# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.9382 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.111 0.004 0.002 0.003 0.015 0.005 0.860 2 F 0.570 0.035 0.003 0.005 0.010 0.005 0.372 3 T 0.795 0.026 0.003 0.006 0.020 0.005 0.144 4 I 0.738 0.051 0.008 0.007 0.023 0.011 0.162 5 D 0.436 0.066 0.007 0.004 0.035 0.022 0.429 6 K 0.125 0.014 0.017 0.003 0.162 0.484 0.193 7 N 0.065 0.026 0.015 0.003 0.313 0.351 0.227 8 L 0.043 0.029 0.005 0.001 0.545 0.023 0.354 9 P 0.035 0.035 0.013 0.002 0.235 0.382 0.298 10 G 0.027 0.026 0.030 0.004 0.307 0.373 0.233 11 A 0.077 0.040 0.057 0.020 0.235 0.224 0.347 12 D 0.086 0.069 0.086 0.034 0.148 0.170 0.407 13 H 0.124 0.039 0.139 0.044 0.216 0.146 0.291 14 S 0.134 0.037 0.242 0.099 0.090 0.173 0.225 15 F 0.253 0.024 0.203 0.076 0.095 0.174 0.176 16 A 0.176 0.035 0.100 0.045 0.108 0.226 0.311 17 L 0.114 0.084 0.038 0.033 0.258 0.145 0.328 18 N 0.019 0.016 0.004 0.005 0.280 0.014 0.661 19 P 0.001 0.001 0.222 0.562 0.012 0.156 0.045 20 D 0.001 0.001 0.202 0.637 0.005 0.154 0.002 21 E 0.001 0.003 0.195 0.714 0.004 0.068 0.015 22 L 0.001 0.001 0.014 0.975 0.001 0.006 0.004 23 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 24 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.006 0.001 25 M 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 26 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 27 D 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.024 0.001 28 G 0.001 0.001 0.002 0.953 0.001 0.042 0.002 29 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.003 30 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 32 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.002 33 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.005 0.002 34 A 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.014 0.003 35 E 0.001 0.001 0.010 0.947 0.002 0.034 0.007 36 L 0.001 0.001 0.012 0.789 0.009 0.166 0.022 37 K 0.002 0.002 0.029 0.395 0.055 0.382 0.135 38 Q 0.006 0.002 0.047 0.286 0.180 0.248 0.231 39 G 0.015 0.007 0.066 0.237 0.133 0.308 0.235 40 I 0.037 0.028 0.026 0.228 0.156 0.101 0.424 41 T 0.061 0.015 0.017 0.330 0.072 0.047 0.458 42 K 0.036 0.005 0.011 0.744 0.090 0.013 0.100 43 P 0.039 0.005 0.021 0.798 0.019 0.028 0.090 44 V 0.061 0.012 0.042 0.742 0.022 0.038 0.083 45 S 0.093 0.012 0.066 0.646 0.036 0.053 0.094 46 E 0.074 0.005 0.129 0.614 0.038 0.080 0.059 47 K 0.067 0.003 0.099 0.580 0.048 0.137 0.066 48 L 0.108 0.021 0.086 0.394 0.093 0.184 0.114 49 L 0.125 0.021 0.049 0.224 0.116 0.275 0.190 50 G 0.085 0.009 0.049 0.077 0.164 0.337 0.280 51 S 0.078 0.016 0.033 0.061 0.241 0.210 0.362 52 S 0.093 0.010 0.033 0.037 0.114 0.174 0.540 53 Y 0.362 0.035 0.024 0.036 0.079 0.038 0.426 54 K 0.466 0.033 0.014 0.044 0.064 0.023 0.355 55 T 0.421 0.026 0.014 0.040 0.069 0.018 0.413 56 T 0.190 0.018 0.006 0.042 0.058 0.010 0.677 57 T 0.136 0.014 0.012 0.070 0.048 0.017 0.703 58 A 0.029 0.004 0.112 0.560 0.054 0.120 0.121 59 I 0.026 0.005 0.104 0.645 0.027 0.111 0.082 60 E 0.035 0.006 0.057 0.756 0.024 0.050 0.072 61 G 0.043 0.003 0.031 0.745 0.037 0.062 0.078 62 E 0.068 0.006 0.034 0.710 0.047 0.054 0.082 63 I 0.057 0.009 0.032 0.783 0.025 0.049 0.047 64 R 0.071 0.008 0.040 0.714 0.042 0.079 0.045 65 N 0.070 0.003 0.047 0.652 0.059 0.123 0.046 66 F 0.141 0.006 0.060 0.426 0.105 0.174 0.089 67 A 0.361 0.026 0.032 0.147 0.060 0.116 0.257 68 Y 0.337 