# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97.3627 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.052 0.004 0.002 0.939 2 N 0.012 0.017 0.002 0.468 0.007 0.010 0.484 3 I 0.003 0.001 0.003 0.958 0.003 0.008 0.024 4 F 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.004 0.009 5 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.002 6 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.002 0.002 7 I 0.004 0.001 0.006 0.977 0.002 0.009 0.002 8 E 0.003 0.001 0.010 0.934 0.004 0.047 0.002 9 N 0.004 0.001 0.014 0.607 0.013 0.356 0.006 10 R 0.014 0.008 0.013 0.396 0.098 0.313 0.159 11 H 0.018 0.013 0.012 0.172 0.193 0.151 0.441 12 S 0.048 0.045 0.020 0.099 0.109 0.045 0.634 13 V 0.020 0.004 0.150 0.704 0.015 0.051 0.056 14 R 0.028 0.003 0.219 0.675 0.016 0.032 0.027 15 D 0.028 0.004 0.234 0.620 0.017 0.046 0.050 16 F 0.040 0.008 0.171 0.612 0.036 0.073 0.060 17 L 0.059 0.021 0.073 0.470 0.107 0.188 0.082 18 E 0.038 0.006 0.121 0.233 0.161 0.277 0.165 19 R 0.024 0.004 0.026 0.107 0.385 0.174 0.280 20 K 0.018 0.026 0.013 0.020 0.083 0.091 0.749 21 M 0.004 0.012 0.001 0.003 0.044 0.001 0.935 22 P 0.002 0.006 0.001 0.005 0.004 0.001 0.981 23 E 0.001 0.002 0.172 0.732 0.010 0.048 0.035 24 R 0.001 0.001 0.253 0.678 0.003 0.047 0.018 25 V 0.001 0.001 0.361 0.562 0.004 0.043 0.028 26 K 0.002 0.002 0.132 0.750 0.013 0.070 0.031 27 D 0.002 0.002 0.183 0.551 0.018 0.210 0.035 28 D 0.002 0.005 0.101 0.678 0.024 0.131 0.059 29 I 0.005 0.007 0.057 0.598 0.114 0.053 0.166 30 E 0.002 0.001 0.098 0.529 0.025 0.322 0.023 31 N 0.001 0.001 0.055 0.264 0.028 0.641 0.011 32 L 0.026 0.011 0.041 0.326 0.129 0.155 0.311 33 L 0.103 0.009 0.008 0.114 0.175 0.040 0.550 34 V 0.632 0.011 0.007 0.091 0.026 0.022 0.211 35 K 0.818 0.014 0.005 0.090 0.013 0.004 0.058 36 F 0.851 0.008 0.005 0.084 0.012 0.003 0.036 37 I 0.709 0.007 0.020 0.098 0.017 0.012 0.137 38 T 0.322 0.006 0.090 0.203 0.058 0.040 0.280 39 K 0.094 0.005 0.166 0.237 0.117 0.116 0.266 40 K 0.036 0.011 0.154 0.346 0.087 0.174 0.192 41 L 0.029 0.008 0.070 0.311 0.143 0.234 0.205 42 D 0.035 0.006 0.074 0.232 0.092 0.273 0.288 43 W 0.059 0.008 0.111 0.448 0.066 0.156 0.152 44 K 0.091 0.019 0.136 0.367 0.082 0.119 0.185 45 I 0.076 0.016 0.163 0.354 0.126 0.113 0.153 46 N 0.070 0.030 0.120 0.388 0.099 0.134 0.158 47 L 0.042 0.019 0.204 0.303 0.082 0.112 0.239 48 S 0.014 0.004 0.095 0.135 0.065 0.630 0.057 49 S 0.009 0.004 0.042 0.050 0.194 0.632 0.068 50 F 0.025 0.006 0.002 0.005 0.446 0.008 0.509 51 P 0.046 0.004 0.005 0.006 0.119 0.036 0.784 52 S 0.739 0.013 0.008 0.006 0.119 0.027 0.087 53 Y 0.966 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.019 54 I 0.977 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.005 55 Y 0.953 0.001 0.006 0.018 0.002 0.003 0.018 56 A 0.866 0.003 0.009 0.017 0.017 0.009 0.078 57 K 0.577 0.014 0.025 0.020 0.069 0.040 0.255 58 A 0.115 0.011 0.025 0.015 0.351 0.026 0.455 59 E 0.051 0.007 0.086 0.057 0.209 0.111 0.479 60 K 0.016 0.010 0.121 0.102 0.261 0.239 0.252 61 H 0.026 0.014 0.112 0.133 0.176 0.177 0.362 62 F 0.012 0.003 0.127 0.627 0.037 0.070 0.124 63 D 0.004 0.001 0.068 0.833 0.020 0.041 0.032 64 E 0.004 0.001 0.043 0.899 0.009 0.024 0.018 65 L 0.002 0.001 0.009 0.971 0.002 0.010 0.007 66 