# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.020 0.007 0.002 0.008 0.067 0.896 2 F 0.157 0.154 0.007 0.022 0.093 0.566 3 T 0.209 0.044 0.010 0.029 0.110 0.598 4 I 0.162 0.041 0.054 0.066 0.194 0.483 5 D 0.145 0.232 0.023 0.025 0.470 0.105 6 K 0.111 0.034 0.021 0.022 0.673 0.139 7 N 0.014 0.007 0.013 0.006 0.879 0.081 8 L 0.021 0.046 0.010 0.005 0.822 0.096 9 P 0.026 0.046 0.010 0.008 0.573 0.335 10 G 0.024 0.052 0.014 0.005 0.592 0.313 11 A 0.039 0.050 0.017 0.007 0.601 0.286 12 D 0.070 0.044 0.032 0.011 0.578 0.265 13 H 0.105 0.014 0.046 0.017 0.592 0.227 14 S 0.207 0.059 0.084 0.036 0.409 0.205 15 F 0.319 0.032 0.057 0.034 0.303 0.254 16 A 0.268 0.043 0.047 0.050 0.277 0.314 17 L 0.098 0.052 0.020 0.044 0.205 0.581 18 N 0.021 0.007 0.003 0.031 0.115 0.823 19 P 0.001 0.001 0.015 0.955 0.015 0.014 20 D 0.001 0.001 0.006 0.971 0.016 0.006 21 E 0.001 0.001 0.008 0.983 0.007 0.001 22 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 23 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 26 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 27 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 28 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 29 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 30 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 34 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 35 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 36 L 0.001 0.001 0.003 0.907 0.032 0.057 37 K 0.001 0.001 0.006 0.119 0.201 0.672 38 Q 0.004 0.003 0.018 0.091 0.303 0.581 39 G 0.036 0.014 0.027 0.128 0.381 0.414 40 I 0.065 0.017 0.019 0.136 0.228 0.534 41 T 0.202 0.022 0.033 0.297 0.129 0.317 42 K 0.195 0.010 0.033 0.450 0.094 0.218 43 P 0.121 0.008 0.035 0.664 0.053 0.120 44 V 0.072 0.005 0.036 0.786 0.038 0.062 45 S 0.049 0.003 0.048 0.830 0.034 0.036 46 E 0.044 0.002 0.057 0.849 0.031 0.017 47 K 0.038 0.002 0.065 0.820 0.050 0.025 48 L 0.042 0.004 0.055 0.778 0.079 0.041 49 L 0.047 0.007 0.060 0.617 0.170 0.099 50 G 0.037 0.009 0.049 0.340 0.350 0.215 51 S 0.028 0.008 0.056 0.125 0.499 0.283 52 S 0.020 0.008 0.042 0.045 0.561 0.324 53 Y 0.057 0.025 0.055 0.048 0.553 0.261 54 K 0.096 0.019 0.033 0.048 0.448 0.355 55 T 0.171 0.059 0.026 0.068 0.306 0.369 56 T 0.130 0.026 0.009 0.051 0.192 0.592 57 T 0.099 0.020 0.011 0.107 0.225 0.538 58 A 0.025 0.005 0.098 0.438 0.238 0.196 59 I 0.032 0.009 0.066 0.390 0.233 0.270 60 E 0.024 0.004 0.058 0.446 0.213 0.256 61 G 0.027 0.006 0.019 0.535 0.153 0.261 62 E 0.022 0.006 0.014 0.612 0.146 0.201 63 I 0.021 0.006 0.020 0.643 0.127 0.183 64 R 0.026 0.002 0.039 0.601 0.177 0.155 65 N 0.028 0.005 0.059 0.606 0.185 0.118 66 F 0.055 0.007 0.068 0.534 0.194 0.141 67 A 0.083 0.009 0.040 0.413 0.214 0.241 68 Y 0.199 0.007 0.027 0.265 0.192 0.309 69 R 0.401 0.016 0.017 0.198 0.143 0.225 70 G 0.599 0.011 0.011 0.145 