PFRMAT RR TARGET T0222 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MAAFQIANKTVGKDAPVFIIAEAGINHDGKLDQAFALIDAAAEAGADAVK FQMFQADRMYQKDPGLYKTAAGKDVSIFSLVQSMEMPAEWILPLLDYCRE KQVIFLSTVCDEGSADLLQSTSPSAFKIASYEINHLPLLKYVARLNRPMI FSTAGAEISDVHEAWRTIRAEGNNQIAIMHCVAKYPAPPEYSNLSVIPML AAAFPEAVIGFSDHSEHPTEAPCAAVRLGAKLIEKHFTIDKNLPGADHSF ALNPDELKEMVDGIRKTEAELKQGITKPVSEKLLGSSYKTTTAIEGEIRN FAYRGIFTTAPIQKGEAFSEDNIAVLRPGQKPQGLHPRFFELLTSGVRAV RDIPADTGIVWDDILLKDSPFHE 37 209 0 8 0.57715 37 211 0 8 0.57035 152 181 0 8 0.56185 126 211 0 8 0.56185 230 264 0 8 0.55675 41 130 0 8 0.5338 130 181 0 8 0.5287 130 210 0 8 0.50915 26 130 0 8 0.50915 179 211 0 8 0.5066 98 181 0 8 0.50405 19 212 0 8 0.4947 38 210 0 8 0.47685 130 230 0 8 0.4743 130 180 0 8 0.4743 38 130 0 8 0.4743 126 210 0 8 0.4692 34 252 0 8 0.4692 130 211 0 8 0.45135 211 230 0 8 0.44625 179 210 0 8 0.44625 181 210 0 8 0.43945 27 131 0 8 0.43945 133 182 0 8 0.4369 107 130 0 8 0.43435 41 118 0 8 0.43435 107 210 0 8 0.4233 139 212 0 8 0.4182 129 181 0 8 0.4131 41 161 0 8 0.4131 37 130 0 8 0.4131 168 178 0 8 0.41055 98 179 0 8 0.41055 161 200 0 8 0.40375 27 130 0 8 0.4012 177 232 0 8 0.39865 150 180 0 8 0.3961 26 180 0 8 0.3961 211 264 0 8 0.39355 37 161 0 8 0.39355 109 127 0 8 0.38845 109 211 0 8 0.3859 38 98 0 8 0.3859 107 211 0 8 0.38335 109 180 0 8 0.3808 27 109 0 8 0.3808 26 109 0 8 0.3808 180 210 0 8 0.37825 212 232 0 8 0.3706 41 179 0 8 0.3706 38 230 0 8 0.36805 152 180 0 8 0.3655 126 180 0 8 0.3655 161 179 0 8 0.36295 109 210 0 8 0.36295 107 127 0 8 0.36295 130 179 0 8 0.3604 108 127 0 8 0.3604 131 180 0 8 0.35275 107 181 0 8 0.35275 19 135 0 8 0.3502 107 180 0 8 0.34765 86 106 0 8 0.34765 26 108 0 8 0.34765 107 118 0 8 0.34595 41 107 0 8 0.34595 27 108 0 8 0.34595 118 210 0 8 0.3434 108 180 0 8 0.3434 126 181 0 8 0.34085 109 126 0 8 0.3383 38 211 0 8 0.3383 25 91 0 8 0.3383 179 230 0 8 0.3332 132 181 0 8 0.3332 130 152 0 8 0.3332 98 230 0 8 0.3332 26 131 0 8 0.3332 21 139 0 8 0.3332 109 130 0 8 0.33065 37 98 0 8 0.33065 41 126 0 8 0.3281 37 180 0 8 0.3281 25 107 0 8 0.3264 210 232 0 8 0.32385 129 210 0 8 0.32385 108 131 0 8 0.32385 123 232 0 8 0.3213 41 230 0 8 0.3213 181 230 0 8 0.31875 41 181 0 8 0.3162 118 179 0 8 0.3145 107 142 0 8 0.3145 210 239 0 8 0.31195 131 153 0 8 0.31195 127 210 0 8 0.31195 84 152 0 8 0.31195 28 108 0 8 0.31195 180 211 0 8 0.3094 109 168 0 8 0.3094 86 139 0 8 0.3094 51 123 0 8 0.3094 209 306 0 8 0.30685 103 123 0 8 0.30685 22 177 0 8 0.30685 118 127 0 8 0.3043 109 179 0 8 0.3043 107 152 0 8 0.3043 27 180 0 8 0.3043 210 230 0 8 0.3026 132 180 0 8 0.3026 27 181 0 8 0.3026 27 129 0 8 0.30005 114 127 0 8 0.29495 23 207 0 8 0.29495 132 153 0 8 0.29325 108 155 0 8 0.29325 41 98 0 8 0.29325 27 114 0 8 0.29325 26 211 0 8 0.29325 211 226 0 8 0.2907 149 197 0 8 0.2907 38 179 0 8 0.2907 27 210 0 8 