# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97.3627 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.247 0.110 0.265 0.075 0.139 0.022 0.040 0.044 0.016 0.041 0.001 2 N 0.496 0.030 0.099 0.054 0.013 0.175 0.087 0.006 0.032 0.005 0.003 3 I 0.946 0.013 0.008 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 F 0.971 0.006 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.980 0.003 0.003 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.984 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.933 0.004 0.002 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.965 0.003 0.018 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 N 0.372 0.003 0.005 0.604 0.002 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 10 R 0.207 0.128 0.348 0.155 0.008 0.069 0.047 0.005 0.032 0.001 0.001 11 H 0.298 0.209 0.169 0.099 0.047 0.028 0.116 0.011 0.019 0.004 0.001 12 S 0.341 0.125 0.248 0.025 0.171 0.014 0.007 0.018 0.005 0.045 0.001 13 V 0.849 0.057 0.019 0.050 0.007 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 R 0.803 0.073 0.050 0.048 0.006 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 15 D 0.797 0.037 0.055 0.062 0.010 0.012 0.018 0.004 0.005 0.001 0.001 16 F 0.614 0.062 0.080 0.185 0.007 0.017 0.017 0.003 0.014 0.001 0.001 17 L 0.360 0.252 0.284 0.039 0.024 0.011 0.009 0.001 0.017 0.003 0.001 18 E 0.597 0.020 0.155 0.143 0.006 0.029 0.030 0.008 0.007 0.003 0.003 19 R 0.113 0.358 0.393 0.031 0.026 0.025 0.010 0.001 0.043 0.001 0.001 20 K 0.157 0.056 0.692 0.024 0.001 0.050 0.004 0.001 0.007 0.001 0.008 21 M 0.027 0.333 0.506 0.004 0.015 0.031 0.003 0.001 0.080 0.001 0.001 22 P 0.024 0.005 0.945 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 23 E 0.986 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.954 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 25 V 0.936 0.002 0.004 0.052 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.954 0.006 0.010 0.023 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.969 0.002 0.010 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.648 0.004 0.007 0.325 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 29 I 0.811 0.014 0.034 0.108 0.001 0.017 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 30 E 0.911 0.006 0.026 0.036 0.002 0.003 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 31 N 0.675 0.005 0.012 0.228 0.003 0.008 0.048 0.018 0.003 0.001 0.001 32 L 0.733 0.068 0.084 0.086 0.004 0.010 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 33 L 0.624 0.073 0.220 0.023 0.003 0.042 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 34 V 0.806 0.095 0.053 0.024 0.004 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 35 K 0.817 0.091 0.039 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 36 F 0.835 0.058 0.043 0.036 0.006 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 37 I 0.813 0.052 0.047 0.046 0.004 0.019 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 38 T 0.903 0.015 0.031 0.028 0.006 0.006 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 39 K 0.846 0.017 0.028 0.078 0.009 0.007 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 40 K 0.643 0.028 0.031 0.245 0.006 0.018 0.014 0.002 0.012 0.001 0.001 41 L 0.246 0.211 0.200 0.179 0.040 0.037 0.042 0.006 0.035 0.004 0.001 42 D 0.255 0.041 0.085 0.086 0.024 0.072 0.394 0.018 0.017 0.007 0.001 43 W 0.454 0.158 0.088 0.171 0.063 0.017 0.023 0.014 0.009 0.004 0.001 44 K 0.571 0.150 0.085 0.121 0.026 0.018 0.013 0.004 0.011 0.002 0.001 45 I 0.519 0.239 0.114 0.043 0.037 0.014 0.008 0.002 0.020 0.002 0.001 46 N 0.451 0.099 0.190 0.085 0.011 0.096 0.027 0.002 0.038 0.001 0.001 47 L 0.657 0.068 0.064 0.162 0.006 0.023 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 