0.073 0.161 71 I 0.828 0.006 0.005 0.057 0.025 0.078 72 F 0.876 0.005 0.004 0.038 0.018 0.059 73 T 0.827 0.003 0.007 0.038 0.028 0.097 74 T 0.780 0.008 0.006 0.032 0.042 0.131 75 A 0.611 0.009 0.009 0.033 0.090 0.247 76 P 0.363 0.017 0.010 0.025 0.174 0.410 77 I 0.125 0.023 0.031 0.068 0.398 0.355 78 Q 0.051 0.009 0.036 0.085 0.575 0.245 79 K 0.052 0.012 0.054 0.107 0.590 0.186 80 G 0.065 0.010 0.031 0.043 0.566 0.285 81 E 0.327 0.021 0.026 0.028 0.302 0.296 82 A 0.477 0.087 0.029 0.021 0.144 0.241 83 F 0.389 0.097 0.019 0.015 0.139 0.341 84 S 0.253 0.029 0.019 0.019 0.347 0.334 85 E 0.076 0.004 0.202 0.105 0.548 0.066 86 D 0.040 0.001 0.192 0.080 0.629 0.057 87 N 0.216 0.006 0.166 0.105 0.443 0.064 88 I 0.674 0.009 0.019 0.057 0.138 0.104 89 A 0.843 0.008 0.005 0.028 0.040 0.075 90 V 0.937 0.007 0.002 0.010 0.021 0.023 91 L 0.823 0.015 0.002 0.013 0.047 0.099 92 R 0.347 0.023 0.050 0.039 0.296 0.244 93 P 0.065 0.009 0.199 0.029 0.427 0.272 94 G 0.016 0.010 0.221 0.022 0.558 0.173 95 Q 0.024 0.056 0.133 0.025 0.574 0.188 96 K 0.015 0.040 0.028 0.019 0.693 0.205 97 P 0.005 0.011 0.068 0.025 0.807 0.083 98 Q 0.003 0.001 0.040 0.015 0.862 0.078 99 G 0.006 0.008 0.039 0.015 0.826 0.107 100 L 0.031 0.065 0.013 0.023 0.486 0.382 101 H 0.039 0.045 0.009 0.039 0.177 0.690 102 P 0.037 0.011 0.160 0.401 0.207 0.183 103 R 0.021 0.006 0.117 0.530 0.187 0.138 104 F 0.014 0.005 0.083 0.606 0.148 0.145 105 F 0.007 0.002 0.020 0.865 0.061 0.045 106 E 0.008 0.003 0.011 0.891 0.053 0.035 107 L 0.010 0.003 0.014 0.891 0.057 0.025 108 L 0.010 0.001 0.014 0.914 0.039 0.022 109 T 0.021 0.004 0.016 0.875 0.058 0.026 110 S 0.019 0.003 0.021 0.788 0.089 0.079 111 G 0.024 0.001 0.005 0.081 0.226 0.662 112 V 0.183 0.010 0.008 0.040 0.187 0.573 113 R 0.503 0.063 0.006 0.025 0.102 0.301 114 A 0.512 0.009 0.011 0.039 0.114 0.315 115 V 0.606 0.028 0.023 0.023 0.108 0.212 116 R 0.488 0.014 0.024 0.034 0.137 0.302 117 D 0.378 0.013 0.018 0.021 0.234 0.336 118 I 0.161 0.050 0.019 0.028 0.314 0.427 119 P 0.052 0.032 0.022 0.015 0.789 0.091 120 A 0.028 0.011 0.033 0.016 0.842 0.069 121 D 0.011 0.002 0.014 0.004 0.847 0.121 122 T 0.083 0.029 0.007 0.005 0.686 0.188 123 G 0.233 0.039 0.004 0.006 0.156 0.563 124 I 0.479 0.165 0.005 0.008 0.070 0.273 125 V 0.447 0.031 0.009 0.011 0.210 0.291 126 W 0.046 0.002 0.394 0.164 0.331 0.063 127 D 0.018 0.003 0.549 0.113 0.282 0.036 128 D 0.024 0.006 0.549 0.135 0.253 0.032 129 I 0.100 0.020 0.143 0.172 0.311 0.254 130 L 0.212 0.195 0.033 0.138 0.158 0.264 131 L 0.196 0.086 0.010 0.041 0.596 0.072 132 K 0.068 0.005 0.004 0.012 0.827 0.084 133 D 0.014 0.003 0.003 0.002 0.872 0.105 134 S 0.057 0.032 0.003 0.003 0.736 0.169 135 P 0.074 0.037 0.002 0.003 0.132 0.752 136 F 0.108 0.105 0.005 0.007 0.088 0.686 137 H 0.054 0.025 0.007 0.010 0.092 0.812 138 E 0.003 0.006 0.003 0.009 0.040 0.939