# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97.3627 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.302 0.126 0.098 0.129 0.087 0.070 0.071 0.047 0.036 0.021 0.012 2 N 0.208 0.279 0.079 0.192 0.116 0.062 0.037 0.014 0.007 0.004 0.002 3 I 0.011 0.037 0.022 0.060 0.064 0.083 0.159 0.177 0.185 0.132 0.070 4 F 0.035 0.026 0.025 0.096 0.171 0.204 0.230 0.104 0.067 0.029 0.012 5 E 0.111 0.134 0.487 0.195 0.050 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.004 0.011 0.025 0.067 0.079 0.167 0.333 0.170 0.089 0.041 0.014 7 I 0.005 0.003 0.024 0.015 0.017 0.035 0.125 0.180 0.232 0.220 0.144 8 E 0.010 0.034 0.390 0.245 0.158 0.088 0.053 0.014 0.005 0.002 0.001 9 N 0.027 0.071 0.427 0.262 0.122 0.057 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 10 R 0.006 0.013 0.024 0.032 0.048 0.091 0.251 0.192 0.162 0.119 0.062 11 H 0.050 0.079 0.171 0.169 0.147 0.134 0.149 0.054 0.030 0.012 0.005 12 S 0.046 0.075 0.258 0.125 0.117 0.091 0.114 0.065 0.050 0.036 0.023 13 V 0.022 0.061 0.104 0.180 0.165 0.137 0.157 0.077 0.052 0.031 0.015 14 R 0.065 0.045 0.063 0.069 0.093 0.115 0.217 0.135 0.115 0.057 0.026 15 D 0.084 0.123 0.235 0.283 0.156 0.068 0.035 0.009 0.004 0.002 0.001 16 F 0.004 0.010 0.028 0.028 0.052 0.089 0.204 0.177 0.185 0.144 0.079 17 L 0.046 0.112 0.123 0.193 0.193 0.123 0.124 0.045 0.024 0.011 0.007 18 E 0.393 0.192 0.204 0.123 0.055 0.019 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 19 R 0.230 0.160 0.116 0.207 0.129 0.076 0.057 0.016 0.006 0.003 0.001 20 K 0.538 0.244 0.079 0.077 0.035 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 21 M 0.003 0.007 0.003 0.009 0.021 0.055 0.147 0.149 0.196 0.210 0.199 22 P 0.082 0.485 0.150 0.138 0.077 0.037 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 23 E 0.836 0.081 0.039 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.738 0.115 0.074 0.048 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.012 0.017 0.033 0.057 0.087 0.195 0.295 0.151 0.091 0.042 0.019 26 K 0.034 0.043 0.102 0.182 0.215 0.197 0.155 0.046 0.017 0.005 0.001 27 D 0.083 0.081 0.756 0.057 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.105 0.140 0.209 0.204 0.147 0.100 0.069 0.016 0.006 0.003 0.001 29 I 0.031 0.039 0.036 0.042 0.054 0.090 0.171 0.143 0.150 0.150 0.094 30 E 0.282 0.213 0.235 0.136 0.072 0.038 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 31 N 0.342 0.142 0.304 0.121 0.048 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 32 L 0.109 0.158 0.117 0.155 0.137 0.113 0.120 0.050 0.022 0.012 0.006 33 L 0.088 0.111 