48 S 0.641 0.097 0.107 0.098 0.033 0.008 0.006 0.002 0.003 0.006 0.001 49 S 0.204 0.033 0.048 0.582 0.015 0.020 0.067 0.015 0.014 0.002 0.001 50 F 0.018 0.362 0.372 0.002 0.045 0.010 0.013 0.001 0.176 0.002 0.001 51 P 0.196 0.007 0.615 0.014 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 52 S 0.087 0.516 0.196 0.051 0.109 0.015 0.007 0.003 0.012 0.001 0.001 53 Y 0.014 0.764 0.103 0.004 0.083 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 54 I 0.021 0.780 0.140 0.005 0.015 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 55 Y 0.020 0.798 0.070 0.008 0.061 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 56 A 0.036 0.686 0.094 0.015 0.121 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 57 K 0.064 0.542 0.163 0.038 0.098 0.035 0.010 0.001 0.048 0.001 0.001 58 A 0.262 0.174 0.255 0.065 0.098 0.046 0.033 0.008 0.033 0.025 0.002 59 E 0.596 0.089 0.154 0.067 0.029 0.025 0.015 0.004 0.012 0.007 0.002 60 K 0.736 0.032 0.076 0.096 0.015 0.012 0.017 0.007 0.005 0.003 0.001 61 H 0.470 0.055 0.090 0.269 0.017 0.031 0.035 0.005 0.025 0.003 0.001 62 F 0.765 0.028 0.055 0.099 0.004 0.021 0.016 0.002 0.007 0.002 0.001 63 D 0.886 0.013 0.022 0.064 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 E 0.916 0.008 0.018 0.032 0.008 0.002 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 65 L 0.966 0.004 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.983 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.949 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.896 0.009 0.022 0.055 0.006 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 82 Q 0.249 0.009 0.030 0.695 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 83 G 0.049 0.002 0.012 0.012 0.026 0.002 0.152 0.571 0.002 0.170 0.001 84 F 0.183 0.197 0.233 0.278 0.036 0.041 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 85 G 0.100 0.095 0.113 0.058 0.299 0.008 0.064 0.122 0.005 0.135 0.001 86 T 0.103 0.479 0.196 0.042 0.129 0.028 0.004 0.002 0.013 0.003 0.001 87 C 0.071 0.669 0.119 0.022 0.047 0.030 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 88 W 0.097 0.515 0.244 0.021 0.042 0.052 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 89 M 0.108 0.484 0.197 0.069 0.032 0.055 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 90 A 0.081 0.192 0.177 0.115 0.217 0.021 0.122 0.038 0.013 0.024 0.001 91 R 0.074 0.186 0.254 0.111 0.168 0.029 0.076 0.048 0.027 0.026 0.001 92 S 0.018 0.349 0.490 0.002 0.062 0.010 0.007 0.001 0.056 0.004 0.001 93 P 0.167 0.011 0.651 0.031 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 94 H 0.017 0.208 0.321 0.005 0.071 0.044 0.019 0.002 0.310 0.003 0.001 95 P 0.669 0.006 0.201 0.052 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 96 D 0.132 0.082 0.096 0.587 0.019 0.022 0.026 0.009 0.025 0.001 0.001 97 V 0.003 0.326 0.541 0.002 0.016 0.032 0.004 0.001 0.076 0.001 0.001 98 P 0.081 0.027 0.800 0.014 0.001 0.063 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 99 Y 0.003 0.756 0.061 0.005 0.151 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 100 I 0.002 0.824 0.120 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 101 I 0.003 0.703 0.195 0.001 0.013 0.038 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 102 V 0.009 0.514 0.309 0.003 0.015 0.116 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 103 F 0.028 0.607 0.163 0.045 0.028 0.055 0.006 0.001 0.064 0.001 0.001 104 G 0.030 0.059 0.114 0.037 0.329 0.017 0.083 0.103 0.006 0.218 0.002 105 Y 0.011 0.465 0.239 0.005 0.055 0.029 0.011 0.001 0.182 0.001 0.001 106 P 0.193 0.014 0.662 0.013 0.001 0.043 0.002 0.001 0.002 0.002 0.068 107 R 0.461 0.106 0.180 0.143 0.033 0.037 0.013 0.008 0.014 0.003 0.002 108 T 0.240 0.212 0.221 0.175 