# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.005 0.018 0.018 0.073 0.093 0.142 0.203 0.179 0.137 0.089 0.043 2 F 0.005 0.006 0.006 0.013 0.020 0.036 0.107 0.160 0.224 0.231 0.192 3 T 0.019 0.037 0.038 0.101 0.106 0.105 0.151 0.135 0.136 0.097 0.075 4 I 0.007 0.011 0.008 0.027 0.042 0.057 0.131 0.168 0.206 0.192 0.151 5 D 0.051 0.095 0.042 0.176 0.186 0.136 0.141 0.080 0.052 0.026 0.016 6 K 0.132 0.073 0.044 0.118 0.122 0.120 0.154 0.097 0.067 0.047 0.026 7 N 0.329 0.170 0.068 0.168 0.102 0.059 0.050 0.023 0.016 0.010 0.007 8 L 0.035 0.036 0.019 0.059 0.070 0.105 0.181 0.156 0.143 0.120 0.077 9 P 0.366 0.275 0.062 0.120 0.064 0.038 0.030 0.016 0.013 0.010 0.007 10 G 0.267 0.110 0.041 0.103 0.087 0.087 0.101 0.068 0.061 0.045 0.031 11 A 0.103 0.066 0.022 0.087 0.098 0.097 0.129 0.102 0.106 0.091 0.099 12 D 0.042 0.090 0.050 0.137 0.127 0.105 0.121 0.101 0.103 0.070 0.054 13 H 0.112 0.056 0.034 0.087 0.111 0.122 0.156 0.116 0.096 0.065 0.045 14 S 0.165 0.081 0.055 0.128 0.119 0.105 0.120 0.080 0.068 0.048 0.030 15 F 0.024 0.022 0.018 0.056 0.062 0.086 0.184 0.163 0.173 0.137 0.076 16 A 0.038 0.026 0.029 0.045 0.039 0.054 0.134 0.129 0.186 0.166 0.153 17 L 0.011 0.015 0.013 0.027 0.040 0.060 0.137 0.167 0.186 0.194 0.149 18 N 0.031 0.393 0.094 0.168 0.092 0.071 0.058 0.038 0.025 0.019 0.012 19 P 0.057 0.083 0.051 0.159 0.232 0.195 0.137 0.046 0.024 0.009 0.004 20 D 0.933 0.046 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.009 0.040 0.054 0.265 0.209 0.195 0.167 0.040 0.015 0.004 0.002 22 L 0.001 0.001 0.009 0.004 0.007 0.022 0.117 0.175 0.246 0.237 0.181 23 K 0.007 0.010 0.157 0.277 0.225 0.200 0.096 0.020 0.006 0.002 0.001 24 E 0.002 0.017 0.494 0.274 0.138 0.054 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.022 0.141 0.159 0.220 0.242 0.194 26 V 0.001 0.001 0.026 0.015 0.031 0.069 0.357 0.233 0.153 0.080 0.035 27 D 0.009 0.023 0.794 0.125 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.001 0.013 0.082 0.086 0.161 0.273 0.282 0.067 0.023 0.009 0.003 29 I 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.005 0.049 0.103 0.281 0.293 0.253 30 R 0.010 0.012 0.098 0.146 0.191 0.230 0.214 0.059 0.024 0.011 0.004 31 K 0.004 0.026 0.551 0.234 0.118 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 32 T 0.001 0.002 0.017 0.007 0.010 0.023 0.119 0.147 0.237 0.233 0.205 33 E 0.001 0.001 0.013 0.015 0.029 0.072 0.290 0.216 0.199 0.112 0.052 34 A 0.006 0.019 0.749 0.133 0.059 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 35 E 0.003 0.022 0.127 0.091 