# TARGET T0223 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0223.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97.3627 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.597 0.257 0.088 0.037 0.016 0.005 0.001 2 N 0.152 0.323 0.303 0.164 0.048 0.010 0.001 3 I 0.036 0.040 0.070 0.206 0.339 0.277 0.031 4 F 0.027 0.084 0.156 0.300 0.294 0.127 0.012 5 E 0.147 0.395 0.295 0.125 0.029 0.007 0.001 6 A 0.022 0.051 0.136 0.269 0.334 0.178 0.011 7 I 0.018 0.013 0.022 0.084 0.335 0.467 0.063 8 E 0.086 0.284 0.359 0.212 0.049 0.009 0.001 9 N 0.174 0.341 0.271 0.156 0.049 0.009 0.001 10 R 0.084 0.095 0.142 0.267 0.292 0.115 0.005 11 H 0.142 0.248 0.255 0.203 0.108 0.040 0.004 12 S 0.201 0.229 0.188 0.187 0.131 0.059 0.006 13 V 0.117 0.184 0.257 0.249 0.138 0.048 0.006 14 R 0.176 0.165 0.158 0.226 0.184 0.079 0.012 15 D 0.261 0.408 0.215 0.087 0.022 0.005 0.001 16 F 0.143 0.152 0.243 0.275 0.164 0.022 0.001 17 L 0.554 0.298 0.112 0.030 0.005 0.001 0.001 18 E 0.808 0.161 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 19 R 0.873 0.097 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 20 K 0.676 0.250 0.057 0.015 0.002 0.001 0.001 21 M 0.163 0.245 0.302 0.230 0.056 0.004 0.001 22 P 0.632 0.279 0.068 0.017 0.004 0.001 0.001 23 E 0.768 0.179 0.042 0.009 0.002 0.001 0.001 24 R 0.705 0.202 0.061 0.026 0.005 0.001 0.001 25 V 0.337 0.326 0.220 0.099 0.017 0.001 0.001 26 K 0.193 0.300 0.317 0.162 0.026 0.001 0.001 27 D 0.776 0.198 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 28 D 0.522 0.305 0.129 0.039 0.005 0.001 0.001 29 I 0.074 0.114 0.234 0.369 0.179 0.030 0.001 30 E 0.414 0.359 0.156 0.056 0.013 0.002 0.001 31 N 0.590 0.265 0.094 0.037 0.011 0.002 0.001 32 L 0.110 0.203 0.258 0.244 0.135 0.047 0.003 33 L 0.083 0.144 0.218 0.249 0.201 0.096 0.008 34 V 0.110 0.166 0.225 0.242 0.168 0.078 0.011 35 K 0.172 0.276 0.250 0.178 0.088 0.032 0.004 36 F 0.060 0.063 0.109 0.242 0.337 0.175 0.014 37 I 0.116 0.123 0.158 0.236 0.223 0.129 0.015 38 T 0.250 0.296 0.218 0.146 0.068 0.020 0.002 39 K 0.451 0.316 0.151 0.062 0.016 0.003 0.001 40 K 0.322 0.279 0.182 0.138 0.059 0.018 0.002 41 L 0.287 0.244 0.202 0.156 0.082 0.027 0.002 42 D 0.442 0.316 0.139 0.068 0.026 0.007 0.001 43 W 0.133 0.139 0.197 0.263 0.188 0.072 0.008 44 K 0.255 0.274 0.196 0.145 0.081 0.042 0.006 45 I 0.182 0.264 0.242 0.177 0.095 0.036 0.005 46 N 0.103 0.190 0.224 0.226 0.166 0.076 0.015 47 L 0.041 0.073 0.133 0.265 0.287 0.174 0.027 48 S 0.237 0.320 0.213 0.129 0.065 0.029 0.007 49 S 0.126 0.283 