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.004 0.003 67 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 69 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 72 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 81 A 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.030 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.004 0.483 0.006 0.502 0.004 83 G 0.001 0.001 0.005 0.050 0.070 0.769 0.103 84 F 0.012 0.006 0.009 0.026 0.216 0.076 0.655 85 G 0.194 0.008 0.032 0.048 0.260 0.104 0.353 86 T 0.660 0.011 0.031 0.065 0.050 0.027 0.156 87 C 0.896 0.005 0.014 0.045 0.009 0.006 0.025 88 W 0.890 0.005 0.014 0.056 0.005 0.007 0.023 89 M 0.825 0.009 0.019 0.053 0.011 0.021 0.060 90 A 0.633 0.008 0.015 0.017 0.075 0.045 0.207 91 R 0.353 0.033 0.016 0.010 0.224 0.047 0.316 92 S 0.137 0.030 0.007 0.003 0.271 0.028 0.524 93 P 0.048 0.023 0.011 0.002 0.325 0.173 0.417 94 H 0.024 0.015 0.008 0.001 0.411 0.074 0.467 95 P 0.022 0.006 0.012 0.001 0.413 0.287 0.259 96 D 0.031 0.010 0.007 0.001 0.288 0.160 0.504 97 V 0.109 0.008 0.001 0.001 0.163 0.004 0.715 98 P 0.389 0.004 0.001 0.001 0.067 0.004 0.536 99 Y 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 100 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 101 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 103 F 0.826 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.155 104 G 0.460 0.005 0.005 0.001 0.160 0.019 0.350 105 Y 0.269 0.023 0.013 0.006 0.187 0.030 0.471 106 P 0.158 0.027 0.043 0.018 0.121 0.070 0.562 107 R 0.060 0.019 0.083 0.034 0.203 0.098 0.503 108 T 0.032 0.010 0.094 0.032 0.268 0.079 0.485 109 R 0.020 0.008 0.147 0.045 0.183 0.180 0.416 110 N 0.019 0.011 0.128 0.048 0.159 0.266 0.368 111 F 0.033 0.015 0.114 0.079 0.179 0.183 0.396 112 T 0.047 0.041 0.067 0.081 0.147 0.109 0.508 113 R 0.027 0.012 0.045 0.027 0.137 0.086 0.665 114 K 0.020 0.012 0.019 0.018 0.108 0.113 0.712 115 R 0.039 0.035 0.017 0.016 0.153 0.073 0.668 116 R 0.045 0.022 0.001 0.004 0.215 0.002 0.711 117 P 0.040 0.016 0.006 0.007 0.020 0.014 0.897 118 I 0.107 0.046 0.194 0.070 0.115 0.144 0.324 119 T 0.142 0.007 0.313 0.057 0.141 0.088 0.252 120 S 0.391 0.011 0.185 0.152 0.051 0.036 0.174 121 F 0.648 0.021 0.031 0.152 0.026 0.026 0.095 122 L 0.695 0.027 0.012 0.127 0.016 0.030 0.093 123 E 0.613 0.016 0.009 0.103 0.031 0.041 0.187 124 N 0.285 0.009 0.029 0.083 0.145 0.273 0.176 125 D 0.138 0.010 0.056 0.059 0.154 0.390 0.191 126 L 0.153 0.026 0.196 0.094 0.101 0.178 0.253 127 E 0.166 0.029 0.136 0.058 0.196 0.185 0.230 128 E 0.080 0.019 0.128 0.038 0.218 0.202 0.315 129 L 0.030 0.019 0.007 0.011 0.407 0.018 0.507 130 P 0.007 0.006 0.003 0.010 0.038 0.005 0.931 131 P 0.001 0.002 0.125 0.698 0.022 0.099 0.053 132 E 0.002 0.002 0.093 0.812 0.012 0.063 0.016 133 I 0.001 0.001 0.044 0.923 0.002 0.018 0.009 134 V 0.001 0.001 0.010 0.969 0.003 0.009 0.006 135 K 0.002 0.001 0.009 0.961 0.004 0.015 0.008 136 I 0.001 0.001 0.007 0.965 0.004 0.014 0.008 137 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.004 138 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.002 139 M 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.009 0.001 140 T 0.002 0.001 0.012 0.950 0.002 0.029 0.004 141 I 0.003 0.004 0.026 0.808 0.015 