# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.664 0.218 0.074 0.030 0.011 0.003 0.001 2 G 0.441 0.250 0.154 0.099 0.043 0.012 0.001 3 I 0.222 0.178 0.198 0.233 0.128 0.038 0.003 4 T 0.329 0.311 0.200 0.109 0.039 0.010 0.001 5 K 0.383 0.280 0.185 0.101 0.038 0.011 0.002 6 P 0.400 0.282 0.162 0.096 0.045 0.014 0.002 7 V 0.191 0.177 0.215 0.224 0.141 0.046 0.005 8 S 0.318 0.281 0.194 0.125 0.059 0.020 0.002 9 E 0.330 0.303 0.200 0.113 0.042 0.011 0.001 10 K 0.300 0.310 0.203 0.121 0.048 0.016 0.002 11 L 0.099 0.128 0.173 0.249 0.222 0.116 0.013 12 L 0.147 0.174 0.207 0.225 0.158 0.077 0.011 13 G 0.322 0.264 0.189 0.129 0.065 0.026 0.005 14 S 0.343 0.251 0.180 0.130 0.067 0.025 0.005 15 S 0.361 0.258 0.173 0.118 0.060 0.026 0.004 16 Y 0.241 0.186 0.190 0.195 0.130 0.051 0.006 17 K 0.379 0.285 0.170 0.102 0.046 0.016 0.003 18 T 0.300 0.228 0.178 0.151 0.093 0.043 0.008 19 T 0.233 0.217 0.196 0.180 0.114 0.052 0.008 20 T 0.310 0.255 0.187 0.135 0.072 0.034 0.007 21 A 0.187 0.205 0.182 0.193 0.134 0.080 0.019 22 I 0.096 0.104 0.136 0.213 0.230 0.178 0.044 23 E 0.195 0.289 0.232 0.155 0.078 0.039 0.011 24 G 0.236 0.264 0.202 0.151 0.087 0.045 0.015 25 E 0.123 0.210 0.239 0.205 0.133 0.074 0.016 26 I 0.046 0.047 0.077 0.169 0.285 0.306 0.071 27 R 0.135 0.216 0.239 0.219 0.123 0.057 0.012 28 N 0.202 0.300 0.207 0.145 0.087 0.049 0.012 29 F 0.097 0.084 0.116 0.199 0.235 0.201 0.067 30 A 0.105 0.134 0.160 0.185 0.179 0.179 0.059 31 Y 0.111 0.096 0.118 0.176 0.210 0.208 0.082 32 R 0.173 0.193 0.187 0.191 0.142 0.087 0.027 33 G 0.152 0.137 0.148 0.166 0.178 0.163 0.054 34 I 0.118 0.127 0.142 0.176 0.184 0.185 0.067 35 F 0.090 0.078 0.106 0.173 0.232 0.239 0.082 36 T 0.188 0.192 0.178 0.187 0.143 0.087 0.025 37 T 0.240 0.224 0.181 0.165 0.116 0.061 0.015 38 A 0.216 0.203 0.201 0.195 0.126 0.051 0.009 39 P 0.243 0.298 0.212 0.139 0.071 0.032 0.006 40 I 0.108 0.130 0.178 0.250 0.223 0.100 0.011 41 Q 0.314 0.294 0.192 0.120 0.059 0.019 0.003 42 K 0.313 0.287 0.206 0.125 0.050 0.016 0.002 43 G 0.322 0.232 0.181 0.151 0.083 0.028 0.003 44 E 0.315 0.325 0.206 0.104 0.036 0.012 0.002 45 A 0.214 0.251 0.208 0.181 0.101 0.040 0.004 46 F 0.114 0.141 0.188 0.259 0.206 0.084 0.009 47 S 0.344 0.287 0.197 0.112 0.046 0.013 0.002 48 E 0.423 0.313 0.165 0.072 0.021 0.005 0.001 49 D 0.354 0.294 0.187 0.105 0.044 0.014 0.002 50 N 0.126 0.232 0.261 0.213 0.120 0.044 0.004 51 