# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.012 0.019 0.258 0.013 0.070 0.073 0.002 0.001 0.005 0.193 0.272 0.042 0.040 2 G 0.013 0.030 0.326 0.012 0.066 0.045 0.004 0.001 0.008 0.126 0.293 0.020 0.057 3 I 0.007 0.025 0.535 0.006 0.027 0.030 0.003 0.001 0.011 0.148 0.114 0.047 0.045 4 T 0.010 0.026 0.563 0.010 0.018 0.025 0.004 0.001 0.012 0.173 0.056 0.015 0.086 5 K 0.001 0.015 0.543 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.014 0.261 0.008 0.134 0.008 6 P 0.001 0.018 0.816 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.009 0.019 0.012 0.002 0.102 7 V 0.002 0.060 0.524 0.008 0.049 0.168 0.002 0.001 0.008 0.057 0.080 0.025 0.017 8 S 0.003 0.013 0.382 0.007 0.124 0.258 0.001 0.001 0.005 0.079 0.076 0.015 0.035 9 E 0.003 0.003 0.064 0.005 0.309 0.459 0.001 0.001 0.003 0.058 0.075 0.009 0.012 10 K 0.004 0.005 0.071 0.003 0.237 0.508 0.001 0.001 0.003 0.051 0.086 0.014 0.016 11 L 0.010 0.024 0.076 0.003 0.151 0.501 0.003 0.004 0.016 0.037 0.100 0.020 0.054 12 L 0.008 0.029 0.087 0.010 0.036 0.426 0.002 0.003 0.007 0.059 0.290 0.021 0.023 13 G 0.003 0.009 0.275 0.010 0.027 0.128 0.001 0.001 0.002 0.156 0.364 0.011 0.014 14 S 0.003 0.010 0.418 0.005 0.036 0.094 0.001 0.001 0.004 0.188 0.202 0.014 0.024 15 S 0.006 0.027 0.309 0.005 0.068 0.120 0.002 0.001 0.008 0.175 0.206 0.022 0.053 16 Y 0.017 0.026 0.306 0.008 0.064 0.134 0.005 0.002 0.014 0.180 0.127 0.050 0.068 17 K 0.021 0.022 0.280 0.013 0.048 0.191 0.006 0.003 0.018 0.152 0.105 0.074 0.068 18 T 0.029 0.021 0.270 0.012 0.038 0.258 0.006 0.003 0.017 0.102 0.079 0.043 0.120 19 T 0.041 0.015 0.221 0.036 0.027 0.358 0.007 0.004 0.017 0.079 0.066 0.048 0.082 20 T 0.073 0.016 0.167 0.017 0.023 0.339 0.013 0.004 0.023 0.063 0.045 0.120 0.098 21 A 0.070 0.014 0.118 0.007 0.032 0.447 0.014 0.004 0.017 0.032 0.044 0.044 0.156 22 I 0.086 0.013 0.096 0.014 0.028 0.448 0.013 0.004 0.013 0.031 0.056 0.128 0.069 23 E 0.042 0.009 0.081 0.025 0.026 0.521 0.006 0.004 0.010 0.035 0.120 0.034 0.088 24 G 0.032 0.003 0.142 0.017 0.019 0.413 0.004 0.002 0.005 0.076 0.183 0.071 0.035 25 E 0.054 0.014 0.226 0.004 0.018 0.394 0.010 0.002 0.009 0.035 0.060 0.054 0.119 26 I 0.069 0.029 0.142 0.005 0.027 0.395 0.014 0.003 0.011 0.027 0.025 0.047 0.207 27 R 0.046 0.006 0.125 0.090 0.036 0.388 0.006 0.002 0.007 0.056 0.052 0.143 0.042 28 N 0.032 0.006 0.109 0.028 0.054 0.392 0.005 0.004 0.013 0.097 0.107 0.035 0.119 29 F 0.039 0.008 0.130 0.011 0.063 0.382 0.008 0.008 0.021 0.058 0.125 0.087 0.060 30 A 0.101 0.020 0.164 0.009 0.040 0.280 0.023 0.015 0.029 0.049 0.085 0.055 0.130 31 Y 0.101 0.022 0.163 0.019 0.041 0.271 0.017 0.014 0.029 0.045 0.067 0.103 0.108 32 R 0.049 0.011 0.136 0.063 0.039 0.247 0.008 0.007 0.018 0.118 0.174 0.067 0.064 33 G 0.044 0.008 0.178 0.019 0.036 0.136 0.007 0.005 0.018 0.135 0.278 0.065 0.071 34 I 0.118 0.020 