# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.633 0.222 0.093 0.041 0.010 0.002 0.001 2 G 0.298 0.204 0.200 0.186 0.092 0.019 0.001 3 I 0.499 0.284 0.120 0.064 0.025 0.007 0.001 4 T 0.369 0.292 0.151 0.104 0.060 0.021 0.003 5 K 0.147 0.201 0.229 0.217 0.144 0.055 0.006 6 P 0.308 0.321 0.200 0.118 0.042 0.010 0.001 7 V 0.208 0.329 0.238 0.147 0.061 0.016 0.002 8 S 0.131 0.105 0.120 0.227 0.257 0.150 0.011 9 E 0.181 0.291 0.230 0.193 0.079 0.023 0.003 10 K 0.374 0.317 0.185 0.085 0.029 0.008 0.001 11 L 0.253 0.195 0.168 0.186 0.145 0.050 0.003 12 L 0.181 0.200 0.228 0.217 0.123 0.047 0.005 13 G 0.274 0.245 0.193 0.166 0.089 0.028 0.004 14 S 0.412 0.351 0.159 0.056 0.017 0.004 0.001 15 S 0.300 0.257 0.206 0.159 0.062 0.015 0.001 16 Y 0.325 0.326 0.201 0.106 0.035 0.007 0.001 17 K 0.239 0.205 0.217 0.210 0.108 0.021 0.001 18 T 0.451 0.356 0.139 0.044 0.010 0.001 0.001 19 T 0.236 0.250 0.211 0.188 0.096 0.018 0.001 20 T 0.254 0.317 0.230 0.154 0.039 0.005 0.001 21 A 0.653 0.270 0.059 0.014 0.003 0.001 0.001 22 I 0.491 0.308 0.138 0.052 0.010 0.001 0.001 23 E 0.221 0.213 0.199 0.226 0.120 0.022 0.001 24 G 0.264 0.342 0.237 0.119 0.034 0.005 0.001 25 E 0.442 0.361 0.130 0.051 0.013 0.003 0.001 26 I 0.138 0.194 0.226 0.237 0.150 0.049 0.005 27 R 0.051 0.115 0.171 0.255 0.277 0.120 0.012 28 N 0.151 0.302 0.235 0.191 0.095 0.023 0.002 29 F 0.052 0.095 0.193 0.294 0.248 0.109 0.009 30 A 0.021 0.029 0.034 0.089 0.225 0.476 0.126 31 Y 0.016 0.046 0.109 0.253 0.309 0.222 0.044 32 R 0.030 0.087 0.130 0.202 0.244 0.238 0.068 33 G 0.011 0.023 0.033 0.087 0.219 0.419 0.209 34 I 0.003 0.006 0.018 0.055 0.125 0.466 0.327 35 F 0.015 0.044 0.096 0.225 0.297 0.259 0.063 36 T 0.014 0.028 0.044 0.115 0.339 0.390 0.071 37 T 0.030 0.098 0.206 0.319 0.232 0.101 0.014 38 A 0.100 0.241 0.251 0.244 0.116 0.043 0.006 39 P 0.203 0.411 0.227 0.108 0.041 0.010 0.001 40 I 0.046 0.092 0.191 0.361 0.252 0.055 0.002 41 Q 0.479 0.337 0.131 0.043 0.009 0.002 0.001 42 K 0.533 0.323 0.102 0.033 0.008 0.002 0.001 43 G 0.244 0.207 0.181 0.206 0.122 0.037 0.003 44 E 0.205 0.284 0.240 0.179 0.074 0.016 0.001 45 A 0.251 0.293 0.233 0.144 0.062 0.017 0.001 46 F 0.110 0.111 0.150 0.250 0.254 0.116 0.008 47 S 0.224 0.281 0.230 0.176 0.071 0.017 0.001 48 E 0.435 0.329 0.150 0.062 0.019 0.005 0.001 49 D 0.491 0.309 0.128 0.054 0.015 0.003 0.001 50 N 0.148 0.185 0.221 0.223 0.161 0.058 0.005 51 