# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97.3627 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.002 0.001 0.024 0.063 0.907 2 N 0.012 0.011 0.001 0.249 0.039 0.688 3 I 0.002 0.001 0.001 0.974 0.005 0.016 4 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 5 E 0.002 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 6 A 0.002 0.001 0.003 0.990 0.004 0.001 7 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 8 E 0.001 0.001 0.004 0.973 0.011 0.011 9 N 0.001 0.001 0.006 0.902 0.033 0.057 10 R 0.011 0.006 0.007 0.731 0.078 0.168 11 H 0.035 0.008 0.006 0.359 0.107 0.485 12 S 0.113 0.019 0.019 0.356 0.133 0.360 13 V 0.071 0.005 0.066 0.666 0.081 0.111 14 R 0.076 0.002 0.128 0.671 0.056 0.067 15 D 0.071 0.003 0.146 0.662 0.066 0.051 16 F 0.032 0.005 0.070 0.785 0.063 0.046 17 L 0.019 0.003 0.029 0.801 0.071 0.076 18 E 0.034 0.008 0.034 0.326 0.224 0.374 19 R 0.036 0.011 0.019 0.179 0.184 0.570 20 K 0.022 0.017 0.008 0.051 0.087 0.815 21 M 0.007 0.009 0.002 0.018 0.081 0.883 22 P 0.006 0.006 0.010 0.185 0.111 0.681 23 E 0.001 0.001 0.107 0.779 0.065 0.047 24 R 0.003 0.002 0.172 0.694 0.095 0.034 25 V 0.005 0.002 0.137 0.781 0.051 0.024 26 K 0.012 0.004 0.081 0.820 0.044 0.038 27 D 0.012 0.003 0.088 0.734 0.096 0.066 28 D 0.010 0.003 0.091 0.701 0.115 0.080 29 I 0.006 0.005 0.049 0.801 0.117 0.022 30 E 0.004 0.002 0.024 0.775 0.140 0.057 31 N 0.002 0.001 0.017 0.718 0.143 0.120 32 L 0.010 0.005 0.013 0.809 0.111 0.052 33 L 0.030 0.003 0.009 0.835 0.047 0.076 34 V 0.046 0.001 0.015 0.887 0.026 0.025 35 K 0.100 0.001 0.021 0.833 0.024 0.021 36 F 0.159 0.003 0.027 0.739 0.034 0.038 37 I 0.139 0.004 0.035 0.682 0.059 0.080 38 T 0.078 0.005 0.055 0.680 0.087 0.095 39 K 0.060 0.004 0.072 0.602 0.138 0.122 40 K 0.027 0.004 0.077 0.580 0.178 0.134 41 L 0.018 0.006 0.062 0.548 0.196 0.170 42 D 0.019 0.005 0.060 0.504 0.189 0.223 43 W 0.035 0.005 0.092 0.521 0.171 0.176 44 K 0.088 0.010 0.099 0.407 0.180 0.216 45 I 0.139 0.021 0.108 0.402 0.148 0.182 46 N 0.150 0.023 0.079 0.333 0.165 0.249 47 L 0.110 0.016 0.131 0.258 0.365 0.120 48 S 0.072 0.008 0.118 0.190 0.460 0.152 49 S 0.051 0.013 0.074 0.098 0.538 0.227 50 F 0.055 0.009 0.010 0.009 0.544 0.372 51 P 0.095 0.003 0.006 0.004 0.234 0.658 52 S 0.735 0.013 0.004 0.007 0.077 0.164 53 Y 0.968 0.002 0.001 0.004 0.011 0.015 54 I 0.991 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 55 Y 0.987 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 56 A 0.932 0.001 0.001 0.012 0.015 0.040 57 K 0.692 0.004 0.003 0.016 0.091 0.194 58 A 0.170 0.010 0.031 0.024 0.311 0.454 59 E 0.049 0.008 0.144 0.079 0.493 0.226 60 K 0.037 0.009 0.226 0.147 0.424 0.157 61 H 0.034 0.011 0.150 0.208 0.356 0.242 62 F 0.037 0.012 0.095 0.340 0.249 0.266 63 D 0.023 0.004 0.076 0.651 0.107 0.139 64 E 0.036 0.002 0.077 0.766 0.066 0.053 65 L 0.047 0.005 0.033 0.820 0.046 0.049 66 V 