0.257 0.185 0.091 0.046 0.012 50 F 0.012 0.026 0.062 0.188 0.342 0.305 0.065 51 P 0.018 0.076 0.166 0.247 0.236 0.190 0.067 52 S 0.013 0.040 0.087 0.168 0.258 0.332 0.103 53 Y 0.005 0.014 0.048 0.135 0.313 0.368 0.117 54 I 0.003 0.005 0.011 0.031 0.113 0.476 0.360 55 Y 0.005 0.012 0.023 0.070 0.194 0.435 0.262 56 A 0.009 0.031 0.058 0.122 0.243 0.382 0.155 57 K 0.011 0.070 0.160 0.293 0.279 0.153 0.033 58 A 0.014 0.046 0.118 0.264 0.345 0.195 0.019 59 E 0.221 0.332 0.224 0.140 0.061 0.018 0.003 60 K 0.334 0.331 0.179 0.097 0.040 0.016 0.002 61 H 0.173 0.273 0.254 0.180 0.085 0.031 0.005 62 F 0.055 0.111 0.202 0.317 0.229 0.077 0.009 63 D 0.201 0.298 0.240 0.146 0.075 0.033 0.007 64 E 0.168 0.320 0.256 0.144 0.070 0.034 0.008 65 L 0.024 0.058 0.107 0.213 0.310 0.243 0.044 66 V 0.014 0.041 0.093 0.194 0.303 0.279 0.076 67 E 0.015 0.047 0.100 0.192 0.238 0.289 0.118 68 Y 0.008 0.011 0.021 0.050 0.133 0.367 0.411 69 G 0.005 0.008 0.011 0.027 0.089 0.315 0.544 70 F 0.004 0.006 0.015 0.034 0.071 0.216 0.655 71 Q 0.004 0.005 0.006 0.014 0.045 0.200 0.727 72 G 0.004 0.006 0.007 0.014 0.041 0.168 0.761 73 E 0.002 0.006 0.017 0.054 0.097 0.237 0.587 74 Q 0.005 0.010 0.017 0.038 0.078 0.214 0.638 75 I 0.003 0.006 0.010 0.027 0.057 0.232 0.666 76 V 0.006 0.011 0.021 0.049 0.096 0.284 0.533 77 L 0.011 0.029 0.040 0.071 0.107 0.280 0.462 78 F 0.007 0.013 0.029 0.091 0.196 0.373 0.290 79 L 0.007 0.021 0.034 0.075 0.167 0.404 0.292 80 T 0.020 0.074 0.123 0.250 0.248 0.208 0.077 81 A 0.034 0.095 0.132 0.161 0.208 0.251 0.120 82 Q 0.018 0.082 0.157 0.232 0.204 0.193 0.115 83 G 0.034 0.066 0.110 0.180 0.214 0.223 0.172 84 F 0.010 0.016 0.027 0.073 0.169 0.352 0.353 85 G 0.010 0.013 0.026 0.063 0.137 0.325 0.425 86 T 0.008 0.012 0.016 0.026 0.061 0.260 0.616 87 C 0.003 0.005 0.009 0.029 0.087 0.261 0.607 88 W 0.002 0.005 0.013 0.039 0.115 0.366 0.461 89 M 0.004 0.013 0.030 0.096 0.220 0.406 0.231 90 A 0.010 0.024 0.046 0.104 0.235 0.396 0.185 91 R 0.019 0.068 0.126 0.223 0.284 0.224 0.056 92 S 0.042 0.112 0.166 0.245 0.244 0.159 0.031 93 P 0.134 0.239 0.234 0.215 0.124 0.048 0.006 94 H 0.223 0.254 0.226 0.185 0.089 0.021 0.002 95 P 0.445 0.312 0.148 0.065 0.022 0.006 0.001 96 D 0.178 0.305 0.241 0.164 0.079 0.028 0.006 97 V 0.007 0.028 0.085 0.225 0.346 0.255 0.055 98 P 0.004 0.019 0.055 0.155 0.288 0.331 0.148 99 Y 0.001 0.002 0.006 0.025 0.106 0.454 0.406 100 I 0.001 0.002 0.007 0.028 0.094 0.338 0.531 101 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.036 0.250 0.703 102 V 0.001 0.001 