# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.025 0.293 0.191 0.086 0.087 0.041 0.084 0.089 0.043 0.044 0.017 2 G 0.058 0.069 0.091 0.091 0.055 0.038 0.017 0.062 0.048 0.324 0.146 3 I 0.149 0.185 0.033 0.006 0.348 0.007 0.021 0.095 0.059 0.053 0.044 4 T 0.115 0.147 0.115 0.025 0.166 0.020 0.033 0.107 0.086 0.127 0.062 5 K 0.021 0.368 0.354 0.024 0.109 0.008 0.015 0.078 0.015 0.005 0.004 6 P 0.131 0.277 0.071 0.005 0.262 0.005 0.019 0.131 0.028 0.022 0.049 7 V 0.086 0.167 0.043 0.014 0.142 0.023 0.036 0.245 0.112 0.082 0.050 8 S 0.053 0.204 0.103 0.028 0.131 0.016 0.017 0.277 0.097 0.054 0.019 9 E 0.027 0.053 0.013 0.008 0.057 0.012 0.025 0.508 0.240 0.048 0.011 10 K 0.052 0.060 0.019 0.008 0.074 0.015 0.088 0.487 0.116 0.059 0.021 11 L 0.071 0.034 0.018 0.018 0.064 0.034 0.098 0.365 0.109 0.144 0.046 12 L 0.064 0.133 0.070 0.078 0.098 0.067 0.107 0.188 0.066 0.084 0.044 13 G 0.030 0.071 0.083 0.144 0.041 0.067 0.023 0.076 0.081 0.328 0.057 14 S 0.062 0.213 0.108 0.020 0.180 0.014 0.040 0.162 0.104 0.075 0.021 15 S 0.108 0.151 0.038 0.011 0.176 0.016 0.046 0.204 0.105 0.099 0.048 16 Y 0.139 0.152 0.045 0.015 0.264 0.013 0.029 0.109 0.078 0.098 0.060 17 K 0.146 0.161 0.056 0.014 0.250 0.021 0.039 0.156 0.050 0.051 0.054 18 T 0.176 0.185 0.049 0.008 0.287 0.006 0.014 0.122 0.043 0.059 0.051 19 T 0.146 0.112 0.029 0.013 0.212 0.017 0.030 0.234 0.090 0.071 0.048 20 T 0.090 0.202 0.053 0.014 0.258 0.012 0.025 0.222 0.060 0.039 0.026 21 A 0.164 0.115 0.035 0.010 0.206 0.014 0.029 0.302 0.043 0.042 0.040 22 I 0.123 0.097 0.041 0.033 0.155 0.031 0.034 0.325 0.053 0.067 0.042 23 E 0.033 0.048 0.025 0.069 0.043 0.071 0.123 0.439 0.081 0.047 0.021 24 G 0.023 0.084 0.090 0.118 0.048 0.050 0.029 0.345 0.094 0.097 0.023 25 E 0.051 0.056 0.019 0.008 0.082 0.014 0.036 0.563 0.096 0.055 0.020 26 I 0.163 0.062 0.014 0.009 0.136 0.012 0.020 0.367 0.079 0.069 0.069 27 R 0.017 0.043 0.017 0.034 0.043 0.077 0.102 0.512 0.107 0.038 0.009 28 N 0.138 0.079 0.036 0.012 0.155 0.010 0.031 0.309 0.070 0.101 0.059 29 F 0.096 0.055 0.014 0.008 0.129 0.009 0.019 0.382 0.148 0.098 0.042 30 A 0.090 0.065 0.018 0.012 0.112 0.027 0.067 0.433 0.105 0.043 0.027 31 Y 0.145 0.075 0.030 0.028 0.158 0.025 0.054 0.234 0.076 0.117 0.057 32 R 0.040 0.111 0.070 0.104 0.080 0.105 0.143 0.177 0.065 0.080 0.026 33 G 0.098 0.115 0.089 0.109 0.127 0.049 0.027 0.109 0.059 0.145 0.073 34 I 0.164 0.136 0.027 