0.094 0.169 0.147 0.121 0.112 0.059 0.047 0.033 0.020 34 V 0.046 0.048 0.078 0.104 0.124 0.155 0.192 0.102 0.080 0.050 0.021 35 K 0.036 0.072 0.138 0.277 0.173 0.103 0.096 0.047 0.031 0.018 0.007 36 F 0.029 0.043 0.056 0.082 0.091 0.113 0.204 0.144 0.119 0.081 0.038 37 I 0.023 0.053 0.111 0.149 0.117 0.117 0.150 0.096 0.088 0.062 0.036 38 T 0.034 0.054 0.129 0.127 0.131 0.124 0.161 0.101 0.079 0.045 0.016 39 K 0.122 0.148 0.208 0.261 0.118 0.062 0.042 0.019 0.012 0.005 0.002 40 K 0.100 0.125 0.145 0.165 0.121 0.097 0.117 0.058 0.044 0.021 0.008 41 L 0.078 0.053 0.063 0.107 0.089 0.119 0.155 0.118 0.108 0.074 0.038 42 D 0.138 0.224 0.161 0.217 0.120 0.065 0.042 0.017 0.010 0.005 0.002 43 W 0.031 0.029 0.047 0.068 0.066 0.094 0.166 0.151 0.168 0.117 0.064 44 K 0.051 0.063 0.074 0.207 0.183 0.147 0.141 0.063 0.042 0.020 0.009 45 I 0.040 0.055 0.100 0.126 0.121 0.143 0.156 0.100 0.089 0.045 0.025 46 N 0.023 0.050 0.066 0.152 0.148 0.170 0.173 0.099 0.068 0.035 0.017 47 L 0.010 0.012 0.024 0.030 0.037 0.059 0.136 0.156 0.205 0.185 0.146 48 S 0.058 0.096 0.128 0.233 0.189 0.120 0.099 0.040 0.023 0.009 0.005 49 S 0.287 0.217 0.123 0.195 0.095 0.045 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 50 F 0.003 0.009 0.005 0.027 0.045 0.079 0.188 0.198 0.202 0.159 0.085 51 P 0.091 0.126 0.047 0.183 0.185 0.147 0.111 0.049 0.033 0.016 0.010 52 S 0.012 0.013 0.011 0.033 0.050 0.079 0.184 0.178 0.195 0.143 0.102 53 Y 0.004 0.009 0.008 0.051 0.078 0.139 0.239 0.183 0.137 0.093 0.059 54 I 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.011 0.051 0.124 0.240 0.299 0.257 55 Y 0.001 0.003 0.005 0.024 0.035 0.060 0.134 0.169 0.211 0.196 0.162 56 A 0.003 0.006 0.017 0.027 0.033 0.057 0.145 0.180 0.241 0.184 0.109 57 K 0.014 0.039 0.034 0.147 0.185 0.178 0.208 0.105 0.057 0.024 0.008 58 A 0.007 0.013 0.012 0.026 0.029 0.045 0.124 0.164 0.220 0.220 0.139 59 E 0.075 0.131 0.080 0.237 0.200 0.117 0.092 0.036 0.020 0.008 0.004 60 K 0.337 0.170 0.124 0.158 0.086 0.052 0.039 0.017 0.010 0.005 0.003 61 H 0.098 0.125 0.050 0.135 0.128 0.135 0.147 0.075 0.051 0.036 0.022 62 F 0.020 0.019 0.009 0.035 0.054 0.102 0.200 0.175 0.173 0.127 0.086 63 D 0.296 0.185 0.116 0.158 0.113 0.061 0.041 0.014 0.009 0.004 0.002 64 E 0.231 0.166 0.179 0.207 0.102 0.057 0.038 0.011 0.006 0.003 0.002 65 L 0.011 0.012 0.013 0.035 0.049 0.079 0.165 0.155 0.190 0.169 0.123 66 V 0.015 0.014 0.020 0.062 0.109 0.163 0.248 0.154 0.116 0.065 0.034 67 E 0.034 0.068 0.254 0.191 0.162 0.143 0.086 0.030 0.019 0.008 0.004 68 Y 0.004 0.008 0.018 0.030 0.043 