0.154 0.236 0.249 0.068 0.032 0.013 0.005 36 L 0.005 0.005 0.009 0.012 0.017 0.034 0.131 0.173 0.240 0.214 0.160 37 K 0.356 0.212 0.155 0.116 0.071 0.043 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 38 Q 0.193 0.185 0.239 0.183 0.097 0.051 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 39 G 0.341 0.165 0.049 0.105 0.098 0.078 0.082 0.036 0.022 0.015 0.008 40 I 0.052 0.048 0.032 0.064 0.070 0.102 0.185 0.127 0.134 0.098 0.087 41 T 0.115 0.134 0.108 0.158 0.135 0.113 0.116 0.052 0.037 0.023 0.009 42 K 0.246 0.171 0.081 0.176 0.110 0.080 0.067 0.032 0.020 0.011 0.005 43 P 0.260 0.118 0.052 0.100 0.100 0.091 0.116 0.069 0.045 0.031 0.018 44 V 0.025 0.040 0.021 0.051 0.071 0.098 0.155 0.125 0.134 0.137 0.142 45 S 0.037 0.126 0.059 0.151 0.155 0.131 0.151 0.081 0.060 0.032 0.016 46 E 0.543 0.111 0.100 0.136 0.067 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 47 K 0.429 0.194 0.148 0.139 0.051 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 48 L 0.006 0.008 0.012 0.032 0.041 0.090 0.206 0.192 0.184 0.145 0.083 49 L 0.010 0.026 0.028 0.068 0.094 0.150 0.225 0.154 0.115 0.078 0.052 50 G 0.059 0.127 0.469 0.123 0.071 0.052 0.043 0.021 0.017 0.010 0.008 51 S 0.165 0.105 0.081 0.161 0.131 0.110 0.119 0.054 0.034 0.026 0.013 52 S 0.437 0.160 0.042 0.095 0.070 0.055 0.054 0.029 0.027 0.019 0.013 53 Y 0.136 0.093 0.043 0.105 0.097 0.112 0.130 0.087 0.091 0.062 0.044 54 K 0.075 0.065 0.049 0.093 0.088 0.095 0.147 0.109 0.117 0.096 0.066 55 T 0.129 0.127 0.069 0.147 0.133 0.113 0.123 0.069 0.049 0.027 0.013 56 T 0.081 0.080 0.045 0.102 0.107 0.118 0.159 0.115 0.089 0.065 0.038 57 T 0.141 0.107 0.059 0.120 0.118 0.105 0.124 0.081 0.069 0.047 0.028 58 A 0.570 0.156 0.077 0.100 0.046 0.022 0.014 0.007 0.004 0.003 0.002 59 I 0.105 0.126 0.061 0.119 0.105 0.114 0.145 0.087 0.067 0.045 0.026 60 E 0.022 0.027 0.021 0.054 0.078 0.118 0.216 0.167 0.147 0.095 0.056 61 G 0.324 0.134 0.127 0.144 0.094 0.067 0.059 0.024 0.014 0.008 0.004 62 E 0.107 0.107 0.237 0.265 0.139 0.072 0.043 0.015 0.008 0.004 0.002 63 I 0.023 0.022 0.045 0.048 0.043 0.068 0.160 0.157 0.181 0.151 0.102 64 R 0.022 0.025 0.067 0.139 0.149 0.184 0.196 0.099 0.067 0.035 0.017 65 N 0.067 0.080 0.383 0.175 0.105 0.080 0.063 0.023 0.014 0.007 0.003 66 F 0.010 0.024 0.083 0.100 0.120 0.171 0.246 0.109 0.075 0.043 0.018 67 A 0.020 0.012 0.024 0.028 0.029 0.042 0.133 0.149 0.214 0.202 0.147 68 Y 0.016 0.028 0.079 0.143 0.160 0.179 0.165 0.095 0.069 0.044 0.022 69 R 0.006 0.018 0.068 0.070 0.087 0.123 0.222 0.161 0.137 