# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.155 0.175 0.068 0.028 0.344 0.016 0.019 0.030 0.048 0.061 0.057 2 F 0.247 0.143 0.029 0.007 0.437 0.005 0.006 0.012 0.014 0.032 0.067 3 T 0.198 0.190 0.057 0.006 0.427 0.003 0.007 0.011 0.011 0.032 0.057 4 I 0.121 0.321 0.088 0.021 0.289 0.012 0.011 0.026 0.026 0.040 0.045 5 D 0.142 0.256 0.110 0.009 0.355 0.005 0.005 0.024 0.029 0.029 0.035 6 K 0.032 0.043 0.028 0.031 0.057 0.027 0.056 0.302 0.344 0.056 0.023 7 N 0.053 0.122 0.053 0.027 0.075 0.023 0.051 0.089 0.104 0.343 0.061 8 L 0.110 0.221 0.083 0.031 0.192 0.022 0.033 0.054 0.048 0.128 0.078 9 P 0.065 0.100 0.057 0.080 0.088 0.085 0.140 0.101 0.087 0.138 0.058 10 G 0.016 0.114 0.341 0.319 0.047 0.032 0.017 0.033 0.027 0.040 0.013 11 A 0.083 0.152 0.056 0.030 0.149 0.036 0.090 0.176 0.108 0.078 0.043 12 D 0.178 0.069 0.019 0.013 0.189 0.022 0.043 0.068 0.109 0.170 0.120 13 H 0.115 0.145 0.074 0.027 0.280 0.012 0.021 0.054 0.078 0.119 0.074 14 S 0.205 0.100 0.016 0.006 0.311 0.023 0.049 0.112 0.103 0.040 0.035 15 F 0.106 0.145 0.046 0.026 0.332 0.021 0.027 0.058 0.082 0.095 0.061 16 A 0.232 0.111 0.020 0.002 0.358 0.001 0.007 0.018 0.028 0.120 0.103 17 L 0.037 0.414 0.175 0.014 0.212 0.010 0.018 0.021 0.023 0.057 0.019 18 N 0.053 0.590 0.166 0.002 0.175 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 19 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.008 0.585 0.381 0.007 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.826 0.136 0.016 0.001 21 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.837 0.095 0.055 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.061 0.005 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.041 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.035 0.002 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.052 0.004 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.058 0.003 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.038 0.002 0.001 28 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.004 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.001 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.041 0.002 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.033 0.003 0.001 32 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.056 0.002 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.857 0.127 0.004 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.813 0.113 0.005 0.001 35 E 0.002 0.011 0.004 0.003 0.005 0.012 0.281 0.537 0.098 0.045 0.001 36 L 0.021 0.433 0.284 0.027 0.071 0.009 0.027 0.049 0.019 0.048 0.011 37 K 0.041 0.092 0.135 0.137 0.038 0.070 0.033 0.075 0.051 0.250 0.078 38 Q 0.032 0.199 0.146 0.083 0.100 0.049 0.054 0.148 0.075 0.081 0.032 39 G 0.047 0.082 0.037 0.020 0.075 0.024 0.027 0.122 0.145 0.323 0.099 40 I 0.118 0.223 0.058 0.006 0.290 0.005 0.016 0.115 0.076 0.058 0.035 41 T 0.091 0.096 0.048 0.016 0.118 0.014 0.034 0.276 0.151 0.121 0.035 42 K 0.018 0.348 0.340 0.028 0.096 0.005 0.012 0.100 0.032 0.015 0.007 43 P 0.073 0.306 0.134 0.006 0.212 0.005 0.014 0.197 0.027 0.011 0.016 44 V 0.098 0.111 0.047 0.007 0.136 0.021 0.039 0.370 0.080 0.053 0.036 45 S 0.038 0.081 0.038 0.018 0.061 0.011 0.018 0.445 0.198 0.067 0.024 46 E 0.010 0.039 0.017 0.016 0.019 0.010 0.021 0.454 0.360 0.048 0.006 47 K 0.011 0.052 0.022 0.010 0.030 