# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.271 0.112 0.219 0.309 0.024 0.009 0.035 0.004 0.014 0.002 0.001 2 G 0.059 0.012 0.067 0.029 0.063 0.004 0.151 0.504 0.003 0.107 0.001 3 I 0.153 0.356 0.348 0.077 0.027 0.027 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 4 T 0.119 0.340 0.321 0.104 0.035 0.041 0.010 0.002 0.024 0.003 0.001 5 K 0.032 0.407 0.407 0.002 0.044 0.013 0.006 0.001 0.088 0.001 0.001 6 P 0.105 0.010 0.787 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 7 V 0.363 0.272 0.206 0.070 0.030 0.030 0.005 0.003 0.020 0.001 0.001 8 S 0.339 0.165 0.294 0.056 0.070 0.031 0.013 0.007 0.011 0.012 0.001 9 E 0.645 0.107 0.100 0.079 0.033 0.012 0.007 0.004 0.010 0.003 0.001 10 K 0.574 0.115 0.174 0.053 0.022 0.025 0.013 0.002 0.020 0.001 0.001 11 L 0.506 0.099 0.221 0.095 0.005 0.046 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 12 L 0.289 0.136 0.249 0.250 0.019 0.026 0.011 0.002 0.016 0.001 0.001 13 G 0.130 0.028 0.119 0.073 0.105 0.009 0.077 0.290 0.008 0.161 0.001 14 S 0.275 0.138 0.375 0.110 0.052 0.019 0.008 0.005 0.008 0.007 0.001 15 S 0.329 0.167 0.181 0.187 0.055 0.025 0.024 0.012 0.013 0.007 0.001 16 Y 0.183 0.298 0.241 0.117 0.083 0.030 0.015 0.006 0.024 0.004 0.001 17 K 0.209 0.290 0.287 0.080 0.048 0.040 0.015 0.004 0.025 0.003 0.001 18 T 0.189 0.372 0.225 0.073 0.077 0.037 0.006 0.002 0.017 0.002 0.001 19 T 0.253 0.393 0.116 0.110 0.087 0.018 0.004 0.002 0.014 0.002 0.001 20 T 0.168 0.425 0.172 0.073 0.111 0.020 0.006 0.002 0.021 0.003 0.001 21 A 0.202 0.277 0.294 0.046 0.107 0.028 0.012 0.007 0.018 0.008 0.001 22 I 0.228 0.441 0.168 0.062 0.032 0.028 0.004 0.001 0.034 0.002 0.001 23 E 0.166 0.189 0.492 0.053 0.032 0.024 0.020 0.003 0.015 0.005 0.001 24 G 0.179 0.015 0.049 0.019 0.129 0.002 0.068 0.400 0.002 0.137 0.001 25 E 0.555 0.136 0.154 0.070 0.045 0.021 0.004 0.002 0.006 0.003 0.002 26 I 0.418 0.286 0.131 0.085 0.017 0.035 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 27 R 0.627 0.132 0.121 0.063 0.021 0.018 0.007 0.001 0.008 0.002 0.001 28 N 0.338 0.080 0.086 0.227 0.047 0.062 0.097 0.015 0.047 0.001 0.001 29 F 0.407 0.176 0.178 0.131 0.025 0.040 0.015 0.003 0.023 0.002 0.001 30 A 0.477 0.201 0.168 0.085 0.028 0.017 0.009 0.004 0.009 0.003 0.001 31 Y 0.400 0.218 0.110 0.138 0.043 0.029 0.025 0.006 0.026 0.005 0.001 32 R 0.276 0.211 0.186 0.182 0.045 0.019 0.047 0.005 0.026 0.004 0.001 33 G 0.192 0.045 0.100 0.046 0.195 0.009 0.106 0.187 0.005 0.114 0.001 34 I 0.305 0.373 0.157 0.102 0.031 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 35 F 0.139 0.384 0.243 0.067 0.058 0.061 0.012 0.002 0.032 0.002 0.001 36 T 0.235 0.363 0.127 0.166 0.061 0.023 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 37 T 0.142 0.356 0.206 0.135 0.096 0.020 0.010 0.004 0.025 0.004 0.001 38 A 0.028 0.371 0.369 0.002 0.087 0.009 0.012 0.001 0.115 0.006 0.001 39 P 0.096 0.008 0.759 0.004 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 40 I 0.211 0.313 0.329 0.045 0.029 0.044 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 41 Q 0.307 0.269 0.239 0.068 0.023 0.049 0.012 0.003 0.027 0.003 0.001 42 K 0.185 0.185 0.325 0.191 0.033 0.017 0.035 0.003 0.023 0.002 0.001 43 G 0.107 0.016 0.079 0.032 0.084 0.005 0.091 0.453 0.003 0.131 0.001 44 E 0.273 0.221 0.360 0.060 0.035 0.026 0.005 0.002 0.016 0.002 0.001 45 A 0.268 0.182 0.379 0.061 0.039 0.035 0.009 0.006 0.015 0.005 0.002 46 F 0.293 0.236 0.209 0.129 0.054 0.042 0.007 0.002 0.024 0.002 0.001 47 S 0.189 0.256 0.295 0.075 0.112 0.032 0.008 0.004 0.020 0.008 0.001 48 E 0.650 0.095 0.084 0.096 0.027 0.016 0.009 0.003 0.015 0.005 0.001 49 D 0.308 0.047 0.107 0.401 0.020 0.021 0.069 0.009 0.015 0.003 0.001 50 N 0.110 0.084 0.098 0.218 0.040 0.066 0.316 0.030 0.034 0.002 0.001 51 I 0.096 0.569 0.221 0.047 0.033 0.015 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 52 A 0.094 0.505 0.285 0.019 0.047 0.026 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 53 V 