# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 92 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 A 0.558 0.008 0.001 0.002 0.011 0.002 0.418 3 A 0.872 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.107 4 F 0.957 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 5 Q 0.912 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.078 6 I 0.812 0.005 0.003 0.001 0.017 0.017 0.146 7 A 0.079 0.002 0.016 0.001 0.102 0.758 0.042 8 N 0.037 0.001 0.024 0.001 0.191 0.700 0.045 9 K 0.433 0.061 0.007 0.002 0.054 0.016 0.426 10 T 0.676 0.135 0.002 0.001 0.014 0.006 0.166 11 V 0.499 0.127 0.006 0.003 0.054 0.024 0.287 12 G 0.075 0.027 0.017 0.002 0.115 0.151 0.612 13 K 0.007 0.005 0.014 0.002 0.369 0.478 0.124 14 D 0.007 0.008 0.012 0.002 0.438 0.397 0.135 15 A 0.019 0.011 0.001 0.001 0.723 0.010 0.236 16 P 0.065 0.012 0.001 0.001 0.091 0.007 0.824 17 V 0.553 0.012 0.001 0.001 0.070 0.003 0.361 18 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 19 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 20 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 22 E 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.046 23 A 0.541 0.007 0.003 0.001 0.078 0.005 0.365 24 G 0.198 0.017 0.013 0.002 0.201 0.025 0.544 25 I 0.103 0.040 0.111 0.015 0.288 0.146 0.297 26 N 0.054 0.020 0.172 0.016 0.246 0.235 0.257 27 H 0.041 0.021 0.137 0.030 0.206 0.196 0.369 28 D 0.016 0.008 0.091 0.056 0.294 0.345 0.190 29 G 0.012 0.014 0.017 0.036 0.503 0.152 0.267 30 K 0.008 0.021 0.007 0.147 0.263 0.025 0.530 31 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.005 0.003 32 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.004 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 42 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.008 0.001 43 E 0.001 0.001 0.013 0.882 0.002 0.101 0.001 44 A 0.001 0.001 0.012 0.263 0.012 0.710 0.002 45 G 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.958 0.021 46 A 0.014 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.958 47 D 0.245 0.001 0.001 0.001 0.605 0.003 0.144 48 A 0.969 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 49 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 50 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 51 F 0.905 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.075 52 Q 0.534 0.002 0.010 0.005 0.154 0.031 0.263 53 M 0.453 0.008 0.008 0.007 0.225 0.021 0.278 54 F 0.444 0.061 0.005 0.007 0.096 0.008 0.379 55 Q 0.402 0.026 0.001 0.006 0.034 0.006 0.525 56 A 0.040 0.003 0.180 0.513 0.035 0.156 0.072 57 D 0.021 0.003 0.242 0.477 0.059 0.155 0.044 58 R 0.026 0.003 0.297 0.468 0.052 0.095 0.059 59 M 0.071 0.021 0.113 0.551 0.040 0.090 0.113 60 Y 0.130 0.053 0.046 0.357 0.104 0.132 0.177 61 Q 0.127 0.015 0.035 0.226 0.158 0.182 0.257 62 K 0.053 0.008 0.033 0.189 0.225 0.184 0.308 63 D 0.054 0.020 0.050 0.163 0.197 0.153 0.363 64 P 0.050 0.010 0.067 0.147 0.162 0.167 0.397 65 G 0.077 0.010 0.093 0.118 0.126 0.179 0.397 66 L 0.136 0.025 0.105 0.139 0.140 0.117 0.336 67 Y 0.157 0.039 0.083 0.145 0.133 0.105 0.338 68 K 0.225 0.030 0.073 0.133 0.107 0.153 0.280 69 T 0.197 0.021 0.064 0.093 0.175 0.200 0.251 70 A 0.157 0.025 0.063 0.072 0.202 0.197 0.284 71 A 0.080 0.017 0.069 0.082 0.197 0.272 0.282 72 G 0.051 0.010 0.065 0.082 