0.004 0.019 0.086 0.370 0.519 103 F 0.001 0.001 0.004 0.018 0.099 0.470 0.407 104 G 0.003 0.014 0.036 0.121 0.293 0.438 0.096 105 Y 0.009 0.052 0.142 0.287 0.322 0.170 0.017 106 P 0.038 0.136 0.250 0.303 0.205 0.062 0.005 107 R 0.360 0.357 0.173 0.077 0.026 0.006 0.001 108 T 0.581 0.250 0.110 0.044 0.012 0.002 0.001 109 R 0.571 0.254 0.114 0.047 0.013 0.002 0.001 110 N 0.515 0.286 0.129 0.053 0.014 0.002 0.001 111 F 0.362 0.274 0.200 0.118 0.040 0.007 0.001 112 T 0.490 0.284 0.138 0.064 0.020 0.004 0.001 113 R 0.289 0.275 0.225 0.151 0.052 0.008 0.001 114 K 0.406 0.314 0.159 0.083 0.030 0.008 0.001 115 R 0.206 0.253 0.252 0.191 0.081 0.017 0.001 116 R 0.392 0.299 0.169 0.092 0.037 0.011 0.001 117 P 0.500 0.264 0.122 0.074 0.029 0.009 0.001 118 I 0.230 0.207 0.228 0.198 0.105 0.029 0.003 119 T 0.412 0.299 0.170 0.082 0.028 0.009 0.001 120 S 0.315 0.292 0.194 0.120 0.056 0.021 0.002 121 F 0.117 0.120 0.188 0.251 0.224 0.092 0.008 122 L 0.152 0.150 0.187 0.235 0.186 0.081 0.008 123 E 0.267 0.249 0.214 0.164 0.079 0.025 0.002 124 N 0.424 0.319 0.161 0.069 0.022 0.005 0.001 125 D 0.376 0.267 0.175 0.118 0.051 0.012 0.001 126 L 0.340 0.236 0.181 0.141 0.077 0.023 0.001 127 E 0.313 0.287 0.216 0.128 0.046 0.009 0.001 128 E 0.524 0.265 0.114 0.062 0.026 0.008 0.001 129 L 0.207 0.242 0.236 0.200 0.092 0.022 0.001 130 P 0.228 0.296 0.243 0.154 0.061 0.016 0.001 131 P 0.513 0.255 0.125 0.068 0.029 0.008 0.001 132 E 0.349 0.328 0.184 0.089 0.037 0.012 0.002 133 I 0.052 0.074 0.123 0.264 0.305 0.166 0.016 134 V 0.040 0.120 0.236 0.307 0.205 0.084 0.008 135 K 0.129 0.329 0.298 0.164 0.062 0.017 0.002 136 I 0.034 0.058 0.103 0.183 0.284 0.277 0.062 137 V 0.022 0.021 0.037 0.127 0.318 0.388 0.089 138 E 0.056 0.186 0.285 0.272 0.129 0.061 0.010 139 M 0.099 0.140 0.195 0.260 0.195 0.092 0.019 140 T 0.036 0.040 0.046 0.088 0.183 0.373 0.233 141 I 0.093 0.091 0.118 0.203 0.231 0.197 0.068 142 L 0.197 0.253 0.205 0.160 0.094 0.064 0.027 143 A 0.207 0.163 0.127 0.160 0.155 0.138 0.050 144 P 0.189 0.156 0.172 0.185 0.144 0.114 0.042 145 S 0.281 0.237 0.152 0.123 0.092 0.083 0.033 146 A 0.302 0.172 0.144 0.145 0.115 0.084 0.038 147 L 0.191 0.171 0.158 0.163 0.145 0.129 0.042 148 N 0.283 0.191 0.165 0.161 0.117 0.067 0.016 149 R 0.272 0.315 0.202 0.118 0.064 0.025 0.005 150 Q 0.092 0.135 0.188 0.232 0.222 0.113 0.019 151 P 0.122 0.188 0.211 0.233 0.154 0.076 0.016 152 W 0.104 0.190 0.210 0.231 0.170 0.085 0.010 153 K 0.055 0.208 0.345 0.281 0.094 0.016 0.002 154 I 0.014 0.013 0.027 0.133 0.397 0.384 