0.015 0.158 0.502 0.162 0.032 0.005 48 L 0.057 0.038 0.020 0.023 0.065 0.038 0.176 0.245 0.103 0.192 0.043 49 L 0.041 0.183 0.125 0.147 0.113 0.067 0.093 0.110 0.040 0.056 0.025 50 G 0.045 0.083 0.121 0.179 0.063 0.071 0.027 0.074 0.061 0.209 0.067 51 S 0.042 0.186 0.159 0.047 0.130 0.036 0.071 0.144 0.078 0.080 0.028 52 S 0.028 0.052 0.044 0.027 0.041 0.020 0.030 0.146 0.170 0.365 0.078 53 Y 0.108 0.151 0.046 0.012 0.251 0.010 0.024 0.125 0.145 0.089 0.040 54 K 0.074 0.151 0.082 0.020 0.183 0.026 0.039 0.162 0.135 0.090 0.037 55 T 0.155 0.180 0.035 0.002 0.322 0.003 0.018 0.083 0.052 0.102 0.049 56 T 0.134 0.264 0.082 0.016 0.226 0.017 0.036 0.089 0.036 0.070 0.030 57 T 0.021 0.492 0.300 0.020 0.093 0.004 0.004 0.037 0.012 0.010 0.009 58 A 0.015 0.019 0.014 0.010 0.020 0.018 0.020 0.650 0.206 0.020 0.010 59 I 0.011 0.024 0.018 0.005 0.020 0.006 0.017 0.711 0.149 0.032 0.008 60 E 0.012 0.014 0.006 0.003 0.017 0.005 0.015 0.716 0.144 0.059 0.008 61 G 0.017 0.043 0.021 0.008 0.037 0.008 0.013 0.664 0.135 0.048 0.007 62 E 0.010 0.036 0.010 0.007 0.021 0.008 0.029 0.733 0.113 0.025 0.007 63 I 0.035 0.048 0.025 0.009 0.049 0.010 0.028 0.557 0.100 0.118 0.020 64 R 0.030 0.040 0.013 0.006 0.048 0.006 0.019 0.645 0.146 0.034 0.013 65 N 0.024 0.021 0.007 0.005 0.033 0.010 0.036 0.700 0.129 0.022 0.012 66 F 0.018 0.018 0.007 0.006 0.030 0.013 0.058 0.685 0.102 0.055 0.009 67 A 0.026 0.031 0.015 0.006 0.044 0.011 0.035 0.633 0.121 0.069 0.009 68 Y 0.022 0.025 0.013 0.011 0.032 0.014 0.050 0.636 0.122 0.061 0.014 69 R 0.062 0.078 0.029 0.020 0.105 0.015 0.029 0.476 0.090 0.067 0.029 70 G 0.046 0.188 0.037 0.014 0.270 0.018 0.047 0.319 0.040 0.017 0.005 71 I 0.380 0.021 0.003 0.001 0.383 0.002 0.010 0.128 0.019 0.011 0.041 72 F 0.116 0.187 0.023 0.024 0.303 0.086 0.061 0.151 0.019 0.013 0.016 73 T 0.236 0.098 0.014 0.004 0.461 0.004 0.009 0.093 0.015 0.017 0.049 74 T 0.170 0.066 0.021 0.028 0.181 0.056 0.065 0.189 0.103 0.068 0.054 75 A 0.040 0.305 0.207 0.040 0.185 0.020 0.031 0.103 0.043 0.014 0.013 76 P 0.201 0.136 0.029 0.006 0.238 0.006 0.014 0.050 0.051 0.173 0.096 77 I 0.081 0.411 0.237 0.015 0.164 0.005 0.007 0.031 0.019 0.015 0.016 78 Q 0.031 0.196 0.401 0.061 0.083 0.037 0.016 0.109 0.027 0.030 0.009 79 K 0.018 0.074 0.046 0.085 0.045 0.096 0.220 0.304 0.082 0.023 0.007 80 G 0.014 0.014 0.017 0.031 0.013 0.005 0.003 0.034 0.032 0.676 0.162 81 E 0.031 0.526 0.085 0.002 0.282 0.003 0.014 0.034 0.010 0.010 0.003 82 A 0.460 0.068 0.006 0.001 0.429 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.024 83 F 0.162 0.189 0.048 0.080 0.233 0.103 0.070 0.030 0.006 0.015 0.063 84 S 0.005 0.422 0.485 0.038 0.033 0.004 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 85 E 0.007 0.010 0.006 0.009 0.010 0.008 0.024 0.461 0.439 0.021 0.006 86 D 0.007 0.034 0.018 0.016 0.015 0.037 0.087 0.410 0.303 0.065 0.008 87 N 0.101 0.031 0.006 0.005 0.126 0.007 0.031 0.123 0.124 0.360 0.087 88 I 0.376 0.075 0.007 0.002 0.355 0.002 0.002 0.040 0.039 0.034 0.067 89 A 0.089 0.110 0.045 0.040 0.237 0.038 0.073 0.165 0.126 0.040 0.039 90 V 0.232 0.142 0.036 0.004 0.324 0.002 0.007 0.072 0.034 0.102 0.047 91 L 0.106 0.289 0.092 0.027 0.264 0.017 0.057 0.067 0.020 0.036 0.025 92 R 0.043 0.222 0.434 0.128 0.119 0.008 0.003 0.013 0.004 0.008 0.018 93 P 0.013 0.079 0.031 0.033 