I 0.123 0.086 0.145 0.237 0.244 0.148 0.018 52 A 0.202 0.219 0.207 0.207 0.121 0.042 0.004 53 V 0.149 0.137 0.148 0.171 0.227 0.151 0.015 54 L 0.118 0.199 0.245 0.253 0.131 0.049 0.005 55 R 0.168 0.154 0.158 0.237 0.199 0.077 0.007 56 P 0.275 0.245 0.187 0.147 0.095 0.043 0.008 57 G 0.524 0.216 0.121 0.083 0.039 0.015 0.002 58 Q 0.548 0.238 0.118 0.062 0.025 0.008 0.001 59 K 0.562 0.267 0.109 0.044 0.014 0.003 0.001 60 P 0.367 0.199 0.166 0.173 0.078 0.017 0.002 61 Q 0.518 0.264 0.122 0.061 0.024 0.009 0.002 62 G 0.328 0.197 0.155 0.147 0.104 0.057 0.011 63 L 0.278 0.181 0.144 0.160 0.137 0.082 0.018 64 H 0.221 0.216 0.189 0.182 0.119 0.061 0.013 65 P 0.216 0.220 0.199 0.184 0.115 0.056 0.011 66 R 0.303 0.307 0.194 0.121 0.055 0.017 0.002 67 F 0.153 0.249 0.248 0.207 0.107 0.032 0.004 68 F 0.070 0.066 0.095 0.200 0.301 0.242 0.027 69 E 0.133 0.234 0.227 0.229 0.125 0.047 0.006 70 L 0.213 0.325 0.220 0.133 0.072 0.033 0.004 71 L 0.058 0.087 0.155 0.263 0.266 0.154 0.016 72 T 0.044 0.044 0.067 0.154 0.294 0.341 0.056 73 S 0.101 0.165 0.210 0.235 0.181 0.092 0.015 74 G 0.170 0.231 0.232 0.196 0.112 0.052 0.007 75 V 0.111 0.178 0.211 0.241 0.169 0.081 0.010 76 R 0.141 0.237 0.235 0.203 0.130 0.048 0.006 77 A 0.059 0.108 0.157 0.256 0.286 0.125 0.008 78 V 0.157 0.290 0.278 0.190 0.068 0.016 0.001 79 R 0.367 0.339 0.163 0.091 0.032 0.008 0.001 80 D 0.341 0.363 0.184 0.085 0.024 0.004 0.001 81 I 0.067 0.101 0.202 0.365 0.231 0.034 0.001 82 P 0.606 0.288 0.077 0.024 0.004 0.001 0.001 83 A 0.703 0.220 0.057 0.016 0.003 0.001 0.001 84 D 0.650 0.244 0.072 0.027 0.006 0.001 0.001 85 T 0.266 0.324 0.223 0.136 0.044 0.008 0.001 86 G 0.198 0.290 0.234 0.182 0.077 0.018 0.001 87 I 0.038 0.056 0.109 0.219 0.340 0.219 0.019 88 V 0.070 0.210 0.281 0.268 0.134 0.035 0.003 89 W 0.063 0.094 0.140 0.245 0.288 0.147 0.023 90 D 0.230 0.303 0.179 0.151 0.090 0.040 0.008 91 D 0.123 0.188 0.205 0.216 0.158 0.091 0.019 92 I 0.070 0.063 0.087 0.165 0.257 0.280 0.080 93 L 0.109 0.097 0.117 0.168 0.196 0.237 0.076 94 L 0.135 0.072 0.086 0.128 0.184 0.257 0.138 95 K 0.128 0.118 0.130 0.159 0.172 0.176 0.118 96 D 0.133 0.106 0.131 0.166 0.193 0.182 0.088 97 S 0.166 0.134 0.133 0.152 0.157 0.186 0.073 98 P 0.348 0.198 0.120 0.146 0.108 0.065 0.014 99 F 0.383 0.198 0.144 0.118 0.092 0.052 0.012 100 H 0.516 0.174 0.116 0.103 0.062 0.025 0.004 101 E 0.625 0.210 0.086 0.048 0.020 0.009 0.002