0.032 155 K 0.064 0.255 0.311 0.248 0.098 0.022 0.002 156 Y 0.086 0.170 0.225 0.275 0.187 0.054 0.003 157 T 0.307 0.345 0.233 0.091 0.021 0.003 0.001 158 G 0.480 0.311 0.138 0.057 0.012 0.002 0.001 159 G 0.290 0.218 0.205 0.173 0.088 0.024 0.001 160 E 0.294 0.357 0.211 0.095 0.034 0.008 0.001 161 L 0.060 0.099 0.173 0.280 0.261 0.115 0.011 162 C 0.050 0.178 0.241 0.263 0.182 0.078 0.007 163 I 0.045 0.117 0.203 0.291 0.245 0.091 0.007 164 S 0.241 0.317 0.242 0.141 0.048 0.011 0.001 165 S 0.380 0.345 0.179 0.071 0.020 0.004 0.001 166 E 0.427 0.323 0.154 0.069 0.022 0.005 0.001 167 R 0.067 0.207 0.289 0.266 0.134 0.034 0.002 168 P 0.042 0.193 0.278 0.275 0.155 0.052 0.006 169 V 0.003 0.016 0.059 0.192 0.379 0.312 0.040 170 D 0.011 0.082 0.194 0.274 0.243 0.155 0.040 171 L 0.002 0.005 0.019 0.074 0.227 0.495 0.178 172 G 0.001 0.007 0.021 0.074 0.263 0.449 0.185 173 I 0.001 0.001 0.005 0.020 0.075 0.346 0.552 174 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.212 0.741 175 L 0.001 0.003 0.009 0.034 0.114 0.350 0.490 176 S 0.001 0.002 0.016 0.078 0.190 0.380 0.334 177 H 0.001 0.002 0.005 0.015 0.062 0.385 0.531 178 A 0.004 0.008 0.009 0.028 0.105 0.471 0.376 179 Y 0.002 0.008 0.027 0.089 0.223 0.407 0.243 180 L 0.006 0.019 0.045 0.119 0.261 0.405 0.144 181 T 0.016 0.093 0.181 0.280 0.239 0.157 0.035 182 A 0.016 0.073 0.153 0.256 0.283 0.190 0.029 183 R 0.048 0.113 0.160 0.235 0.251 0.168 0.026 184 E 0.169 0.249 0.237 0.185 0.107 0.046 0.006 185 I 0.075 0.231 0.288 0.237 0.112 0.048 0.008 186 F 0.012 0.027 0.064 0.186 0.337 0.317 0.056 187 K 0.042 0.133 0.202 0.246 0.209 0.139 0.029 188 R 0.099 0.152 0.195 0.235 0.195 0.107 0.017 189 E 0.153 0.254 0.267 0.196 0.096 0.030 0.004 190 P 0.249 0.288 0.221 0.144 0.069 0.026 0.003 191 V 0.052 0.094 0.156 0.243 0.266 0.170 0.019 192 I 0.027 0.039 0.081 0.218 0.356 0.255 0.023 193 Q 0.105 0.282 0.283 0.198 0.091 0.036 0.006 194 K 0.207 0.329 0.231 0.153 0.061 0.017 0.001 195 R 0.112 0.186 0.247 0.255 0.158 0.038 0.002 196 G 0.289 0.266 0.223 0.151 0.058 0.012 0.001 197 E 0.461 0.362 0.124 0.039 0.011 0.002 0.001 198 D 0.049 0.164 0.278 0.300 0.162 0.044 0.003 199 T 0.010 0.034 0.102 0.260 0.342 0.232 0.021 200 Y 0.007 0.011 0.023 0.074 0.244 0.543 0.099 201 C 0.014 0.024 0.037 0.081 0.184 0.464 0.195 202 L 0.020 0.023 0.029 0.070 0.172 0.448 0.237 203 I 0.033 0.068 0.107 0.183 0.240 0.277 0.093 204 L 0.058 0.092 0.130 0.226 0.265 0.193 0.035 205 N 0.234 0.250 0.218 0.177 0.086 0.031 0.005 206 P 0.505 0.269 0.139 0.062 0.021 0.004 0.001