0.057 0.005 0.015 0.851 0.029 0.043 67 E 0.036 0.001 0.017 0.893 0.021 0.032 68 Y 0.026 0.001 0.014 0.941 0.008 0.011 69 G 0.010 0.001 0.009 0.971 0.004 0.006 70 F 0.004 0.001 0.012 0.978 0.003 0.003 71 Q 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 72 G 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.003 73 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 80 T 0.001 0.001 0.010 0.985 0.004 0.001 81 A 0.001 0.001 0.023 0.951 0.018 0.007 82 Q 0.001 0.002 0.030 0.807 0.056 0.104 83 G 0.004 0.008 0.021 0.074 0.172 0.721 84 F 0.026 0.008 0.027 0.019 0.412 0.508 85 G 0.182 0.005 0.015 0.004 0.297 0.497 86 T 0.830 0.016 0.007 0.003 0.058 0.087 87 C 0.933 0.006 0.002 0.002 0.019 0.038 88 W 0.925 0.005 0.003 0.003 0.019 0.045 89 M 0.860 0.010 0.004 0.005 0.033 0.088 90 A 0.580 0.014 0.011 0.007 0.117 0.270 91 R 0.344 0.030 0.014 0.006 0.192 0.414 92 S 0.151 0.021 0.014 0.003 0.404 0.406 93 P 0.083 0.015 0.015 0.005 0.512 0.370 94 H 0.025 0.009 0.009 0.002 0.694 0.261 95 P 0.017 0.011 0.024 0.004 0.706 0.238 96 D 0.022 0.007 0.011 0.001 0.427 0.532 97 V 0.106 0.022 0.007 0.001 0.349 0.515 98 P 0.340 0.006 0.002 0.001 0.104 0.548 99 Y 0.945 0.003 0.001 0.001 0.009 0.042 100 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 101 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 103 F 0.740 0.002 0.001 0.001 0.039 0.219 104 G 0.257 0.007 0.005 0.001 0.149 0.582 105 Y 0.122 0.021 0.012 0.002 0.269 0.575 106 P 0.080 0.024 0.029 0.005 0.403 0.459 107 R 0.061 0.025 0.049 0.011 0.468 0.386 108 T 0.050 0.033 0.067 0.022 0.542 0.285 109 R 0.024 0.015 0.088 0.041 0.583 0.250 110 N 0.016 0.014 0.078 0.045 0.516 0.332 111 F 0.026 0.020 0.037 0.020 0.430 0.467 112 T 0.040 0.020 0.022 0.012 0.286 0.621 113 R 0.072 0.030 0.041 0.015 0.293 0.550 114 K 0.121 0.016 0.031 0.011 0.261 0.560 115 R 0.202 0.033 0.025 0.014 0.173 0.553 116 R 0.169 0.030 0.006 0.006 0.130 0.658 117 P 0.141 0.018 0.013 0.011 0.172 0.644 118 I 0.052 0.004 0.365 0.236 0.179 0.165 119 T 0.074 0.002 0.420 0.238 0.167 0.100 120 S 0.142 0.003 0.343 0.306 0.152 0.053 121 F 0.443 0.016 0.044 0.277 0.094 0.126 122 L 0.500 0.029 0.014 0.295 0.056 0.106 123 E 0.446 0.020 0.017 0.305 0.112 0.100 124 N 0.193 0.008 0.041 0.310 0.237 0.210 125 D 0.051 0.008 0.068 0.319 0.355 0.200 126 L 0.038 0.017 0.131 0.247 0.469 0.097 127 E 0.080 0.017 0.130 0.258 0.334 0.181 128 E 0.044 0.020 0.082 0.209 0.391 0.255 129 L 0.018 0.019 0.010 0.072 0.275 0.606 130 P 0.004 0.005 0.001 0.008 0.124 0.858 131 P 0.002 0.001 0.136 0.645 0.133 0.082 132 E 0.003 0.001 0.119 0.766 0.086 0.025 133 I 0.006 0.001 0.118 0.825 0.040 0.010 134 V 0.011 0.002 0.015 0.918 0.022 0.031 135 K 0.020 0.003 0.011 0.914 0.018 0.034 136 I 0.002 0.001 0.006 0.984 0.004 0.003 137 V 0.005 0.001 0.004 0.980 0.006 0.005 138 E 0.004 0.001 0.006 0.977 0.009 0.005 139 M 0.010 0.001 0.008 0.963 0.011 0.008 