# TARGET T0223 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.733 0.196 0.055 0.013 0.002 0.001 0.001 2 N 0.563 0.272 0.107 0.044 0.011 0.002 0.001 3 I 0.256 0.158 0.138 0.189 0.183 0.071 0.005 4 F 0.331 0.276 0.210 0.128 0.046 0.009 0.001 5 E 0.474 0.363 0.120 0.034 0.007 0.001 0.001 6 A 0.212 0.177 0.191 0.214 0.153 0.049 0.004 7 I 0.215 0.126 0.122 0.191 0.216 0.120 0.010 8 E 0.267 0.335 0.234 0.125 0.034 0.006 0.001 9 N 0.388 0.356 0.161 0.067 0.022 0.005 0.001 10 R 0.205 0.193 0.206 0.221 0.127 0.044 0.003 11 H 0.231 0.213 0.231 0.207 0.092 0.025 0.002 12 S 0.300 0.258 0.182 0.140 0.093 0.025 0.002 13 V 0.224 0.184 0.188 0.206 0.151 0.045 0.002 14 R 0.215 0.223 0.213 0.219 0.103 0.025 0.002 15 D 0.298 0.341 0.233 0.095 0.027 0.005 0.001 16 F 0.119 0.118 0.226 0.337 0.176 0.023 0.001 17 L 0.499 0.267 0.142 0.069 0.020 0.003 0.001 18 E 0.831 0.133 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 19 R 0.784 0.165 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 20 K 0.623 0.280 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 21 M 0.102 0.175 0.323 0.304 0.091 0.005 0.001 22 P 0.576 0.317 0.084 0.021 0.002 0.001 0.001 23 E 0.753 0.196 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 24 R 0.662 0.262 0.060 0.014 0.002 0.001 0.001 25 V 0.086 0.255 0.285 0.259 0.103 0.011 0.001 26 K 0.024 0.125 0.308 0.360 0.162 0.021 0.001 27 D 0.270 0.552 0.154 0.021 0.003 0.001 0.001 28 D 0.044 0.330 0.412 0.185 0.028 0.002 0.001 29 I 0.002 0.008 0.027 0.145 0.507 0.302 0.010 30 E 0.008 0.070 0.258 0.400 0.215 0.047 0.002 31 N 0.098 0.569 0.256 0.062 0.012 0.002 0.001 32 L 0.007 0.042 0.189 0.393 0.302 0.065 0.002 33 L 0.006 0.015 0.039 0.155 0.374 0.380 0.031 34 V 0.129 0.315 0.264 0.175 0.080 0.034 0.005 35 K 0.164 0.407 0.260 0.121 0.037 0.010 0.001 36 F 0.018 0.063 0.162 0.326 0.313 0.111 0.007 37 I 0.217 0.345 0.238 0.123 0.057 0.018 0.002 38 T 0.379 0.294 0.168 0.108 0.039 0.010 0.001 39 K 0.353 0.289 0.171 0.116 0.055 0.014 0.002 40 K 0.235 0.254 0.210 0.165 0.100 0.033 0.003 41 L 0.229 0.216 0.201 0.187 0.115 0.046 0.005 42 D 0.266 0.204 0.181 0.175 0.114 0.054 0.007 43 W 0.202 0.183 0.166 0.199 0.153 0.082 0.015 44 K 0.178 0.154 0.168 0.190 0.174 0.111 0.025 45 I 0.199 0.172 0.179 0.188 0.149 0.091 0.023 46 N 0.173 0.151 0.146 0.178 0.182 0.131 0.039 47 L 0.129 0.125 0.144 0.204 0.207 0.147 0.044 48 S 0.099 0.118 0.154 0.209 0.216 0.155 0.048 49 S 0.086 0.134 0.142 0.198 0.203 0.168 0.070 50 F 0.031 0.042 0.061 0.139 0.252 0.304 0.172 