0.074 0.231 0.191 0.176 0.142 0.082 69 G 0.009 0.005 0.008 0.016 0.019 0.030 0.095 0.150 0.238 0.239 0.189 70 F 0.018 0.011 0.052 0.040 0.055 0.099 0.213 0.124 0.150 0.129 0.108 71 Q 0.003 0.009 0.106 0.077 0.074 0.094 0.204 0.149 0.130 0.097 0.057 72 G 0.002 0.004 0.030 0.012 0.013 0.025 0.113 0.139 0.216 0.244 0.201 73 E 0.009 0.007 0.072 0.036 0.031 0.040 0.129 0.143 0.188 0.196 0.150 74 Q 0.004 0.012 0.147 0.075 0.091 0.124 0.206 0.123 0.106 0.071 0.041 75 I 0.001 0.002 0.037 0.009 0.008 0.012 0.074 0.111 0.212 0.270 0.264 76 V 0.001 0.002 0.022 0.018 0.021 0.041 0.137 0.130 0.200 0.229 0.200 77 L 0.005 0.011 0.204 0.041 0.030 0.046 0.152 0.122 0.158 0.133 0.098 78 F 0.002 0.006 0.056 0.055 0.067 0.102 0.219 0.164 0.144 0.107 0.077 79 L 0.003 0.003 0.025 0.007 0.006 0.009 0.042 0.077 0.191 0.283 0.352 80 T 0.008 0.013 0.052 0.102 0.140 0.156 0.225 0.126 0.100 0.050 0.029 81 A 0.022 0.029 0.115 0.077 0.071 0.099 0.170 0.118 0.130 0.095 0.073 82 Q 0.025 0.037 0.048 0.107 0.125 0.157 0.235 0.121 0.078 0.047 0.021 83 G 0.157 0.095 0.068 0.104 0.077 0.081 0.124 0.090 0.086 0.066 0.053 84 F 0.006 0.009 0.007 0.023 0.031 0.042 0.109 0.158 0.196 0.216 0.203 85 G 0.021 0.034 0.019 0.071 0.094 0.121 0.194 0.152 0.135 0.089 0.070 86 T 0.005 0.005 0.004 0.011 0.013 0.022 0.074 0.136 0.232 0.243 0.256 87 C 0.003 0.003 0.003 0.011 0.015 0.030 0.095 0.147 0.211 0.223 0.259 88 W 0.003 0.005 0.005 0.017 0.021 0.037 0.098 0.152 0.227 0.231 0.203 89 M 0.004 0.007 0.007 0.027 0.035 0.057 0.150 0.180 0.226 0.177 0.130 90 A 0.005 0.006 0.007 0.024 0.029 0.048 0.116 0.159 0.225 0.215 0.165 91 R 0.025 0.047 0.022 0.103 0.121 0.133 0.191 0.140 0.115 0.068 0.037 92 S 0.038 0.044 0.017 0.070 0.078 0.092 0.152 0.156 0.160 0.115 0.079 93 P 0.342 0.184 0.047 0.131 0.092 0.071 0.055 0.031 0.021 0.015 0.011 94 H 0.137 0.119 0.031 0.113 0.110 0.108 0.136 0.091 0.072 0.050 0.034 95 P 0.562 0.153 0.039 0.089 0.048 0.032 0.026 0.017 0.014 0.012 0.009 96 D 0.153 0.136 0.042 0.158 0.151 0.121 0.117 0.056 0.035 0.021 0.010 97 V 0.004 0.011 0.007 0.037 0.062 0.081 0.160 0.194 0.189 0.149 0.105 98 P 0.002 0.004 0.003 0.022 0.053 0.090 0.186 0.206 0.179 0.142 0.112 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.035 0.139 0.229 0.249 0.189 0.134 100 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.068 0.162 0.234 0.266 0.247 101 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.103 0.214 0.307 0.332 102 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.064 0.147 0.252 0.271 0.242 103 F 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.021 