0.248 0.012 0.026 0.077 0.024 0.008 0.035 0.074 0.079 0.094 0.185 35 F 0.126 0.041 0.203 0.018 0.021 0.048 0.037 0.012 0.064 0.060 0.060 0.138 0.173 36 T 0.045 0.016 0.309 0.028 0.018 0.048 0.019 0.008 0.055 0.111 0.109 0.110 0.122 37 T 0.023 0.022 0.430 0.022 0.016 0.041 0.007 0.002 0.035 0.200 0.063 0.023 0.117 38 A 0.003 0.011 0.548 0.007 0.007 0.028 0.001 0.001 0.022 0.231 0.023 0.101 0.018 39 P 0.003 0.033 0.608 0.005 0.010 0.045 0.003 0.002 0.032 0.042 0.046 0.007 0.165 40 I 0.010 0.053 0.526 0.014 0.037 0.086 0.005 0.002 0.019 0.076 0.073 0.064 0.035 41 Q 0.012 0.029 0.452 0.007 0.035 0.060 0.004 0.001 0.013 0.153 0.085 0.081 0.068 42 K 0.002 0.010 0.124 0.010 0.041 0.067 0.001 0.001 0.005 0.077 0.621 0.012 0.030 43 G 0.002 0.004 0.199 0.012 0.019 0.019 0.001 0.001 0.001 0.147 0.567 0.015 0.014 44 E 0.010 0.021 0.543 0.004 0.024 0.021 0.002 0.001 0.008 0.145 0.065 0.072 0.085 45 A 0.021 0.079 0.335 0.003 0.020 0.040 0.006 0.001 0.015 0.064 0.043 0.067 0.306 46 F 0.021 0.050 0.508 0.035 0.020 0.035 0.005 0.001 0.006 0.092 0.061 0.108 0.060 47 S 0.006 0.013 0.686 0.004 0.023 0.031 0.001 0.001 0.003 0.076 0.054 0.018 0.083 48 E 0.009 0.005 0.120 0.007 0.261 0.166 0.001 0.001 0.003 0.101 0.264 0.030 0.033 49 D 0.006 0.005 0.102 0.028 0.160 0.129 0.001 0.001 0.003 0.147 0.374 0.022 0.021 50 N 0.016 0.012 0.216 0.029 0.144 0.072 0.002 0.001 0.008 0.140 0.237 0.058 0.065 51 I 0.102 0.029 0.196 0.020 0.027 0.045 0.015 0.004 0.025 0.047 0.025 0.075 0.392 52 A 0.208 0.026 0.073 0.017 0.015 0.036 0.038 0.018 0.075 0.018 0.014 0.300 0.162 53 V 0.229 0.019 0.068 0.019 0.015 0.047 0.059 0.060 0.119 0.022 0.023 0.085 0.237 54 L 0.162 0.057 0.155 0.016 0.010 0.037 0.055 0.017 0.060 0.066 0.023 0.133 0.207 55 R 0.011 0.026 0.600 0.009 0.006 0.010 0.002 0.001 0.021 0.106 0.030 0.119 0.058 56 P 0.001 0.004 0.148 0.006 0.037 0.010 0.001 0.001 0.002 0.071 0.700 0.002 0.018 57 G 0.001 0.005 0.090 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.111 0.742 0.010 0.004 58 Q 0.002 0.043 0.426 0.002 0.038 0.007 0.001 0.001 0.003 0.342 0.107 0.007 0.022 59 K 0.001 0.038 0.674 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.220 0.019 0.022 0.010 60 P 0.001 0.022 0.506 0.005 0.058 0.019 0.001 0.001 0.001 0.068 0.286 0.002 0.032 61 Q 0.001 0.019 0.180 0.003 0.109 0.026 0.001 0.001 0.001 0.175 0.468 0.010 0.007 62 G 0.003 0.022 0.275 0.001 0.081 0.028 0.001 0.001 0.003 0.241 0.308 0.014 0.022 63 L 0.004 0.036 0.521 0.002 0.021 0.037 0.001 0.001 0.003 0.235 0.093 0.012 0.036 64 H 0.002 0.021 0.700 0.001 0.008 0.042 0.001 0.001 0.002 0.167 0.019 0.022 0.015 65 P 0.001 0.004 0.163 0.002 0.086 0.553 0.001 0.001 0.001 0.042 0.129 0.002 0.015 66 R 0.006 0.010 0.059 0.003 0.069 0.729 0.002 0.001 0.003 0.028 0.069 0.013 0.008 67 F 0.007 0.004 0.024 0.002 0.078 0.818 0.002 0.001 0.004 0.010 0.032 0.004 0.015 68 F 