# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.9382 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.005 0.020 0.574 0.020 0.011 0.008 0.003 0.002 0.028 0.157 0.072 0.015 0.086 2 F 0.015 0.107 0.506 0.005 0.005 0.007 0.013 0.010 0.084 0.063 0.011 0.102 0.073 3 T 0.031 0.089 0.312 0.005 0.007 0.010 0.026 0.047 0.138 0.034 0.011 0.092 0.199 4 I 0.037 0.060 0.360 0.039 0.053 0.051 0.021 0.060 0.088 0.037 0.051 0.044 0.099 5 D 0.014 0.022 0.438 0.009 0.151 0.060 0.006 0.010 0.031 0.073 0.098 0.054 0.034 6 K 0.001 0.010 0.075 0.004 0.106 0.028 0.001 0.001 0.005 0.148 0.604 0.005 0.012 7 N 0.001 0.010 0.198 0.008 0.019 0.007 0.001 0.001 0.003 0.169 0.574 0.004 0.006 8 L 0.001 0.011 0.666 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.297 0.010 0.007 0.002 9 P 0.001 0.017 0.210 0.002 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.200 0.533 0.001 0.007 10 G 0.001 0.027 0.172 0.003 0.042 0.005 0.001 0.001 0.004 0.310 0.424 0.008 0.005 11 A 0.002 0.045 0.566 0.005 0.056 0.010 0.001 0.001 0.007 0.174 0.105 0.005 0.024 12 D 0.004 0.042 0.501 0.009 0.081 0.025 0.003 0.002 0.015 0.156 0.119 0.012 0.031 13 H 0.016 0.017 0.238 0.006 0.162 0.092 0.003 0.002 0.012 0.221 0.169 0.040 0.022 14 S 0.033 0.020 0.216 0.011 0.171 0.097 0.010 0.006 0.031 0.070 0.250 0.008 0.076 15 F 0.049 0.013 0.132 0.007 0.129 0.086 0.021 0.007 0.039 0.108 0.280 0.087 0.041 16 A 0.083 0.055 0.201 0.007 0.046 0.032 0.022 0.004 0.062 0.114 0.119 0.018 0.236 17 L 0.010 0.064 0.281 0.001 0.004 0.008 0.002 0.001 0.028 0.290 0.012 0.285 0.013 18 N 0.001 0.008 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.040 19 P 0.001 0.001 0.019 0.001 0.096 0.792 0.001 0.001 0.001 0.006 0.087 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.079 0.868 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.080 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 28 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 30 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 32 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 36 L 0.001 0.003 0.012 0.001 0.007 0.781 0.001 0.001 0.001 0.009 0.186 0.001 0.001 37 K 0.001 0.005 0.084 0.001 0.016 0.297 0.001 0.001 0.001 0.052 0.543 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.006 0.300 0.001 0.021 0.161 0.001 0.001 0.003 0.221 0.276 0.004 0.006 39 G 0.001 0.022 0.235 0.001 0.058 0.130 0.001 0.001 0.004 0.169 0.363 0.006 0.010 40 I 0.001 0.024 0.436 0.002 0.034 0.110 0.001 0.001 0.008 0.204 0.154 0.009 0.015 41 T 0.001 0.026 0.495 0.006 0.043 0.126 0.001 0.001 0.007 0.198 0.068 0.006 0.023 42 K 0.001 0.009 0.356 0.004 0.043 0.306 0.001 0.001 0.008 0.196 0.053 0.019 0.005 43 P 0.001 0.022 0.375 0.001 0.057 0.380 0.001 0.001 0.011 0.038 0.073 0.004 0.037 44 V 0.004 0.037 0.155 0.004 0.112 0.525 0.002 0.002 0.008 0.029 0.096 0.012 0.015 45 S 0.002 0.011 0.109 0.005 0.122 0.649 0.001 0.002 0.004 0.025 0.054 0.005 0.010 46 E 0.003 0.002 0.031 0.003 0.217 0.643 0.001 0.001 0.002 0.027 0.057 0.006 0.007 47 K 0.003 0.003 0.027 0.002 0.141 0.674 0.001 0.002 0.003 0.030 0.100 0.004 0.008 48 L 0.007 0.014 0.045 0.001 0.113 0.636 0.002 0.009 0.012 0.027 0.104 0.012 0.018 49 L 0.004 0.039 0.129 0.010 0.028 0.420 0.003 0.009 0.018 0.089 0.212 0.012 0.026 50 G 0.003 0.019 0.277 0.017 0.028 0.100 0.001 0.002 0.006 0.168 0.345 0.022 0.011 51 S 0.002 0.016 0.345 0.011 0.035 0.050 0.001 0.001 0.009 0.249 0.256 0.009 0.017 52 S 0.002 0.020 0.307 0.005 0.058 0.046 0.001 0.001 0.011 0.198 0.319 0.011 0.020 53 Y 0.007 0.028 0.391 0.013 0.053 0.046 0.004 0.003 0.020 0.233 0.134 0.021 0.048 54 K 0.010 0.028 0.379 0.009 0.034 0.046 0.005 0.003 0.037 0.283 0.058 0.063 0.046 55 T 0.005 0.035 0.591 0.003 0.015 0.042 0.003 