# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.9382 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.052 0.092 0.115 0.144 0.211 0.283 0.102 2 F 0.018 0.024 0.037 0.092 0.214 0.384 0.230 3 T 0.024 0.061 0.109 0.177 0.216 0.258 0.154 4 I 0.016 0.034 0.061 0.168 0.305 0.308 0.108 5 D 0.103 0.243 0.289 0.207 0.099 0.043 0.016 6 K 0.228 0.289 0.218 0.149 0.080 0.029 0.008 7 N 0.488 0.309 0.128 0.048 0.017 0.007 0.002 8 L 0.173 0.165 0.206 0.221 0.154 0.067 0.014 9 P 0.374 0.277 0.161 0.097 0.051 0.032 0.009 10 G 0.247 0.231 0.186 0.170 0.107 0.048 0.011 11 A 0.270 0.188 0.167 0.163 0.117 0.074 0.021 12 D 0.244 0.165 0.155 0.177 0.141 0.094 0.025 13 H 0.294 0.202 0.167 0.142 0.107 0.070 0.019 14 S 0.351 0.228 0.168 0.119 0.078 0.044 0.013 15 F 0.099 0.093 0.093 0.155 0.223 0.253 0.084 16 A 0.047 0.080 0.134 0.216 0.244 0.221 0.057 17 L 0.026 0.043 0.088 0.208 0.314 0.269 0.050 18 N 0.159 0.360 0.219 0.116 0.080 0.052 0.014 19 P 0.062 0.215 0.312 0.274 0.109 0.027 0.002 20 D 0.547 0.354 0.073 0.018 0.005 0.001 0.001 21 E 0.016 0.138 0.332 0.359 0.127 0.026 0.002 22 L 0.002 0.004 0.012 0.123 0.490 0.354 0.015 23 K 0.025 0.250 0.469 0.215 0.037 0.003 0.001 24 E 0.162 0.543 0.215 0.064 0.012 0.003 0.001 25 M 0.004 0.019 0.072 0.222 0.411 0.257 0.014 26 V 0.003 0.014 0.084 0.337 0.433 0.124 0.005 27 D 0.081 0.487 0.324 0.087 0.017 0.003 0.001 28 G 0.017 0.120 0.286 0.373 0.173 0.030 0.001 29 I 0.001 0.004 0.010 0.063 0.307 0.550 0.064 30 R 0.015 0.150 0.333 0.328 0.140 0.032 0.002 31 K 0.014 0.193 0.394 0.294 0.093 0.012 0.001 32 T 0.001 0.005 0.016 0.103 0.351 0.460 0.063 33 E 0.003 0.032 0.108 0.335 0.378 0.135 0.009 34 A 0.060 0.368 0.306 0.162 0.072 0.028 0.004 35 E 0.009 0.099 0.311 0.403 0.148 0.028 0.002 36 L 0.007 0.030 0.101 0.287 0.363 0.194 0.019 37 K 0.190 0.369 0.239 0.133 0.053 0.014 0.001 38 Q 0.426 0.300 0.154 0.078 0.031 0.009 0.001 39 G 0.231 0.255 0.256 0.162 0.073 0.021 0.002 40 I 0.226 0.224 0.226 0.194 0.095 0.032 0.003 41 T 0.329 0.230 0.176 0.147 0.087 0.030 0.003 42 K 0.375 0.275 0.185 0.112 0.042 0.010 0.001 43 P 0.537 0.239 0.106 0.072 0.035 0.010 0.001 44 V 0.189 0.136 0.173 0.242 0.185 0.069 0.006 45 S 0.316 0.231 0.181 0.152 0.082 0.034 0.004 46 E 0.357 0.328 0.192 0.089 0.028 0.005 0.001 47 K 0.252 0.357 0.239 0.107 0.034 0.008 0.001 48 L 0.034 0.077 0.143 0.253 0.289 0.181 0.021 49 L 0.022 0.034 0.079 0.205 0.325 0.292 0.043 50 G 0.210 0.271 0.242 0.172 0.072 0.027 0.005 51 S 0.206 0.213 0.193 0.185 0.121 0.065 0.016 52 S 0.213 0.179 0.151 0.173 0.148 0.107 0.030 53 Y 0.072 0.114 0.170 0.210 0.204 0.169 0.060 54 K 0.116 0.160 0.179 0.205 0.178 0.130 0.032 55 T 0.135 0.231 0.200 0.188 0.141 0.084 0.020 56 T 0.062 0.096 0.155 0.252 0.250 0.153 0.033 57 T 0.278 0.257 0.191 0.151 0.082 0.036 0.006 58 A 0.400 0.345 0.159 0.067 0.020 0.007 0.001 59 I 0.287 0.255 0.191 0.161 0.074 0.028 0.004 60 E 0.143 0.155 0.198 0.242 0.184 0.071 0.008 61 G 0.459 0.310 0.136 0.063 0.023 0.007 0.002 62 E 0.323 0.333 0.205 0.100 0.029 0.009 0.002 63 I 0.103 0.135 0.179 0.223 0.222 0.123 0.014 64 R 0.112 0.176 0.241 0.258 0.154 0.052 0.006 65 N 0.398 0.328 0.154 0.078 0.031 0.010 0.001 66 F 0.207 0.137 0.179 0.216 0.179 0.072 0.011 67 A 0.123 0.120 0.149 0.193 0.190 0.184 0.041 68 Y 0.181 0.122 0.144 0.197 0.176 0.132 0.048 69 R 0.133 0.149 