0.010 0.328 0.017 0.040 0.107 0.065 0.062 0.045 35 F 0.192 0.176 0.053 0.014 0.310 0.015 0.020 0.065 0.030 0.054 0.071 36 T 0.156 0.185 0.080 0.017 0.335 0.013 0.032 0.064 0.029 0.046 0.042 37 T 0.151 0.154 0.103 0.030 0.166 0.018 0.032 0.075 0.068 0.142 0.062 38 A 0.025 0.413 0.296 0.024 0.138 0.008 0.010 0.052 0.020 0.007 0.007 39 P 0.114 0.272 0.066 0.007 0.266 0.009 0.024 0.129 0.043 0.033 0.036 40 I 0.137 0.179 0.047 0.011 0.211 0.020 0.045 0.134 0.082 0.078 0.056 41 Q 0.071 0.168 0.165 0.065 0.142 0.062 0.055 0.147 0.053 0.048 0.024 42 K 0.027 0.129 0.107 0.140 0.054 0.090 0.156 0.140 0.064 0.068 0.024 43 G 0.027 0.055 0.079 0.185 0.033 0.051 0.020 0.058 0.083 0.324 0.084 44 E 0.089 0.252 0.076 0.010 0.256 0.011 0.030 0.091 0.080 0.066 0.039 45 A 0.131 0.250 0.062 0.006 0.255 0.013 0.035 0.082 0.050 0.067 0.047 46 F 0.176 0.207 0.078 0.025 0.237 0.018 0.028 0.044 0.032 0.078 0.076 47 S 0.053 0.305 0.345 0.048 0.099 0.013 0.008 0.033 0.023 0.046 0.025 48 E 0.015 0.041 0.028 0.028 0.028 0.028 0.043 0.428 0.308 0.042 0.010 49 D 0.019 0.113 0.067 0.032 0.043 0.039 0.083 0.348 0.144 0.090 0.023 50 N 0.065 0.038 0.011 0.005 0.072 0.004 0.013 0.097 0.106 0.527 0.062 51 I 0.243 0.127 0.018 0.002 0.356 0.002 0.006 0.083 0.063 0.052 0.049 52 A 0.078 0.280 0.064 0.006 0.370 0.008 0.022 0.072 0.048 0.032 0.020 53 V 0.247 0.156 0.035 0.002 0.423 0.003 0.019 0.043 0.015 0.023 0.032 54 L 0.142 0.252 0.078 0.017 0.313 0.014 0.025 0.036 0.017 0.043 0.063 55 R 0.042 0.299 0.411 0.029 0.175 0.005 0.003 0.010 0.006 0.007 0.013 56 P 0.009 0.056 0.044 0.041 0.025 0.124 0.252 0.312 0.115 0.017 0.006 57 G 0.013 0.055 0.055 0.049 0.028 0.015 0.022 0.069 0.109 0.528 0.055 58 Q 0.078 0.303 0.155 0.012 0.208 0.012 0.044 0.053 0.039 0.062 0.033 59 K 0.021 0.398 0.412 0.013 0.106 0.005 0.011 0.015 0.006 0.004 0.009 60 P 0.078 0.262 0.148 0.022 0.188 0.018 0.037 0.089 0.090 0.032 0.037 61 Q 0.010 0.153 0.101 0.054 0.042 0.126 0.244 0.103 0.101 0.053 0.011 62 G 0.027 0.039 0.038 0.027 0.031 0.012 0.020 0.049 0.067 0.569 0.121 63 L 0.109 0.242 0.093 0.018 0.200 0.024 0.064 0.049 0.047 0.092 0.062 64 H 0.089 0.348 0.145 0.009 0.342 0.002 0.004 0.015 0.009 0.008 0.029 65 P 0.042 0.116 0.026 0.004 0.088 0.008 0.018 0.349 0.296 0.034 0.017 66 R 0.027 0.051 0.019 0.007 0.044 0.011 0.060 0.490 0.160 0.115 0.016 67 F 0.041 0.042 0.008 0.004 0.052 0.006 0.021 0.611 0.118 0.082 0.015 68 F 0.028 