# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.300 0.192 0.080 0.148 0.096 0.064 0.054 0.028 0.020 0.011 0.006 2 G 0.364 0.178 0.055 0.124 0.091 0.063 0.056 0.029 0.021 0.012 0.007 3 I 0.055 0.040 0.019 0.055 0.070 0.083 0.157 0.154 0.156 0.124 0.088 4 T 0.158 0.192 0.069 0.156 0.131 0.094 0.090 0.048 0.033 0.020 0.009 5 K 0.188 0.165 0.078 0.171 0.127 0.088 0.078 0.043 0.032 0.019 0.011 6 P 0.338 0.147 0.064 0.130 0.094 0.073 0.070 0.035 0.025 0.016 0.009 7 V 0.064 0.060 0.039 0.075 0.093 0.110 0.161 0.123 0.116 0.091 0.068 8 S 0.125 0.186 0.086 0.159 0.117 0.089 0.100 0.056 0.042 0.024 0.015 9 E 0.299 0.114 0.124 0.160 0.113 0.077 0.059 0.026 0.016 0.008 0.004 10 K 0.215 0.162 0.205 0.208 0.101 0.051 0.034 0.012 0.006 0.003 0.002 11 L 0.018 0.029 0.046 0.077 0.095 0.131 0.199 0.141 0.127 0.086 0.051 12 L 0.033 0.052 0.058 0.102 0.111 0.128 0.179 0.123 0.098 0.069 0.047 13 G 0.277 0.202 0.195 0.130 0.076 0.048 0.037 0.015 0.011 0.006 0.004 14 S 0.191 0.146 0.115 0.156 0.120 0.088 0.081 0.042 0.029 0.020 0.012 15 S 0.262 0.226 0.067 0.139 0.100 0.066 0.061 0.030 0.023 0.015 0.011 16 Y 0.100 0.053 0.035 0.074 0.087 0.120 0.155 0.110 0.115 0.084 0.066 17 K 0.254 0.208 0.144 0.159 0.100 0.059 0.042 0.016 0.010 0.006 0.003 18 T 0.172 0.125 0.100 0.148 0.107 0.093 0.102 0.059 0.046 0.029 0.019 19 T 0.155 0.111 0.073 0.137 0.120 0.111 0.120 0.068 0.050 0.034 0.021 20 T 0.239 0.174 0.127 0.157 0.100 0.071 0.062 0.029 0.021 0.013 0.008 21 A 0.123 0.088 0.087 0.118 0.111 0.106 0.130 0.079 0.067 0.052 0.038 22 I 0.063 0.066 0.050 0.077 0.082 0.103 0.159 0.114 0.112 0.098 0.076 23 E 0.135 0.196 0.130 0.217 0.136 0.076 0.056 0.024 0.017 0.009 0.005 24 G 0.385 0.144 0.137 0.116 0.074 0.055 0.043 0.019 0.013 0.008 0.005 25 E 0.140 0.129 0.126 0.196 0.138 0.099 0.087 0.037 0.024 0.014 0.009 26 I 0.030 0.022 0.038 0.043 0.045 0.066 0.154 0.144 0.177 0.162 0.121 27 R 0.066 0.081 0.185 0.220 0.153 0.120 0.091 0.039 0.025 0.013 0.007 28 N 0.098 0.140 0.251 0.208 0.115 0.078 0.058 0.024 0.016 0.009 0.004 29 F 0.053 0.041 0.060 0.074 0.077 0.105 0.161 0.127 0.127 0.103 0.074 30 A 0.094 0.074 0.099 0.127 0.108 0.104 0.146 0.082 0.074 0.053 0.040 31 Y 0.044 0.053 0.116 0.106 0.100 0.113 0.156 0.105 0.094 0.065 0.047 32 R 0.044 0.094 0.137 0.217 0.172 0.124 0.095 0.051 0.035 0.020 0.010 33 G 0.160 0.108 0.100 0.105 0.097 0.093 0.100 0.072 0.073 0.054 0.038 34 I 0.044 0.048 0.043 