# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.9186 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.265 0.102 0.129 0.344 0.020 0.026 0.082 0.005 0.025 0.001 0.001 2 G 0.234 0.145 0.266 0.065 0.130 0.018 0.028 0.066 0.006 0.042 0.001 3 I 0.377 0.301 0.161 0.104 0.032 0.010 0.004 0.001 0.007 0.003 0.001 4 T 0.204 0.198 0.289 0.130 0.062 0.038 0.039 0.009 0.020 0.011 0.001 5 K 0.121 0.356 0.392 0.002 0.029 0.016 0.004 0.001 0.078 0.001 0.001 6 P 0.742 0.003 0.231 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 7 V 0.900 0.027 0.035 0.015 0.010 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 8 S 0.964 0.009 0.008 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.980 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.939 0.013 0.014 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.834 0.022 0.048 0.077 0.003 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 12 L 0.394 0.026 0.081 0.480 0.004 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 13 G 0.074 0.011 0.086 0.037 0.045 0.005 0.089 0.418 0.006 0.229 0.001 14 S 0.160 0.084 0.512 0.137 0.036 0.039 0.010 0.003 0.010 0.007 0.001 15 S 0.399 0.133 0.161 0.152 0.078 0.013 0.024 0.022 0.006 0.012 0.001 16 Y 0.214 0.346 0.183 0.156 0.052 0.022 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 17 K 0.188 0.282 0.380 0.056 0.025 0.039 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 18 T 0.092 0.469 0.252 0.026 0.051 0.039 0.009 0.001 0.060 0.001 0.001 19 T 0.204 0.136 0.571 0.032 0.008 0.038 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 20 T 0.162 0.412 0.231 0.030 0.102 0.019 0.003 0.001 0.036 0.003 0.001 21 A 0.734 0.031 0.174 0.021 0.012 0.008 0.003 0.005 0.002 0.008 0.001 22 I 0.715 0.078 0.076 0.078 0.016 0.011 0.006 0.003 0.013 0.004 0.001 23 E 0.745 0.040 0.113 0.072 0.007 0.011 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 24 G 0.790 0.012 0.039 0.026 0.024 0.003 0.025 0.051 0.002 0.026 0.001 25 E 0.891 0.016 0.032 0.036 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 26 I 0.777 0.042 0.030 0.125 0.006 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 27 R 0.835 0.050 0.050 0.029 0.007 0.014 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 28 N 0.789 0.035 0.042 0.077 0.014 0.018 0.012 0.003 0.008 0.001 0.001 29 F 0.759 0.042 0.032 0.130 0.013 0.008 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 30 A 0.749 0.074 0.084 0.060 0.013 0.008 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 31 Y 0.802 0.060 0.043 0.064 0.012 0.006 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 32 R 0.587 0.173 0.081 0.077 0.039 0.011 0.017 0.003 0.010 0.002 0.001 33 G 0.653 0.139 0.083 0.025 0.076 0.006 0.003 0.004 0.003 0.007 0.001 34 I 0.424 0.427 0.066 0.025 0.034 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 F 0.338 0.414 0.106 0.039 0.037 0.035 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 36 T 0.257 0.461 0.076 0.098 0.065 0.021 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 37 T 0.272 0.315 0.144 0.164 0.056 0.019 0.007 0.002 0.018 0.003 0.001 38 A 0.025 0.549 0.229 0.002 0.069 0.015 0.016 0.001 0.094 0.001 0.001 39 P 0.109 0.013 0.708 0.004 0.001 0.148 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 40 I 0.239 0.324 0.330 0.025 0.023 0.035 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 41 Q 0.567 0.109 0.252 0.029 0.009 0.018 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 42 K 0.265 0.103 0.374 0.200 0.022 0.007 0.017 0.002 0.007 0.002 0.001 43 G 0.057 0.005 0.032 0.022 0.032 0.002 0.123 0.630 0.002 0.094 0.001 44 E 0.090 0.282 0.505 0.025 0.028 0.040 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 45 A 0.090 0.264 0.518 0.039 0.020 0.048 0.005 0.002 0.011 0.001 0.002 46 F 0.046 0.471 0.266 0.064 0.086 0.044 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 47 S 0.007 0.319 0.415 0.004 0.205 0.026 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 48 E 0.948 0.007 0.011 0.026 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 D 0.667 0.006 0.031 0.279 0.001 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 50 N 0.151 0.017 0.032 0.491 0.006 0.036 0.225 