0.050 0.008 0.006 0.085 0.007 0.012 0.621 0.133 0.038 0.012 69 E 0.025 0.038 0.009 0.003 0.055 0.005 0.025 0.730 0.085 0.016 0.010 70 L 0.018 0.021 0.008 0.003 0.037 0.005 0.035 0.735 0.088 0.042 0.008 71 L 0.041 0.038 0.014 0.006 0.043 0.011 0.056 0.603 0.113 0.053 0.023 72 T 0.034 0.072 0.037 0.025 0.062 0.031 0.074 0.428 0.117 0.096 0.024 73 S 0.013 0.186 0.183 0.059 0.044 0.047 0.091 0.236 0.077 0.053 0.011 74 G 0.038 0.048 0.048 0.064 0.032 0.022 0.022 0.221 0.089 0.348 0.070 75 V 0.160 0.074 0.011 0.006 0.178 0.011 0.033 0.229 0.132 0.094 0.071 76 R 0.057 0.153 0.047 0.015 0.178 0.032 0.050 0.320 0.104 0.026 0.018 77 A 0.137 0.107 0.042 0.008 0.236 0.006 0.023 0.278 0.079 0.049 0.033 78 V 0.134 0.066 0.019 0.015 0.144 0.024 0.047 0.250 0.164 0.090 0.048 79 R 0.029 0.184 0.053 0.025 0.128 0.038 0.090 0.311 0.106 0.023 0.013 80 D 0.167 0.046 0.019 0.003 0.127 0.004 0.024 0.077 0.073 0.352 0.108 81 I 0.033 0.575 0.177 0.005 0.160 0.002 0.005 0.020 0.007 0.006 0.008 82 P 0.062 0.466 0.127 0.012 0.214 0.008 0.011 0.047 0.021 0.013 0.017 83 A 0.053 0.100 0.055 0.007 0.073 0.015 0.073 0.286 0.270 0.045 0.024 84 D 0.068 0.063 0.036 0.018 0.079 0.041 0.119 0.288 0.111 0.132 0.045 85 T 0.036 0.407 0.169 0.050 0.106 0.010 0.024 0.045 0.034 0.096 0.023 86 G 0.027 0.070 0.111 0.229 0.039 0.101 0.022 0.083 0.057 0.199 0.062 87 I 0.145 0.237 0.037 0.004 0.370 0.004 0.015 0.087 0.038 0.028 0.036 88 V 0.167 0.196 0.072 0.010 0.283 0.009 0.015 0.113 0.034 0.046 0.056 89 W 0.134 0.143 0.056 0.027 0.193 0.020 0.026 0.215 0.092 0.048 0.046 90 D 0.019 0.044 0.029 0.044 0.036 0.095 0.125 0.433 0.124 0.038 0.013 91 D 0.093 0.069 0.024 0.011 0.123 0.008 0.025 0.195 0.126 0.242 0.083 92 I 0.127 0.184 0.049 0.006 0.259 0.009 0.021 0.188 0.090 0.043 0.023 93 L 0.131 0.146 0.036 0.007 0.228 0.006 0.024 0.209 0.080 0.071 0.062 94 L 0.129 0.157 0.058 0.014 0.192 0.013 0.025 0.175 0.106 0.072 0.059 95 K 0.022 0.130 0.059 0.023 0.085 0.055 0.168 0.324 0.095 0.028 0.011 96 D 0.108 0.058 0.036 0.008 0.116 0.009 0.031 0.050 0.069 0.383 0.132 97 S 0.107 0.305 0.166 0.004 0.350 0.001 0.005 0.021 0.012 0.008 0.018 98 P 0.042 0.117 0.041 0.008 0.091 0.018 0.055 0.304 0.230 0.071 0.023 99 F 0.054 0.100 0.038 0.017 0.084 0.018 0.084 0.183 0.164 0.205 0.053 100 H 0.062 0.122 0.072 0.035 0.109 0.034 0.042 0.196 0.130 0.145 0.053 101 E 0.059 0.137 0.065 0.017 0.134 0.020 0.047 0.258 0.145 0.087 0.032