# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.571 0.276 0.108 0.035 0.008 0.001 0.001 2 F 0.298 0.154 0.173 0.218 0.122 0.033 0.003 3 T 0.415 0.307 0.151 0.083 0.034 0.008 0.001 4 I 0.275 0.181 0.180 0.195 0.126 0.039 0.005 5 D 0.336 0.298 0.183 0.118 0.049 0.014 0.002 6 K 0.396 0.304 0.189 0.086 0.021 0.003 0.001 7 N 0.640 0.255 0.075 0.024 0.005 0.001 0.001 8 L 0.472 0.266 0.129 0.086 0.038 0.008 0.001 9 P 0.655 0.240 0.076 0.025 0.004 0.001 0.001 10 G 0.671 0.218 0.075 0.027 0.007 0.001 0.001 11 A 0.467 0.212 0.139 0.119 0.051 0.011 0.001 12 D 0.537 0.221 0.124 0.078 0.031 0.007 0.001 13 H 0.458 0.236 0.127 0.096 0.058 0.022 0.004 14 S 0.400 0.211 0.160 0.135 0.060 0.028 0.007 15 F 0.114 0.112 0.119 0.205 0.207 0.176 0.066 16 A 0.168 0.141 0.127 0.133 0.172 0.201 0.058 17 L 0.052 0.086 0.127 0.221 0.266 0.206 0.042 18 N 0.085 0.241 0.268 0.246 0.118 0.037 0.004 19 P 0.088 0.257 0.330 0.218 0.087 0.019 0.001 20 D 0.530 0.353 0.092 0.021 0.004 0.001 0.001 21 E 0.052 0.175 0.269 0.320 0.155 0.026 0.002 22 L 0.019 0.043 0.097 0.258 0.413 0.165 0.005 23 K 0.045 0.340 0.383 0.185 0.041 0.005 0.001 24 E 0.092 0.378 0.345 0.153 0.028 0.004 0.001 25 M 0.004 0.009 0.020 0.084 0.371 0.484 0.028 26 V 0.002 0.014 0.066 0.273 0.440 0.197 0.008 27 D 0.030 0.371 0.411 0.159 0.024 0.003 0.001 28 G 0.019 0.078 0.237 0.395 0.225 0.044 0.002 29 I 0.004 0.011 0.013 0.052 0.255 0.584 0.080 30 R 0.025 0.150 0.326 0.343 0.135 0.021 0.001 31 K 0.076 0.378 0.339 0.165 0.036 0.005 0.001 32 T 0.014 0.035 0.089 0.279 0.394 0.180 0.009 33 E 0.020 0.078 0.144 0.283 0.320 0.141 0.014 34 A 0.221 0.391 0.246 0.102 0.031 0.008 0.001 35 E 0.207 0.269 0.219 0.194 0.090 0.019 0.002 36 L 0.125 0.167 0.236 0.247 0.161 0.060 0.005 37 K 0.480 0.242 0.140 0.092 0.038 0.008 0.001 38 Q 0.494 0.318 0.131 0.043 0.011 0.002 0.001 39 G 0.468 0.229 0.147 0.105 0.041 0.009 0.001 40 I 0.417 0.274 0.150 0.095 0.049 0.014 0.002 41 T 0.297 0.193 0.189 0.183 0.103 0.031 0.003 42 K 0.476 0.295 0.140 0.065 0.019 0.005 0.001 43 P 0.453 0.269 0.137 0.090 0.039 0.011 0.001 44 V 0.314 0.185 0.180 0.175 0.108 0.034 0.004 45 S 0.412 0.208 0.148 0.120 0.075 0.032 0.006 46 E 0.598 0.237 0.100 0.042 0.016 0.005 0.001 47 K 0.422 0.262 0.171 0.092 0.037 0.013 0.002 48 L 0.238 0.154 0.161 0.194 0.157 0.082 0.012 49 L 0.305 0.219 0.164 0.138 0.105 0.058 0.010 50 G 0.457 0.252 0.125 0.091 0.048 0.022 0.004 51 S 0.501 0.221 0.114 0.093 0.050 0.019 0.004 52 S 0.537 0.206 0.114 0.072 0.044 0.022 0.006 53 Y 0.422 0.237 0.149 0.108 0.055 0.023 0.006 54 K 0.363 0.222 0.162 0.131 0.081 0.035 0.006 55 T 0.250 0.247 0.213 0.153 0.086 0.042 0.008 56 T 0.279 0.249 0.175 0.145 0.100 0.046 0.006 57 T 0.180 0.225 0.228 0.224 0.109 0.031 0.004 58 A 0.515 0.258 0.126 0.068 0.025 0.008 0.001 59 I 0.519 0.245 0.113 0.077 0.034 0.010 0.002 60 E 0.348 0.217 0.153 0.144 0.093 0.039 0.007 61 G 0.393 0.261 0.173 0.111 0.047 0.013 0.002 62 E 0.497 0.299 0.115 0.057 0.022 0.008 0.001 63 I 0.262 0.235 0.209 0.171 0.087 0.033 0.005 64 R 0.147 0.194 0.210 0.230 0.160 0.054 0.005 65 N 0.256 0.306 0.190 0.141 0.081 0.024 0.002 66 F 0.122 0.182 0.242 0.254 0.146 0.050 0.004 67 A 0.048 0.050 0.068 0.163 0.280 0.334 0.057 68 Y 0.045 0.103 0.168 0.278 0.251 0.133 0.021 69 R 0.046 0.095 0.124 0.192 0.251 0.230 0.063 