0.045 0.034 0.024 0.006 0.036 0.004 0.002 109 R 0.230 0.168 0.293 0.153 0.042 0.037 0.032 0.007 0.031 0.006 0.002 110 N 0.155 0.082 0.183 0.241 0.032 0.094 0.150 0.014 0.044 0.004 0.002 111 F 0.232 0.139 0.287 0.169 0.055 0.029 0.040 0.017 0.019 0.011 0.001 112 T 0.201 0.185 0.416 0.113 0.018 0.031 0.010 0.004 0.017 0.001 0.002 113 R 0.123 0.312 0.420 0.019 0.048 0.017 0.014 0.004 0.036 0.006 0.001 114 K 0.192 0.161 0.549 0.033 0.010 0.036 0.005 0.001 0.007 0.001 0.004 115 R 0.141 0.270 0.376 0.081 0.022 0.060 0.012 0.003 0.031 0.002 0.001 116 R 0.019 0.396 0.332 0.001 0.033 0.015 0.009 0.001 0.194 0.001 0.001 117 P 0.107 0.004 0.747 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 118 I 0.301 0.172 0.361 0.052 0.027 0.058 0.008 0.004 0.013 0.001 0.003 119 T 0.523 0.196 0.104 0.109 0.032 0.016 0.006 0.002 0.008 0.002 0.001 120 S 0.149 0.433 0.135 0.037 0.194 0.012 0.011 0.003 0.023 0.002 0.001 121 F 0.198 0.524 0.144 0.029 0.053 0.025 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 122 L 0.150 0.525 0.141 0.048 0.035 0.061 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 123 E 0.138 0.457 0.151 0.065 0.060 0.050 0.009 0.002 0.065 0.003 0.001 124 N 0.293 0.136 0.224 0.106 0.080 0.038 0.067 0.014 0.025 0.015 0.001 125 D 0.191 0.077 0.186 0.125 0.054 0.075 0.228 0.024 0.034 0.005 0.002 126 L 0.577 0.122 0.085 0.166 0.013 0.015 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 127 E 0.492 0.154 0.159 0.132 0.022 0.015 0.011 0.003 0.007 0.004 0.001 128 E 0.257 0.061 0.161 0.346 0.018 0.038 0.078 0.012 0.024 0.004 0.001 129 L 0.019 0.301 0.523 0.002 0.008 0.016 0.004 0.001 0.126 0.001 0.001 130 P 0.047 0.002 0.921 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 131 P 0.905 0.001 0.073 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 132 E 0.938 0.003 0.011 0.021 0.003 0.001 0.003 0.015 0.001 0.004 0.001 133 I 0.964 0.002 0.003 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 V 0.985 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.985 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 M 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 T 0.965 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.968 0.005 0.007 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.824 0.004 0.016 0.151 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 A 0.377 0.079 0.270 0.030 0.034 0.009 0.052 0.005 0.136 0.009 0.001 144 P 0.500 0.005 0.426 0.023 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 145 S 0.445 0.061 0.280 0.085 0.063 0.016 0.006 0.017 0.008 0.019 0.001 146 A 0.838 0.013 0.049 0.068 0.009 0.005 0.003 0.005 0.003 0.005 0.001 147 L 0.755 0.017 0.029 0.184 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 148 N 0.153 0.019 0.049 0.499 0.008 0.029 0.220 0.011 0.009 0.002 0.001 149 R 0.101 0.052 0.096 0.207 0.022 0.025 0.421 0.054 0.016 0.006 0.001 150 Q 0.017 0.417 0.441 0.002 0.017 0.017 0.005 0.001 0.082 0.001 0.001 151 P 0.039 0.015 0.900 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 152 W 0.083 0.511 0.161 0.057 0.145 0.018 0.006 0.002 0.015 0.001 0.001 153 K 0.014 0.737 0.137 0.007 0.070 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 154 I 0.006 0.779 0.142 0.006 0.034 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 155 K 0.009 0.867 0.060 0.006 0.037 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 156 Y 0.018 0.669 0.171 0.013 0.077 0.028 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 157 T 0.026 0.453 0.125 0.054 0.069 0.022 0.055 0.002 0.189 0.006 0.001 158 G 0.014 0.003 0.036 0.016 0.042 0.001 0.215 0.351 0.001 0.319 0.002 159 G 0.057 0.049 0.266 0.043 0.141 0.005 0.024 0.196 0.002 0.216 0.002 160 E 0.067 0.423 0.379 0.044 0.040 0.023 