0.209 0.302 0.281 73 K 0.042 0.006 0.047 0.100 0.173 0.487 0.146 74 D 0.088 0.008 0.022 0.079 0.220 0.315 0.268 75 V 0.213 0.048 0.013 0.100 0.157 0.032 0.436 76 S 0.250 0.102 0.008 0.107 0.055 0.018 0.461 77 I 0.094 0.011 0.036 0.609 0.045 0.047 0.159 78 F 0.062 0.005 0.048 0.703 0.034 0.055 0.093 79 S 0.046 0.007 0.038 0.737 0.038 0.046 0.088 80 L 0.037 0.005 0.037 0.788 0.039 0.029 0.065 81 V 0.034 0.004 0.049 0.799 0.031 0.033 0.052 82 Q 0.021 0.002 0.078 0.755 0.029 0.066 0.049 83 S 0.018 0.005 0.117 0.581 0.048 0.173 0.058 84 M 0.025 0.007 0.083 0.261 0.093 0.435 0.097 85 E 0.024 0.021 0.058 0.083 0.085 0.433 0.295 86 M 0.004 0.010 0.004 0.010 0.188 0.011 0.773 87 P 0.004 0.004 0.001 0.015 0.036 0.006 0.934 88 A 0.001 0.001 0.055 0.858 0.022 0.040 0.025 89 E 0.001 0.001 0.047 0.893 0.009 0.040 0.010 90 W 0.001 0.001 0.048 0.897 0.007 0.032 0.016 91 I 0.001 0.001 0.004 0.977 0.005 0.006 0.007 92 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.007 0.004 93 P 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 94 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 96 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 98 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 100 E 0.001 0.001 0.003 0.950 0.003 0.042 0.001 101 K 0.001 0.001 0.002 0.256 0.005 0.735 0.001 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.950 0.027 103 V 0.027 0.001 0.001 0.001 0.052 0.004 0.915 104 I 0.649 0.012 0.001 0.002 0.048 0.004 0.284 105 F 0.943 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.039 106 L 0.947 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 107 S 0.868 0.004 0.002 0.001 0.028 0.003 0.094 108 T 0.504 0.008 0.005 0.003 0.095 0.016 0.368 109 V 0.087 0.009 0.050 0.018 0.265 0.202 0.369 110 C 0.024 0.021 0.043 0.024 0.418 0.118 0.353 111 D 0.014 0.009 0.017 0.045 0.192 0.027 0.696 112 E 0.001 0.001 0.107 0.825 0.012 0.048 0.007 113 G 0.001 0.002 0.094 0.835 0.009 0.054 0.005 114 S 0.001 0.001 0.061 0.904 0.004 0.024 0.006 115 A 0.001 0.001 0.006 0.980 0.003 0.006 0.005 116 D 0.001 0.001 0.006 0.974 0.002 0.013 0.003 117 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.016 0.002 118 L 0.001 0.001 0.010 0.974 0.002 0.009 0.004 119 Q 0.001 0.001 0.033 0.933 0.002 0.030 0.002 120 S 0.001 0.001 0.043 0.838 0.006 0.109 0.003 121 T 0.001 0.002 0.028 0.437 0.044 0.480 0.008 122 S 0.001 0.002 0.004 0.009 0.025 0.921 0.039 123 P 0.016 0.002 0.001 0.001 0.059 0.011 0.909 124 S 0.227 0.003 0.002 0.001 0.321 0.021 0.424 125 A 0.916 0.009 0.002 0.001 0.012 0.005 0.055 126 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 127 K 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 128 I 0.912 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.071 129 A 0.674 0.013 0.004 0.002 0.046 0.005 0.257 130 S 0.288 0.011 0.030 0.009 0.117 0.039 0.506 131 Y 0.187 0.027 0.086 0.023 0.231 0.169 0.278 132 E 0.209 0.033 0.080 0.039 0.157 0.228 0.255 133 I 0.131 0.049 0.059 0.045 0.158 0.140 0.418 134 N 0.051 0.025 0.030 0.031 0.284 0.311 0.268 135 H 0.027 0.009 0.012 0.039 0.399 0.187 0.325 136 L 0.015 0.009 0.014 0.367 0.114 0.032 0.448 137 P 0.002 0.001 0.018 0.929 0.009 0.028 0.013 138 L 0.001 0.001 0.008 0.971 0.004 0.013 0.003 139 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.004 0.003 