140 T 0.014 0.001 0.007 0.957 0.013 0.008 141 I 0.027 0.003 0.008 0.890 0.039 0.034 142 L 0.017 0.004 0.006 0.788 0.054 0.131 143 A 0.017 0.009 0.007 0.096 0.182 0.689 144 P 0.009 0.007 0.073 0.119 0.305 0.485 145 S 0.016 0.010 0.151 0.087 0.471 0.266 146 A 0.013 0.009 0.472 0.087 0.346 0.073 147 L 0.022 0.008 0.377 0.114 0.327 0.152 148 N 0.041 0.010 0.155 0.062 0.396 0.337 149 R 0.101 0.014 0.024 0.014 0.318 0.530 150 Q 0.232 0.014 0.006 0.008 0.235 0.506 151 P 0.294 0.009 0.010 0.013 0.245 0.429 152 W 0.732 0.009 0.006 0.013 0.095 0.145 153 K 0.926 0.003 0.001 0.009 0.019 0.042 154 I 0.959 0.002 0.001 0.008 0.008 0.022 155 K 0.938 0.004 0.001 0.007 0.015 0.035 156 Y 0.817 0.006 0.002 0.006 0.140 0.030 157 T 0.326 0.006 0.003 0.005 0.578 0.083 158 G 0.076 0.004 0.009 0.006 0.814 0.092 159 G 0.294 0.018 0.010 0.004 0.550 0.125 160 E 0.593 0.028 0.012 0.008 0.107 0.251 161 L 0.723 0.042 0.015 0.009 0.069 0.142 162 C 0.566 0.033 0.012 0.008 0.122 0.260 163 I 0.318 0.027 0.028 0.014 0.435 0.177 164 S 0.140 0.010 0.026 0.012 0.588 0.224 165 S 0.041 0.008 0.037 0.028 0.615 0.272 166 E 0.055 0.037 0.014 0.025 0.475 0.395 167 R 0.044 0.021 0.007 0.062 0.187 0.678 168 P 0.045 0.031 0.023 0.205 0.206 0.489 169 V 0.048 0.020 0.023 0.442 0.116 0.351 170 D 0.030 0.006 0.021 0.719 0.043 0.181 171 L 0.013 0.001 0.009 0.947 0.010 0.020 172 G 0.025 0.002 0.007 0.937 0.012 0.017 173 I 0.016 0.001 0.008 0.959 0.011 0.005 174 A 0.032 0.001 0.019 0.918 0.023 0.007 175 L 0.012 0.001 0.016 0.951 0.016 0.004 176 S 0.008 0.001 0.011 0.957 0.018 0.006 177 H 0.005 0.001 0.011 0.964 0.012 0.007 178 A 0.009 0.001 0.014 0.951 0.011 0.014 179 Y 0.023 0.002 0.033 0.873 0.025 0.045 180 L 0.043 0.008 0.053 0.748 0.055 0.092 181 T 0.087 0.011 0.054 0.565 0.130 0.153 182 A 0.037 0.005 0.093 0.582 0.140 0.144 183 R 0.026 0.004 0.242 0.496 0.165 0.066 184 E 0.085 0.007 0.251 0.392 0.195 0.070 185 I 0.105 0.011 0.211 0.327 0.182 0.165 186 F 0.192 0.027 0.098 0.226 0.212 0.246 187 K 0.218 0.022 0.047 0.131 0.205 0.377 188 R 0.159 0.020 0.036 0.138 0.222 0.424 189 E 0.115 0.011 0.055 0.106 0.340 0.374 190 P 0.132 0.008 0.115 0.134 0.374 0.238 191 V 0.226 0.017 0.138 0.138 0.297 0.183 192 I 0.434 0.022 0.080 0.098 0.198 0.170 193 Q 0.521 0.018 0.041 0.091 0.128 0.201 194 K 0.529 0.015 0.032 0.044 0.162 0.218 195 R 0.375 0.026 0.036 0.031 0.237 0.296 196 G 0.267 0.026 0.053 0.013 0.487 0.153 197 E 0.205 0.011 0.042 0.006 0.583 0.153 198 D 0.218 0.004 0.019 0.003 0.570 0.186 199 T 0.801 0.004 0.002 0.001 0.118 0.073 200 Y 0.965 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 201 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 202 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 203 I 0.919 0.002 0.001 0.001 0.013 0.065 204 L 0.499 0.013 0.001 0.001 0.049 0.436 205 N 0.134 0.009 0.001 0.002 0.153 0.701 206 P 0.045 0.004 0.014 0.017 0.261 0.659