0.086 0.095 0.102 0.170 0.129 0.126 0.094 0.063 35 F 0.025 0.027 0.030 0.058 0.073 0.091 0.165 0.142 0.159 0.130 0.099 36 T 0.067 0.098 0.099 0.165 0.138 0.116 0.123 0.073 0.057 0.038 0.028 37 T 0.182 0.135 0.096 0.160 0.115 0.086 0.088 0.052 0.041 0.027 0.018 38 A 0.103 0.076 0.038 0.083 0.095 0.109 0.161 0.116 0.105 0.075 0.040 39 P 0.264 0.208 0.071 0.161 0.104 0.067 0.061 0.027 0.019 0.012 0.007 40 I 0.031 0.018 0.013 0.035 0.046 0.058 0.132 0.141 0.188 0.172 0.164 41 Q 0.189 0.209 0.121 0.177 0.116 0.074 0.056 0.024 0.016 0.009 0.007 42 K 0.221 0.260 0.101 0.186 0.103 0.058 0.039 0.016 0.009 0.005 0.002 43 G 0.428 0.101 0.039 0.085 0.080 0.075 0.074 0.045 0.035 0.024 0.014 44 E 0.293 0.232 0.116 0.171 0.088 0.043 0.031 0.012 0.007 0.004 0.002 45 A 0.126 0.129 0.091 0.159 0.121 0.098 0.120 0.062 0.047 0.028 0.018 46 F 0.045 0.043 0.033 0.068 0.088 0.115 0.156 0.130 0.128 0.108 0.085 47 S 0.145 0.218 0.128 0.161 0.117 0.078 0.072 0.035 0.025 0.014 0.008 48 E 0.346 0.130 0.126 0.168 0.097 0.058 0.039 0.016 0.011 0.006 0.003 49 D 0.218 0.137 0.081 0.153 0.118 0.103 0.092 0.042 0.028 0.017 0.010 50 N 0.067 0.105 0.093 0.175 0.135 0.123 0.123 0.070 0.055 0.035 0.021 51 I 0.030 0.023 0.029 0.050 0.063 0.090 0.167 0.151 0.164 0.136 0.096 52 A 0.047 0.079 0.122 0.146 0.130 0.122 0.152 0.080 0.060 0.037 0.024 53 V 0.030 0.061 0.069 0.131 0.122 0.114 0.164 0.110 0.094 0.064 0.040 54 L 0.010 0.013 0.012 0.038 0.054 0.070 0.131 0.142 0.175 0.173 0.183 55 R 0.095 0.164 0.110 0.175 0.158 0.111 0.093 0.041 0.030 0.015 0.008 56 P 0.257 0.149 0.071 0.148 0.107 0.084 0.092 0.043 0.028 0.015 0.006 57 G 0.600 0.116 0.038 0.076 0.050 0.034 0.036 0.019 0.015 0.010 0.007 58 Q 0.153 0.194 0.079 0.158 0.116 0.088 0.091 0.050 0.034 0.023 0.014 59 K 0.183 0.271 0.074 0.166 0.112 0.071 0.055 0.029 0.020 0.012 0.007 60 P 0.232 0.087 0.044 0.098 0.102 0.117 0.126 0.079 0.058 0.035 0.022 61 Q 0.312 0.179 0.072 0.157 0.106 0.059 0.057 0.027 0.017 0.009 0.004 62 G 0.349 0.179 0.072 0.152 0.097 0.056 0.044 0.021 0.016 0.008 0.005 63 L 0.042 0.049 0.018 0.062 0.074 0.101 0.157 0.148 0.141 0.125 0.084 64 H 0.049 0.102 0.041 0.122 0.141 0.141 0.170 0.098 0.070 0.042 0.024 65 P 0.295 0.126 0.086 0.155 0.104 0.072 0.067 0.038 0.030 0.017 0.009 66 R 0.107 0.117 0.050 0.175 0.169 0.140 0.131 0.054 0.032 0.017 0.010 67 F 0.012 0.020 0.020 0.051 0.051 0.067 0.132 0.151 0.199 0.170 0.127 68 F 0.017 