140 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.002 141 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.921 0.001 0.075 0.001 145 L 0.001 0.001 0.001 0.482 0.021 0.483 0.013 146 N 0.002 0.001 0.001 0.030 0.152 0.557 0.257 147 R 0.020 0.002 0.001 0.003 0.260 0.007 0.708 148 P 0.272 0.025 0.001 0.003 0.073 0.004 0.621 149 M 0.712 0.010 0.004 0.007 0.018 0.004 0.244 150 I 0.848 0.005 0.004 0.009 0.017 0.006 0.111 151 F 0.852 0.007 0.008 0.017 0.017 0.008 0.091 152 S 0.548 0.011 0.017 0.041 0.077 0.035 0.272 153 T 0.166 0.008 0.028 0.022 0.306 0.093 0.377 154 A 0.067 0.004 0.035 0.009 0.269 0.279 0.338 155 G 0.062 0.018 0.107 0.020 0.209 0.319 0.265 156 A 0.063 0.080 0.035 0.015 0.304 0.054 0.449 157 E 0.030 0.022 0.004 0.032 0.201 0.012 0.699 158 I 0.001 0.001 0.011 0.969 0.008 0.007 0.005 159 S 0.001 0.001 0.005 0.987 0.002 0.005 0.001 160 D 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.007 0.001 161 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 162 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 163 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 167 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 169 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 170 A 0.001 0.001 0.003 0.951 0.001 0.044 0.001 171 E 0.001 0.001 0.001 0.125 0.003 0.871 0.001 172 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.991 0.002 173 N 0.030 0.013 0.003 0.001 0.027 0.020 0.906 174 N 0.128 0.006 0.006 0.001 0.230 0.094 0.536 175 Q 0.372 0.001 0.005 0.001 0.467 0.050 0.104 176 I 0.943 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 177 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 178 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 179 M 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 180 H 0.898 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.083 181 C 0.643 0.014 0.003 0.001 0.033 0.006 0.299 182 V 0.443 0.023 0.023 0.006 0.102 0.068 0.334 183 A 0.286 0.017 0.043 0.014 0.183 0.264 0.194 184 K 0.104 0.029 0.043 0.016 0.326 0.222 0.259 185 Y 0.064 0.014 0.007 0.006 0.557 0.032 0.319 186 P 0.061 0.022 0.004 0.003 0.244 0.040 0.625 187 A 0.076 0.092 0.002 0.007 0.261 0.020 0.542 188 P 0.023 0.010 0.004 0.013 0.141 0.021 0.789 189 P 0.003 0.002 0.194 0.401 0.093 0.234 0.072 190 E 0.005 0.003 0.237 0.519 0.064 0.138 0.033 191 Y 0.021 0.009 0.183 0.617 0.046 0.061 0.062 192 S 0.034 0.012 0.060 0.691 0.026 0.044 0.133 193 N 0.039 0.008 0.023 0.706 0.035 0.079 0.111 194 L 0.004 0.001 0.019 0.921 0.011 0.032 0.013 195 S 0.002 0.001 0.018 0.939 0.006 0.027 0.008 196 V 0.002 0.001 0.014 0.945 0.005 0.028 0.006 197 I 0.002 0.001 0.006 0.973 0.004 0.008 0.006 198 P 0.002 0.001 0.008 0.981 0.002 0.006 0.002 199 M 0.001 0.001 0.014 0.963 0.001 0.019 0.002 200 L 0.001 0.001 0.015 0.958 0.003 0.020 0.003 201 A 0.001 0.001 0.040 0.926 0.003 0.026 0.005 202 A 0.002 0.001 0.058 0.790 0.009 0.135 0.007 203 A 0.001 0.001 0.069 0.672 0.018 0.227 0.013 204 F 0.005 0.013 0.071 0.361 0.130 0.269 0.151 205 P 0.014 0.005 0.050 0.088 0.101 0.546 0.196 206 E 0.035 0.006 0.042 0.026 0.149 0.539 0.205 207 A 0.086 0.008 0.009 0.011 0.280 0.027 0.579 208 V 0.340 0.056 0.006 0.006 0.097 0.039 0.456 209 I 0.599 0.021 0.006 0.005 0.036 0.029 0.305 210 G 0.608 0.023 0.009 0.004 0.077 