0.001 0.031 0.115 0.032 0.036 0.091 56 T 0.006 0.045 0.690 0.013 0.010 0.054 0.003 0.001 0.011 0.052 0.038 0.013 0.064 57 T 0.004 0.018 0.673 0.003 0.014 0.110 0.001 0.001 0.008 0.086 0.024 0.033 0.025 58 A 0.002 0.003 0.095 0.001 0.102 0.644 0.001 0.001 0.002 0.042 0.090 0.004 0.014 59 I 0.003 0.006 0.073 0.002 0.094 0.657 0.001 0.001 0.003 0.030 0.109 0.010 0.011 60 E 0.004 0.004 0.062 0.002 0.048 0.776 0.001 0.001 0.003 0.026 0.048 0.006 0.020 61 G 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.004 0.002 62 E 0.002 0.002 0.022 0.001 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.002 0.006 63 I 0.003 0.001 0.019 0.001 0.013 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.007 64 R 0.003 0.001 0.021 0.003 0.021 0.906 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.005 0.003 65 N 0.006 0.002 0.037 0.005 0.038 0.765 0.001 0.001 0.002 0.025 0.082 0.013 0.027 66 F 0.016 0.004 0.045 0.002 0.035 0.672 0.003 0.001 0.004 0.025 0.138 0.017 0.037 67 A 0.025 0.012 0.169 0.008 0.030 0.516 0.004 0.001 0.008 0.067 0.086 0.024 0.051 68 Y 0.035 0.013 0.179 0.058 0.059 0.268 0.005 0.001 0.011 0.093 0.118 0.075 0.084 69 R 0.053 0.007 0.113 0.031 0.049 0.270 0.007 0.003 0.023 0.111 0.151 0.089 0.092 70 G 0.169 0.005 0.162 0.037 0.023 0.102 0.021 0.008 0.039 0.085 0.086 0.072 0.191 71 I 0.451 0.004 0.063 0.008 0.004 0.025 0.070 0.012 0.039 0.026 0.013 0.127 0.156 72 F 0.597 0.004 0.016 0.003 0.001 0.007 0.083 0.019 0.028 0.003 0.004 0.147 0.087 73 T 0.511 0.002 0.031 0.005 0.001 0.009 0.072 0.009 0.028 0.006 0.006 0.132 0.189 74 T 0.303 0.003 0.175 0.079 0.003 0.008 0.037 0.003 0.029 0.032 0.013 0.042 0.275 75 A 0.026 0.006 0.217 0.006 0.002 0.003 0.005 0.001 0.035 0.085 0.012 0.561 0.040 76 P 0.005 0.027 0.384 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 0.029 0.050 0.030 0.005 0.452 77 I 0.002 0.023 0.732 0.028 0.009 0.011 0.001 0.001 0.009 0.075 0.046 0.050 0.012 78 Q 0.001 0.021 0.606 0.002 0.020 0.013 0.001 0.001 0.005 0.170 0.104 0.031 0.025 79 K 0.001 0.002 0.027 0.003 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.047 0.886 0.001 0.004 80 G 0.001 0.001 0.060 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.844 0.005 0.003 81 E 0.013 0.020 0.618 0.002 0.011 0.002 0.004 0.001 0.017 0.084 0.021 0.061 0.147 82 A 0.037 0.097 0.159 0.002 0.002 0.002 0.016 0.001 0.033 0.019 0.005 0.109 0.516 83 F 0.056 0.052 0.336 0.084 0.004 0.005 0.016 0.006 0.017 0.035 0.016 0.293 0.082 84 S 0.007 0.015 0.674 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.012 0.059 0.012 0.022 0.179 85 E 0.005 0.001 0.052 0.007 0.428 0.226 0.001 0.001 0.002 0.039 0.201 0.017 0.020 86 D 0.010 0.003 0.036 0.049 0.213 0.168 0.003 0.001 0.004 0.091 0.383 0.019 0.019 87 N 0.023 0.009 0.091 0.047 0.203 0.110 0.004 0.001 0.012 0.060 0.296 0.064 0.078 88 I 0.111 0.020 0.163 0.026 0.025 0.061 0.018 0.003 0.026 0.025 0.027 0.036 0.461 89 A 0.294 0.022 0.054 0.028 0.009 0.038 0.065 0.014 0.077 0.011 0.009 0.288 0.089 90 V 0.227 0.010 0.039 0.007 0.006 0.029 0.079 0.031 0.087 0.012 0.006 0.059 0.408 91 L 0.218 0.021 0.118 0.028 0.002 0.021 0.074 0.010 0.047 0.045 0.006 0.228 0.182 92 R 0.011 0.032 0.598 0.009 0.001 0.005 0.004 0.001 0.033 0.079 0.008 0.118 0.101 93 P 0.001 0.009 0.277 0.014 0.018 0.011 0.001 0.001 0.003 0.104 0.532 0.004 0.027 94 G 0.001 0.006 0.163 0.004 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.138 0.643 0.010 0.006 95 Q 0.001 0.026 0.383 0.002 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.432 0.108 0.004 0.010 96 K 0.001 0.031 0.729 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.176 0.028 0.011 0.008 97 P 0.001 0.027 0.566 0.006 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.107 