# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.984 2 G 0.065 0.022 0.004 0.603 0.001 0.016 0.289 3 I 0.050 0.007 0.006 0.667 0.039 0.035 0.195 4 T 0.029 0.004 0.007 0.776 0.031 0.062 0.092 5 K 0.016 0.001 0.004 0.904 0.021 0.022 0.032 6 P 0.010 0.001 0.004 0.962 0.006 0.006 0.011 7 V 0.009 0.001 0.005 0.967 0.005 0.005 0.007 8 S 0.010 0.001 0.007 0.969 0.003 0.007 0.004 9 E 0.005 0.001 0.015 0.960 0.003 0.012 0.004 10 K 0.007 0.001 0.018 0.927 0.005 0.036 0.006 11 L 0.006 0.002 0.028 0.782 0.013 0.154 0.014 12 L 0.015 0.005 0.024 0.376 0.081 0.439 0.061 13 G 0.019 0.007 0.036 0.123 0.163 0.386 0.265 14 S 0.038 0.014 0.055 0.066 0.231 0.103 0.493 15 S 0.060 0.009 0.106 0.081 0.178 0.213 0.352 16 Y 0.091 0.011 0.086 0.056 0.244 0.173 0.339 17 K 0.170 0.042 0.035 0.054 0.199 0.063 0.437 18 T 0.165 0.031 0.012 0.028 0.110 0.041 0.614 19 T 0.045 0.025 0.004 0.022 0.117 0.022 0.765 20 T 0.009 0.005 0.001 0.020 0.062 0.006 0.896 21 A 0.001 0.001 0.068 0.812 0.021 0.077 0.021 22 I 0.001 0.001 0.073 0.823 0.016 0.069 0.018 23 E 0.001 0.001 0.084 0.839 0.007 0.045 0.024 24 G 0.001 0.001 0.027 0.906 0.007 0.039 0.019 25 E 0.005 0.003 0.018 0.883 0.016 0.053 0.023 26 I 0.005 0.002 0.012 0.882 0.021 0.049 0.029 27 R 0.005 0.001 0.003 0.952 0.011 0.013 0.015 28 N 0.005 0.001 0.004 0.965 0.008 0.011 0.007 29 F 0.005 0.001 0.005 0.964 0.005 0.018 0.004 30 A 0.008 0.001 0.004 0.958 0.003 0.021 0.005 31 Y 0.010 0.001 0.005 0.938 0.008 0.030 0.007 32 R 0.022 0.001 0.009 0.881 0.018 0.053 0.016 33 G 0.056 0.002 0.014 0.805 0.022 0.050 0.051 34 I 0.114 0.006 0.011 0.749 0.027 0.028 0.064 35 F 0.190 0.005 0.012 0.711 0.012 0.030 0.041 36 T 0.122 0.009 0.033 0.677 0.018 0.069 0.072 37 T 0.264 0.005 0.046 0.496 0.032 0.073 0.085 38 A 0.281 0.003 0.077 0.399 0.049 0.085 0.107 39 P 0.279 0.024 0.098 0.318 0.067 0.093 0.120 40 I 0.318 0.015 0.087 0.208 0.074 0.062 0.237 41 Q 0.232 0.009 0.108 0.151 0.086 0.099 0.314 42 K 0.012 0.001 0.049 0.053 0.042 0.829 0.015 43 G 0.013 0.001 0.017 0.009 0.046 0.889 0.026 44 E 0.353 0.010 0.007 0.007 0.153 0.017 0.454 45 A 0.772 0.038 0.002 0.002 0.014 0.005 0.168 46 F 0.622 0.011 0.002 0.004 0.061 0.013 0.286 47 S 0.348 0.011 0.004 0.003 0.045 0.007 0.583 48 E 0.028 0.001 0.677 0.044 0.041 0.181 0.027 49 D 0.003 0.001 0.620 0.014 0.027 0.331 0.004 50 N 0.010 0.002 0.762 0.011 0.023 0.162 0.031 51 I 0.570 0.006 0.018 0.006 0.020 0.024 