# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 92 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.527 0.264 0.133 0.058 0.015 0.002 0.001 2 A 0.422 0.317 0.146 0.081 0.028 0.006 0.001 3 A 0.169 0.263 0.223 0.199 0.111 0.033 0.002 4 F 0.071 0.096 0.147 0.257 0.271 0.145 0.013 5 Q 0.133 0.312 0.283 0.185 0.067 0.018 0.001 6 I 0.032 0.030 0.073 0.229 0.383 0.229 0.024 7 A 0.216 0.327 0.242 0.149 0.055 0.011 0.001 8 N 0.266 0.326 0.217 0.126 0.052 0.012 0.001 9 K 0.084 0.214 0.249 0.268 0.142 0.041 0.002 10 T 0.110 0.332 0.289 0.187 0.067 0.015 0.001 11 V 0.024 0.037 0.099 0.303 0.400 0.132 0.005 12 G 0.269 0.308 0.217 0.150 0.050 0.006 0.001 13 K 0.523 0.310 0.120 0.040 0.007 0.001 0.001 14 D 0.461 0.394 0.106 0.031 0.007 0.001 0.001 15 A 0.027 0.160 0.271 0.338 0.176 0.027 0.001 16 P 0.003 0.044 0.165 0.361 0.308 0.115 0.004 17 V 0.001 0.003 0.010 0.062 0.288 0.551 0.085 18 F 0.001 0.001 0.002 0.014 0.104 0.497 0.383 19 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.254 0.716 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.098 0.892 21 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.147 0.828 22 E 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.229 0.716 23 A 0.001 0.002 0.005 0.015 0.061 0.276 0.640 24 G 0.002 0.008 0.020 0.060 0.126 0.383 0.401 25 I 0.010 0.026 0.038 0.083 0.226 0.384 0.233 26 N 0.029 0.042 0.058 0.122 0.203 0.336 0.211 27 H 0.030 0.050 0.082 0.157 0.231 0.323 0.126 28 D 0.037 0.088 0.126 0.198 0.246 0.227 0.078 29 G 0.052 0.120 0.157 0.233 0.235 0.149 0.054 30 K 0.025 0.131 0.206 0.259 0.220 0.128 0.033 31 L 0.008 0.067 0.211 0.301 0.290 0.107 0.016 32 D 0.096 0.385 0.274 0.151 0.059 0.028 0.008 33 Q 0.002 0.020 0.097 0.243 0.309 0.232 0.096 34 A 0.001 0.001 0.001 0.012 0.140 0.571 0.275 35 F 0.001 0.026 0.176 0.413 0.274 0.099 0.012 36 A 0.005 0.102 0.275 0.381 0.170 0.060 0.008 37 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.079 0.578 0.334 38 I 0.001 0.001 0.001 0.028 0.228 0.616 0.127 39 D 0.001 0.104 0.400 0.373 0.106 0.015 0.002 40 A 0.001 0.007 0.063 0.319 0.427 0.173 0.010 41 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.147 0.671 0.171 42 A 0.003 0.040 0.183 0.414 0.272 0.081 0.006 43 E 0.049 0.272 0.274 0.257 0.116 0.030 0.002 44 A 0.008 0.061 0.129 0.269 0.351 0.166 0.015 45 G 0.016 0.086 0.163 0.260 0.268 0.191 0.017 46 A 0.002 0.009 0.037 0.129 0.322 0.442 0.060 47 D 0.001 0.007 0.024 0.139 0.364 0.350 0.115 48 A 0.001 0.002 0.006 0.022 0.086 0.392 0.490 49 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.249 0.708 50 K 0.001 0.004 0.011 0.038 0.102 0.336 0.508 51 F 0.001 0.002 0.006 0.022 0.098 0.347 0.524 52 Q 0.001 0.004 0.012 0.041 0.136 0.417 0.390 53 M 0.003 0.018 0.058 0.153 0.240 0.369 0.159 54 F 0.004 0.017 0.045 0.126 0.281 0.372 0.154 55 Q 0.013 0.064 0.152 0.241 0.256 0.210 0.064 56 A 0.013 0.028 0.060 0.156 0.291 0.349 0.104 57 D 0.055 0.141 0.211 0.239 0.202 0.128 0.025 58 R 0.084 0.179 0.185 0.198 0.172 0.151 0.031 59 M 0.031 0.070 0.134 0.238 0.282 0.217 0.028 60 Y 0.039 0.077 0.141 0.237 0.294 0.196 0.015 61 Q 0.120 0.217 0.220 0.217 0.160 0.061 0.005 62 K 0.330 0.293 0.194 0.117 0.048 0.016 0.002 63 D 0.393 0.279 0.168 0.101 0.044 0.015 0.001 64 P 0.495 0.271 0.126 0.069 0.029 0.009 0.001 65 G 0.479 0.245 0.136 0.088 0.039 0.012 0.001 66 L 0.474 0.228 0.153 0.096 0.039 0.010 0.001 67 Y 0.456 0.224 0.143 0.106 0.055 0.016 0.001 68 K 0.572 0.217 0.106 0.067 0.029 0.009 0.001 69 T 