# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97.3627 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.326 0.159 0.019 0.124 0.017 0.015 0.158 0.049 0.060 0.035 2 N 0.064 0.236 0.082 0.005 0.142 0.002 0.010 0.344 0.050 0.036 0.028 3 I 0.011 0.018 0.005 0.001 0.011 0.001 0.002 0.770 0.146 0.031 0.004 4 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.917 0.068 0.003 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.023 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.949 0.038 0.005 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.862 0.114 0.013 0.001 8 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.004 0.040 0.830 0.102 0.010 0.001 9 N 0.004 0.014 0.006 0.003 0.008 0.007 0.079 0.391 0.140 0.337 0.011 10 R 0.101 0.193 0.054 0.008 0.191 0.010 0.051 0.127 0.074 0.129 0.062 11 H 0.075 0.097 0.032 0.020 0.088 0.029 0.058 0.249 0.167 0.110 0.074 12 S 0.079 0.180 0.074 0.018 0.158 0.008 0.028 0.271 0.082 0.073 0.029 13 V 0.065 0.052 0.014 0.007 0.083 0.010 0.025 0.400 0.227 0.087 0.029 14 R 0.014 0.069 0.017 0.007 0.061 0.016 0.033 0.601 0.162 0.015 0.005 15 D 0.056 0.039 0.014 0.003 0.072 0.004 0.039 0.601 0.095 0.054 0.023 16 F 0.031 0.028 0.016 0.009 0.038 0.014 0.030 0.457 0.190 0.168 0.020 17 L 0.013 0.182 0.065 0.019 0.070 0.023 0.048 0.458 0.098 0.019 0.005 18 E 0.029 0.027 0.013 0.009 0.031 0.009 0.035 0.182 0.175 0.440 0.048 19 R 0.009 0.423 0.285 0.011 0.131 0.005 0.041 0.052 0.021 0.014 0.005 20 K 0.179 0.234 0.108 0.003 0.190 0.005 0.030 0.042 0.036 0.080 0.093 21 M 0.008 0.588 0.322 0.004 0.066 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 22 P 0.001 0.780 0.188 0.001 0.020 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.502 0.482 0.004 0.001 24 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.807 0.125 0.051 0.003 25 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.579 0.195 0.213 0.001 26 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.732 0.231 0.019 0.002 27 D 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.040 0.736 0.202 0.008 0.001 28 D 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.056 0.671 0.128 0.122 0.005 29 I 0.010 0.019 0.007 0.002 0.010 0.003 0.008 0.514 0.309 0.107 0.011 30 E 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.038 0.075 0.775 0.102 0.001 0.001 31 N 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.471 0.191 0.297 0.013 32 L 0.007 0.018 0.006 0.001 0.015 0.002 0.024 0.706 0.166 0.052 0.003 33 L 0.013 0.016 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.858 0.075 0.006 0.005 34 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.009 0.921 0.048 0.002 0.001 35 K 0.004 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.947 0.020 0.002 0.001 36 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.938 0.033 0.005 0.001 37 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.874 0.092 0.013 0.001 38 T 0.002 0.011 0.002 0.001 0.005 0.003 0.022 0.832 0.114 0.007 0.001 39 K 0.002 0.007 0.005 0.002 0.002 0.004 0.073 