I 0.668 0.081 0.114 0.079 0.012 0.025 0.007 0.004 0.009 0.001 0.001 119 T 0.810 0.057 0.049 0.051 0.017 0.005 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 120 S 0.709 0.034 0.066 0.094 0.050 0.005 0.011 0.014 0.006 0.010 0.001 121 F 0.622 0.046 0.137 0.090 0.027 0.024 0.018 0.007 0.021 0.006 0.002 122 L 0.748 0.052 0.081 0.059 0.007 0.028 0.011 0.002 0.009 0.002 0.002 123 E 0.757 0.050 0.094 0.063 0.008 0.013 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 124 N 0.509 0.059 0.135 0.152 0.045 0.024 0.038 0.018 0.015 0.005 0.001 125 D 0.695 0.020 0.059 0.102 0.008 0.030 0.064 0.004 0.015 0.002 0.001 126 L 0.827 0.010 0.016 0.125 0.002 0.006 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 127 E 0.894 0.011 0.021 0.064 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.389 0.016 0.051 0.501 0.004 0.010 0.019 0.004 0.007 0.001 0.001 129 L 0.041 0.189 0.660 0.007 0.009 0.015 0.005 0.001 0.073 0.001 0.001 130 P 0.110 0.002 0.869 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 131 P 0.994 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 E 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 M 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 T 0.975 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.955 0.002 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.484 0.007 0.038 0.459 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 143 A 0.157 0.051 0.466 0.008 0.018 0.020 0.093 0.010 0.166 0.011 0.001 144 P 0.202 0.005 0.749 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 145 S 0.307 0.057 0.463 0.075 0.045 0.023 0.006 0.012 0.005 0.007 0.001 146 A 0.774 0.030 0.052 0.082 0.019 0.009 0.008 0.011 0.007 0.007 0.001 147 L 0.586 0.035 0.045 0.304 0.006 0.008 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 148 N 0.154 0.044 0.073 0.430 0.019 0.064 0.182 0.011 0.021 0.002 0.001 149 R 0.111 0.097 0.126 0.323 0.026 0.048 0.215 0.020 0.030 0.003 0.001 150 Q 0.014 0.425 0.408 0.002 0.048 0.012 0.009 0.001 0.080 0.001 0.001 151 P 0.038 0.021 0.841 0.007 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 152 W 0.014 0.551 0.232 0.024 0.143 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 153 K 0.003 0.825 0.088 0.003 0.049 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 154 I 0.001 0.857 0.107 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 155 K 0.001 0.924 0.044 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 156 Y 0.002 0.677 0.249 0.001 0.009 0.048 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 157 T 0.019 0.722 0.077 0.034 0.032 0.028 0.003 0.001 0.085 0.001 0.001 158 G 0.013 0.036 0.109 0.018 0.222 0.004 0.130 0.034 0.005 0.429 0.001 159 G 0.061 0.033 0.181 0.047 0.158 0.008 0.074 0.262 0.004 0.167 0.006 160 E 0.356 0.212 0.317 0.047 0.022 0.020 0.008 0.002 0.013 0.002 0.001 161 L 0.274 0.150 0.478 0.024 0.005 0.048 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 162 C 0.377 0.293 0.125 0.116 0.037 0.029 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 163 I 0.247 0.293 0.264 0.063 0.069 0.024 0.014 0.003 0.020 0.002 0.001 164 S 0.184 0.339 0.224 0.087 0.105 0.019 0.010 0.006 0.021 0.005 0.001 165 S 0.323 0.196 0.183 0.119 0.092 0.013 0.032 0.014 0.008 0.021 0.001 166 E 0.261 0.150 0.161 0.228 0.047 0.033 0.063 0.021 0.025 0.009 0.001 167 R 0.037 0.366 0.362 0.002 0.038 0.015 0.011 0.001 0.167 0.001 0.001 168 P 0.171 0.006 0.675 0.005 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 169 V 0.295 0.328 0.200 0.072 0.045 0.029 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 170 D 0.263 0.241 0.237 0.060 0.024 0.098 0.020 0.002 0.050 0.003 0.001 171 L 0.410 0.134 0.201 0.178 0.021 0.020 0.017 0.002 0.013 0.002 0.001 172 G 0.236 0.019 0.054 0.067 0.063 0.007 0.119 0.367 0.004 0.063 0.001 173 I 0.210 0.312 0.313 0.030 0.049 0.026 0.007 0.001 0.049 0.002 0.001 174 A 0.236 0.067 0.606 0.014 0.004 0.056 0.003 0.001 0.005 0.001 0.008 175 L 0.535 0.202 0.120 0.083 0.025 0.021 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 176 S 0.260 0.437 0.096 0.059 0.124 0.010 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 177 H 0.113 0.630 0.072 0.036 0.100 0.019 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 178 A 0.073 0.724 0.080 0.011 0.079 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 179 Y 0.075 0.708 0.100 0.018 0.027 0.037 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 180 L 0.148 0.409 0.231 0.047 0.027 0.076 0.005 0.001 0.055 0.001 0.001 181 T 0.257 0.204 0.208 0.100 0.100 0.053 0.024 0.005 0.034 0.013 0.001 182 A 0.492 0.086 0.194 0.062 0.060 0.041 0.032 0.005 0.016 0.009 0.002 183 R 0.815 0.022 0.043 0.091 0.006 0.008 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 184 E 0.804 0.030 0.041 0.071 0.014 0.007 0.017 0.006 0.006 0.003 0.001 185 I 0.838 0.023 0.041 0.067 0.007 0.006 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 186 F 0.701 0.057 0.063 0.111 0.019 0.010 0.024 0.005 0.007 0.002 0.001 187 K 0.702 0.064 0.109 0.084 0.008 0.015 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 188 R 0.414 0.151 0.133 0.213 0.023 0.020 0.022 0.008 0.014 0.002 0.001 189 E 0.103 0.282 0.367 0.004 0.020 0.014 0.020 0.001 0.187 0.002 0.001 190 P 0.387 0.009 0.538 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 191 V 0.487 0.291 0.097 0.064 0.027 0.018 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 192 I 0.354 0.331 0.197 0.040 0.034 0.026 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 193 Q 0.501 0.237 0.116 0.063 0.034 0.024 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 194 K 0.354 0.298 0.180 0.071 0.027 0.037 0.010 0.002 0.020 0.001 0.001 195 R 0.177 0.205 0.258 0.234 0.039 0.013 0.032 0.002 0.037 0.003 0.001 196 G 0.041 0.009 0.058 0.018 0.060 0.005 0.097 0.528 0.003 0.182 0.001 197 E 0.229 0.225 0.343 0.081 0.070 0.018 0.008 0.004 0.010 0.011 0.001 198 D 0.226 0.110 0.294 0.204 0.045 0.065 0.029 0.006 0.016 0.004 0.002 199 T 0.198 0.481 0.128 0.079 0.087 0.011 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 200 Y 0.093 0.574 0.125 0.056 0.110 0.012 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 201 C 0.046 0.561 0.270 0.016 0.046 0.032 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 202 L 0.024 0.681 0.203 0.005 0.038 0.027 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 203 I 0.038 0.626 0.244 0.010 0.013 0.034 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 204 L 0.047 0.377 0.474 0.021 0.018 0.045 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 205 N 0.007 0.219 0.377 0.002 0.021 0.055 0.014 0.001 0.303 0.001 0.001 206 P 0.567 0.007 0.357 0.024 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.003 0.023