51 P 0.050 0.074 0.112 0.179 0.226 0.238 0.121 52 S 0.048 0.073 0.096 0.154 0.207 0.287 0.135 53 Y 0.020 0.031 0.047 0.100 0.188 0.377 0.237 54 I 0.010 0.017 0.031 0.068 0.161 0.443 0.270 55 Y 0.011 0.020 0.041 0.092 0.185 0.434 0.218 56 A 0.023 0.054 0.082 0.154 0.251 0.339 0.098 57 K 0.030 0.093 0.177 0.259 0.247 0.165 0.029 58 A 0.053 0.081 0.124 0.239 0.315 0.171 0.017 59 E 0.252 0.305 0.207 0.143 0.065 0.025 0.003 60 K 0.421 0.277 0.148 0.096 0.041 0.015 0.002 61 H 0.435 0.257 0.145 0.098 0.048 0.015 0.002 62 F 0.278 0.222 0.196 0.162 0.095 0.041 0.005 63 D 0.257 0.186 0.166 0.184 0.138 0.059 0.009 64 E 0.243 0.219 0.189 0.166 0.112 0.058 0.013 65 L 0.104 0.109 0.138 0.215 0.254 0.149 0.031 66 V 0.063 0.138 0.180 0.234 0.220 0.133 0.033 67 E 0.038 0.084 0.128 0.234 0.273 0.191 0.053 68 Y 0.009 0.021 0.042 0.117 0.266 0.398 0.147 69 G 0.006 0.017 0.032 0.099 0.261 0.396 0.189 70 F 0.003 0.009 0.020 0.069 0.175 0.360 0.364 71 Q 0.001 0.002 0.007 0.027 0.085 0.347 0.531 72 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.178 0.795 73 E 0.001 0.003 0.011 0.043 0.108 0.314 0.522 74 Q 0.001 0.002 0.010 0.056 0.202 0.410 0.320 75 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.239 0.728 76 V 0.001 0.001 0.003 0.020 0.087 0.425 0.464 77 L 0.003 0.028 0.073 0.192 0.331 0.299 0.076 78 F 0.001 0.003 0.020 0.137 0.370 0.398 0.071 79 L 0.001 0.003 0.007 0.031 0.191 0.548 0.219 80 T 0.007 0.058 0.171 0.298 0.253 0.168 0.046 81 A 0.060 0.253 0.247 0.229 0.135 0.063 0.014 82 Q 0.011 0.066 0.142 0.245 0.315 0.173 0.048 83 G 0.011 0.039 0.076 0.155 0.253 0.325 0.142 84 F 0.002 0.005 0.015 0.050 0.121 0.364 0.444 85 G 0.001 0.002 0.006 0.027 0.098 0.281 0.586 86 T 0.001 0.002 0.004 0.012 0.042 0.203 0.738 87 C 0.001 0.002 0.004 0.013 0.036 0.169 0.776 88 W 0.001 0.003 0.007 0.020 0.050 0.237 0.683 89 M 0.001 0.003 0.009 0.033 0.106 0.366 0.482 90 A 0.003 0.009 0.019 0.055 0.192 0.450 0.272 91 R 0.006 0.030 0.084 0.175 0.274 0.352 0.077 92 S 0.021 0.099 0.156 0.293 0.283 0.135 0.013 93 P 0.093 0.224 0.257 0.240 0.138 0.043 0.005 94 H 0.369 0.295 0.180 0.103 0.040 0.012 0.001 95 P 0.593 0.254 0.096 0.040 0.012 0.003 0.001 96 D 0.626 0.213 0.095 0.044 0.016 0.005 0.001 97 V 0.241 0.219 0.206 0.187 0.109 0.035 0.005 98 P 0.234 0.261 0.215 0.161 0.091 0.034 0.005 99 Y 0.140 0.186 0.204 0.236 0.159 0.068 0.009 100 I 0.092 0.160 0.223 0.260 0.179 0.077 0.009 101 I 0.035 0.055 0.079 0.167 0.300 0.298 0.066 102 V 0.035 0.075 0.143 0.213 0.241 0.230 0.064 103 F 0.048 