0.085 0.144 0.224 0.266 0.235 104 G 0.003 0.009 0.007 0.042 0.065 0.079 0.149 0.190 0.196 0.159 0.102 105 Y 0.009 0.033 0.014 0.084 0.138 0.145 0.200 0.165 0.121 0.063 0.028 106 P 0.058 0.063 0.037 0.120 0.144 0.131 0.158 0.117 0.095 0.053 0.024 107 R 0.113 0.092 0.033 0.148 0.169 0.137 0.145 0.076 0.049 0.025 0.012 108 T 0.312 0.221 0.071 0.145 0.082 0.055 0.047 0.027 0.021 0.013 0.007 109 R 0.348 0.136 0.060 0.128 0.091 0.078 0.068 0.037 0.028 0.017 0.008 110 N 0.393 0.171 0.047 0.088 0.063 0.056 0.071 0.046 0.033 0.021 0.011 111 F 0.105 0.091 0.037 0.076 0.081 0.084 0.155 0.134 0.117 0.080 0.040 112 T 0.443 0.175 0.059 0.117 0.077 0.045 0.040 0.018 0.013 0.008 0.005 113 R 0.191 0.119 0.086 0.164 0.128 0.095 0.094 0.054 0.039 0.022 0.009 114 K 0.430 0.161 0.073 0.131 0.078 0.048 0.038 0.018 0.013 0.007 0.003 115 R 0.049 0.040 0.026 0.074 0.090 0.114 0.196 0.167 0.130 0.079 0.035 116 R 0.156 0.195 0.057 0.117 0.107 0.098 0.113 0.073 0.046 0.027 0.011 117 P 0.289 0.175 0.105 0.156 0.100 0.065 0.050 0.026 0.018 0.010 0.005 118 I 0.082 0.043 0.027 0.077 0.093 0.110 0.191 0.139 0.119 0.080 0.040 119 T 0.224 0.218 0.145 0.216 0.092 0.043 0.030 0.015 0.009 0.005 0.002 120 S 0.095 0.112 0.084 0.206 0.162 0.131 0.113 0.052 0.029 0.013 0.004 121 F 0.025 0.026 0.031 0.049 0.064 0.098 0.172 0.169 0.159 0.125 0.081 122 L 0.012 0.035 0.040 0.092 0.102 0.118 0.194 0.140 0.129 0.089 0.048 123 E 0.030 0.069 0.098 0.209 0.168 0.129 0.137 0.072 0.050 0.028 0.012 124 N 0.155 0.126 0.145 0.186 0.146 0.097 0.075 0.035 0.023 0.010 0.004 125 D 0.131 0.147 0.095 0.168 0.127 0.101 0.107 0.056 0.040 0.020 0.010 126 L 0.083 0.089 0.081 0.141 0.129 0.120 0.152 0.083 0.066 0.040 0.017 127 E 0.134 0.113 0.103 0.171 0.140 0.115 0.122 0.052 0.030 0.013 0.005 128 E 0.374 0.201 0.117 0.139 0.081 0.038 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 129 L 0.040 0.089 0.035 0.092 0.096 0.133 0.170 0.125 0.095 0.080 0.044 130 P 0.079 0.194 0.038 0.119 0.135 0.128 0.133 0.074 0.053 0.032 0.016 131 P 0.755 0.083 0.036 0.053 0.034 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 132 E 0.151 0.184 0.069 0.200 0.147 0.096 0.084 0.034 0.020 0.010 0.006 133 I 0.002 0.007 0.009 0.021 0.024 0.050 0.146 0.184 0.236 0.186 0.136 134 V 0.012 0.009 0.019 0.084 0.166 0.264 0.240 0.109 0.061 0.027 0.010 135 K 0.037 0.087 0.610 0.178 0.056 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 136 I 0.001 0.003 0.009 0.028 0.044 0.104 0.273 0.208 0.167 0.110 0.053 137 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.070 