0.013 0.037 0.084 0.199 0.107 0.222 69 R 0.693 0.004 0.025 0.043 0.077 0.043 0.114 70 G 0.783 0.007 0.013 0.049 0.022 0.024 0.102 71 I 0.892 0.012 0.006 0.030 0.009 0.019 0.032 72 F 0.917 0.006 0.004 0.014 0.005 0.011 0.043 73 T 0.830 0.008 0.005 0.010 0.014 0.020 0.113 74 T 0.544 0.015 0.027 0.021 0.114 0.051 0.228 75 A 0.205 0.004 0.011 0.008 0.589 0.016 0.167 76 P 0.263 0.032 0.023 0.006 0.104 0.030 0.541 77 I 0.051 0.037 0.047 0.015 0.108 0.031 0.712 78 Q 0.060 0.009 0.099 0.034 0.074 0.128 0.598 79 K 0.006 0.002 0.125 0.081 0.056 0.709 0.021 80 G 0.012 0.001 0.089 0.057 0.082 0.714 0.044 81 E 0.165 0.017 0.063 0.066 0.224 0.076 0.389 82 A 0.561 0.103 0.014 0.015 0.053 0.043 0.212 83 F 0.561 0.115 0.002 0.004 0.064 0.004 0.249 84 S 0.309 0.033 0.003 0.001 0.021 0.002 0.630 85 E 0.036 0.004 0.691 0.112 0.024 0.088 0.045 86 D 0.011 0.001 0.675 0.046 0.035 0.219 0.014 87 N 0.038 0.002 0.703 0.029 0.021 0.175 0.032 88 I 0.579 0.032 0.057 0.041 0.019 0.034 0.237 89 A 0.854 0.008 0.008 0.027 0.015 0.011 0.078 90 V 0.949 0.003 0.001 0.007 0.003 0.003 0.033 91 L 0.903 0.010 0.001 0.005 0.008 0.002 0.073 92 R 0.701 0.008 0.001 0.003 0.038 0.003 0.247 93 P 0.176 0.009 0.053 0.031 0.093 0.303 0.335 94 G 0.077 0.009 0.036 0.018 0.158 0.216 0.486 95 Q 0.077 0.037 0.048 0.013 0.178 0.064 0.583 96 K 0.036 0.039 0.035 0.012 0.160 0.060 0.658 97 P 0.027 0.023 0.061 0.012 0.115 0.149 0.612 98 Q 0.012 0.009 0.054 0.009 0.119 0.485 0.312 99 G 0.013 0.021 0.036 0.011 0.167 0.377 0.375 100 L 0.022 0.056 0.011 0.010 0.279 0.035 0.586 101 H 0.010 0.012 0.003 0.005 0.043 0.004 0.923 102 P 0.004 0.005 0.316 0.504 0.015 0.081 0.076 103 R 0.004 0.006 0.261 0.613 0.018 0.073 0.025 104 F 0.005 0.004 0.230 0.663 0.008 0.059 0.032 105 F 0.005 0.003 0.087 0.848 0.007 0.024 0.026 106 E 0.013 0.002 0.146 0.730 0.025 0.040 0.044 107 L 0.031 0.003 0.122 0.704 0.021 0.087 0.033 108 L 0.063 0.013 0.030 0.680 0.030 0.068 0.116 109 T 0.099 0.012 0.016 0.480 0.056 0.119 0.218 110 S 0.045 0.002 0.007 0.290 0.101 0.436 0.120 111 G 0.117 0.002 0.007 0.158 0.165 0.377 0.174 112 V 0.486 0.010 0.004 0.128 0.066 0.031 0.274 113 R 0.825 0.010 0.003 0.067 0.018 0.007 0.071 114 A 0.826 0.007 0.004 0.055 0.010 0.004 0.093 115 V 0.801 0.008 0.006 0.037 0.015 0.006 0.127 116 R 0.748 0.004 0.005 0.018 0.075 0.013 0.137 117 D 0.633 0.017 0.007 0.011 0.086 0.027 0.219 118 I 0.317 0.044 0.001 0.005 0.187 0.006 0.440 119 P 0.138 0.011 0.007 0.005 0.039 0.038 0.762 120 A 0.009 0.005 0.042 0.014 0.062 0.850 0.018 121 D 0.015 0.002 0.081 0.018 0.113 0.721 0.050 122 T 0.094 0.014 0.043 0.023 0.294 0.049 0.482 123 G 0.300 0.077 0.011 0.013 0.062 0.041 0.495 124 I 0.447 0.083 0.004 0.010 0.085 0.009 0.362 125 V 0.466 0.069 0.005 0.016 0.039 0.010 0.394 126 W 0.137 0.011 0.141 0.469 0.022 0.070 0.150 127 D 0.079 0.003 0.261 0.363 0.065 0.133 0.096 128 D 0.057 0.005 0.370 0.355 0.039 0.091 0.083 129 I 0.121 0.021 0.161 0.481 0.036 0.107 0.073 130 L 0.122 0.017 0.085 0.430 0.033 0.192 0.119 131 L 0.126 0.013 0.091 0.252 0.065 0.215 0.237 132 K 0.077 0.012 0.053 0.081 0.155 0.401 0.222 133 D 0.062 0.013 0.047 0.034 0.293 0.277 0.274 134 S 0.057 0.010 0.025 0.036 0.348 0.052 0.472 135 P 0.068 0.018 0.065 0.043 0.105 0.116 0.586 136 F 0.086 0.045 0.068 0.036 0.162 0.122 0.481 137 H 0.062 0.027 0.018 0.018 0.058 0.052 0.763 138 E 0.020 0.005 0.005 0.006 0.023 0.007 0.932