0.777 0.113 0.013 0.002 40 K 0.016 0.026 0.008 0.003 0.022 0.012 0.095 0.591 0.104 0.111 0.012 41 L 0.025 0.662 0.113 0.004 0.139 0.003 0.003 0.021 0.007 0.011 0.010 42 D 0.271 0.033 0.016 0.007 0.098 0.008 0.017 0.116 0.039 0.105 0.288 43 W 0.068 0.069 0.015 0.005 0.106 0.004 0.010 0.431 0.166 0.093 0.035 44 K 0.026 0.028 0.005 0.005 0.068 0.012 0.053 0.549 0.189 0.049 0.016 45 I 0.051 0.091 0.025 0.005 0.104 0.010 0.037 0.512 0.129 0.025 0.011 46 N 0.049 0.039 0.023 0.008 0.077 0.006 0.029 0.482 0.122 0.125 0.038 47 L 0.073 0.041 0.012 0.006 0.066 0.009 0.018 0.265 0.292 0.165 0.053 48 S 0.008 0.040 0.021 0.021 0.020 0.078 0.192 0.457 0.142 0.016 0.005 49 S 0.029 0.016 0.014 0.006 0.027 0.004 0.030 0.066 0.125 0.637 0.046 50 F 0.124 0.380 0.134 0.004 0.262 0.002 0.010 0.032 0.016 0.015 0.021 51 P 0.109 0.247 0.031 0.009 0.309 0.016 0.031 0.141 0.057 0.022 0.028 52 S 0.191 0.093 0.016 0.014 0.385 0.028 0.057 0.109 0.046 0.027 0.034 53 Y 0.192 0.116 0.013 0.006 0.590 0.008 0.011 0.032 0.008 0.008 0.016 54 I 0.263 0.064 0.004 0.002 0.596 0.002 0.004 0.028 0.004 0.004 0.028 55 Y 0.273 0.088 0.008 0.003 0.478 0.003 0.007 0.034 0.009 0.025 0.072 56 A 0.177 0.174 0.024 0.005 0.359 0.013 0.049 0.076 0.015 0.027 0.079 57 K 0.214 0.131 0.052 0.011 0.216 0.010 0.034 0.059 0.037 0.117 0.120 58 A 0.067 0.242 0.168 0.049 0.127 0.024 0.019 0.096 0.085 0.080 0.043 59 E 0.024 0.189 0.074 0.039 0.078 0.044 0.067 0.274 0.168 0.031 0.012 60 K 0.018 0.046 0.023 0.011 0.028 0.024 0.099 0.384 0.259 0.086 0.022 61 H 0.044 0.065 0.034 0.014 0.053 0.018 0.066 0.269 0.134 0.246 0.057 62 F 0.079 0.043 0.012 0.007 0.061 0.007 0.013 0.298 0.239 0.163 0.077 63 D 0.006 0.019 0.008 0.010 0.012 0.050 0.077 0.584 0.207 0.020 0.005 64 E 0.015 0.024 0.010 0.005 0.025 0.003 0.020 0.610 0.162 0.114 0.011 65 L 0.018 0.010 0.003 0.001 0.020 0.005 0.022 0.782 0.107 0.027 0.006 66 V 0.004 0.012 0.003 0.002 0.011 0.004 0.008 0.869 0.077 0.007 0.003 67 E 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.933 0.036 0.005 0.002 68 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.923 0.057 0.008 0.001 69 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.046 0.002 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.035 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 72 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.027 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.002 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.016 0.001 0.001 78 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.033 0.005 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.905 0.085 0.005 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.761 0.203 0.005 0.001 81 A 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.004 0.102 0.749 0.107 0.021 0.001 82 Q 0.007 0.628 0.253 0.008 0.057 0.003 0.011 0.013 0.008 0.008 0.003 83 G 0.070 0.011 0.017 0.032 0.013 0.020 0.015 0.026 0.019 0.420 0.357 84 F 0.103 0.262 0.068 0.053 0.187 0.035 0.049 0.054 0.046 0.076 0.068 85 G 