0.129 0.244 0.278 0.251 138 E 0.011 0.020 0.326 0.260 0.185 0.120 0.054 0.014 0.007 0.002 0.001 139 M 0.003 0.016 0.244 0.147 0.149 0.181 0.161 0.053 0.027 0.013 0.005 140 T 0.002 0.002 0.007 0.006 0.007 0.016 0.079 0.131 0.236 0.277 0.237 141 I 0.012 0.014 0.037 0.053 0.063 0.109 0.229 0.181 0.146 0.100 0.056 142 L 0.020 0.060 0.422 0.183 0.131 0.074 0.048 0.025 0.019 0.012 0.008 143 A 0.039 0.052 0.057 0.076 0.103 0.155 0.229 0.112 0.087 0.058 0.033 144 P 0.055 0.034 0.023 0.047 0.045 0.058 0.129 0.139 0.185 0.167 0.120 145 S 0.123 0.091 0.060 0.088 0.094 0.118 0.143 0.085 0.089 0.062 0.045 146 A 0.182 0.075 0.114 0.115 0.083 0.091 0.115 0.071 0.068 0.050 0.036 147 L 0.041 0.032 0.045 0.065 0.067 0.090 0.179 0.142 0.148 0.120 0.073 148 N 0.039 0.029 0.049 0.051 0.035 0.047 0.112 0.127 0.169 0.177 0.166 149 R 0.038 0.063 0.114 0.173 0.158 0.138 0.131 0.077 0.057 0.034 0.017 150 Q 0.029 0.051 0.059 0.098 0.089 0.114 0.198 0.136 0.110 0.075 0.041 151 P 0.047 0.067 0.076 0.188 0.164 0.134 0.127 0.071 0.060 0.041 0.025 152 W 0.017 0.014 0.013 0.045 0.061 0.104 0.248 0.181 0.169 0.102 0.045 153 K 0.015 0.063 0.059 0.354 0.251 0.139 0.073 0.027 0.012 0.005 0.002 154 I 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.018 0.073 0.147 0.281 0.280 0.177 155 K 0.003 0.021 0.033 0.310 0.320 0.174 0.092 0.030 0.011 0.003 0.001 156 Y 0.002 0.007 0.015 0.029 0.050 0.073 0.185 0.200 0.243 0.136 0.060 157 T 0.067 0.118 0.078 0.328 0.209 0.110 0.062 0.019 0.007 0.002 0.001 158 G 0.538 0.266 0.046 0.087 0.033 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 159 G 0.104 0.092 0.032 0.121 0.109 0.106 0.128 0.107 0.091 0.067 0.042 160 E 0.185 0.361 0.074 0.207 0.100 0.043 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 161 L 0.015 0.021 0.009 0.038 0.062 0.089 0.179 0.176 0.196 0.138 0.077 162 C 0.059 0.103 0.044 0.164 0.153 0.136 0.138 0.084 0.059 0.036 0.023 163 I 0.010 0.014 0.007 0.032 0.059 0.083 0.181 0.165 0.170 0.148 0.130 164 S 0.148 0.186 0.085 0.223 0.138 0.085 0.067 0.030 0.020 0.011 0.008 165 S 0.208 0.089 0.040 0.145 0.134 0.127 0.119 0.058 0.039 0.025 0.016 166 E 0.543 0.201 0.066 0.107 0.042 0.018 0.012 0.005 0.003 0.002 0.002 167 R 0.047 0.083 0.038 0.154 0.164 0.159 0.183 0.080 0.050 0.028 0.013 168 P 0.077 0.115 0.047 0.145 0.160 0.149 0.139 0.069 0.049 0.029 0.022 169 V 0.007 0.009 0.007 0.035 0.068 0.094 0.221 0.186 0.173 0.118 0.080 170 D 0.015 0.056 0.049 0.179 0.198 0.196 0.164 0.066 0.045 0.022 0.012 171 L 0.003 0.003 0.003 0.013 0.019 0.034 0.130 0.175 0.236 0.224 0.161 