70 G 0.018 0.037 0.054 0.114 0.235 0.388 0.153 71 I 0.008 0.014 0.032 0.086 0.159 0.463 0.237 72 F 0.016 0.042 0.085 0.206 0.299 0.277 0.076 73 T 0.012 0.022 0.038 0.097 0.300 0.442 0.089 74 T 0.029 0.093 0.187 0.305 0.252 0.117 0.016 75 A 0.083 0.227 0.252 0.256 0.128 0.049 0.007 76 P 0.162 0.374 0.251 0.139 0.058 0.015 0.001 77 I 0.033 0.083 0.185 0.353 0.271 0.070 0.003 78 Q 0.433 0.350 0.144 0.056 0.014 0.003 0.001 79 K 0.436 0.355 0.140 0.052 0.014 0.003 0.001 80 G 0.159 0.177 0.186 0.246 0.173 0.056 0.004 81 E 0.186 0.322 0.252 0.164 0.062 0.014 0.001 82 A 0.177 0.281 0.257 0.183 0.078 0.023 0.002 83 F 0.057 0.065 0.112 0.245 0.333 0.176 0.013 84 S 0.205 0.326 0.244 0.161 0.053 0.010 0.001 85 E 0.381 0.358 0.170 0.067 0.019 0.005 0.001 86 D 0.354 0.343 0.185 0.088 0.023 0.005 0.001 87 N 0.073 0.147 0.221 0.260 0.213 0.080 0.006 88 I 0.047 0.050 0.111 0.220 0.296 0.244 0.032 89 A 0.112 0.181 0.209 0.245 0.175 0.072 0.006 90 V 0.068 0.090 0.127 0.173 0.282 0.234 0.026 91 L 0.069 0.173 0.255 0.288 0.154 0.057 0.005 92 R 0.106 0.144 0.176 0.269 0.221 0.077 0.007 93 P 0.257 0.249 0.191 0.150 0.099 0.046 0.008 94 G 0.550 0.233 0.113 0.068 0.027 0.009 0.001 95 Q 0.475 0.250 0.144 0.084 0.036 0.010 0.001 96 K 0.467 0.309 0.142 0.059 0.018 0.004 0.001 97 P 0.291 0.181 0.173 0.217 0.112 0.023 0.002 98 Q 0.453 0.299 0.147 0.068 0.023 0.008 0.001 99 G 0.318 0.206 0.160 0.152 0.101 0.053 0.009 100 L 0.234 0.206 0.166 0.173 0.137 0.071 0.013 101 H 0.213 0.248 0.210 0.181 0.099 0.042 0.007 102 P 0.176 0.206 0.207 0.210 0.135 0.057 0.009 103 R 0.286 0.323 0.199 0.121 0.053 0.016 0.002 104 F 0.111 0.224 0.256 0.234 0.130 0.040 0.004 105 F 0.042 0.046 0.076 0.182 0.319 0.298 0.037 106 E 0.092 0.200 0.221 0.247 0.159 0.070 0.010 107 L 0.161 0.289 0.237 0.161 0.095 0.050 0.008 108 L 0.045 0.072 0.123 0.223 0.284 0.222 0.031 109 T 0.029 0.034 0.060 0.145 0.283 0.372 0.077 110 S 0.076 0.130 0.187 0.236 0.214 0.133 0.024 111 G 0.137 0.199 0.215 0.210 0.147 0.081 0.012 112 V 0.088 0.162 0.204 0.245 0.186 0.100 0.014 113 R 0.110 0.211 0.233 0.224 0.154 0.062 0.007 114 A 0.038 0.081 0.135 0.251 0.324 0.159 0.012 115 V 0.112 0.264 0.295 0.225 0.083 0.020 0.002 116 R 0.302 0.334 0.185 0.119 0.047 0.013 0.001 117 D 0.322 0.375 0.189 0.085 0.024 0.004 0.001 118 I 0.043 0.082 0.186 0.378 0.265 0.044 0.001 119 P 0.547 0.313 0.100 0.033 0.006 0.001 0.001 120 A 0.665 0.243 0.067 0.021 0.004 0.001 0.001 121 D 0.624 0.258 0.079 0.030 0.008 0.002 0.001 122 T 0.242 0.296 0.228 0.161 0.060 0.012 0.001 123 G 0.203 0.259 0.229 0.193 0.089 0.025 0.002 124 I 0.070 0.070 0.106 0.188 0.295 0.240 0.031 125 V 0.095 0.189 0.245 0.253 0.154 0.056 0.007 126 W 0.112 0.127 0.149 0.221 0.231 0.134 0.027 127 D 0.296 0.310 0.178 0.124 0.063 0.023 0.005 128 D 0.268 0.218 0.179 0.165 0.102 0.056 0.012 129 I 0.234 0.135 0.131 0.162 0.163 0.142 0.033 130 L 0.254 0.126 0.131 0.170 0.162 0.125 0.032 131 L 0.331 0.161 0.132 0.135 0.132 0.083 0.025 132 K 0.256 0.187 0.168 0.158 0.121 0.073 0.037 133 D 0.289 0.196 0.167 0.136 0.108 0.073 0.031 134 S 0.282 0.214 0.170 0.140 0.098 0.073 0.023 135 P 0.504 0.207 0.105 0.093 0.058 0.029 0.006 136 F 0.550 0.199 0.107 0.075 0.044 0.021 0.004 137 H 0.633 0.163 0.090 0.071 0.032 0.010 0.001 138 E 0.754 0.159 0.049 0.025 0.009 0.003 0.001