# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.011 0.004 0.003 0.220 0.138 0.623 2 G 0.023 0.015 0.011 0.550 0.083 0.318 3 I 0.029 0.016 0.023 0.636 0.074 0.222 4 T 0.025 0.007 0.039 0.740 0.027 0.163 5 K 0.004 0.001 0.007 0.973 0.005 0.011 6 P 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 7 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 8 S 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 9 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.005 0.001 10 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.009 0.002 11 L 0.001 0.001 0.003 0.974 0.014 0.009 12 L 0.001 0.004 0.004 0.854 0.059 0.078 13 G 0.003 0.004 0.006 0.048 0.252 0.687 14 S 0.017 0.007 0.012 0.014 0.346 0.605 15 S 0.086 0.010 0.026 0.012 0.398 0.468 16 Y 0.162 0.019 0.022 0.012 0.335 0.450 17 K 0.263 0.019 0.019 0.012 0.214 0.473 18 T 0.276 0.065 0.010 0.018 0.172 0.460 19 T 0.108 0.024 0.005 0.022 0.137 0.705 20 T 0.079 0.015 0.007 0.066 0.163 0.670 21 A 0.021 0.004 0.179 0.389 0.213 0.194 22 I 0.021 0.006 0.175 0.392 0.222 0.184 23 E 0.013 0.002 0.163 0.477 0.200 0.146 24 G 0.018 0.006 0.049 0.515 0.189 0.222 25 E 0.015 0.009 0.023 0.556 0.172 0.225 26 I 0.023 0.007 0.019 0.480 0.139 0.332 27 R 0.020 0.002 0.048 0.708 0.104 0.118 28 N 0.037 0.003 0.072 0.706 0.107 0.074 29 F 0.074 0.005 0.081 0.674 0.099 0.068 30 A 0.118 0.007 0.038 0.633 0.104 0.100 31 Y 0.248 0.005 0.029 0.471 0.118 0.129 32 R 0.327 0.009 0.017 0.371 0.112 0.163 33 G 0.405 0.006 0.010 0.308 0.087 0.184 34 I 0.701 0.008 0.005 0.144 0.034 0.108 35 F 0.811 0.008 0.002 0.074 0.022 0.083 36 T 0.730 0.005 0.004 0.073 0.035 0.152 37 T 0.731 0.008 0.004 0.046 0.045 0.166 38 A 0.514 0.013 0.007 0.056 0.108 0.302 39 P 0.228 0.009 0.017 0.073 0.237 0.435 40 I 0.068 0.007 0.103 0.220 0.387 0.215 41 Q 0.046 0.008 0.104 0.269 0.444 0.129 42 K 0.034 0.008 0.096 0.324 0.399 0.138 43 G 0.035 0.009 0.026 0.070 0.404 0.456 44 E 0.171 0.016 0.029 0.045 0.296 0.443 45 A 0.323 0.087 0.039 0.045 0.179 0.327 46 F 0.265 0.083 0.028 0.039 0.168 0.418 47 S 0.198 0.032 0.019 0.036 0.333 0.383 48 E 0.080 0.004 0.117 0.235 0.483 0.080 49 D 0.045 0.002 0.107 0.185 0.598 0.062 50 N 0.166 0.007 0.095 0.206 0.452 0.075 51 I 0.448 0.018 0.041 0.178 0.207 0.108 52 A 0.603 0.016 0.019 0.130 0.112 0.119 53 V 0.721 0.015 0.014 0.073 0.094 0.082 54 L 0.517 0.056 0.007 0.039 0.128 0.252 55 R 0.157 0.042 0.035 0.049 0.530 0.186 56 P 0.031 0.007 0.116 0.033 0.656 0.156 57 G 0.010 0.005 0.074 0.015 0.794 0.102 58 Q 0.033 0.049 0.048 0.012 0.737 0.121 59 K 0.037 0.055 0.010 0.010 0.514 0.373 60 P 0.023 0.045 0.028 0.015 0.626 0.264 61 Q 0.018 0.006 0.022 0.010 0.639 0.306 62 G 0.033 0.024 0.024 0.014 0.594 0.312 63 L 0.057 0.070 0.009 0.018 0.310 0.535 64 H 0.054 0.032 0.008 0.037 0.150 0.719 65 P 0.055 0.015 0.077 0.363 0.209 0.280 66 R 0.028 0.007 0.064 0.527 0.183 0.191 67 F 0.024 0.007 0.048 0.568 0.157 0.196 68 F 0.007 0.002 0.013 0.899 0.045 0.035 69 E 0.007 0.002 0.008 0.933 0.030 0.019 70 L 0.009 0.002 0.012 0.935 0.031 0.010 71 L 0.007 0.001 0.014 0.941 0.026 0.011 72 T 0.012 0.002 0.012 0.926 0.033 0.015 73 S 0.010 0.002 0.013 0.863 0.056 0.056 74 G 0.018 0.001 0.004 0.105 0.177 0.696 75 V 0.146 0.009 0.007 0.042 0.154 0.642 76 R 0.498 0.055 0.008 0.027 0.107 0.305 77 A 0.565 0.010 0.015 0.037 0.113 0.260 78 V 0.635 0.024 0.025 0.024 0.111 0.181 79 R 0.527 0.013 0.024 0.037 0.138 0.261 80 D 0.440 0.014 0.022 0.027 0.240 0.257 81 I 0.211 0.041 0.030 0.042 0.342 0.334 82 P 0.085 0.032 0.041 0.022 0.734 0.085 83 A 0.041 0.012 0.051 0.017 0.810 0.069 84 D 0.017 0.002 0.015 0.004 0.821 0.142 85 T 0.128 0.031 0.007 0.004 0.621 0.209 86 G 0.350 0.035 0.004 0.004 0.156 0.451 87 I 0.588 0.103 0.005 0.005 0.075 0.222 88 V 0.568 0.033 0.013 0.006 0.228 0.152 89 W 0.089 0.003 0.390 0.046 0.418 0.054 90 D 0.063 0.003 0.398 0.030 0.451 0.055 91 D 0.153 0.013 0.369 0.046 0.348 0.071 92 I 0.436 0.034 0.035 0.040 0.163 0.291 93 L 0.597 0.126 0.007 0.025 0.071 0.174 94 L 0.497 0.063 0.006 0.016 0.346 0.073 95 K 0.147 0.005 0.007 0.018 0.730 0.092 96 D 0.020 0.004 0.006 0.006 0.857 0.106 97 S 0.041 0.018 0.006 0.006 0.743 0.185 98 P 0.056 0.027 0.006 0.006 0.242 0.662 99 F 0.070 0.074 0.013 0.014 0.184 0.645 100 H 0.030 0.026 0.012 0.016 0.131 0.785 101 E 0.002 0.006 0.004 0.013 0.054 0.921