0.040 0.065 0.230 0.342 0.127 0.031 0.008 94 G 0.037 0.033 0.034 0.017 0.040 0.011 0.025 0.096 0.114 0.522 0.070 95 Q 0.083 0.345 0.119 0.016 0.219 0.012 0.025 0.054 0.037 0.056 0.033 96 K 0.076 0.264 0.216 0.031 0.229 0.015 0.024 0.038 0.026 0.036 0.045 97 P 0.116 0.196 0.083 0.026 0.203 0.033 0.069 0.130 0.079 0.037 0.028 98 Q 0.017 0.128 0.086 0.058 0.052 0.097 0.157 0.151 0.111 0.123 0.020 99 G 0.045 0.061 0.134 0.129 0.038 0.029 0.016 0.029 0.055 0.349 0.114 100 L 0.040 0.377 0.322 0.027 0.118 0.007 0.009 0.023 0.023 0.034 0.022 101 H 0.024 0.559 0.255 0.006 0.113 0.002 0.002 0.011 0.008 0.010 0.012 102 P 0.029 0.043 0.009 0.003 0.094 0.004 0.007 0.288 0.465 0.048 0.010 103 R 0.007 0.014 0.006 0.002 0.014 0.009 0.041 0.614 0.256 0.030 0.005 104 F 0.039 0.046 0.010 0.002 0.044 0.003 0.020 0.250 0.127 0.425 0.033 105 F 0.050 0.030 0.005 0.002 0.075 0.003 0.008 0.464 0.284 0.059 0.022 106 E 0.006 0.017 0.008 0.009 0.012 0.011 0.040 0.623 0.237 0.032 0.006 107 L 0.009 0.013 0.005 0.004 0.032 0.006 0.054 0.573 0.163 0.135 0.006 108 L 0.058 0.023 0.005 0.003 0.052 0.007 0.062 0.618 0.110 0.045 0.018 109 T 0.055 0.014 0.010 0.034 0.053 0.058 0.117 0.356 0.084 0.170 0.050 110 S 0.008 0.306 0.155 0.165 0.049 0.052 0.075 0.123 0.027 0.035 0.004 111 G 0.018 0.023 0.049 0.075 0.013 0.009 0.008 0.055 0.045 0.587 0.118 112 V 0.056 0.311 0.133 0.015 0.167 0.009 0.035 0.163 0.052 0.039 0.020 113 R 0.130 0.264 0.074 0.009 0.281 0.008 0.022 0.112 0.036 0.027 0.036 114 A 0.112 0.231 0.062 0.014 0.279 0.012 0.028 0.175 0.048 0.019 0.020 115 V 0.133 0.062 0.019 0.018 0.151 0.036 0.055 0.275 0.155 0.060 0.035 116 R 0.043 0.162 0.089 0.030 0.139 0.023 0.045 0.267 0.154 0.029 0.020 117 D 0.138 0.092 0.025 0.007 0.176 0.006 0.027 0.095 0.084 0.277 0.073 118 I 0.063 0.359 0.215 0.029 0.153 0.006 0.015 0.056 0.037 0.042 0.025 119 P 0.011 0.201 0.577 0.113 0.029 0.016 0.006 0.028 0.008 0.008 0.004 120 A 0.002 0.035 0.017 0.025 0.009 0.111 0.507 0.238 0.050 0.005 0.001 121 D 0.006 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.019 0.856 0.102 122 T 0.014 0.523 0.272 0.019 0.121 0.007 0.009 0.010 0.008 0.012 0.004 123 G 0.215 0.243 0.082 0.004 0.354 0.003 0.004 0.007 0.007 0.024 0.056 124 I 0.136 0.399 0.089 0.009 0.297 0.006 0.014 0.004 0.003 0.009 0.033 125 V 0.008 0.688 0.230 0.007 0.053 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 126 W 0.047 0.012 0.007 0.014 0.055 0.008 0.017 0.229 0.558 0.029 0.026 127 D 0.003 0.005 0.007 0.038 0.003 0.092 0.135 0.350 0.340 0.027 0.002 128 D 0.025 0.045 0.011 0.010 0.069 0.009 0.074 0.185 0.177 0.369 0.026 129 I 0.286 0.049 0.005 0.003 0.188 0.005 0.011 0.053 0.098 0.203 0.098 130 L 0.067 0.210 0.092 0.058 0.371 0.008 0.018 0.035 0.032 0.058 0.050 131 L 0.102 0.269 0.204 0.072 0.174 0.017 0.011 0.034 0.017 0.052 0.047 132 K 0.007 0.040 0.017 0.042 0.019 0.063 0.432 0.220 0.113 0.040 0.005 133 D 0.049 0.023 0.018 0.023 0.030 0.008 0.010 0.017 0.049 0.575 0.198 134 S 0.022 0.422 0.333 0.024 0.139 0.003 0.004 0.012 0.015 0.017 0.010 135 P 0.042 0.086 0.070 0.042 0.072 0.075 0.146 0.217 0.134 0.073 0.043 136 F 0.049 0.065 0.058 0.026 0.103 0.026 0.062 0.244 0.169 0.161 0.038 137 H 0.057 0.093 0.065 0.033 0.083 0.035 0.043 0.226 0.128 0.176 0.061 138 E 0.049 0.093 0.065 0.034 0.095 0.038 0.060 0.244 0.162 0.126 0.034