# TARGET T0223 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.158 0.105 0.068 0.096 0.053 0.031 0.211 0.092 0.097 0.046 2 N 0.083 0.180 0.062 0.005 0.141 0.002 0.007 0.381 0.069 0.036 0.035 3 I 0.003 0.015 0.010 0.001 0.004 0.001 0.002 0.762 0.172 0.028 0.002 4 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.908 0.080 0.002 0.001 5 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.935 0.050 0.002 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.904 0.078 0.008 0.001 7 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.830 0.141 0.015 0.001 8 E 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.009 0.042 0.785 0.134 0.015 0.001 9 N 0.005 0.008 0.004 0.003 0.009 0.006 0.052 0.582 0.111 0.209 0.011 10 R 0.061 0.093 0.037 0.007 0.118 0.013 0.045 0.391 0.120 0.079 0.035 11 H 0.053 0.065 0.019 0.016 0.083 0.030 0.063 0.341 0.146 0.117 0.067 12 S 0.094 0.165 0.061 0.017 0.208 0.012 0.023 0.243 0.069 0.079 0.029 13 V 0.085 0.032 0.006 0.004 0.109 0.005 0.019 0.343 0.212 0.143 0.040 14 R 0.051 0.134 0.024 0.016 0.151 0.022 0.055 0.342 0.157 0.034 0.014 15 D 0.065 0.096 0.032 0.011 0.146 0.014 0.096 0.325 0.089 0.096 0.030 16 F 0.081 0.076 0.046 0.022 0.132 0.053 0.097 0.157 0.071 0.203 0.062 17 L 0.085 0.212 0.070 0.038 0.201 0.019 0.032 0.147 0.087 0.071 0.038 18 E 0.060 0.074 0.036 0.022 0.094 0.024 0.035 0.106 0.149 0.350 0.049 19 R 0.019 0.389 0.346 0.011 0.124 0.002 0.007 0.042 0.030 0.021 0.009 20 K 0.067 0.446 0.248 0.003 0.137 0.002 0.007 0.027 0.016 0.025 0.022 21 M 0.027 0.521 0.258 0.007 0.141 0.004 0.008 0.016 0.004 0.006 0.007 22 P 0.020 0.660 0.188 0.004 0.100 0.002 0.001 0.012 0.004 0.004 0.005 23 E 0.003 0.003 0.002 0.002 0.007 0.004 0.003 0.669 0.296 0.010 0.002 24 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.891 0.092 0.007 0.001 25 V 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.832 0.082 0.069 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.067 0.005 0.001 27 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.937 0.050 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.917 0.060 0.014 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.082 0.011 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.893 0.096 0.002 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.894 0.079 0.005 0.001 32 L 0.002 0.003 0.003 0.002 0.004 0.005 0.048 0.790 0.116 0.025 0.001 33 L 0.015 0.014 0.002 0.002 0.017 0.002 0.017 0.505 0.286 0.121 0.018 34 V 0.005 0.027 0.009 0.005 0.013 0.015 0.057 0.552 0.262 0.049 0.005 35 K 0.017 0.036 0.019 0.012 0.033 0.016 0.080 0.304 0.142 0.318 0.024 36 F 0.051 0.270 0.180 0.023 0.141 0.023 0.050 0.112 0.053 0.068 0.029 37 I 0.082 0.235 0.078 0.018 0.143 0.014 0.031 0.161 0.084 0.087 0.067 38 T 0.039 0.123 0.057 0.016 0.130 0.012 0.021 0.249 0.216 0.114 0.024 39 K 0.027 0.045 0.025 0.013 0.056 0.014 0.046 0.403 0.222 0.129 0.022 40 K 0.031 0.061 0.023 0.006 0.059 0.008 0.030 0.442 0.167 0.149 0.023 41 L 0.046 0.108 0.030 0.007 0.089 0.007 0.023 0.440 