0.209 0.002 0.032 98 Q 0.003 0.023 0.221 0.005 0.078 0.009 0.001 0.001 0.002 0.200 0.426 0.021 0.011 99 G 0.008 0.037 0.301 0.002 0.058 0.010 0.002 0.001 0.007 0.309 0.185 0.027 0.056 100 L 0.007 0.042 0.581 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.004 0.251 0.026 0.046 0.029 101 H 0.001 0.018 0.882 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.044 0.004 0.006 0.034 102 P 0.001 0.002 0.069 0.001 0.143 0.690 0.001 0.001 0.001 0.013 0.076 0.001 0.004 103 R 0.001 0.003 0.020 0.001 0.103 0.819 0.001 0.001 0.001 0.011 0.037 0.003 0.002 104 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.121 0.845 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.002 105 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 106 E 0.001 0.001 0.010 0.002 0.060 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.002 0.002 107 L 0.002 0.001 0.009 0.001 0.042 0.880 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.002 0.007 108 L 0.003 0.004 0.040 0.001 0.032 0.828 0.001 0.001 0.001 0.010 0.067 0.002 0.010 109 T 0.001 0.011 0.103 0.002 0.025 0.712 0.001 0.001 0.003 0.024 0.104 0.008 0.008 110 S 0.001 0.002 0.057 0.004 0.021 0.400 0.001 0.001 0.001 0.062 0.447 0.004 0.003 111 G 0.001 0.002 0.136 0.003 0.017 0.219 0.001 0.001 0.001 0.191 0.422 0.003 0.006 112 V 0.004 0.011 0.433 0.002 0.008 0.219 0.002 0.001 0.015 0.163 0.061 0.044 0.040 113 R 0.016 0.074 0.238 0.005 0.008 0.125 0.015 0.004 0.082 0.044 0.021 0.034 0.335 114 A 0.060 0.016 0.291 0.037 0.012 0.105 0.025 0.006 0.051 0.036 0.028 0.273 0.059 115 V 0.071 0.030 0.285 0.014 0.020 0.089 0.023 0.005 0.056 0.034 0.035 0.032 0.306 116 R 0.014 0.019 0.323 0.029 0.017 0.064 0.011 0.004 0.058 0.102 0.075 0.238 0.045 117 D 0.006 0.016 0.427 0.022 0.013 0.032 0.006 0.005 0.038 0.155 0.160 0.013 0.107 118 I 0.001 0.032 0.588 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.014 0.289 0.008 0.044 0.009 119 P 0.001 0.013 0.913 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.038 0.009 0.004 0.009 120 A 0.001 0.007 0.029 0.002 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.036 0.883 0.001 0.001 121 D 0.001 0.001 0.033 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.925 0.001 0.001 122 T 0.001 0.011 0.689 0.002 0.036 0.004 0.001 0.001 0.011 0.162 0.064 0.004 0.015 123 G 0.004 0.052 0.509 0.005 0.010 0.006 0.005 0.003 0.075 0.119 0.121 0.051 0.040 124 I 0.011 0.104 0.463 0.002 0.005 0.006 0.015 0.018 0.099 0.072 0.017 0.082 0.105 125 V 0.007 0.068 0.635 0.004 0.007 0.017 0.004 0.014 0.089 0.040 0.012 0.036 0.066 126 W 0.006 0.008 0.157 0.008 0.243 0.380 0.003 0.006 0.018 0.041 0.074 0.010 0.045 127 D 0.004 0.002 0.046 0.009 0.164 0.595 0.001 0.001 0.003 0.038 0.117 0.012 0.007 128 D 0.002 0.003 0.053 0.002 0.281 0.533 0.001 0.001 0.004 0.020 0.083 0.005 0.012 129 I 0.006 0.018 0.079 0.002 0.115 0.653 0.002 0.001 0.006 0.026 0.050 0.007 0.035 130 L 0.014 0.021 0.097 0.012 0.088 0.535 0.002 0.002 0.006 0.048 0.122 0.036 0.015 131 L 0.008 0.014 0.168 0.005 0.107 0.319 0.002 0.001 0.005 0.093 0.217 0.011 0.050 132 K 0.002 0.008 0.218 0.005 0.042 0.138 0.001 0.001 0.001 0.155 0.403 0.014 0.014 133 D 0.001 0.016 0.475 0.004 0.024 0.040 0.001 0.001 0.002 0.235 0.184 0.004 0.016 134 S 0.001 0.008 0.676 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.239 0.030 0.016 0.005 135 P 0.001 0.019 0.823 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.002 0.048 0.046 0.003 0.032 136 F 0.001 0.035 0.753 0.002 0.030 0.014 0.001 0.001 0.003 0.080 0.062 0.008 0.013 137 H 0.001 0.012 0.795 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.002 0.115 0.031 0.012 0.009 138 E 0.001 0.006 0.892 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.066 0.010 0.003 0.008