I 0.060 0.076 0.133 0.238 0.285 0.185 0.024 52 A 0.064 0.120 0.178 0.243 0.228 0.147 0.021 53 V 0.056 0.093 0.134 0.203 0.252 0.222 0.041 54 L 0.060 0.080 0.128 0.243 0.291 0.176 0.022 55 R 0.140 0.222 0.258 0.220 0.118 0.037 0.004 56 P 0.375 0.317 0.173 0.090 0.034 0.010 0.001 57 G 0.574 0.243 0.104 0.053 0.021 0.005 0.001 58 Q 0.494 0.266 0.141 0.070 0.023 0.006 0.001 59 K 0.328 0.322 0.196 0.109 0.036 0.009 0.001 60 P 0.249 0.243 0.217 0.177 0.090 0.022 0.002 61 Q 0.440 0.307 0.155 0.069 0.024 0.006 0.001 62 G 0.334 0.289 0.182 0.115 0.054 0.022 0.003 63 L 0.097 0.116 0.167 0.263 0.227 0.116 0.013 64 H 0.129 0.198 0.240 0.230 0.139 0.056 0.009 65 P 0.249 0.285 0.222 0.149 0.065 0.024 0.005 66 R 0.161 0.230 0.238 0.193 0.115 0.054 0.009 67 F 0.060 0.073 0.114 0.193 0.275 0.244 0.041 68 F 0.063 0.092 0.148 0.245 0.256 0.170 0.024 69 E 0.155 0.322 0.252 0.161 0.073 0.031 0.005 70 L 0.082 0.103 0.149 0.245 0.241 0.154 0.026 71 L 0.070 0.087 0.126 0.206 0.264 0.211 0.037 72 T 0.262 0.231 0.201 0.162 0.091 0.043 0.009 73 S 0.321 0.277 0.186 0.124 0.062 0.024 0.005 74 G 0.219 0.203 0.183 0.174 0.133 0.074 0.015 75 V 0.123 0.123 0.156 0.224 0.218 0.135 0.022 76 R 0.201 0.274 0.228 0.156 0.088 0.043 0.010 77 A 0.133 0.158 0.175 0.219 0.186 0.109 0.021 78 V 0.056 0.083 0.132 0.245 0.274 0.177 0.033 79 R 0.166 0.259 0.236 0.179 0.101 0.047 0.011 80 D 0.216 0.305 0.216 0.146 0.072 0.034 0.009 81 I 0.052 0.089 0.156 0.262 0.276 0.146 0.019 82 P 0.259 0.304 0.214 0.131 0.062 0.025 0.005 83 A 0.317 0.217 0.163 0.147 0.098 0.048 0.009 84 D 0.323 0.268 0.189 0.121 0.061 0.030 0.007 85 T 0.195 0.200 0.198 0.199 0.131 0.064 0.013 86 G 0.143 0.176 0.187 0.192 0.158 0.114 0.030 87 I 0.076 0.087 0.117 0.179 0.240 0.229 0.071 88 V 0.063 0.078 0.115 0.186 0.239 0.247 0.073 89 W 0.044 0.045 0.075 0.154 0.259 0.322 0.100 90 D 0.097 0.168 0.210 0.215 0.169 0.112 0.028 91 D 0.087 0.166 0.219 0.231 0.179 0.097 0.021 92 I 0.031 0.050 0.088 0.175 0.305 0.292 0.058 93 L 0.063 0.087 0.115 0.194 0.258 0.241 0.041 94 L 0.088 0.111 0.168 0.256 0.245 0.122 0.012 95 K 0.380 0.322 0.174 0.085 0.030 0.008 0.001 96 D 0.437 0.272 0.152 0.092 0.035 0.010 0.001 97 S 0.384 0.264 0.180 0.114 0.046 0.011 0.001 98 P 0.591 0.236 0.100 0.049 0.018 0.005 0.001 99 F 0.426 0.223 0.162 0.119 0.056 0.013 0.001 100 H 0.559 0.233 0.123 0.060 0.020 0.005 0.001 101 E 0.692 0.197 0.072 0.028 0.008 0.002 0.001