172 G 0.008 0.006 0.007 0.022 0.033 0.067 0.169 0.177 0.204 0.171 0.135 173 I 0.002 0.004 0.011 0.019 0.021 0.033 0.134 0.169 0.242 0.218 0.147 174 A 0.001 0.002 0.011 0.017 0.016 0.024 0.081 0.134 0.214 0.266 0.233 175 L 0.002 0.005 0.024 0.037 0.060 0.101 0.224 0.170 0.160 0.129 0.087 176 S 0.005 0.008 0.093 0.056 0.042 0.042 0.132 0.172 0.219 0.154 0.077 177 H 0.001 0.004 0.027 0.034 0.043 0.083 0.185 0.167 0.186 0.163 0.107 178 A 0.004 0.004 0.050 0.016 0.011 0.015 0.068 0.118 0.225 0.265 0.222 179 Y 0.003 0.007 0.037 0.066 0.101 0.165 0.272 0.156 0.109 0.057 0.027 180 L 0.003 0.008 0.054 0.023 0.020 0.032 0.116 0.133 0.230 0.218 0.162 181 T 0.027 0.049 0.060 0.125 0.141 0.155 0.197 0.105 0.078 0.043 0.020 182 A 0.045 0.042 0.039 0.050 0.047 0.068 0.156 0.141 0.169 0.142 0.100 183 R 0.072 0.108 0.111 0.217 0.188 0.124 0.100 0.041 0.023 0.011 0.005 184 E 0.182 0.142 0.114 0.154 0.107 0.097 0.102 0.047 0.030 0.015 0.009 185 I 0.139 0.144 0.114 0.224 0.150 0.096 0.070 0.030 0.018 0.010 0.005 186 F 0.016 0.014 0.013 0.026 0.037 0.063 0.152 0.168 0.213 0.178 0.120 187 K 0.079 0.138 0.130 0.222 0.164 0.100 0.088 0.039 0.023 0.011 0.007 188 R 0.103 0.081 0.066 0.132 0.127 0.123 0.152 0.088 0.064 0.041 0.022 189 E 0.114 0.134 0.069 0.192 0.148 0.115 0.104 0.055 0.036 0.022 0.011 190 P 0.179 0.144 0.059 0.140 0.113 0.103 0.110 0.059 0.045 0.030 0.015 191 V 0.050 0.045 0.021 0.064 0.071 0.081 0.157 0.140 0.156 0.128 0.087 192 I 0.020 0.028 0.021 0.059 0.066 0.088 0.169 0.150 0.161 0.130 0.107 193 Q 0.038 0.086 0.075 0.212 0.174 0.128 0.125 0.070 0.049 0.026 0.016 194 K 0.269 0.176 0.098 0.179 0.113 0.071 0.047 0.022 0.014 0.007 0.004 195 R 0.102 0.079 0.047 0.125 0.118 0.136 0.165 0.095 0.069 0.043 0.022 196 G 0.199 0.147 0.058 0.157 0.123 0.098 0.105 0.049 0.035 0.019 0.011 197 E 0.236 0.229 0.131 0.216 0.096 0.049 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 198 D 0.030 0.062 0.041 0.156 0.172 0.172 0.188 0.086 0.052 0.029 0.012 199 T 0.007 0.016 0.012 0.056 0.078 0.106 0.172 0.168 0.169 0.132 0.084 200 Y 0.002 0.004 0.004 0.020 0.039 0.073 0.222 0.222 0.205 0.140 0.068 201 C 0.002 0.007 0.013 0.048 0.062 0.099 0.176 0.192 0.184 0.136 0.082 202 L 0.002 0.004 0.005 0.015 0.018 0.029 0.104 0.188 0.248 0.247 0.140 203 I 0.006 0.011 0.013 0.069 0.089 0.095 0.179 0.189 0.181 0.112 0.055 204 L 0.006 0.013 0.015 0.043 0.051 0.069 0.155 0.175 0.229 0.165 0.080 205 N 0.028 0.071 0.032 0.187 0.202 0.155 0.150 0.093 0.056 0.022 0.006 206 P 0.193 0.169 0.040 0.132 0.111 0.094 0.101 0.073 0.049 0.028 0.011