0.035 0.245 211 F 0.557 0.027 0.011 0.010 0.125 0.024 0.246 212 S 0.374 0.024 0.016 0.011 0.125 0.039 0.410 213 D 0.235 0.079 0.042 0.028 0.209 0.099 0.308 214 H 0.104 0.017 0.056 0.025 0.166 0.195 0.437 215 S 0.040 0.026 0.046 0.020 0.247 0.323 0.298 216 E 0.018 0.031 0.037 0.030 0.470 0.243 0.172 217 H 0.014 0.007 0.015 0.021 0.427 0.098 0.417 218 P 0.015 0.010 0.067 0.181 0.183 0.158 0.388 219 T 0.043 0.018 0.042 0.503 0.088 0.103 0.203 220 E 0.021 0.008 0.024 0.820 0.027 0.027 0.074 221 A 0.011 0.002 0.010 0.930 0.010 0.008 0.030 222 P 0.013 0.002 0.006 0.948 0.005 0.007 0.020 223 C 0.019 0.001 0.004 0.958 0.006 0.005 0.007 224 A 0.030 0.001 0.004 0.956 0.002 0.003 0.005 225 A 0.019 0.001 0.005 0.964 0.002 0.004 0.005 226 V 0.016 0.001 0.012 0.952 0.003 0.013 0.004 227 R 0.012 0.001 0.016 0.880 0.010 0.066 0.016 228 L 0.002 0.001 0.010 0.451 0.017 0.513 0.006 229 G 0.004 0.002 0.005 0.035 0.010 0.838 0.105 230 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.991 231 K 0.296 0.002 0.002 0.011 0.438 0.010 0.242 232 L 0.910 0.036 0.002 0.007 0.004 0.004 0.038 233 I 0.966 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.025 234 E 0.966 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.023 235 K 0.791 0.002 0.007 0.003 0.042 0.009 0.145 236 H 0.329 0.004 0.015 0.004 0.238 0.014 0.398 237 F 0.303 0.014 0.017 0.008 0.180 0.013 0.464 238 T 0.204 0.129 0.020 0.009 0.064 0.020 0.553 239 I 0.137 0.050 0.022 0.016 0.151 0.056 0.568 240 D 0.029 0.007 0.027 0.008 0.122 0.074 0.733 241 K 0.004 0.002 0.129 0.022 0.105 0.683 0.055 242 N 0.004 0.004 0.172 0.020 0.126 0.579 0.095 243 L 0.010 0.021 0.119 0.018 0.364 0.125 0.343 244 P 0.018 0.034 0.054 0.021 0.245 0.234 0.392 245 G 0.025 0.039 0.039 0.023 0.299 0.152 0.422 246 A 0.035 0.059 0.037 0.022 0.209 0.082 0.556 247 D 0.044 0.041 0.054 0.039 0.171 0.100 0.551 248 H 0.025 0.011 0.259 0.208 0.121 0.148 0.228 249 S 0.017 0.008 0.467 0.207 0.065 0.157 0.080 250 F 0.032 0.005 0.442 0.199 0.058 0.203 0.061 251 A 0.060 0.024 0.249 0.223 0.128 0.178 0.138 252 L 0.059 0.126 0.046 0.147 0.236 0.067 0.319 253 N 0.023 0.008 0.005 0.052 0.086 0.019 0.806 254 P 0.001 0.001 0.053 0.878 0.009 0.049 0.010 255 D 0.001 0.001 0.031 0.924 0.008 0.033 0.003 256 E 0.001 0.001 0.024 0.946 0.004 0.019 0.006 257 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.002 258 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 259 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 260 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 261 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 262 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 263 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 264 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 265 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 266 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 267 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 268 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.001 269 A 0.001 0.001 0.006 0.956 0.003 0.032 0.003 270 E 0.001 0.001 0.011 0.877 0.006 0.100 0.005 271 L 0.002 0.002 0.015 0.676 0.046 0.215 0.043 272 K 0.006 0.004 0.026 0.359 0.128 0.325 0.152 273 Q 0.012 0.012 0.021 0.159 0.250 0.200 0.347 274 G 0.006 0.006 0.009 0.034 0.052 0.055 0.838