0.014 0.028 0.001 0.001 51 I 0.098 0.413 0.387 0.051 0.018 0.019 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 52 A 0.094 0.567 0.239 0.028 0.037 0.019 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 53 V 0.030 0.739 0.158 0.015 0.036 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 L 0.042 0.511 0.350 0.017 0.023 0.032 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 55 R 0.009 0.396 0.390 0.001 0.039 0.018 0.004 0.001 0.139 0.001 0.001 56 P 0.090 0.009 0.838 0.013 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 57 G 0.103 0.068 0.151 0.049 0.156 0.007 0.028 0.280 0.006 0.150 0.001 58 Q 0.108 0.210 0.392 0.118 0.026 0.069 0.027 0.003 0.041 0.004 0.003 59 K 0.035 0.192 0.647 0.004 0.024 0.019 0.012 0.001 0.060 0.004 0.001 60 P 0.291 0.011 0.587 0.017 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 61 Q 0.175 0.077 0.321 0.319 0.023 0.016 0.042 0.007 0.016 0.002 0.001 62 G 0.016 0.003 0.029 0.010 0.041 0.002 0.051 0.570 0.001 0.280 0.001 63 L 0.154 0.234 0.429 0.115 0.020 0.030 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 64 H 0.036 0.228 0.499 0.005 0.043 0.032 0.018 0.001 0.127 0.009 0.001 65 P 0.392 0.011 0.512 0.011 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 66 R 0.684 0.068 0.094 0.105 0.022 0.007 0.006 0.007 0.005 0.002 0.001 67 F 0.519 0.129 0.181 0.070 0.047 0.024 0.009 0.004 0.012 0.004 0.001 68 F 0.827 0.063 0.043 0.034 0.009 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 69 E 0.898 0.040 0.023 0.025 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 L 0.795 0.062 0.055 0.050 0.008 0.017 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 71 L 0.762 0.065 0.068 0.062 0.006 0.022 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 72 T 0.744 0.078 0.047 0.099 0.010 0.008 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 73 S 0.399 0.084 0.133 0.314 0.043 0.004 0.011 0.003 0.004 0.004 0.001 74 G 0.156 0.018 0.073 0.075 0.059 0.005 0.067 0.464 0.004 0.079 0.001 75 V 0.143 0.363 0.399 0.019 0.029 0.025 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 76 R 0.192 0.293 0.429 0.015 0.008 0.042 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 77 A 0.253 0.290 0.365 0.023 0.031 0.027 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 78 V 0.296 0.449 0.101 0.077 0.039 0.017 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 79 R 0.139 0.434 0.226 0.029 0.116 0.012 0.013 0.002 0.022 0.006 0.001 80 D 0.189 0.077 0.301 0.109 0.009 0.187 0.070 0.005 0.047 0.001 0.005 81 I 0.050 0.465 0.346 0.006 0.013 0.029 0.004 0.001 0.087 0.001 0.001 82 P 0.188 0.015 0.731 0.012 0.001 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 83 A 0.411 0.080 0.332 0.067 0.049 0.008 0.021 0.009 0.004 0.020 0.001 84 D 0.204 0.020 0.040 0.223 0.020 0.032 0.372 0.075 0.009 0.004 0.001 85 T 0.094 0.313 0.290 0.238 0.042 0.007 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 86 G 0.056 0.111 0.381 0.043 0.167 0.015 0.036 0.098 0.009 0.081 0.001 87 I 0.009 0.581 0.336 0.004 0.042 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 88 V 0.010 0.596 0.313 0.003 0.033 0.027 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 89 W 0.538 0.225 0.113 0.023 0.026 0.044 0.002 0.001 0.025 0.002 0.001 90 D 0.883 0.028 0.028 0.042 0.004 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 91 D 0.608 0.055 0.038 0.167 0.028 0.028 0.050 0.004 0.020 0.001 0.001 92 I 0.575 0.226 0.097 0.061 0.015 0.011 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 93 L 0.535 0.197 0.154 0.039 0.017 0.028 0.009 0.001 0.017 0.002 0.001 94 L 0.378 0.146 0.219 0.164 0.020 0.038 0.008 0.002 0.022 0.002 0.001 95 K 0.347 0.152 0.300 0.085 0.038 0.026 0.027 0.007 0.013 0.004 0.001 96 D 0.261 0.057 0.140 0.384 0.016 0.055 0.057 0.008 0.018 0.003 0.001 97 S 0.058 0.127 0.580 0.005 0.103 0.013 0.011 0.004 0.075 0.022 0.001 98 P 0.726 0.003 0.172 0.038 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 99 F 0.442 0.066 0.107 0.286 0.022 0.022 0.017 0.017 0.017 0.003 0.001 100 H 0.225 0.169 0.271 0.172 0.023 0.066 0.024 0.004 0.044 0.002 0.001 101 E 0.503 0.099 0.197 0.088 0.033 0.018 0.021 0.013 0.011 0.016 0.001