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 161 L 0.059 0.435 0.345 0.032 0.046 0.047 0.009 0.001 0.024 0.001 0.001 162 C 0.048 0.436 0.281 0.060 0.080 0.061 0.008 0.002 0.022 0.002 0.001 163 I 0.091 0.478 0.246 0.044 0.067 0.029 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 164 S 0.326 0.124 0.277 0.170 0.025 0.035 0.015 0.006 0.016 0.005 0.001 165 S 0.185 0.244 0.153 0.129 0.192 0.015 0.039 0.017 0.010 0.015 0.001 166 E 0.245 0.269 0.215 0.169 0.032 0.025 0.010 0.002 0.029 0.002 0.001 167 R 0.015 0.298 0.440 0.003 0.041 0.025 0.011 0.001 0.164 0.001 0.001 168 P 0.175 0.012 0.647 0.024 0.001 0.085 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 169 V 0.131 0.442 0.266 0.035 0.081 0.017 0.004 0.002 0.020 0.003 0.001 170 D 0.208 0.102 0.448 0.025 0.010 0.163 0.008 0.001 0.030 0.002 0.003 171 L 0.745 0.056 0.067 0.095 0.009 0.014 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 172 G 0.757 0.027 0.033 0.047 0.039 0.007 0.014 0.037 0.004 0.036 0.001 173 I 0.794 0.064 0.044 0.062 0.008 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 174 A 0.748 0.065 0.098 0.030 0.012 0.027 0.007 0.003 0.007 0.002 0.001 175 L 0.883 0.026 0.029 0.040 0.005 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 176 S 0.799 0.065 0.037 0.067 0.016 0.005 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 177 H 0.768 0.067 0.027 0.064 0.028 0.010 0.023 0.003 0.008 0.001 0.001 178 A 0.754 0.129 0.049 0.029 0.023 0.007 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 179 Y 0.724 0.136 0.045 0.052 0.011 0.018 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 180 L 0.605 0.127 0.072 0.149 0.007 0.019 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 181 T 0.274 0.251 0.204 0.052 0.062 0.024 0.033 0.004 0.090 0.006 0.001 182 A 0.606 0.012 0.293 0.052 0.005 0.015 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 183 R 0.450 0.032 0.099 0.230 0.041 0.012 0.049 0.065 0.009 0.012 0.001 184 E 0.453 0.103 0.191 0.084 0.058 0.024 0.051 0.013 0.014 0.010 0.001 185 I 0.522 0.193 0.131 0.111 0.016 0.012 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 186 F 0.203 0.332 0.209 0.125 0.062 0.034 0.011 0.003 0.019 0.002 0.001 187 K 0.190 0.393 0.229 0.060 0.027 0.053 0.016 0.001 0.030 0.001 0.001 188 R 0.087 0.357 0.379 0.040 0.045 0.037 0.007 0.001 0.043 0.002 0.001 189 E 0.071 0.080 0.739 0.002 0.033 0.010 0.007 0.002 0.037 0.018 0.002 190 P 0.657 0.004 0.240 0.028 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 191 V 0.376 0.187 0.121 0.191 0.078 0.010 0.012 0.011 0.010 0.004 0.001 192 I 0.179 0.323 0.287 0.092 0.058 0.029 0.007 0.002 0.018 0.004 0.001 193 Q 0.132 0.424 0.299 0.032 0.027 0.027 0.007 0.001 0.050 0.001 0.001 194 K 0.120 0.197 0.569 0.014 0.011 0.045 0.005 0.001 0.033 0.002 0.003 195 R 0.102 0.075 0.593 0.089 0.007 0.048 0.055 0.002 0.023 0.003 0.003 196 G 0.039 0.022 0.050 0.027 0.099 0.007 0.134 0.528 0.003 0.090 0.001 197 E 0.169 0.353 0.172 0.153 0.068 0.024 0.023 0.004 0.026 0.005 0.001 198 D 0.058 0.234 0.417 0.124 0.059 0.053 0.027 0.005 0.019 0.003 0.002 199 T 0.029 0.507 0.130 0.039 0.273 0.007 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 200 Y 0.005 0.620 0.091 0.009 0.258 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 201 C 0.003 0.804 0.130 0.002 0.044 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 202 L 0.003 0.772 0.132 0.001 0.045 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 203 I 0.006 0.832 0.101 0.005 0.018 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 204 L 0.013 0.521 0.220 0.017 0.170 0.035 0.006 0.001 0.013 0.002 0.001 205 N 0.002 0.336 0.385 0.001 0.071 0.031 0.004 0.001 0.168 0.002 0.001 206 P 0.850 0.004 0.104 0.025 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007