0.2907 26 210 0 8 0.2907 161 211 0 8 0.28815 109 181 0 8 0.28815 107 237 0 8 0.28815 173 267 0 8 0.28645 153 180 0 8 0.28645 108 193 0 8 0.28645 28 152 0 8 0.28645 118 130 0 8 0.2839 84 250 0 8 0.2839 25 130 0 8 0.2839 108 132 0 8 0.28135 38 107 0 8 0.28135 133 164 0 8 0.27965 41 211 0 8 0.27965 29 153 0 8 0.27965 26 152 0 8 0.27965 25 250 0 8 0.27965 91 180 0 8 0.2771 26 126 0 8 0.2771 25 81 0 8 0.2771 97 180 0 8 0.27455 132 215 0 8 0.27285 29 215 0 8 0.27285 29 84 0 8 0.27285 109 152 0 8 0.2703 29 152 0 8 0.2703 211 237 0 8 0.2686 26 132 0 8 0.2686 211 221 0 8 0.26605 98 130 0 8 0.26605 85 152 0 8 0.26605 127 211 0 8 0.2635 51 211 0 8 0.2635 27 152 0 8 0.2635 127 139 0 8 0.2618 108 210 0 8 0.2618 107 132 0 8 0.2618 98 127 0 8 0.2618 41 210 0 8 0.2618 41 127 0 8 0.2618 211 228 0 8 0.25925 179 237 0 8 0.25925 139 225 0 8 0.25925 135 211 0 8 0.25925 107 136 0 8 0.25925 85 131 0 8 0.25925 38 180 0 8 0.25925 37 235 0 8 0.25925 25 98 0 8 0.25925 110 127 0 8 0.25755 84 153 0 8 0.25755 98 210 0 8 0.255 91 127 0 8 0.255 91 107 0 8 0.255 25 126 0 8 0.255 212 237 0 8 0.2533 156 235 0 8 0.2533 91 130 0 8 0.2533 76 302 0 8 0.2533 156 179 0 8 0.25075 129 152 0 8 0.25075 38 127 0 8 0.25075 27 179 0 8 0.25075 26 250 0 8 0.25075 25 127 0 8 0.25075 135 180 0 8 0.24905 108 130 0 8 0.24905 98 318 0 8 0.24905 24 250 0 8 0.24905 211 239 0 8 0.2465 108 211 0 8 0.2465 106 211 0 8 0.2465 27 132 0 8 0.2465 210 237 0 8 0.2448 181 211 0 8 0.2448 24 126 0 8 0.2448 127 179 0 8 0.24225 108 250 0 8 0.24225 91 210 0 8 0.24225 137 153 0 8 0.24055 127 180 0 8 0.24055 126 230 0 8 0.24055 110 211 0 8 0.24055 27 37 0 8 0.24055 25 54 0 8 0.24055 109 118 0 8 0.238 29 180 0 8 0.238 27 38 0 8 0.238 26 127 0 8 0.238 155 180 0 8 0.2363 127 235 0 8 0.2363 118 237 0 8 0.2363 114 211 0 8 0.2363 91 237 0 8 0.2363 25 125 0 8 0.2363 17 228 0 8 0.2363 127 161 0 8 0.2346 127 150 0 8 0.2346 37 260 0 8 0.2346 26 38 0 8 0.2346 222 260 0 8 0.23205 211 302 0 8 0.23205 180 230 0 8 0.23205 152 210 0 8 0.23205 150 209 0 8 0.23205 131 152 0 8 0.23205 133 152 0 8 0.23035 131 250 0 8 0.23035 127 228 0 8 0.23035 109 161 0 8 0.23035 108 152 0 8 0.23035 97 118 0 8 0.23035 76 301 0 8 0.23035 51 139 0 8 0.23035 29 134 0 8 0.23035 27 211 0 8 0.23035 25 109 0 8 0.23035 25 53 0 8 0.23035 238 250 0 8 0.2278 139 181 0 8 0.2278 130 215 0 8 0.2278 127 177 0 8 0.2278 110 179 0 8 0.2278 41 50 0 8 0.2278 26 251 0 8 0.2278 25 90 0 8 0.2278 67 106 0 8 0.2261 28 153 0 8 0.2261 130 204 0 8 0.2244 127 215 0 8 0.2244 127 181 0 8 0.2244 127 167 0 8 0.2244 114 134 0 8 0.2244 108 181 0 8 0.2244 27 153 0 8 0.2244 179 193 0 8 0.22185 125 211 0 8 0.22185 106 135 0 8 0.22185 84 131 0 8 0.22185 41 109 0 8 0.22185 24 86 0 8 0.22185 142 226 0 8 0.22015 134 153 0 8 0.22015 130 153 0 8 0.22015 130 150 0 8 0.22015 77 302 0 8 0.22015 29 235 0 8 0.22015 27 253 