# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.9382 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.064 0.378 0.184 0.096 0.154 0.025 0.046 0.017 0.030 0.006 0.001 2 F 0.042 0.540 0.234 0.019 0.105 0.024 0.007 0.002 0.024 0.003 0.001 3 T 0.044 0.540 0.268 0.024 0.036 0.054 0.003 0.001 0.029 0.002 0.001 4 I 0.072 0.443 0.248 0.067 0.049 0.053 0.008 0.001 0.056 0.002 0.001 5 D 0.038 0.132 0.493 0.035 0.053 0.151 0.032 0.006 0.052 0.006 0.002 6 K 0.521 0.080 0.089 0.182 0.024 0.016 0.057 0.019 0.006 0.005 0.001 7 N 0.215 0.091 0.195 0.358 0.017 0.042 0.044 0.010 0.024 0.002 0.001 8 L 0.008 0.237 0.460 0.001 0.018 0.015 0.017 0.001 0.243 0.001 0.001 9 P 0.108 0.002 0.768 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 10 G 0.057 0.066 0.333 0.016 0.286 0.008 0.006 0.064 0.016 0.147 0.001 11 A 0.597 0.025 0.173 0.154 0.013 0.019 0.003 0.003 0.003 0.003 0.007 12 D 0.218 0.115 0.134 0.391 0.030 0.038 0.024 0.008 0.040 0.002 0.001 13 H 0.279 0.224 0.191 0.166 0.048 0.043 0.020 0.005 0.022 0.001 0.001 14 S 0.468 0.164 0.201 0.088 0.022 0.028 0.007 0.004 0.015 0.002 0.001 15 F 0.171 0.339 0.136 0.125 0.164 0.014 0.017 0.009 0.020 0.006 0.001 16 A 0.118 0.408 0.247 0.043 0.088 0.045 0.020 0.003 0.021 0.004 0.002 17 L 0.032 0.485 0.284 0.038 0.093 0.049 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 18 N 0.001 0.120 0.476 0.001 0.013 0.175 0.001 0.001 0.212 0.001 0.001 19 P 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.926 0.001 0.003 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.552 0.001 0.006 0.437 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.286 0.004 0.024 0.047 0.009 0.005 0.379 0.182 0.004 0.060 0.001 38 Q 0.394 0.049 0.240 0.259 0.020 0.014 0.013 0.004 0.003 0.003 0.001 39 G 0.302 0.028 0.117 0.060 0.118 0.006 0.061 0.203 0.005 0.099 0.001 40 I 0.479 0.121 0.200 0.118 0.028 0.029 0.008 0.002 0.011 0.003 0.002 41 T 0.361 0.136 0.178 0.213 0.017 0.047 0.017 0.004 0.024 0.002 0.002 42 K 0.232 0.230 0.364 0.006 0.062 0.010 0.009 0.002 0.074 0.010 0.001 43 P 0.466 0.005 0.403 0.010 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 44 V 0.753 0.061 0.060 0.084 0.007 0.016 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 45 S 0.774 0.040 0.068 0.067 0.008 0.018 0.013 0.002 0.006 0.003 0.001 46 E 0.781 0.030 0.050 0.096 0.011 0.010 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 47 K 0.632 0.058 0.132 0.088 0.019 0.023 0.029 0.004 0.013 0.001 0.001 48 L 0.569 0.077 0.130 0.167 0.004 0.030 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 49 L 0.267 0.147 0.271 0.240 0.017 0.028 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 50 G 0.105 0.018 0.079 0.077 0.065 0.009 0.098 0.317 0.010 0.222 0.001 51 S 0.220 0.082 0.443 0.152 0.035 0.027 0.015 0.006 0.013 0.006 0.001 52 S 0.346 0.107 0.192 0.180 0.053 0.018 0.050 0.036 0.008 0.010 0.001 53 Y 0.247 0.295 0.262 0.110 0.036 0.026 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 54 K 0.227 0.286 0.346 0.053 0.022 0.034 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 55 T 0.120 0.433 0.269 0.026 0.032 0.044 0.009 0.001 0.064 0.001 0.001 56 T 0.253 0.112 0.547 0.030 0.006 0.040 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 57 T 0.247 0.321 0.240 0.032 0.095 0.022 0.003 0.001 0.033 0.005 0.001 58 A 0.845 0.016 0.093 0.019 0.007 0.005 0.003 0.004 0.001 0.005 0.001 59 I 0.819 0.033 0.040 0.072 0.009 0.007 0.005 0.003 0.007 0.003 0.001 60 E 0.837 0.023 0.064 0.058 0.003 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 61 G 0.862 0.011 0.033 0.021 0.015 0.003 0.016 0.025 0.002 0.011 0.001 62 E 0.937 0.007 0.018 0.023 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 63 I 0.820 0.019 0.016 0.128 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 64 R 0.892 0.025 0.031 0.026 0.004 0.010 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 65 N 0.844 0.019 0.029 0.074 0.008 0.010 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 66 F 0.792 0.024 0.026 0.131 0.009 0.006 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 67 A 0.763 0.043 0.082 0.082 0.009 0.008 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 68 Y 0.769 0.051 0.050 0.085 0.014 0.007 0.011 0.007 0.003 0.004 0.001 69 R 0.551 0.160 0.105 0.086 0.045 0.011 0.023 0.005 0.010 0.003 0.001 70 G 0.625 0.142 0.106 0.026 0.075 0.007 0.002 0.004 0.003 0.009 0.001 71 I 0.401 0.436 0.074 0.026 0.035 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 72 F 0.299 0.448 0.107 0.038 0.041 0.035 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 73 T 0.228 0.497 0.079 0.079 0.073 0.022 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 74 T 0.242 0.342 0.153 0.152 0.060 0.021 0.007 0.002 0.018 0.003 0.001 75 A 0.023 0.552 0.233 0.002 0.069 0.015 0.014 0.001 0.091 0.001 0.001 76 P 0.122 0.014 0.689 0.006 0.001 0.150 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 77 I 0.167 0.322 0.401 0.020 0.024 0.037 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 