0.164 0.196 0.169 0.138 0.051 70 G 0.098 0.105 0.115 0.160 0.204 0.229 0.090 71 I 0.072 0.103 0.133 0.179 0.208 0.222 0.083 72 F 0.090 0.099 0.113 0.171 0.212 0.231 0.084 73 T 0.080 0.069 0.089 0.179 0.275 0.263 0.045 74 T 0.152 0.228 0.236 0.224 0.118 0.039 0.004 75 A 0.259 0.295 0.235 0.146 0.053 0.011 0.001 76 P 0.367 0.363 0.167 0.069 0.025 0.008 0.001 77 I 0.117 0.109 0.189 0.298 0.228 0.056 0.002 78 Q 0.466 0.328 0.137 0.049 0.015 0.004 0.001 79 K 0.334 0.272 0.205 0.130 0.048 0.010 0.001 80 G 0.269 0.204 0.192 0.179 0.112 0.041 0.004 81 E 0.280 0.320 0.203 0.125 0.053 0.018 0.002 82 A 0.136 0.245 0.254 0.214 0.109 0.038 0.004 83 F 0.038 0.054 0.110 0.269 0.353 0.164 0.012 84 S 0.178 0.289 0.256 0.171 0.081 0.023 0.002 85 E 0.288 0.372 0.220 0.090 0.025 0.005 0.001 86 D 0.316 0.406 0.189 0.067 0.018 0.003 0.001 87 N 0.031 0.161 0.320 0.313 0.142 0.031 0.002 88 I 0.015 0.027 0.046 0.143 0.332 0.395 0.041 89 A 0.018 0.089 0.215 0.349 0.235 0.086 0.010 90 V 0.020 0.049 0.067 0.135 0.245 0.399 0.085 91 L 0.015 0.103 0.216 0.316 0.224 0.111 0.016 92 R 0.027 0.083 0.168 0.310 0.299 0.104 0.009 93 P 0.298 0.357 0.223 0.091 0.026 0.005 0.001 94 G 0.707 0.205 0.060 0.021 0.006 0.001 0.001 95 Q 0.552 0.282 0.126 0.033 0.005 0.001 0.001 96 K 0.395 0.353 0.175 0.063 0.012 0.001 0.001 97 P 0.224 0.195 0.204 0.208 0.129 0.036 0.003 98 Q 0.339 0.311 0.185 0.103 0.046 0.014 0.002 99 G 0.150 0.166 0.195 0.223 0.171 0.081 0.014 100 L 0.079 0.102 0.140 0.254 0.237 0.163 0.025 101 H 0.133 0.265 0.243 0.180 0.107 0.056 0.016 102 P 0.143 0.202 0.223 0.221 0.131 0.065 0.015 103 R 0.202 0.272 0.217 0.155 0.095 0.046 0.011 104 F 0.072 0.103 0.153 0.219 0.236 0.182 0.034 105 F 0.067 0.079 0.116 0.216 0.279 0.215 0.029 106 E 0.172 0.324 0.259 0.154 0.064 0.024 0.003 107 L 0.109 0.202 0.255 0.248 0.129 0.051 0.006 108 L 0.041 0.052 0.083 0.182 0.318 0.291 0.033 109 T 0.129 0.125 0.176 0.238 0.211 0.109 0.014 110 S 0.311 0.356 0.199 0.093 0.031 0.009 0.001 111 G 0.255 0.260 0.222 0.166 0.075 0.019 0.002 112 V 0.183 0.242 0.242 0.196 0.103 0.031 0.003 113 R 0.223 0.345 0.239 0.128 0.050 0.014 0.001 114 A 0.061 0.056 0.113 0.299 0.351 0.115 0.005 115 V 0.160 0.313 0.286 0.166 0.060 0.014 0.001 116 R 0.215 0.339 0.246 0.143 0.046 0.010 0.001 117 D 0.282 0.370 0.204 0.099 0.035 0.010 0.001 118 I 0.057 0.126 0.252 0.333 0.189 0.041 0.002 119 P 0.592 0.265 0.087 0.037 0.014 0.004 0.001 120 A 0.528 0.249 0.133 0.065 0.020 0.004 0.001 121 D 0.420 0.274 0.164 0.092 0.037 0.012 0.001 122 T 0.228 0.279 0.232 0.165 0.074 0.021 0.002 123 G 0.129 0.207 0.253 0.217 0.135 0.053 0.006 124 I 0.043 0.043 0.081 0.199 0.343 0.259 0.032 125 V 0.055 0.123 0.182 0.223 0.225 0.165 0.026 126 W 0.030 0.053 0.108 0.227 0.309 0.243 0.031 127 D 0.103 0.231 0.257 0.211 0.135 0.055 0.008 128 D 0.047 0.153 0.255 0.281 0.182 0.074 0.008 129 I 0.020 0.030 0.066 0.212 0.405 0.251 0.017 130 L 0.107 0.217 0.273 0.255 0.119 0.027 0.001 131 L 0.348 0.328 0.194 0.096 0.028 0.005 0.001 132 K 0.577 0.262 0.104 0.042 0.012 0.002 0.001 133 D 0.607 0.199 0.106 0.063 0.021 0.004 0.001 134 S 0.590 0.259 0.103 0.039 0.009 0.001 0.001 135 P 0.673 0.222 0.070 0.027 0.007 0.001 0.001 136 F 0.448 0.255 0.164 0.095 0.032 0.005 0.001 137 H 0.611 0.237 0.096 0.041 0.011 0.002 0.001 138 E 0.721 0.175 0.063 0.029 0.010 0.002 0.001