0 8 0.22015 25 108 0 8 0.22015 25 105 0 8 0.22015 110 180 0 8 0.21845 108 134 0 8 0.21845 85 250 0 8 0.21845 135 150 0 8 0.21675 108 153 0 8 0.21675 90 118 0 8 0.21675 41 180 0 8 0.21675 26 179 0 8 0.21675 24 211 0 8 0.21675 221 237 0 8 0.2142 161 210 0 8 0.2142 133 210 0 8 0.2142 108 129 0 8 0.2142 107 131 0 8 0.2142 37 127 0 8 0.2142 4 37 0 8 0.2142 134 155 0 8 0.2125 133 160 0 8 0.2125 132 235 0 8 0.2125 106 127 0 8 0.2125 91 250 0 8 0.2125 71 179 0 8 0.2125 29 108 0 8 0.2125 25 77 0 8 0.2125 105 131 0 8 0.2108 67 107 0 8 0.2108 25 211 0 8 0.2108 179 305 0 8 0.2091 27 161 0 8 0.2091 26 41 0 8 0.2091 91 211 0 8 0.20655 54 98 0 8 0.20655 38 181 0 8 0.20655 26 181 0 8 0.20655 25 84 0 8 0.20655 153 188 0 8 0.20485 130 250 0 8 0.20485 127 204 0 8 0.20485 109 237 0 8 0.20485 85 215 0 8 0.20485 29 132 0 8 0.20485 27 110 0 8 0.20485 152 179 0 8 0.20315 110 210 0 8 0.20315 110 130 0 8 0.20315 38 204 0 8 0.20315 29 131 0 8 0.20315 156 212 0 8 0.20145 153 187 0 8 0.20145 108 238 0 8 0.20145 85 132 0 8 0.20145 83 108 0 8 0.20145 37 156 0 8 0.20145 26 107 0 8 0.20145 25 110 0 8 0.20145 139 349 0 8 0.19975 110 212 0 8 0.19975 108 133 0 8 0.19975 84 211 0 8 0.19975 38 237 0 8 0.19975 29 250 0 8 0.19975 25 131 0 8 0.19975 25 86 0 8 0.19975 179 221 0 8 0.1972 167 215 0 8 0.1972 142 335 0 8 0.1972 141 304 0 8 0.1972 134 180 0 8 0.1972 90 250 0 8 0.1972 29 181 0 8 0.1972 24 135 0 8 0.1972 179 251 0 8 0.1955 127 188 0 8 0.1955 121 305 0 8 0.1955 38 235 0 8 0.1955 27 250 0 8 0.1955 235 250 0 8 0.1938 223 323 0 8 0.1938 153 235 0 8 0.1938 67 250 0 8 0.1938 41 204 0 8 0.1938 28 210 0 8 0.1938 26 230 0 8 0.1938 25 180 0 8 0.1938 25 106 0 8 0.1938 211 250 0 8 0.1921 181 237 0 8 0.1921 165 267 0 8 0.1921 152 182 0 8 0.1921 130 235 0 8 0.1921 126 349 0 8 0.1921 108 150 0 8 0.1921 51 196 0 8 0.1921 29 109 0 8 0.1921 27 41 0 8 0.1921 25 129 0 8 0.1921 156 349 0 8 0.1904 141 152 0 8 0.1904 130 239 0 8 0.1904 130 161 0 8 0.1904 97 152 0 8 0.1904 38 109 0 8 0.1904 238 251 0 8 0.1887 54 80 0 8 0.1887 53 213 0 8 0.1887 51 84 0 8 0.1887 42 129 0 8 0.1887 181 235 0 8 0.187 134 235 0 8 0.187 134 152 0 8 0.187 121 150 0 8 0.187 110 152 0 8 0.187 27 251 0 8 0.187 181 250 0 8 0.1853 181 215 0 8 0.1853 152 250 0 8 0.1853 109 251 0 8 0.1853 108 194 0 8 0.1853 192 250 0 8 0.1836 150 210 0 8 0.1836 130 237 0 8 0.1836 110 132 0 8 0.1836 108 254 0 8 0.1836 108 235 0 8 0.1836 98 132 0 8 0.1836 85 134 0 8 0.1836 84 134 0 8 0.1836 84 132 0 8 0.1836 25 181 0 8 0.1836 210 250 0 8 0.1819 150 161 0 8 0.1819 132 155 0 8 0.1819 132 152 0 8 0.1819 130 231 0 8 0.1819 90 180 0 8 0.1819 85 248 0 8 0.1819 74 250 0 8 0.1819 41 237 0 8 0.1819 29 238 0 8 0.1819 182 204 0 8 0.1802 133 235 0 8 0.1802 90 181 0 8 0.1802 90 152 0 8 0.1802 71 80 0 8 0.1802 53 106 0 8 0.1802 29 239 0 8 0.1802 25 80 0 8 0.1802 25 66 0 8 0.1802 END