78 Q 0.547 0.081 0.303 0.028 0.006 0.020 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 79 K 0.251 0.099 0.347 0.247 0.020 0.007 0.017 0.002 0.007 0.002 0.001 80 G 0.037 0.004 0.031 0.018 0.031 0.001 0.102 0.679 0.001 0.096 0.001 81 E 0.062 0.280 0.534 0.026 0.027 0.044 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 82 A 0.048 0.330 0.513 0.024 0.017 0.050 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 83 F 0.032 0.534 0.249 0.054 0.076 0.038 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 84 S 0.003 0.351 0.392 0.002 0.208 0.022 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 85 E 0.937 0.010 0.015 0.028 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 86 D 0.670 0.008 0.034 0.271 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 87 N 0.157 0.023 0.040 0.530 0.007 0.035 0.167 0.009 0.031 0.001 0.001 88 I 0.096 0.399 0.393 0.054 0.021 0.020 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 89 A 0.074 0.567 0.261 0.024 0.033 0.023 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 90 V 0.026 0.720 0.184 0.012 0.031 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 91 L 0.049 0.448 0.402 0.020 0.018 0.040 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 92 R 0.011 0.395 0.328 0.002 0.064 0.020 0.006 0.001 0.173 0.002 0.001 93 P 0.131 0.011 0.755 0.026 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 94 G 0.105 0.094 0.179 0.074 0.180 0.011 0.028 0.224 0.009 0.095 0.001 95 Q 0.126 0.228 0.369 0.126 0.039 0.047 0.021 0.005 0.027 0.008 0.002 96 K 0.029 0.218 0.586 0.005 0.032 0.021 0.014 0.001 0.089 0.004 0.001 97 P 0.285 0.012 0.582 0.018 0.001 0.035 0.001 0.001 0.003 0.001 0.061 98 Q 0.201 0.060 0.356 0.282 0.015 0.019 0.044 0.007 0.013 0.003 0.001 99 G 0.019 0.003 0.024 0.015 0.033 0.002 0.066 0.627 0.001 0.211 0.001 100 L 0.116 0.213 0.536 0.075 0.019 0.026 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 101 H 0.030 0.161 0.642 0.004 0.023 0.035 0.010 0.001 0.085 0.007 0.001 102 P 0.583 0.008 0.350 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 103 R 0.823 0.022 0.040 0.093 0.009 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 104 F 0.697 0.070 0.104 0.057 0.031 0.016 0.005 0.002 0.013 0.004 0.001 105 F 0.968 0.006 0.007 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.981 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.947 0.006 0.007 0.033 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.927 0.007 0.012 0.046 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 109 T 0.870 0.024 0.020 0.075 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 110 S 0.469 0.025 0.078 0.385 0.013 0.003 0.018 0.004 0.003 0.003 0.001 111 G 0.182 0.010 0.062 0.070 0.028 0.003 0.084 0.506 0.003 0.052 0.001 112 V 0.249 0.250 0.404 0.030 0.021 0.025 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 113 R 0.259 0.223 0.427 0.019 0.007 0.041 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 114 A 0.300 0.265 0.333 0.034 0.030 0.026 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 115 V 0.310 0.384 0.147 0.080 0.035 0.022 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 116 R 0.152 0.396 0.260 0.034 0.099 0.015 0.014 0.002 0.023 0.005 0.001 117 D 0.184 0.081 0.301 0.118 0.011 0.179 0.070 0.006 0.044 0.001 0.005 118 I 0.040 0.484 0.337 0.006 0.015 0.028 0.004 0.001 0.085 0.001 0.001 119 P 0.169 0.018 0.739 0.014 0.001 0.046 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 120 A 0.426 0.085 0.324 0.070 0.042 0.007 0.017 0.007 0.004 0.017 0.001 121 D 0.180 0.016 0.040 0.215 0.016 0.037 0.400 0.080 0.012 0.004 0.001 122 T 0.126 0.264 0.322 0.237 0.030 0.007 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 123 G 0.082 0.082 0.354 0.040 0.152 0.015 0.036 0.117 0.008 0.112 0.001 124 I 0.025 0.517 0.381 0.009 0.039 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 125 V 0.023 0.517 0.355 0.005 0.033 0.037 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 126 W 0.868 0.041 0.048 0.013 0.008 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 127 D 0.953 0.006 0.009 0.021 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.874 0.006 0.009 0.087 0.005 0.007 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 129 I 0.883 0.021 0.017 0.068 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 130 L 0.885 0.030 0.046 0.025 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 131 L 0.640 0.031 0.060 0.224 0.009 0.011 0.010 0.004 0.010 0.001 0.001 132 K 0.463 0.055 0.196 0.184 0.012 0.017 0.057 0.007 0.007 0.003 0.001 133 D 0.316 0.055 0.097 0.377 0.013 0.033 0.071 0.016 0.017 0.004 0.001 134 S 0.057 0.215 0.531 0.005 0.029 0.015 0.014 0.001 0.129 0.004 0.001 135 P 0.317 0.005 0.573 0.016 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 136 F 0.309 0.148 0.252 0.199 0.021 0.043 0.008 0.004 0.015 0.001 0.001 137 H 0.200 0.225 0.267 0.143 0.040 0.048 0.026 0.008 0.038 0.005 0.001 138 E 0.227 0.185 0.311 0.106 0.067 0.021 0.020 0.020 0.019 0.025 0.001