# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3763 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.062 0.430 0.166 0.099 0.118 0.032 0.043 0.007 0.041 0.002 0.001 2 F 0.039 0.597 0.206 0.019 0.082 0.025 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 3 T 0.038 0.633 0.199 0.022 0.045 0.038 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 4 I 0.052 0.509 0.233 0.052 0.050 0.045 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 5 D 0.029 0.148 0.513 0.024 0.053 0.145 0.026 0.004 0.052 0.005 0.002 6 K 0.542 0.088 0.091 0.160 0.023 0.018 0.053 0.015 0.006 0.004 0.001 7 N 0.219 0.086 0.186 0.374 0.016 0.042 0.042 0.009 0.024 0.002 0.001 8 L 0.008 0.237 0.474 0.001 0.016 0.015 0.015 0.001 0.234 0.001 0.001 9 P 0.107 0.002 0.780 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 10 G 0.063 0.055 0.302 0.017 0.261 0.006 0.007 0.084 0.013 0.192 0.001 11 A 0.583 0.024 0.196 0.143 0.014 0.018 0.003 0.003 0.003 0.004 0.008 12 D 0.217 0.110 0.137 0.396 0.030 0.037 0.024 0.009 0.038 0.002 0.001 13 H 0.282 0.212 0.195 0.166 0.044 0.048 0.023 0.005 0.024 0.001 0.001 14 S 0.503 0.153 0.188 0.085 0.020 0.025 0.007 0.004 0.014 0.002 0.001 15 F 0.207 0.313 0.132 0.130 0.152 0.015 0.017 0.009 0.020 0.005 0.001 16 A 0.146 0.370 0.251 0.052 0.085 0.046 0.020 0.004 0.020 0.004 0.002 17 L 0.039 0.461 0.284 0.050 0.095 0.051 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 18 N 0.001 0.124 0.464 0.001 0.015 0.175 0.001 0.001 0.217 0.001 0.001 19 P 0.991 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.944 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 T 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.967 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.490 0.003 0.012 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 K 0.304 0.007 0.037 0.053 0.012 0.006 0.304 0.180 0.007 0.090 0.001 38 Q 0.273 0.025 0.188 0.444 0.014 0.010 0.034 0.005 0.003 0.004 0.001 39 G 0.131 0.012 0.098 0.046 0.086 0.003 0.065 0.460 0.002 0.097 0.001 40 I 0.222 0.315 0.347 0.043 0.031 0.025 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 41 T 0.196 0.217 0.465 0.048 0.005 0.048 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 42 K 0.091 0.396 0.335 0.002 0.048 0.014 0.005 0.001 0.108 0.001 0.001 43 P 0.386 0.006 0.530 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 44 V 0.799 0.055 0.050 0.056 0.009 0.017 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 45 S 0.838 0.033 0.052 0.049 0.006 0.011 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 46 E 0.879 0.021 0.033 0.047 0.008 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 47 K 0.702 0.038 0.085 0.103 0.015 0.019 0.021 0.002 0.012 0.001 0.001 48 L 0.494 0.086 0.144 0.221 0.004 0.030 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 49 L 0.254 0.138 0.187 0.306 0.024 0.042 0.021 0.002 0.023 0.002 0.001 50 G 0.081 0.028 0.109 0.122 0.090 0.011 0.074 0.283 0.012 0.189 0.001 51 S 0.169 0.102 0.515 0.096 0.048 0.027 0.010 0.008 0.014 0.010 0.001 52 S 0.484 0.088 0.129 0.178 0.043 0.013 0.025 0.020 0.006 0.013 0.001 53 Y 0.226 0.186 0.230 0.222 0.061 0.024 0.021 0.009 0.017 0.005 0.001 54 K 0.201 0.231 0.332 0.068 0.073 0.026 0.020 0.017 0.021 0.010 0.001 55 T 0.240 0.305 0.226 0.085 0.047 0.049 0.015 0.002 0.027 0.002 0.001 56 T 0.257 0.276 0.238 0.125 0.042 0.036 0.007 0.002 0.016 0.002 0.001 57 T 0.168 0.339 0.293 