0.015 0.031 0.066 0.096 0.154 0.218 0.144 0.134 0.081 0.044 69 E 0.046 0.077 0.344 0.267 0.125 0.067 0.045 0.017 0.008 0.003 0.002 70 L 0.007 0.015 0.036 0.048 0.061 0.098 0.214 0.187 0.156 0.117 0.062 71 L 0.006 0.007 0.016 0.030 0.035 0.049 0.113 0.142 0.201 0.207 0.193 72 T 0.045 0.080 0.201 0.167 0.152 0.124 0.111 0.052 0.037 0.019 0.012 73 S 0.114 0.130 0.180 0.198 0.128 0.105 0.083 0.032 0.018 0.010 0.004 74 G 0.269 0.134 0.070 0.114 0.089 0.073 0.090 0.056 0.048 0.036 0.022 75 V 0.033 0.039 0.032 0.065 0.065 0.093 0.158 0.129 0.142 0.124 0.120 76 R 0.088 0.145 0.181 0.181 0.146 0.102 0.077 0.035 0.024 0.013 0.008 77 A 0.064 0.062 0.056 0.102 0.103 0.115 0.176 0.118 0.094 0.063 0.047 78 V 0.057 0.036 0.029 0.063 0.076 0.087 0.157 0.131 0.139 0.122 0.104 79 R 0.079 0.082 0.095 0.176 0.159 0.131 0.116 0.061 0.050 0.030 0.021 80 D 0.159 0.166 0.133 0.197 0.121 0.085 0.066 0.030 0.021 0.013 0.009 81 I 0.018 0.021 0.017 0.035 0.050 0.074 0.168 0.163 0.161 0.166 0.126 82 P 0.294 0.238 0.070 0.138 0.092 0.056 0.050 0.024 0.018 0.012 0.009 83 A 0.163 0.070 0.047 0.104 0.101 0.102 0.127 0.087 0.081 0.062 0.056 84 D 0.347 0.194 0.089 0.147 0.083 0.053 0.041 0.018 0.013 0.008 0.007 85 T 0.100 0.117 0.064 0.163 0.133 0.120 0.125 0.071 0.053 0.034 0.020 86 G 0.255 0.132 0.044 0.108 0.092 0.093 0.094 0.060 0.053 0.041 0.029 87 I 0.035 0.053 0.039 0.089 0.099 0.112 0.167 0.121 0.122 0.093 0.069 88 V 0.031 0.057 0.041 0.112 0.101 0.097 0.153 0.117 0.116 0.094 0.081 89 W 0.023 0.025 0.023 0.071 0.093 0.109 0.166 0.141 0.147 0.111 0.090 90 D 0.077 0.091 0.098 0.215 0.169 0.127 0.104 0.053 0.036 0.019 0.011 91 D 0.066 0.085 0.097 0.206 0.155 0.136 0.115 0.059 0.043 0.025 0.012 92 I 0.023 0.021 0.034 0.043 0.046 0.066 0.146 0.154 0.194 0.165 0.108 93 L 0.014 0.023 0.036 0.069 0.081 0.099 0.198 0.154 0.145 0.109 0.072 94 L 0.012 0.028 0.062 0.080 0.093 0.102 0.178 0.141 0.140 0.100 0.064 95 K 0.097 0.114 0.143 0.198 0.156 0.112 0.097 0.042 0.024 0.011 0.006 96 D 0.253 0.137 0.075 0.148 0.113 0.086 0.084 0.047 0.030 0.018 0.008 97 S 0.150 0.170 0.052 0.115 0.097 0.085 0.108 0.081 0.067 0.051 0.023 98 P 0.424 0.180 0.060 0.113 0.075 0.050 0.045 0.023 0.016 0.010 0.004 99 F 0.204 0.071 0.033 0.067 0.062 0.070 0.129 0.109 0.109 0.087 0.060 100 H 0.178 0.178 0.080 0.162 0.115 0.081 0.082 0.050 0.039 0.023 0.012 101 E 0.465 0.179 0.057 0.113 0.069 0.041 0.031 0.019 0.014 0.008 0.005