0.043 0.075 0.095 0.281 0.084 0.082 0.018 0.042 0.055 0.149 0.076 86 T 0.254 0.160 0.032 0.011 0.384 0.007 0.016 0.040 0.034 0.027 0.034 87 C 0.210 0.135 0.031 0.007 0.476 0.009 0.014 0.038 0.021 0.020 0.038 88 W 0.273 0.125 0.031 0.007 0.409 0.009 0.018 0.031 0.014 0.025 0.059 89 M 0.208 0.116 0.045 0.033 0.253 0.034 0.045 0.069 0.041 0.086 0.071 90 A 0.088 0.173 0.137 0.084 0.176 0.046 0.040 0.068 0.056 0.088 0.042 91 R 0.104 0.150 0.083 0.051 0.180 0.043 0.056 0.078 0.075 0.125 0.053 92 S 0.064 0.328 0.223 0.021 0.248 0.013 0.017 0.038 0.019 0.016 0.015 93 P 0.074 0.132 0.062 0.032 0.152 0.040 0.083 0.176 0.121 0.085 0.044 94 H 0.108 0.182 0.182 0.046 0.182 0.020 0.026 0.056 0.057 0.082 0.060 95 P 0.030 0.169 0.152 0.040 0.098 0.026 0.052 0.204 0.157 0.055 0.018 96 D 0.136 0.086 0.077 0.008 0.162 0.016 0.076 0.073 0.092 0.187 0.086 97 V 0.029 0.546 0.187 0.001 0.227 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 98 P 0.310 0.092 0.008 0.002 0.514 0.004 0.016 0.005 0.002 0.006 0.041 99 Y 0.181 0.071 0.007 0.005 0.709 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 100 I 0.142 0.038 0.001 0.001 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 I 0.234 0.036 0.002 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 102 V 0.379 0.039 0.004 0.001 0.428 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.126 103 F 0.143 0.135 0.050 0.049 0.185 0.032 0.044 0.025 0.030 0.169 0.136 104 G 0.028 0.126 0.238 0.302 0.061 0.074 0.022 0.022 0.032 0.071 0.025 105 Y 0.071 0.346 0.195 0.019 0.250 0.004 0.009 0.032 0.029 0.021 0.024 106 P 0.055 0.173 0.048 0.007 0.119 0.016 0.043 0.203 0.270 0.044 0.022 107 R 0.043 0.085 0.033 0.013 0.070 0.040 0.117 0.239 0.219 0.112 0.028 108 T 0.086 0.101 0.050 0.015 0.128 0.016 0.050 0.112 0.120 0.269 0.053 109 R 0.095 0.222 0.141 0.033 0.180 0.022 0.042 0.079 0.069 0.068 0.049 110 N 0.067 0.138 0.109 0.032 0.124 0.031 0.044 0.116 0.138 0.137 0.063 111 F 0.076 0.172 0.062 0.008 0.176 0.011 0.043 0.176 0.134 0.107 0.035 112 T 0.089 0.251 0.118 0.011 0.189 0.008 0.028 0.089 0.066 0.102 0.049 113 R 0.020 0.409 0.309 0.019 0.132 0.009 0.014 0.052 0.020 0.011 0.005 114 K 0.084 0.240 0.095 0.007 0.267 0.011 0.043 0.122 0.059 0.040 0.032 115 R 0.109 0.198 0.144 0.013 0.178 0.014 0.038 0.060 0.061 0.115 0.071 116 R 0.013 0.461 0.371 0.009 0.104 0.002 0.009 0.020 0.005 0.002 0.003 117 P 0.046 0.574 0.133 0.002 0.170 0.001 0.004 0.035 0.013 0.010 0.012 118 I 0.091 0.094 0.018 0.004 0.144 0.009 0.018 0.222 0.277 0.074 0.049 119 T 0.016 0.023 0.008 0.013 0.034 0.040 0.086 0.548 0.179 0.042 0.010 120 S 0.100 0.117 0.032 0.008 0.221 0.006 0.025 0.305 0.087 0.078 0.021 121 F 0.170 0.079 0.016 0.006 0.237 0.011 0.027 0.291 0.061 0.062 0.041 122 L 0.135 0.079 0.032 0.018 0.155 0.023 0.035 0.237 0.071 0.111 0.104 123 E 0.075 0.139 0.061 0.043 0.153 0.041 0.060 0.201 0.071 0.096 0.061 124 N 0.043 0.116 0.053 0.027 0.095 0.047 0.090 0.210 0.124 0.158 0.037 125 D 0.188 0.072 0.040 0.007 0.201 0.005 0.024 0.108 0.087 0.150 