0.078 0.030 70 G 0.010 0.017 0.049 0.048 0.043 0.058 0.124 0.145 0.183 0.177 0.144 71 I 0.006 0.006 0.014 0.020 0.021 0.031 0.113 0.163 0.229 0.239 0.158 72 F 0.003 0.013 0.037 0.072 0.099 0.117 0.175 0.163 0.161 0.102 0.057 73 T 0.003 0.008 0.023 0.026 0.024 0.033 0.091 0.126 0.213 0.230 0.223 74 T 0.024 0.026 0.036 0.127 0.191 0.163 0.204 0.115 0.074 0.027 0.013 75 A 0.121 0.118 0.084 0.165 0.129 0.135 0.141 0.057 0.032 0.014 0.005 76 P 0.184 0.185 0.106 0.207 0.144 0.080 0.057 0.019 0.011 0.005 0.002 77 I 0.003 0.002 0.001 0.005 0.008 0.014 0.058 0.110 0.206 0.237 0.356 78 Q 0.285 0.354 0.125 0.143 0.058 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 79 K 0.165 0.166 0.062 0.205 0.148 0.116 0.086 0.030 0.015 0.006 0.002 80 G 0.284 0.079 0.028 0.090 0.092 0.091 0.104 0.080 0.067 0.048 0.036 81 E 0.088 0.227 0.103 0.235 0.154 0.090 0.060 0.020 0.013 0.006 0.004 82 A 0.105 0.111 0.075 0.178 0.161 0.133 0.129 0.052 0.032 0.015 0.008 83 F 0.004 0.003 0.003 0.007 0.015 0.032 0.090 0.122 0.187 0.232 0.306 84 S 0.031 0.292 0.171 0.260 0.129 0.050 0.040 0.013 0.008 0.003 0.002 85 E 0.478 0.144 0.068 0.152 0.087 0.041 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 86 D 0.648 0.142 0.053 0.079 0.037 0.022 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 87 N 0.015 0.059 0.054 0.191 0.173 0.180 0.178 0.073 0.046 0.022 0.010 88 I 0.003 0.003 0.004 0.008 0.012 0.026 0.095 0.147 0.233 0.254 0.214 89 A 0.024 0.095 0.159 0.228 0.180 0.136 0.104 0.038 0.021 0.010 0.005 90 V 0.012 0.030 0.046 0.086 0.089 0.098 0.158 0.147 0.144 0.127 0.064 91 L 0.016 0.023 0.014 0.081 0.118 0.133 0.191 0.154 0.134 0.083 0.053 92 R 0.028 0.041 0.027 0.084 0.105 0.135 0.207 0.146 0.121 0.072 0.034 93 P 0.152 0.155 0.064 0.157 0.119 0.084 0.103 0.068 0.053 0.033 0.013 94 G 0.447 0.145 0.040 0.100 0.073 0.057 0.060 0.035 0.024 0.014 0.007 95 Q 0.511 0.182 0.045 0.086 0.051 0.030 0.031 0.023 0.017 0.015 0.010 96 K 0.219 0.247 0.054 0.159 0.111 0.072 0.061 0.033 0.023 0.013 0.007 97 P 0.295 0.112 0.041 0.108 0.102 0.095 0.096 0.064 0.049 0.026 0.013 98 Q 0.384 0.141 0.050 0.120 0.086 0.061 0.068 0.041 0.028 0.015 0.006 99 G 0.345 0.126 0.063 0.129 0.088 0.066 0.069 0.045 0.036 0.021 0.012 100 L 0.042 0.066 0.021 0.081 0.095 0.116 0.150 0.145 0.123 0.102 0.059 101 H 0.085 0.194 0.045 0.132 0.127 0.113 0.112 0.077 0.059 0.037 0.019 102 P 0.213 0.052 0.033 0.076 0.078 0.086 0.121 0.103 0.111 0.077 0.051 103 R 0.253 0.193 0.082 0.181 0.126 0.067 0.053 0.020 0.014 0.007 0.005 104 F 0.038 0.087 0.069 0.152 0.112 