0.139 0.088 0.023 42 D 0.040 0.101 0.042 0.009 0.097 0.010 0.037 0.493 0.116 0.039 0.015 43 W 0.048 0.055 0.026 0.010 0.072 0.013 0.035 0.530 0.121 0.067 0.024 44 K 0.028 0.084 0.039 0.019 0.070 0.013 0.028 0.472 0.175 0.059 0.012 45 I 0.028 0.036 0.041 0.032 0.042 0.013 0.027 0.442 0.202 0.107 0.029 46 N 0.030 0.043 0.016 0.006 0.056 0.009 0.052 0.559 0.171 0.043 0.015 47 L 0.046 0.062 0.030 0.026 0.066 0.029 0.106 0.373 0.105 0.138 0.020 48 S 0.014 0.408 0.153 0.040 0.100 0.069 0.082 0.080 0.035 0.016 0.004 49 S 0.173 0.024 0.020 0.010 0.055 0.003 0.002 0.019 0.026 0.358 0.311 50 F 0.133 0.230 0.076 0.012 0.247 0.006 0.008 0.080 0.074 0.079 0.055 51 P 0.017 0.052 0.036 0.037 0.038 0.041 0.071 0.501 0.155 0.039 0.011 52 S 0.043 0.063 0.029 0.009 0.073 0.006 0.024 0.500 0.142 0.090 0.021 53 Y 0.062 0.079 0.016 0.007 0.119 0.012 0.025 0.556 0.077 0.033 0.014 54 I 0.101 0.057 0.013 0.005 0.176 0.005 0.011 0.471 0.094 0.035 0.031 55 Y 0.067 0.056 0.018 0.012 0.121 0.014 0.036 0.509 0.117 0.025 0.024 56 A 0.071 0.082 0.022 0.009 0.131 0.011 0.050 0.461 0.101 0.042 0.021 57 K 0.092 0.090 0.040 0.015 0.153 0.017 0.053 0.322 0.093 0.084 0.042 58 A 0.058 0.154 0.161 0.076 0.102 0.026 0.030 0.195 0.076 0.085 0.037 59 E 0.015 0.140 0.069 0.048 0.049 0.092 0.171 0.289 0.091 0.029 0.006 60 K 0.052 0.082 0.056 0.041 0.064 0.043 0.057 0.110 0.090 0.329 0.077 61 H 0.128 0.171 0.086 0.022 0.207 0.016 0.024 0.100 0.072 0.091 0.084 62 F 0.077 0.084 0.038 0.024 0.105 0.021 0.031 0.248 0.167 0.148 0.058 63 D 0.034 0.091 0.050 0.030 0.074 0.030 0.063 0.310 0.167 0.129 0.021 64 E 0.029 0.120 0.061 0.028 0.055 0.021 0.039 0.351 0.132 0.138 0.024 65 L 0.063 0.042 0.017 0.010 0.065 0.013 0.033 0.422 0.187 0.114 0.034 66 V 0.038 0.123 0.048 0.012 0.075 0.023 0.046 0.487 0.110 0.026 0.012 67 E 0.042 0.015 0.007 0.004 0.043 0.006 0.031 0.645 0.111 0.072 0.024 68 Y 0.016 0.053 0.021 0.013 0.024 0.005 0.010 0.673 0.138 0.040 0.008 69 G 0.002 0.008 0.014 0.019 0.006 0.008 0.010 0.844 0.078 0.009 0.002 70 F 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.904 0.069 0.004 0.002 71 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.920 0.059 0.006 0.001 72 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.068 0.004 0.001 73 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.930 0.054 0.002 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.042 0.005 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.063 0.002 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.056 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.037 0.001 0.001 78 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.032 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.056 0.004 0.001 80 T 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.026 0.786 0.174 0.006 0.001 81 A 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.120 0.754 0.102 0.009 0.001 82 Q 0.001 0.614 0.333 0.018 0.012 0.003 0.006 0.007 0.002 0.004 0.001 83 G 0.029 0.022 0.023 0.032 0.013 0.016 0.013 