0.117 126 L 0.035 0.062 0.019 0.006 0.061 0.007 0.018 0.268 0.369 0.136 0.020 127 E 0.017 0.115 0.050 0.020 0.070 0.036 0.151 0.284 0.189 0.057 0.012 128 E 0.055 0.045 0.031 0.008 0.054 0.008 0.051 0.110 0.138 0.414 0.086 129 L 0.035 0.446 0.306 0.007 0.134 0.002 0.011 0.022 0.011 0.013 0.014 130 P 0.015 0.634 0.194 0.004 0.095 0.001 0.002 0.034 0.012 0.004 0.005 131 P 0.005 0.022 0.007 0.001 0.011 0.006 0.018 0.508 0.403 0.015 0.004 132 E 0.005 0.015 0.006 0.002 0.008 0.002 0.015 0.707 0.174 0.061 0.006 133 I 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.683 0.146 0.140 0.004 134 V 0.004 0.009 0.002 0.001 0.008 0.002 0.004 0.810 0.138 0.017 0.004 135 K 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.011 0.899 0.066 0.007 0.001 136 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.898 0.053 0.036 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.077 0.003 0.001 138 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.043 0.001 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.853 0.115 0.023 0.001 140 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.796 0.172 0.013 0.001 141 I 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.047 0.762 0.130 0.038 0.003 142 L 0.009 0.020 0.013 0.008 0.018 0.024 0.188 0.214 0.117 0.371 0.018 143 A 0.259 0.147 0.042 0.002 0.421 0.002 0.013 0.029 0.011 0.009 0.064 144 P 0.018 0.042 0.013 0.003 0.034 0.007 0.019 0.303 0.470 0.078 0.013 145 S 0.030 0.109 0.042 0.010 0.078 0.015 0.088 0.277 0.190 0.146 0.016 146 A 0.048 0.057 0.022 0.008 0.069 0.012 0.058 0.382 0.237 0.082 0.025 147 L 0.018 0.056 0.025 0.023 0.039 0.086 0.141 0.395 0.146 0.056 0.016 148 N 0.075 0.163 0.057 0.033 0.162 0.015 0.045 0.120 0.074 0.192 0.063 149 R 0.159 0.068 0.050 0.012 0.132 0.015 0.031 0.080 0.095 0.260 0.097 150 Q 0.043 0.557 0.130 0.005 0.220 0.002 0.007 0.019 0.006 0.006 0.006 151 P 0.345 0.120 0.022 0.010 0.401 0.007 0.014 0.008 0.004 0.012 0.058 152 W 0.228 0.107 0.015 0.011 0.549 0.022 0.029 0.007 0.005 0.007 0.018 153 K 0.172 0.103 0.009 0.001 0.687 0.002 0.003 0.004 0.002 0.004 0.013 154 I 0.471 0.033 0.003 0.001 0.448 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 155 K 0.313 0.084 0.009 0.002 0.486 0.004 0.006 0.003 0.002 0.020 0.072 156 Y 0.366 0.123 0.042 0.015 0.342 0.009 0.006 0.006 0.004 0.016 0.070 157 T 0.011 0.016 0.031 0.561 0.012 0.244 0.056 0.025 0.017 0.020 0.009 158 G 0.005 0.025 0.058 0.707 0.008 0.087 0.021 0.019 0.018 0.044 0.008 159 G 0.024 0.111 0.074 0.073 0.065 0.028 0.024 0.064 0.124 0.372 0.042 160 E 0.099 0.222 0.060 0.006 0.356 0.009 0.039 0.052 0.064 0.070 0.024 161 L 0.293 0.146 0.034 0.004 0.387 0.006 0.009 0.017 0.015 0.018 0.071 162 C 0.232 0.162 0.067 0.008 0.407 0.006 0.012 0.016 0.009 0.022 0.058 163 I 0.255 0.117 0.035 0.012 0.235 0.012 0.013 0.063 0.066 0.095 0.097 164 S 0.072 0.137 0.102 0.075 0.117 0.075 0.088 0.140 0.073 0.081 0.039 165 S 0.059 0.142 0.152 0.065 0.125 0.028 0.040 0.122 0.092 0.140 0.035 166 E 0.080 0.195 0.127 0.039 0.160 0.023 0.047 