# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.9382 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.166 0.017 0.012 0.005 0.211 0.589 2 F 0.338 0.042 0.009 0.006 0.130 0.474 3 T 0.398 0.087 0.013 0.005 0.117 0.379 4 I 0.328 0.103 0.033 0.008 0.164 0.364 5 D 0.182 0.065 0.044 0.012 0.464 0.232 6 K 0.071 0.018 0.093 0.014 0.617 0.186 7 N 0.040 0.026 0.046 0.014 0.649 0.225 8 L 0.034 0.053 0.027 0.011 0.708 0.167 9 P 0.029 0.035 0.021 0.013 0.578 0.324 10 G 0.023 0.040 0.026 0.018 0.622 0.270 11 A 0.029 0.033 0.048 0.032 0.632 0.227 12 D 0.030 0.043 0.098 0.057 0.553 0.220 13 H 0.033 0.032 0.226 0.092 0.449 0.168 14 S 0.037 0.015 0.297 0.072 0.410 0.170 15 F 0.089 0.033 0.253 0.066 0.351 0.207 16 A 0.113 0.094 0.062 0.037 0.298 0.396 17 L 0.067 0.106 0.011 0.019 0.211 0.585 18 N 0.019 0.015 0.003 0.017 0.196 0.752 19 P 0.001 0.001 0.048 0.876 0.049 0.026 20 D 0.001 0.001 0.045 0.936 0.015 0.003 21 E 0.001 0.001 0.065 0.918 0.014 0.002 22 L 0.001 0.001 0.016 0.965 0.011 0.006 23 K 0.001 0.001 0.010 0.980 0.006 0.003 24 E 0.001 0.001 0.013 0.966 0.013 0.007 25 M 0.001 0.001 0.010 0.974 0.009 0.007 26 V 0.001 0.001 0.006 0.974 0.011 0.008 27 D 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 28 G 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.005 29 I 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.006 30 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.004 31 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 32 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.003 33 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.003 0.003 34 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.002 35 E 0.001 0.001 0.009 0.976 0.009 0.005 36 L 0.001 0.001 0.008 0.908 0.025 0.057 37 K 0.003 0.005 0.015 0.327 0.149 0.501 38 Q 0.008 0.002 0.023 0.166 0.228 0.573 39 G 0.039 0.012 0.039 0.126 0.327 0.456 40 I 0.080 0.034 0.030 0.125 0.295 0.437 41 T 0.077 0.022 0.015 0.202 0.191 0.493 42 K 0.060 0.006 0.014 0.383 0.123 0.414 43 P 0.056 0.005 0.026 0.644 0.104 0.165 44 V 0.081 0.016 0.032 0.679 0.086 0.106 45 S 0.098 0.014 0.035 0.693 0.079 0.080 46 E 0.063 0.004 0.053 0.768 0.067 0.045 47 K 0.057 0.002 0.057 0.758 0.080 0.047 48 L 0.065 0.007 0.037 0.748 0.096 0.047 49 L 0.046 0.013 0.022 0.699 0.125 0.094 50 G 0.027 0.010 0.028 0.327 0.437 0.171 51 S 0.014 0.004 0.042 0.093 0.633 0.214 52 S 0.023 0.004 0.025 0.020 0.586 0.341 53 Y 0.150 0.029 0.023 0.017 0.428 0.354 54 K 0.274 0.045 0.008 0.012 0.165 0.497 55 T 0.301 0.046 0.007 0.012 0.135 0.501 56 T 0.148 0.025 0.010 0.020 0.138 0.659 57 T 0.094 0.014 0.016 0.043 0.190 0.643 58 A 0.076 0.009 0.078 0.220 0.252 0.365 59 I 0.084 0.010 0.073 0.387 0.209 0.236 60 E 0.109 0.010 0.054 0.542 0.154 0.131 61 G 0.109 0.010 0.046 0.508 0.147 0.181 62 E 0.088 0.008 0.046 0.574 0.126 0.158 63 I 0.085 0.008 0.037 0.636 0.099 0.134 64 R 0.074 0.004 0.033 0.731 0.084 0.073 65 N 0.073 0.004 0.045 0.712 0.093 0.073 66 F 0.097 0.004 0.060 0.678 0.099 0.062 67 A 0.148 