0.058 0.087 0.165 0.235 0.315 0.092 104 G 0.050 0.084 0.097 0.158 0.235 0.290 0.086 105 Y 0.048 0.075 0.111 0.179 0.256 0.265 0.065 106 P 0.076 0.140 0.178 0.219 0.203 0.150 0.033 107 R 0.126 0.188 0.196 0.215 0.174 0.088 0.013 108 T 0.282 0.288 0.195 0.136 0.065 0.029 0.004 109 R 0.434 0.257 0.148 0.095 0.045 0.018 0.002 110 N 0.351 0.254 0.174 0.120 0.069 0.029 0.004 111 F 0.214 0.190 0.200 0.214 0.134 0.045 0.004 112 T 0.414 0.270 0.164 0.097 0.040 0.013 0.001 113 R 0.386 0.269 0.161 0.110 0.053 0.019 0.002 114 K 0.273 0.233 0.190 0.167 0.098 0.035 0.004 115 R 0.204 0.210 0.216 0.195 0.120 0.049 0.006 116 R 0.235 0.217 0.201 0.181 0.111 0.047 0.007 117 P 0.220 0.215 0.176 0.167 0.138 0.072 0.012 118 I 0.132 0.152 0.189 0.236 0.187 0.090 0.013 119 T 0.254 0.218 0.183 0.178 0.111 0.050 0.007 120 S 0.220 0.267 0.214 0.153 0.096 0.044 0.005 121 F 0.091 0.125 0.167 0.255 0.249 0.104 0.009 122 L 0.186 0.224 0.245 0.209 0.106 0.029 0.002 123 E 0.373 0.292 0.175 0.109 0.038 0.011 0.001 124 N 0.483 0.279 0.129 0.072 0.029 0.008 0.001 125 D 0.476 0.240 0.140 0.084 0.043 0.015 0.003 126 L 0.215 0.206 0.200 0.197 0.123 0.052 0.006 127 E 0.462 0.257 0.120 0.089 0.048 0.020 0.002 128 E 0.278 0.345 0.195 0.111 0.051 0.017 0.003 129 L 0.055 0.119 0.210 0.317 0.232 0.063 0.005 130 P 0.099 0.252 0.289 0.216 0.111 0.030 0.003 131 P 0.507 0.366 0.092 0.026 0.006 0.001 0.001 132 E 0.054 0.202 0.352 0.269 0.102 0.020 0.001 133 I 0.003 0.014 0.055 0.222 0.451 0.241 0.014 134 V 0.020 0.187 0.320 0.277 0.156 0.037 0.003 135 K 0.045 0.221 0.321 0.267 0.106 0.037 0.003 136 I 0.003 0.009 0.020 0.081 0.332 0.483 0.073 137 V 0.007 0.023 0.076 0.198 0.357 0.297 0.041 138 E 0.048 0.159 0.256 0.313 0.158 0.058 0.008 139 M 0.042 0.061 0.084 0.161 0.274 0.317 0.062 140 T 0.011 0.013 0.018 0.061 0.210 0.481 0.206 141 I 0.057 0.125 0.186 0.253 0.214 0.123 0.042 142 L 0.102 0.140 0.180 0.247 0.208 0.097 0.026 143 A 0.113 0.122 0.112 0.156 0.198 0.216 0.083 144 P 0.198 0.184 0.172 0.200 0.124 0.084 0.038 145 S 0.408 0.287 0.140 0.083 0.049 0.025 0.008 146 A 0.402 0.219 0.125 0.120 0.082 0.039 0.012 147 L 0.391 0.252 0.133 0.116 0.060 0.036 0.013 148 N 0.390 0.176 0.142 0.124 0.102 0.053 0.014 149 R 0.252 0.206 0.156 0.166 0.120 0.079 0.021 150 Q 0.068 0.112 0.152 0.210 0.214 0.177 0.067 151 P 0.029 0.092 0.160 0.280 0.214 0.162 0.063 152 W 0.006 0.014 0.035 0.091 0.280 0.425 0.148 153 K 0.006 0.027 0.082 0.178 0.298 0.288 0.119 154 I 0.002 0.004 0.013 0.041 0.135 0.595 0.210 155 K 0.004 0.020 