0.109 0.086 0.097 0.036 167 R 0.043 0.370 0.249 0.024 0.136 0.007 0.019 0.095 0.027 0.013 0.016 168 P 0.069 0.217 0.053 0.010 0.152 0.019 0.036 0.288 0.084 0.033 0.038 169 V 0.066 0.205 0.047 0.012 0.169 0.017 0.031 0.319 0.083 0.031 0.020 170 D 0.065 0.076 0.022 0.007 0.122 0.012 0.026 0.575 0.050 0.028 0.017 171 L 0.016 0.027 0.009 0.004 0.029 0.011 0.016 0.764 0.100 0.017 0.007 172 G 0.012 0.010 0.005 0.006 0.015 0.004 0.013 0.824 0.074 0.028 0.009 173 I 0.011 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.007 0.817 0.103 0.030 0.004 174 A 0.005 0.010 0.002 0.001 0.011 0.002 0.009 0.875 0.075 0.006 0.002 175 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.010 0.004 0.027 0.863 0.075 0.004 0.002 176 S 0.007 0.011 0.005 0.005 0.013 0.015 0.072 0.787 0.066 0.017 0.002 177 H 0.023 0.024 0.004 0.003 0.033 0.004 0.019 0.671 0.143 0.065 0.010 178 A 0.037 0.051 0.008 0.003 0.049 0.009 0.024 0.584 0.149 0.064 0.022 179 Y 0.070 0.072 0.013 0.003 0.111 0.005 0.038 0.440 0.096 0.114 0.038 180 L 0.110 0.120 0.025 0.006 0.176 0.012 0.048 0.280 0.105 0.068 0.048 181 T 0.028 0.276 0.234 0.041 0.089 0.020 0.040 0.177 0.062 0.026 0.008 182 A 0.101 0.064 0.025 0.011 0.096 0.013 0.055 0.357 0.142 0.094 0.041 183 R 0.047 0.219 0.067 0.032 0.116 0.038 0.052 0.176 0.152 0.072 0.027 184 E 0.095 0.079 0.024 0.012 0.138 0.016 0.042 0.232 0.172 0.133 0.057 185 I 0.114 0.123 0.030 0.008 0.230 0.016 0.089 0.208 0.085 0.067 0.030 186 F 0.208 0.196 0.027 0.005 0.360 0.005 0.008 0.036 0.025 0.058 0.073 187 K 0.119 0.235 0.105 0.015 0.319 0.012 0.028 0.069 0.028 0.039 0.032 188 R 0.164 0.213 0.124 0.022 0.199 0.011 0.019 0.040 0.034 0.095 0.079 189 E 0.012 0.353 0.419 0.061 0.085 0.012 0.013 0.030 0.009 0.003 0.003 190 P 0.131 0.210 0.062 0.009 0.236 0.011 0.053 0.147 0.061 0.033 0.047 191 V 0.082 0.143 0.039 0.014 0.178 0.026 0.053 0.137 0.170 0.116 0.041 192 I 0.241 0.101 0.030 0.014 0.303 0.014 0.022 0.055 0.057 0.081 0.083 193 Q 0.101 0.257 0.075 0.019 0.272 0.023 0.049 0.084 0.047 0.047 0.026 194 K 0.166 0.237 0.098 0.015 0.277 0.010 0.023 0.045 0.027 0.056 0.047 195 R 0.116 0.140 0.083 0.099 0.114 0.077 0.070 0.069 0.059 0.087 0.085 196 G 0.021 0.096 0.155 0.324 0.039 0.101 0.038 0.060 0.070 0.070 0.025 197 E 0.070 0.125 0.069 0.038 0.117 0.037 0.076 0.148 0.137 0.139 0.044 198 D 0.128 0.146 0.048 0.017 0.215 0.017 0.060 0.064 0.078 0.180 0.048 199 T 0.295 0.121 0.027 0.012 0.393 0.013 0.014 0.012 0.012 0.034 0.067 200 Y 0.215 0.121 0.020 0.010 0.581 0.009 0.007 0.004 0.003 0.007 0.024 201 C 0.219 0.079 0.006 0.001 0.674 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.013 202 L 0.238 0.091 0.006 0.002 0.628 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.025 203 I 0.340 0.061 0.009 0.002 0.496 0.002 0.003 0.003 0.001 0.009 0.074 204 L 0.092 0.143 0.083 0.100 0.150 0.072 0.078 0.048 0.032 0.117 0.085 205 N 0.059 0.306 0.314 0.049 0.184 0.008 0.006 0.011 0.011 0.030 0.023 206 P 0.036 0.115 0.057 0.017 0.081 0.021 0.037 0.267 0.283 0.064 0.020