0.005 0.046 0.657 0.087 0.057 68 Y 0.180 0.005 0.031 0.542 0.118 0.123 69 R 0.292 0.006 0.017 0.380 0.113 0.192 70 G 0.503 0.005 0.015 0.188 0.088 0.201 71 I 0.808 0.005 0.017 0.088 0.030 0.052 72 F 0.831 0.004 0.017 0.079 0.029 0.040 73 T 0.819 0.004 0.011 0.049 0.045 0.072 74 T 0.597 0.008 0.012 0.054 0.108 0.222 75 A 0.434 0.012 0.026 0.036 0.193 0.300 76 P 0.324 0.033 0.041 0.054 0.264 0.284 77 I 0.192 0.045 0.107 0.066 0.487 0.102 78 Q 0.105 0.012 0.076 0.054 0.679 0.075 79 K 0.044 0.005 0.053 0.090 0.720 0.089 80 G 0.057 0.006 0.021 0.019 0.714 0.182 81 E 0.308 0.012 0.009 0.008 0.251 0.412 82 A 0.689 0.036 0.007 0.008 0.063 0.197 83 F 0.673 0.039 0.005 0.005 0.064 0.214 84 S 0.537 0.019 0.016 0.006 0.154 0.268 85 E 0.071 0.002 0.570 0.032 0.293 0.032 86 D 0.063 0.002 0.402 0.027 0.464 0.042 87 N 0.116 0.003 0.350 0.015 0.462 0.055 88 I 0.723 0.018 0.016 0.005 0.109 0.128 89 A 0.900 0.018 0.003 0.008 0.020 0.052 90 V 0.908 0.013 0.003 0.005 0.020 0.050 91 L 0.762 0.012 0.002 0.004 0.040 0.179 92 R 0.359 0.017 0.004 0.006 0.145 0.469 93 P 0.107 0.018 0.009 0.011 0.290 0.565 94 G 0.027 0.023 0.006 0.004 0.277 0.663 95 Q 0.073 0.045 0.023 0.012 0.473 0.375 96 K 0.058 0.036 0.072 0.017 0.427 0.390 97 P 0.028 0.018 0.192 0.028 0.581 0.154 98 Q 0.028 0.016 0.167 0.049 0.516 0.224 99 G 0.017 0.017 0.036 0.019 0.426 0.484 100 L 0.025 0.067 0.004 0.019 0.272 0.613 101 H 0.015 0.014 0.002 0.021 0.116 0.832 102 P 0.002 0.001 0.055 0.842 0.046 0.054 103 R 0.003 0.001 0.045 0.914 0.022 0.015 104 F 0.003 0.001 0.047 0.934 0.011 0.005 105 F 0.005 0.001 0.006 0.979 0.006 0.004 106 E 0.010 0.001 0.012 0.961 0.012 0.005 107 L 0.032 0.002 0.017 0.911 0.029 0.010 108 L 0.035 0.003 0.012 0.896 0.045 0.009 109 T 0.016 0.002 0.013 0.787 0.177 0.004 110 S 0.007 0.001 0.010 0.543 0.417 0.021 111 G 0.018 0.001 0.010 0.098 0.766 0.108 112 V 0.496 0.028 0.004 0.036 0.289 0.147 113 R 0.865 0.006 0.001 0.016 0.024 0.088 114 A 0.913 0.003 0.002 0.016 0.016 0.049 115 V 0.871 0.003 0.004 0.013 0.027 0.083 116 R 0.817 0.009 0.005 0.008 0.037 0.124 117 D 0.661 0.010 0.007 0.006 0.089 0.226 118 I 0.370 0.029 0.007 0.003 0.142 0.449 119 P 0.137 0.017 0.018 0.003 0.725 0.100 120 A 0.021 0.007 0.062 0.006 0.851 0.053 121 D 0.005 0.002 0.032 0.003 0.919 0.039 122 T 0.075 0.011 0.027 0.003 0.815 0.069 123 G 0.374 0.033 0.012 0.012 0.158 0.412 124 I 0.611 0.111 0.008 0.013 0.074 0.183 125 V 0.543 0.036 0.014 0.023 0.096 0.288 126 W 0.058 0.003 0.445 0.364 0.073 0.058 127 D 0.022 0.001 0.621 0.253 0.076 0.028 128 D 0.010 0.001 0.607 0.308 0.063 0.011 129 I 0.032 0.011 0.210 0.571 0.117 0.059 130 L 0.054 0.014 0.100 0.598 0.134 0.101 131 L 0.047 0.013 0.089 0.429 0.280 0.143 132 K 0.048 0.010 0.055 0.173 0.369 0.346 133 D 0.023 0.009 0.015 0.023 0.292 0.639 134 S 0.039 0.011 0.019 0.012 0.396 0.523 135 P 0.053 0.010 0.021 0.012 0.283 0.621 136 F 0.079 0.028 0.033 0.023 0.230 0.607 137 H 0.115 0.032 0.016 0.023 0.171 0.643 138 E 0.113 0.013 0.009 0.019 0.104 0.742