0.012 0.002 0.022 0.006 0.035 0.870 0.002 0.001 0.004 0.008 0.018 0.007 0.012 69 E 0.021 0.003 0.027 0.008 0.036 0.808 0.003 0.003 0.007 0.013 0.027 0.028 0.017 70 L 0.022 0.004 0.027 0.001 0.036 0.790 0.005 0.005 0.009 0.011 0.030 0.008 0.053 71 L 0.015 0.006 0.053 0.007 0.021 0.810 0.003 0.005 0.007 0.012 0.030 0.014 0.016 72 T 0.007 0.004 0.078 0.008 0.041 0.728 0.002 0.001 0.006 0.032 0.057 0.015 0.021 73 S 0.003 0.002 0.048 0.007 0.044 0.575 0.001 0.001 0.002 0.057 0.244 0.009 0.009 74 G 0.008 0.006 0.102 0.004 0.059 0.447 0.002 0.002 0.008 0.040 0.285 0.018 0.020 75 V 0.023 0.017 0.181 0.008 0.051 0.418 0.005 0.005 0.034 0.057 0.036 0.016 0.149 76 R 0.029 0.010 0.110 0.029 0.056 0.334 0.009 0.005 0.058 0.072 0.039 0.212 0.038 77 A 0.039 0.012 0.087 0.006 0.061 0.361 0.015 0.019 0.118 0.026 0.040 0.042 0.176 78 V 0.052 0.021 0.131 0.029 0.086 0.319 0.019 0.010 0.058 0.023 0.070 0.033 0.147 79 R 0.024 0.011 0.135 0.033 0.053 0.204 0.011 0.007 0.045 0.089 0.181 0.172 0.036 80 D 0.017 0.014 0.237 0.013 0.041 0.113 0.006 0.005 0.034 0.154 0.182 0.015 0.170 81 I 0.001 0.024 0.481 0.005 0.004 0.021 0.001 0.001 0.016 0.327 0.013 0.095 0.012 82 P 0.001 0.016 0.844 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.011 0.038 0.020 0.002 0.047 83 A 0.001 0.015 0.202 0.008 0.183 0.120 0.001 0.001 0.008 0.074 0.375 0.004 0.007 84 D 0.002 0.007 0.181 0.008 0.262 0.077 0.001 0.001 0.006 0.101 0.338 0.007 0.008 85 T 0.002 0.010 0.169 0.008 0.195 0.153 0.002 0.002 0.015 0.168 0.251 0.009 0.017 86 G 0.009 0.024 0.260 0.011 0.034 0.130 0.005 0.007 0.049 0.161 0.230 0.047 0.033 87 I 0.027 0.058 0.318 0.007 0.009 0.084 0.023 0.039 0.133 0.066 0.030 0.059 0.146 88 V 0.058 0.057 0.183 0.020 0.013 0.128 0.036 0.056 0.157 0.051 0.046 0.101 0.093 89 W 0.052 0.020 0.209 0.025 0.037 0.180 0.025 0.030 0.074 0.066 0.087 0.057 0.140 90 D 0.032 0.009 0.160 0.050 0.062 0.284 0.008 0.009 0.034 0.117 0.134 0.054 0.046 91 D 0.019 0.007 0.143 0.030 0.126 0.333 0.005 0.004 0.024 0.122 0.113 0.020 0.054 92 I 0.053 0.021 0.130 0.006 0.106 0.389 0.016 0.009 0.026 0.043 0.068 0.054 0.080 93 L 0.115 0.039 0.089 0.008 0.063 0.381 0.028 0.020 0.024 0.025 0.073 0.059 0.078 94 L 0.092 0.024 0.166 0.012 0.068 0.298 0.016 0.012 0.015 0.050 0.110 0.057 0.080 95 K 0.017 0.012 0.164 0.006 0.046 0.173 0.004 0.003 0.007 0.114 0.379 0.040 0.036 96 D 0.004 0.013 0.326 0.005 0.027 0.058 0.001 0.001 0.004 0.293 0.228 0.008 0.032 97 S 0.001 0.011 0.588 0.002 0.016 0.021 0.001 0.001 0.002 0.298 0.038 0.016 0.007 98 P 0.001 0.020 0.526 0.003 0.071 0.032 0.001 0.001 0.002 0.094 0.222 0.004 0.025 99 F 0.002 0.035 0.368 0.003 0.129 0.041 0.001 0.001 0.003 0.110 0.282 0.011 0.014 100 H 0.002 0.029 0.565 0.002 0.064 0.032 0.001 0.001 0.003 0.202 0.072 0.013 0.015 101 E 0.001 0.009 0.752 0.002 0.030 0.032 0.001 0.001 0.002 0.113 0.040 0.006 0.014