0.026 0.020 0.560 0.246 84 F 0.059 0.245 0.065 0.028 0.127 0.052 0.065 0.156 0.093 0.076 0.033 85 G 0.047 0.149 0.087 0.124 0.132 0.051 0.033 0.089 0.064 0.165 0.059 86 T 0.186 0.193 0.047 0.012 0.292 0.012 0.038 0.088 0.060 0.036 0.036 87 C 0.140 0.150 0.047 0.012 0.417 0.013 0.021 0.087 0.057 0.029 0.028 88 W 0.258 0.069 0.038 0.018 0.306 0.020 0.032 0.091 0.045 0.035 0.088 89 M 0.121 0.108 0.066 0.044 0.193 0.055 0.090 0.118 0.068 0.092 0.045 90 A 0.072 0.199 0.119 0.068 0.163 0.029 0.035 0.090 0.068 0.110 0.046 91 R 0.079 0.161 0.150 0.071 0.163 0.025 0.025 0.074 0.057 0.132 0.063 92 S 0.055 0.197 0.153 0.067 0.112 0.031 0.053 0.153 0.076 0.070 0.033 93 P 0.044 0.133 0.105 0.049 0.076 0.042 0.099 0.229 0.098 0.097 0.026 94 H 0.061 0.157 0.118 0.070 0.109 0.047 0.051 0.119 0.074 0.145 0.048 95 P 0.048 0.168 0.090 0.058 0.099 0.039 0.053 0.158 0.120 0.119 0.048 96 D 0.077 0.088 0.047 0.020 0.101 0.020 0.047 0.143 0.142 0.254 0.063 97 V 0.104 0.276 0.076 0.009 0.238 0.008 0.023 0.111 0.068 0.056 0.030 98 P 0.217 0.091 0.036 0.019 0.183 0.021 0.040 0.108 0.079 0.109 0.098 99 Y 0.077 0.268 0.127 0.069 0.200 0.028 0.029 0.078 0.053 0.043 0.027 100 I 0.161 0.156 0.051 0.014 0.297 0.014 0.029 0.095 0.058 0.070 0.054 101 I 0.241 0.118 0.022 0.008 0.427 0.008 0.011 0.046 0.029 0.045 0.044 102 V 0.244 0.118 0.027 0.014 0.429 0.014 0.017 0.033 0.015 0.028 0.061 103 F 0.177 0.171 0.048 0.025 0.393 0.019 0.021 0.041 0.021 0.034 0.051 104 G 0.173 0.168 0.068 0.016 0.331 0.006 0.009 0.026 0.025 0.098 0.080 105 Y 0.077 0.342 0.177 0.037 0.254 0.013 0.016 0.026 0.012 0.021 0.025 106 P 0.085 0.285 0.231 0.042 0.177 0.013 0.015 0.046 0.021 0.045 0.040 107 R 0.039 0.170 0.123 0.061 0.090 0.065 0.113 0.198 0.078 0.046 0.019 108 T 0.046 0.148 0.154 0.068 0.085 0.033 0.031 0.146 0.084 0.152 0.054 109 R 0.042 0.145 0.087 0.034 0.098 0.027 0.037 0.242 0.143 0.111 0.034 110 N 0.065 0.106 0.068 0.028 0.102 0.023 0.043 0.249 0.110 0.156 0.052 111 F 0.078 0.140 0.061 0.017 0.132 0.010 0.021 0.197 0.122 0.177 0.047 112 T 0.042 0.287 0.175 0.029 0.120 0.015 0.027 0.176 0.066 0.042 0.019 113 R 0.080 0.233 0.126 0.016 0.185 0.009 0.021 0.192 0.068 0.040 0.029 114 K 0.067 0.153 0.103 0.024 0.134 0.024 0.060 0.248 0.089 0.068 0.030 115 R 0.083 0.234 0.146 0.021 0.169 0.013 0.025 0.167 0.062 0.051 0.028 116 R 0.051 0.287 0.117 0.016 0.145 0.014 0.024 0.229 0.068 0.029 0.022 117 P 0.078 0.134 0.064 0.017 0.129 0.019 0.038 0.341 0.096 0.056 0.028 118 I 0.053 0.083 0.038 0.017 0.087 0.017 0.035 0.405 0.158 0.080 0.027 119 T 0.028 0.063 0.039 0.029 0.051 0.025 0.032 0.486 0.169 0.060 0.018 120 S 0.035 0.067 0.053 0.029 0.059 0.020 0.030 0.407 0.145 0.119 0.036 121 F 0.063 0.100 0.061 0.019 0.116 0.012 0.022 0.360 0.129 0.082 0.038 122 L 0.033 0.101 0.050 0.012 0.080 0.010 0.035 0.451 0.152 0.059 0.017 123 E 0.029 0.089 0.029 0.014 0.061 0.022 0.076 0.381 0.154 0.130 0.016 124 N 0.038 0.175 0.095 0.034 0.103 0.037 0.082 0.226 0.080 0.092 0.038 125 D 0.101 0.116 0.052 0.015 