0.038 0.087 0.026 0.005 0.002 0.037 0.004 0.001 58 A 0.648 0.047 0.231 0.028 0.014 0.011 0.004 0.005 0.003 0.007 0.002 59 I 0.660 0.090 0.100 0.074 0.022 0.016 0.012 0.006 0.014 0.006 0.001 60 E 0.680 0.062 0.122 0.100 0.009 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 61 G 0.677 0.019 0.069 0.029 0.046 0.005 0.034 0.073 0.003 0.044 0.001 62 E 0.871 0.018 0.045 0.039 0.010 0.006 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 63 I 0.793 0.038 0.032 0.109 0.006 0.010 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 64 R 0.818 0.046 0.050 0.047 0.009 0.013 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 65 N 0.729 0.035 0.047 0.111 0.016 0.022 0.022 0.005 0.011 0.001 0.001 66 F 0.714 0.065 0.045 0.130 0.017 0.010 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 67 A 0.679 0.087 0.110 0.082 0.015 0.011 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 68 Y 0.686 0.095 0.061 0.093 0.026 0.010 0.013 0.007 0.006 0.004 0.001 69 R 0.443 0.244 0.113 0.081 0.061 0.014 0.024 0.004 0.015 0.003 0.001 70 G 0.541 0.185 0.115 0.026 0.101 0.008 0.003 0.005 0.004 0.011 0.001 71 I 0.315 0.513 0.078 0.026 0.040 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 72 F 0.248 0.476 0.120 0.035 0.045 0.040 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 73 T 0.203 0.506 0.084 0.079 0.081 0.024 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 74 T 0.247 0.321 0.156 0.164 0.059 0.022 0.008 0.002 0.018 0.003 0.001 75 A 0.021 0.557 0.218 0.002 0.072 0.014 0.015 0.001 0.099 0.001 0.001 76 P 0.113 0.013 0.689 0.005 0.001 0.157 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 77 I 0.179 0.318 0.393 0.020 0.023 0.039 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 78 Q 0.571 0.077 0.282 0.028 0.006 0.021 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 79 K 0.252 0.106 0.311 0.268 0.024 0.007 0.019 0.003 0.008 0.002 0.001 80 G 0.043 0.005 0.036 0.019 0.038 0.002 0.104 0.645 0.001 0.106 0.001 81 E 0.079 0.293 0.495 0.032 0.030 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 82 A 0.059 0.351 0.469 0.030 0.022 0.047 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 83 F 0.039 0.517 0.245 0.061 0.079 0.040 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 84 S 0.004 0.351 0.391 0.003 0.207 0.023 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 85 E 0.927 0.013 0.017 0.029 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 86 D 0.662 0.009 0.039 0.271 0.002 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 87 N 0.151 0.029 0.047 0.501 0.010 0.038 0.181 0.010 0.033 0.001 0.001 88 I 0.085 0.441 0.366 0.050 0.023 0.019 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 89 A 0.058 0.606 0.245 0.019 0.036 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 90 V 0.022 0.773 0.140 0.011 0.032 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 91 L 0.034 0.508 0.366 0.014 0.021 0.036 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 92 R 0.009 0.437 0.313 0.001 0.040 0.020 0.005 0.001 0.173 0.001 0.001 93 P 0.086 0.012 0.831 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 94 G 0.091 0.070 0.143 0.054 0.167 0.008 0.031 0.300 0.006 0.130 0.001 95 Q 0.115 0.252 0.373 0.119 0.035 0.049 0.018 0.003 0.028 0.005 0.002 96 K 0.021 0.185 0.623 0.004 0.025 0.025 0.015 0.001 0.098 0.003 0.001 97 P 0.351 0.010 0.520 0.019 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 