0.058 0.720 0.140 0.020 0.025 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 54 L 0.064 0.394 0.412 0.027 0.037 0.041 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 55 R 0.011 0.393 0.371 0.001 0.031 0.010 0.004 0.001 0.178 0.001 0.001 56 P 0.078 0.002 0.862 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 57 G 0.043 0.008 0.045 0.030 0.034 0.002 0.035 0.727 0.002 0.074 0.001 58 Q 0.068 0.148 0.602 0.069 0.013 0.064 0.012 0.001 0.020 0.002 0.002 59 K 0.017 0.285 0.548 0.002 0.023 0.018 0.013 0.001 0.090 0.002 0.001 60 P 0.242 0.008 0.645 0.012 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 61 Q 0.250 0.090 0.307 0.259 0.023 0.023 0.023 0.007 0.016 0.002 0.001 62 G 0.049 0.009 0.049 0.022 0.092 0.002 0.042 0.426 0.002 0.306 0.001 63 L 0.226 0.183 0.355 0.154 0.022 0.042 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 64 H 0.047 0.243 0.408 0.008 0.050 0.049 0.012 0.001 0.176 0.007 0.001 65 P 0.806 0.003 0.140 0.019 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 66 R 0.805 0.027 0.050 0.084 0.010 0.006 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 67 F 0.752 0.049 0.042 0.123 0.010 0.011 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 68 F 0.762 0.081 0.067 0.045 0.014 0.012 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 69 E 0.761 0.088 0.079 0.023 0.014 0.019 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 70 L 0.837 0.030 0.054 0.049 0.002 0.019 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 71 L 0.675 0.079 0.092 0.099 0.010 0.027 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 72 T 0.612 0.111 0.097 0.115 0.025 0.015 0.009 0.003 0.010 0.003 0.001 73 S 0.512 0.060 0.190 0.170 0.041 0.003 0.013 0.005 0.002 0.004 0.001 74 G 0.211 0.007 0.038 0.065 0.035 0.004 0.068 0.468 0.003 0.101 0.001 75 V 0.211 0.235 0.437 0.032 0.016 0.047 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 76 R 0.485 0.243 0.131 0.075 0.019 0.021 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 77 A 0.300 0.303 0.281 0.024 0.058 0.018 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 78 V 0.388 0.342 0.094 0.106 0.018 0.023 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 79 R 0.348 0.274 0.233 0.053 0.047 0.015 0.010 0.001 0.014 0.005 0.001 80 D 0.247 0.052 0.160 0.255 0.016 0.108 0.105 0.015 0.037 0.002 0.003 81 I 0.044 0.413 0.396 0.006 0.011 0.024 0.005 0.001 0.102 0.001 0.001 82 P 0.128 0.013 0.781 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 83 A 0.586 0.053 0.236 0.050 0.031 0.012 0.008 0.008 0.004 0.012 0.001 84 D 0.604 0.037 0.066 0.187 0.019 0.029 0.037 0.007 0.011 0.003 0.001 85 T 0.200 0.131 0.116 0.510 0.031 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 86 G 0.068 0.020 0.075 0.024 0.121 0.002 0.049 0.404 0.005 0.230 0.001 87 I 0.075 0.379 0.431 0.018 0.038 0.042 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 88 V 0.074 0.571 0.221 0.027 0.018 0.053 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 89 W 0.185 0.390 0.230 0.037 0.047 0.054 0.005 0.001 0.046 0.004 0.001 90 D 0.594 0.099 0.130 0.050 0.034 0.032 0.036 0.005 0.013 0.005 0.001 91 D 0.523 0.063 0.067 0.139 0.032 0.055 0.081 0.013 0.023 0.002 0.002 92 I 0.559 0.226 0.114 0.059 0.016 0.012 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 93 L 0.546 0.187 0.153 0.042 0.014 0.031 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 94 L 0.450 0.187 0.168 0.103 0.019 0.039 0.008 0.002 0.024 0.001 0.001 95 K 0.464 0.157 0.207 0.089 0.034 0.015 0.018 0.004 0.009 0.004 0.001 96 D 0.319 0.056 0.120 0.344 0.016 0.046 0.058 0.013 0.022 0.003 0.002 97 S 0.087 0.168 0.519 0.006 0.059 0.012 0.016 0.002 0.119 0.010 0.001 98 P 0.596 0.003 0.282 0.027 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 99 F 0.410 0.103 0.146 0.255 0.023 0.028 0.011 0.008 0.014 0.002 0.001 100 H 0.213 0.202 0.271 0.163 0.031 0.050 0.021 0.004 0.040 0.003 0.001 101 E 0.388 0.138 0.238 0.090 0.049 0.019 0.025 0.016 0.015 0.020 0.001