0.124 0.015 0.042 0.181 0.094 0.161 0.099 126 L 0.055 0.069 0.016 0.007 0.132 0.010 0.023 0.312 0.285 0.070 0.023 127 E 0.006 0.037 0.018 0.013 0.018 0.025 0.048 0.480 0.294 0.052 0.008 128 E 0.021 0.036 0.021 0.008 0.025 0.006 0.040 0.163 0.127 0.514 0.040 129 L 0.022 0.327 0.336 0.022 0.061 0.005 0.009 0.075 0.034 0.092 0.017 130 P 0.011 0.627 0.154 0.009 0.078 0.004 0.004 0.081 0.020 0.006 0.005 131 P 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.009 0.023 0.797 0.151 0.007 0.001 132 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.847 0.102 0.035 0.002 133 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.892 0.087 0.017 0.001 134 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.042 0.001 0.001 135 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.040 0.005 0.001 136 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.051 0.007 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.913 0.076 0.004 0.001 138 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.894 0.082 0.004 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.810 0.126 0.038 0.001 140 T 0.004 0.010 0.002 0.001 0.009 0.002 0.020 0.640 0.282 0.027 0.003 141 I 0.001 0.007 0.002 0.003 0.004 0.010 0.152 0.589 0.203 0.029 0.001 142 L 0.009 0.012 0.008 0.008 0.013 0.017 0.071 0.179 0.155 0.507 0.021 143 A 0.102 0.193 0.148 0.042 0.169 0.018 0.044 0.107 0.068 0.066 0.043 144 P 0.036 0.238 0.168 0.043 0.102 0.039 0.061 0.149 0.101 0.040 0.022 145 S 0.088 0.090 0.040 0.019 0.181 0.023 0.040 0.131 0.162 0.166 0.060 146 A 0.108 0.070 0.044 0.028 0.132 0.026 0.041 0.116 0.128 0.245 0.061 147 L 0.087 0.104 0.024 0.022 0.144 0.031 0.121 0.113 0.078 0.212 0.064 148 N 0.123 0.095 0.053 0.075 0.225 0.033 0.027 0.062 0.062 0.166 0.079 149 R 0.127 0.104 0.041 0.031 0.248 0.042 0.077 0.084 0.098 0.107 0.042 150 Q 0.082 0.267 0.221 0.036 0.275 0.011 0.022 0.025 0.018 0.025 0.018 151 P 0.187 0.217 0.033 0.004 0.316 0.007 0.032 0.040 0.050 0.046 0.068 152 W 0.190 0.167 0.029 0.005 0.506 0.003 0.003 0.006 0.008 0.029 0.055 153 K 0.246 0.088 0.011 0.007 0.561 0.011 0.014 0.008 0.003 0.015 0.037 154 I 0.223 0.071 0.004 0.001 0.685 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 155 K 0.173 0.099 0.007 0.001 0.703 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 156 Y 0.365 0.065 0.007 0.001 0.472 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.077 157 T 0.133 0.234 0.086 0.040 0.319 0.034 0.036 0.028 0.012 0.031 0.047 158 G 0.054 0.168 0.122 0.166 0.091 0.086 0.062 0.056 0.043 0.106 0.046 159 G 0.057 0.230 0.216 0.072 0.172 0.015 0.011 0.061 0.058 0.066 0.043 160 E 0.025 0.057 0.024 0.009 0.058 0.009 0.021 0.365 0.343 0.071 0.018 161 L 0.036 0.034 0.014 0.005 0.048 0.012 0.053 0.519 0.196 0.065 0.019 162 C 0.025 0.050 0.018 0.009 0.040 0.011 0.030 0.467 0.193 0.136 0.022 163 I 0.029 0.036 0.013 0.008 0.041 0.009 0.032 0.519 0.222 0.072 0.018 164 S 0.029 0.074 0.034 0.015 0.052 0.018 0.046 0.488 0.175 0.055 0.015 165 S 0.029 0.038 0.015 0.010 