0.132 0.013 142 L 0.005 0.004 0.018 0.614 0.033 0.290 0.036 143 A 0.006 0.006 0.006 0.129 0.127 0.048 0.678 144 P 0.002 0.003 0.132 0.423 0.025 0.146 0.268 145 S 0.003 0.006 0.385 0.318 0.040 0.130 0.118 146 A 0.002 0.002 0.490 0.257 0.032 0.163 0.054 147 L 0.008 0.006 0.258 0.243 0.071 0.333 0.080 148 N 0.019 0.013 0.081 0.102 0.093 0.519 0.175 149 R 0.020 0.004 0.033 0.017 0.314 0.281 0.332 150 Q 0.054 0.008 0.001 0.001 0.359 0.004 0.574 151 P 0.105 0.007 0.004 0.001 0.059 0.014 0.810 152 W 0.630 0.012 0.007 0.001 0.114 0.018 0.219 153 K 0.905 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.080 154 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 155 K 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 156 Y 0.948 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.040 157 T 0.702 0.005 0.001 0.002 0.027 0.154 0.108 158 G 0.097 0.001 0.003 0.001 0.118 0.733 0.046 159 G 0.232 0.003 0.009 0.003 0.238 0.362 0.153 160 E 0.652 0.050 0.010 0.004 0.084 0.047 0.153 161 L 0.689 0.036 0.006 0.002 0.081 0.014 0.170 162 C 0.589 0.030 0.010 0.003 0.034 0.023 0.311 163 I 0.320 0.031 0.035 0.012 0.094 0.131 0.377 164 S 0.154 0.012 0.048 0.015 0.171 0.240 0.361 165 S 0.083 0.010 0.038 0.023 0.465 0.137 0.243 166 E 0.053 0.013 0.033 0.058 0.405 0.101 0.337 167 R 0.069 0.022 0.009 0.087 0.274 0.041 0.499 168 P 0.065 0.018 0.015 0.284 0.031 0.037 0.550 169 V 0.137 0.028 0.019 0.477 0.056 0.021 0.263 170 D 0.101 0.006 0.011 0.704 0.050 0.019 0.109 171 L 0.036 0.001 0.010 0.925 0.006 0.011 0.012 172 G 0.026 0.001 0.005 0.953 0.004 0.007 0.005 173 I 0.013 0.001 0.007 0.969 0.002 0.006 0.003 174 A 0.024 0.001 0.012 0.942 0.004 0.012 0.005 175 L 0.019 0.002 0.018 0.912 0.006 0.035 0.009 176 S 0.030 0.001 0.022 0.858 0.019 0.050 0.021 177 H 0.029 0.002 0.030 0.848 0.018 0.045 0.026 178 A 0.071 0.003 0.042 0.720 0.029 0.105 0.029 179 Y 0.121 0.007 0.031 0.663 0.027 0.122 0.029 180 L 0.267 0.031 0.015 0.443 0.025 0.081 0.138 181 T 0.154 0.011 0.015 0.198 0.039 0.126 0.457 182 A 0.066 0.009 0.076 0.365 0.048 0.313 0.122 183 R 0.056 0.006 0.236 0.201 0.091 0.282 0.128 184 E 0.087 0.007 0.333 0.113 0.149 0.146 0.166 185 I 0.170 0.014 0.172 0.114 0.106 0.225 0.200 186 F 0.280 0.027 0.055 0.063 0.103 0.078 0.395 187 K 0.360 0.043 0.021 0.040 0.086 0.069 0.382 188 R 0.278 0.042 0.014 0.032 0.130 0.033 0.471 189 E 0.135 0.009 0.026 0.029 0.303 0.058 0.440 190 P 0.149 0.013 0.103 0.055 0.127 0.292 0.262 191 V 0.189 0.039 0.133 0.060 0.097 0.151 0.332 192 I 0.273 0.037 0.059 0.029 0.100 0.063 0.439 193 Q 0.408 0.030 0.037 0.026 0.085 0.038 0.376 194 K 0.444 0.032 0.051 0.021 0.081 0.035 0.337 195 R 0.299 0.020 0.053 0.014 0.162 0.221 0.231 196 G 0.232 0.008 0.029 0.003 0.207 0.263 0.257 197 E 0.349 0.011 0.016 0.002 0.176 0.108 0.337 198 D 0.581 0.010 0.006 0.001 0.087 0.051 0.265 199 T 0.850 0.003 0.002 0.001 0.032 0.006 0.106 200 Y 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 201 C 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 202 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 203 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 204 L 0.899 0.006 0.001 0.001 0.013 0.007 0.073 205 N 0.350 0.005 0.001 0.001 0.094 0.025 0.524 206 P 0.066 0.002 0.002 0.002 0.047 0.033 0.847