0.106 0.127 0.106 0.096 0.064 0.043 105 F 0.053 0.029 0.046 0.083 0.111 0.140 0.182 0.127 0.112 0.073 0.044 106 E 0.173 0.124 0.363 0.187 0.075 0.038 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 107 L 0.030 0.063 0.113 0.169 0.144 0.159 0.165 0.078 0.046 0.024 0.009 108 L 0.025 0.025 0.027 0.045 0.051 0.069 0.128 0.138 0.176 0.167 0.149 109 T 0.102 0.108 0.135 0.110 0.103 0.103 0.124 0.073 0.066 0.046 0.030 110 S 0.116 0.151 0.118 0.178 0.140 0.101 0.092 0.046 0.031 0.019 0.008 111 G 0.330 0.147 0.068 0.129 0.099 0.076 0.065 0.034 0.025 0.016 0.011 112 V 0.116 0.086 0.073 0.127 0.118 0.125 0.144 0.081 0.062 0.041 0.028 113 R 0.161 0.246 0.137 0.197 0.126 0.064 0.039 0.014 0.008 0.004 0.002 114 A 0.020 0.012 0.011 0.020 0.025 0.038 0.104 0.142 0.198 0.215 0.217 115 V 0.070 0.102 0.099 0.224 0.213 0.128 0.103 0.032 0.016 0.007 0.004 116 R 0.084 0.108 0.168 0.212 0.141 0.099 0.086 0.042 0.030 0.018 0.012 117 D 0.172 0.188 0.123 0.196 0.129 0.085 0.061 0.021 0.013 0.007 0.004 118 I 0.015 0.013 0.010 0.021 0.034 0.056 0.148 0.154 0.185 0.189 0.175 119 P 0.352 0.355 0.104 0.106 0.046 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 120 A 0.303 0.125 0.091 0.176 0.112 0.081 0.060 0.023 0.014 0.008 0.005 121 D 0.381 0.156 0.060 0.122 0.090 0.066 0.055 0.027 0.019 0.013 0.011 122 T 0.103 0.152 0.072 0.186 0.138 0.120 0.105 0.053 0.038 0.022 0.011 123 G 0.305 0.147 0.062 0.129 0.102 0.088 0.078 0.036 0.027 0.016 0.009 124 I 0.028 0.019 0.015 0.031 0.037 0.053 0.127 0.136 0.186 0.182 0.185 125 V 0.030 0.141 0.102 0.230 0.166 0.113 0.106 0.047 0.033 0.019 0.013 126 W 0.037 0.033 0.032 0.097 0.107 0.119 0.165 0.130 0.126 0.089 0.065 127 D 0.204 0.135 0.117 0.202 0.135 0.098 0.060 0.024 0.014 0.007 0.004 128 D 0.018 0.049 0.061 0.166 0.158 0.161 0.187 0.100 0.061 0.028 0.011 129 I 0.016 0.013 0.026 0.029 0.027 0.036 0.095 0.131 0.206 0.226 0.195 130 L 0.004 0.008 0.032 0.044 0.060 0.086 0.186 0.159 0.174 0.142 0.104 131 L 0.009 0.045 0.112 0.184 0.180 0.125 0.139 0.088 0.066 0.034 0.016 132 K 0.041 0.039 0.039 0.073 0.090 0.123 0.211 0.152 0.122 0.074 0.038 133 D 0.295 0.146 0.079 0.169 0.115 0.073 0.063 0.030 0.018 0.009 0.004 134 S 0.065 0.105 0.038 0.083 0.077 0.080 0.143 0.127 0.120 0.104 0.057 135 P 0.348 0.188 0.073 0.140 0.088 0.053 0.045 0.026 0.019 0.012 0.006 136 F 0.219 0.084 0.033 0.069 0.067 0.076 0.136 0.104 0.097 0.072 0.044 137 H 0.141 0.153 0.065 0.140 0.108 0.090 0.104 0.073 0.064 0.040 0.021 138 E 0.349 0.140 0.050 0.121 0.094 0.068 0.061 0.043 0.035 0.023 0.015