0.053 0.013 0.093 0.540 0.142 0.052 0.015 166 E 0.057 0.042 0.021 0.016 0.048 0.015 0.038 0.292 0.169 0.249 0.054 167 R 0.051 0.199 0.087 0.018 0.147 0.007 0.016 0.282 0.127 0.047 0.019 168 P 0.048 0.055 0.017 0.007 0.086 0.016 0.051 0.507 0.154 0.042 0.018 169 V 0.060 0.062 0.031 0.018 0.085 0.023 0.102 0.396 0.124 0.069 0.029 170 D 0.116 0.075 0.026 0.018 0.120 0.023 0.046 0.291 0.120 0.121 0.043 171 L 0.015 0.243 0.109 0.049 0.069 0.067 0.112 0.216 0.089 0.025 0.005 172 G 0.070 0.022 0.025 0.022 0.032 0.006 0.008 0.039 0.054 0.566 0.155 173 I 0.048 0.398 0.244 0.031 0.161 0.009 0.013 0.038 0.019 0.024 0.016 174 A 0.117 0.269 0.053 0.011 0.319 0.011 0.021 0.105 0.034 0.029 0.029 175 L 0.263 0.070 0.010 0.009 0.432 0.015 0.021 0.087 0.037 0.021 0.035 176 S 0.175 0.094 0.013 0.018 0.434 0.039 0.041 0.115 0.026 0.020 0.025 177 H 0.297 0.052 0.005 0.002 0.523 0.002 0.006 0.031 0.008 0.018 0.056 178 A 0.247 0.103 0.009 0.003 0.536 0.006 0.008 0.032 0.008 0.010 0.037 179 Y 0.283 0.074 0.016 0.006 0.421 0.007 0.010 0.028 0.011 0.038 0.105 180 L 0.124 0.225 0.089 0.033 0.292 0.026 0.033 0.081 0.032 0.029 0.038 181 T 0.062 0.204 0.114 0.062 0.109 0.038 0.043 0.111 0.069 0.136 0.053 182 A 0.167 0.163 0.086 0.023 0.253 0.014 0.026 0.123 0.054 0.040 0.050 183 R 0.022 0.078 0.048 0.037 0.036 0.044 0.044 0.327 0.215 0.127 0.024 184 E 0.048 0.125 0.071 0.033 0.090 0.023 0.045 0.342 0.116 0.082 0.026 185 I 0.035 0.066 0.029 0.017 0.042 0.014 0.024 0.418 0.176 0.145 0.034 186 F 0.037 0.074 0.037 0.018 0.077 0.021 0.047 0.437 0.141 0.087 0.024 187 K 0.085 0.070 0.024 0.013 0.106 0.014 0.033 0.451 0.127 0.052 0.026 188 R 0.057 0.055 0.028 0.018 0.082 0.024 0.064 0.418 0.126 0.099 0.029 189 E 0.078 0.134 0.056 0.029 0.148 0.018 0.031 0.322 0.094 0.057 0.033 190 P 0.059 0.108 0.063 0.023 0.114 0.022 0.037 0.378 0.103 0.067 0.027 191 V 0.093 0.059 0.025 0.015 0.119 0.022 0.050 0.371 0.125 0.085 0.038 192 I 0.065 0.095 0.038 0.031 0.105 0.029 0.039 0.319 0.150 0.095 0.034 193 Q 0.054 0.137 0.054 0.024 0.126 0.018 0.043 0.331 0.105 0.075 0.032 194 K 0.145 0.074 0.032 0.016 0.151 0.022 0.044 0.214 0.082 0.158 0.061 195 R 0.044 0.257 0.119 0.051 0.137 0.037 0.054 0.180 0.057 0.046 0.019 196 G 0.114 0.144 0.100 0.041 0.132 0.016 0.015 0.144 0.078 0.150 0.068 197 E 0.034 0.132 0.079 0.027 0.077 0.025 0.050 0.350 0.157 0.052 0.017 198 D 0.067 0.095 0.042 0.016 0.116 0.017 0.046 0.337 0.119 0.105 0.041 199 T 0.082 0.091 0.030 0.018 0.124 0.019 0.041 0.289 0.134 0.133 0.039 200 Y 0.120 0.167 0.038 0.015 0.238 0.022 0.033 0.184 0.073 0.075 0.035 201 C 0.206 0.103 0.025 0.015 0.330 0.012 0.021 0.124 0.062 0.049 0.053 202 L 0.176 0.134 0.035 0.013 0.367 0.015 0.032 0.116 0.043 0.031 0.039 203 I 0.193 0.148 0.038 0.009 0.394 0.008 0.019 0.078 0.030 0.034 0.048 204 L 0.127 0.166 0.073 0.032 0.263 0.038 0.052 0.081 0.046 0.071 0.050 205 N 0.082 0.254 0.203 0.053 0.211 0.020 0.022 0.051 0.032 0.040 0.033 206 P 0.074 0.182 0.113 0.033 0.139 0.024 0.039 0.142 0.110 0.099 0.045