0.078 0.253 0.340 0.276 0.029 156 Y 0.004 0.012 0.034 0.091 0.304 0.513 0.043 157 T 0.012 0.059 0.132 0.347 0.343 0.104 0.003 158 G 0.213 0.379 0.274 0.107 0.024 0.003 0.001 159 G 0.523 0.335 0.098 0.038 0.006 0.001 0.001 160 E 0.733 0.205 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 161 L 0.526 0.265 0.130 0.059 0.017 0.003 0.001 162 C 0.235 0.262 0.240 0.179 0.072 0.012 0.001 163 I 0.389 0.288 0.181 0.100 0.035 0.007 0.001 164 S 0.385 0.279 0.163 0.111 0.047 0.013 0.001 165 S 0.258 0.261 0.206 0.164 0.084 0.024 0.003 166 E 0.182 0.215 0.204 0.208 0.132 0.051 0.008 167 R 0.256 0.261 0.205 0.162 0.081 0.030 0.004 168 P 0.248 0.232 0.173 0.164 0.117 0.055 0.009 169 V 0.115 0.120 0.143 0.208 0.231 0.148 0.034 170 D 0.094 0.088 0.110 0.184 0.228 0.225 0.071 171 L 0.140 0.160 0.157 0.201 0.181 0.128 0.034 172 G 0.107 0.128 0.144 0.201 0.204 0.161 0.055 173 I 0.048 0.047 0.056 0.103 0.202 0.347 0.196 174 A 0.037 0.051 0.077 0.140 0.212 0.327 0.157 175 L 0.037 0.064 0.107 0.188 0.234 0.266 0.105 176 S 0.026 0.043 0.075 0.154 0.246 0.320 0.136 177 H 0.014 0.022 0.041 0.089 0.197 0.403 0.233 178 A 0.011 0.015 0.027 0.068 0.160 0.420 0.299 179 Y 0.027 0.063 0.104 0.191 0.254 0.275 0.086 180 L 0.032 0.047 0.073 0.142 0.261 0.339 0.106 181 T 0.099 0.152 0.174 0.223 0.188 0.129 0.035 182 A 0.241 0.267 0.203 0.153 0.088 0.041 0.008 183 R 0.279 0.242 0.190 0.157 0.087 0.038 0.007 184 E 0.531 0.262 0.109 0.057 0.026 0.013 0.003 185 I 0.364 0.259 0.180 0.113 0.057 0.023 0.004 186 F 0.204 0.157 0.161 0.201 0.174 0.092 0.011 187 K 0.186 0.184 0.183 0.196 0.154 0.084 0.014 188 R 0.296 0.218 0.164 0.139 0.101 0.067 0.015 189 E 0.211 0.168 0.166 0.182 0.150 0.100 0.022 190 P 0.185 0.124 0.131 0.178 0.187 0.157 0.038 191 V 0.248 0.177 0.147 0.156 0.145 0.103 0.025 192 I 0.294 0.168 0.147 0.155 0.129 0.087 0.019 193 Q 0.341 0.212 0.148 0.138 0.095 0.054 0.012 194 K 0.340 0.214 0.152 0.136 0.097 0.051 0.009 195 R 0.349 0.216 0.150 0.142 0.094 0.041 0.007 196 G 0.476 0.236 0.129 0.092 0.045 0.018 0.003 197 E 0.480 0.227 0.130 0.090 0.049 0.020 0.003 198 D 0.506 0.222 0.123 0.081 0.046 0.020 0.003 199 T 0.318 0.205 0.176 0.152 0.100 0.043 0.006 200 Y 0.323 0.204 0.164 0.153 0.101 0.049 0.006 201 C 0.236 0.170 0.187 0.183 0.145 0.071 0.010 202 L 0.211 0.168 0.164 0.199 0.156 0.091 0.011 203 I 0.196 0.186 0.173 0.189 0.159 0.089 0.008 204 L 0.200 0.106 0.131 0.201 0.202 0.137 0.023 205 N 0.456 0.267 0.143 0.090 0.034 0.009 0.001 206 P 0.557 0.233 0.110 0.060 0.029 0.010 0.001