0.355 52 A 0.938 0.003 0.002 0.002 0.010 0.005 0.039 53 V 0.971 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 54 L 0.921 0.015 0.002 0.004 0.005 0.003 0.051 55 R 0.548 0.005 0.005 0.002 0.027 0.005 0.408 56 P 0.005 0.001 0.022 0.001 0.025 0.939 0.007 57 G 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.965 0.005 58 Q 0.091 0.027 0.037 0.001 0.169 0.141 0.533 59 K 0.144 0.123 0.011 0.003 0.157 0.072 0.490 60 P 0.095 0.026 0.026 0.004 0.140 0.113 0.596 61 Q 0.063 0.007 0.045 0.008 0.115 0.412 0.351 62 G 0.105 0.012 0.035 0.013 0.172 0.402 0.261 63 L 0.147 0.063 0.023 0.035 0.209 0.059 0.464 64 H 0.103 0.034 0.009 0.079 0.071 0.043 0.660 65 P 0.033 0.008 0.032 0.399 0.070 0.120 0.337 66 R 0.037 0.010 0.036 0.565 0.076 0.109 0.167 67 F 0.035 0.009 0.021 0.672 0.077 0.044 0.143 68 F 0.008 0.001 0.018 0.931 0.012 0.012 0.018 69 E 0.009 0.001 0.023 0.924 0.012 0.016 0.015 70 L 0.011 0.001 0.026 0.922 0.009 0.020 0.012 71 L 0.009 0.002 0.018 0.916 0.008 0.035 0.012 72 T 0.015 0.004 0.009 0.818 0.014 0.120 0.020 73 S 0.015 0.002 0.010 0.504 0.025 0.384 0.059 74 G 0.024 0.003 0.015 0.246 0.136 0.277 0.300 75 V 0.097 0.027 0.042 0.190 0.099 0.048 0.498 76 R 0.271 0.073 0.046 0.203 0.075 0.046 0.286 77 A 0.197 0.015 0.149 0.190 0.042 0.104 0.302 78 V 0.234 0.009 0.226 0.140 0.088 0.111 0.192 79 R 0.270 0.004 0.170 0.146 0.126 0.078 0.205 80 D 0.178 0.026 0.160 0.128 0.023 0.075 0.411 81 I 0.013 0.003 0.009 0.017 0.017 0.006 0.936 82 P 0.059 0.009 0.040 0.045 0.014 0.044 0.790 83 A 0.004 0.002 0.033 0.038 0.101 0.771 0.051 84 D 0.003 0.001 0.014 0.006 0.074 0.867 0.036 85 T 0.060 0.006 0.004 0.008 0.447 0.018 0.457 86 G 0.497 0.047 0.002 0.004 0.055 0.015 0.382 87 I 0.768 0.015 0.001 0.002 0.021 0.004 0.188 88 V 0.609 0.013 0.001 0.002 0.013 0.003 0.359 89 W 0.127 0.004 0.456 0.217 0.060 0.070 0.066 90 D 0.047 0.002 0.633 0.139 0.078 0.069 0.031 91 D 0.047 0.003 0.635 0.180 0.026 0.047 0.063 92 I 0.225 0.016 0.161 0.262 0.032 0.079 0.224 93 L 0.402 0.044 0.058 0.189 0.044 0.159 0.105 94 L 0.318 0.029 0.042 0.187 0.089 0.128 0.208 95 K 0.160 0.015 0.022 0.112 0.234 0.097 0.360 96 D 0.091 0.039 0.010 0.047 0.310 0.063 0.438 97 S 0.028 0.011 0.020 0.036 0.194 0.043 0.670 98 P 0.015 0.003 0.149 0.094 0.225 0.306 0.208 99 F 0.015 0.008 0.237 0.113 0.129 0.366 0.131 100 H 0.011 0.024 0.161 0.133 0.031 0.191 0.450 101 E 0.001 0.001 0.004 0.009 0.004 0.002 0.981