98 Q 0.217 0.059 0.322 0.309 0.016 0.018 0.036 0.007 0.014 0.003 0.001 99 G 0.023 0.003 0.032 0.016 0.041 0.002 0.053 0.565 0.001 0.264 0.001 100 L 0.159 0.207 0.475 0.094 0.019 0.028 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 101 H 0.040 0.179 0.593 0.005 0.025 0.033 0.013 0.001 0.104 0.007 0.001 102 P 0.475 0.008 0.446 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 103 R 0.740 0.048 0.073 0.096 0.017 0.007 0.005 0.007 0.004 0.002 0.001 104 F 0.628 0.092 0.123 0.072 0.036 0.020 0.008 0.004 0.012 0.004 0.001 105 F 0.874 0.035 0.031 0.035 0.005 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 106 E 0.927 0.020 0.018 0.024 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 107 L 0.811 0.035 0.036 0.084 0.007 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 108 L 0.749 0.057 0.076 0.078 0.005 0.021 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 109 T 0.721 0.085 0.050 0.107 0.010 0.009 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 110 S 0.374 0.083 0.147 0.329 0.038 0.005 0.013 0.003 0.004 0.004 0.001 111 G 0.133 0.017 0.071 0.072 0.055 0.004 0.070 0.498 0.004 0.077 0.001 112 V 0.114 0.356 0.432 0.018 0.029 0.027 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 113 R 0.160 0.264 0.488 0.013 0.006 0.046 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 114 A 0.207 0.316 0.378 0.025 0.032 0.027 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 115 V 0.259 0.428 0.168 0.062 0.035 0.024 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 116 R 0.134 0.421 0.246 0.034 0.109 0.014 0.013 0.002 0.022 0.006 0.001 117 D 0.164 0.087 0.324 0.106 0.011 0.181 0.068 0.005 0.046 0.001 0.005 118 I 0.040 0.494 0.330 0.005 0.015 0.026 0.003 0.001 0.086 0.001 0.001 119 P 0.137 0.015 0.779 0.010 0.001 0.044 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 120 A 0.465 0.058 0.331 0.059 0.034 0.008 0.016 0.008 0.003 0.018 0.001 121 D 0.242 0.016 0.036 0.270 0.015 0.030 0.311 0.067 0.009 0.003 0.001 122 T 0.104 0.255 0.309 0.278 0.034 0.007 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 123 G 0.052 0.091 0.331 0.046 0.158 0.013 0.042 0.145 0.009 0.114 0.001 124 I 0.008 0.537 0.384 0.004 0.037 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 125 V 0.009 0.487 0.423 0.003 0.027 0.031 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 126 W 0.762 0.091 0.070 0.023 0.012 0.027 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 127 D 0.925 0.014 0.015 0.034 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 128 D 0.732 0.022 0.025 0.145 0.014 0.016 0.031 0.003 0.010 0.001 0.001 129 I 0.770 0.081 0.054 0.075 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 130 L 0.639 0.152 0.132 0.033 0.013 0.016 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 131 L 0.393 0.126 0.220 0.177 0.012 0.036 0.008 0.002 0.023 0.001 0.001 132 K 0.283 0.132 0.428 0.086 0.025 0.014 0.017 0.003 0.009 0.002 0.001 133 D 0.214 0.030 0.097 0.357 0.020 0.039 0.149 0.069 0.013 0.010 0.001 134 S 0.023 0.143 0.678 0.003 0.048 0.013 0.004 0.001 0.083 0.006 0.001 135 P 0.664 0.003 0.228 0.035 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 136 F 0.441 0.085 0.123 0.271 0.019 0.023 0.011 0.009 0.016 0.002 0.001 137 H 0.194 0.199 0.278 0.160 0.029 0.064 0.021 0.004 0.049 0.002 0.001 138 E 0.437 0.108 0.231 0.095 0.042 0.020 0.020 0.015 0.012 0.019 0.001