0.551 0.213 0.124 0.074 0.028 0.009 0.001 70 A 0.614 0.215 0.088 0.052 0.023 0.007 0.001 71 A 0.444 0.231 0.141 0.105 0.057 0.020 0.002 72 G 0.462 0.210 0.144 0.114 0.054 0.014 0.001 73 K 0.542 0.247 0.110 0.066 0.028 0.007 0.001 74 D 0.386 0.278 0.160 0.114 0.049 0.012 0.001 75 V 0.395 0.294 0.160 0.099 0.041 0.011 0.001 76 S 0.252 0.268 0.206 0.157 0.084 0.029 0.004 77 I 0.081 0.116 0.142 0.215 0.259 0.164 0.023 78 F 0.072 0.140 0.207 0.276 0.210 0.085 0.009 79 S 0.186 0.289 0.229 0.165 0.087 0.039 0.005 80 L 0.059 0.122 0.173 0.254 0.244 0.134 0.015 81 V 0.040 0.058 0.108 0.234 0.343 0.195 0.023 82 Q 0.203 0.296 0.232 0.156 0.078 0.031 0.004 83 S 0.198 0.251 0.217 0.189 0.102 0.039 0.005 84 M 0.074 0.144 0.193 0.262 0.206 0.109 0.013 85 E 0.209 0.231 0.171 0.150 0.135 0.092 0.011 86 M 0.053 0.099 0.178 0.297 0.272 0.094 0.008 87 P 0.231 0.351 0.235 0.129 0.043 0.010 0.001 88 A 0.233 0.325 0.235 0.145 0.051 0.011 0.001 89 E 0.472 0.374 0.110 0.032 0.009 0.002 0.001 90 W 0.047 0.162 0.247 0.284 0.197 0.058 0.005 91 I 0.006 0.036 0.134 0.331 0.364 0.121 0.007 92 L 0.128 0.534 0.271 0.058 0.008 0.001 0.001 93 P 0.039 0.251 0.396 0.250 0.057 0.007 0.001 94 L 0.001 0.004 0.011 0.071 0.391 0.494 0.027 95 L 0.002 0.033 0.184 0.473 0.270 0.037 0.001 96 D 0.082 0.638 0.215 0.052 0.011 0.002 0.001 97 Y 0.001 0.020 0.223 0.556 0.186 0.015 0.001 98 C 0.002 0.014 0.036 0.214 0.542 0.188 0.004 99 R 0.175 0.523 0.233 0.060 0.007 0.001 0.001 100 E 0.432 0.448 0.089 0.026 0.005 0.001 0.001 101 K 0.026 0.232 0.393 0.270 0.070 0.008 0.001 102 Q 0.085 0.366 0.295 0.172 0.068 0.013 0.001 103 V 0.003 0.012 0.051 0.192 0.376 0.337 0.029 104 I 0.002 0.013 0.044 0.187 0.403 0.301 0.050 105 F 0.001 0.001 0.005 0.018 0.087 0.408 0.481 106 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.248 0.708 107 S 0.001 0.002 0.007 0.031 0.088 0.309 0.561 108 T 0.003 0.011 0.027 0.063 0.144 0.367 0.386 109 V 0.003 0.010 0.021 0.059 0.193 0.462 0.253 110 C 0.003 0.020 0.059 0.179 0.307 0.342 0.089 111 D 0.010 0.086 0.213 0.300 0.262 0.115 0.013 112 E 0.072 0.225 0.291 0.225 0.120 0.056 0.010 113 G 0.096 0.296 0.275 0.197 0.096 0.034 0.006 114 S 0.016 0.052 0.100 0.199 0.338 0.258 0.037 115 A 0.007 0.027 0.083 0.249 0.395 0.225 0.014 116 D 0.050 0.370 0.331 0.184 0.052 0.012 0.001 117 L 0.015 0.100 0.262 0.335 0.218 0.068 0.002 118 L 0.004 0.010 0.029 0.149 0.467 0.329 0.013 119 Q 0.070 0.284 0.384 0.218 0.039 0.005 0.001 120 S 0.534 0.404 0.053 0.007 0.001 0.001 0.001 121 T 0.012 0.097 0.332 0.419 0.129 0.010 0.001 122 S 0.291 0.541 0.138 0.027 0.003 0.001 0.001 123 P 0.009 0.030 0.098 0.261 0.439 0.156 0.006 124 S 0.045 0.223 0.303 0.308 0.106 0.015 0.001 125 A 0.003 0.023 0.080 0.203 0.392 0.279 0.020 126 F 0.001 0.002 0.009 0.046 0.166 0.509 0.268 127 K 0.001 0.004 0.013 0.052 0.174 0.456 0.299 128 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.035 0.236 0.720 129 A 0.001 0.004 0.010 0.034 0.114 0.386 0.452 130 S 0.002 0.009 0.025 0.062 0.133 0.337 0.432 131 Y 0.004 0.011 0.022 0.071 0.180 0.386 0.326 132 E 0.010 0.037 0.064 0.126 0.218 0.341 0.203 133 I 0.005 0.020 0.046 0.117 0.249 0.389 0.173 134 N 0.005 0.029 0.079 0.202 0.311 0.300 0.075 135 H 0.004 0.021 0.045 0.113 0.259 0.426 0.133 136 L 0.006 0.036 0.098 0.225 0.348 0.244 0.044 137 P 0.020 0.177 0.346 0.289 0.124 0.039 0.005 138 L 0.001 0.005 0.023 0.113 0.341 0.426 0.090 139 L 0.001 0.002 0.004 0.024 0.155 0.583 0.231 140 K 0.007 0.109 0.267 0.352 0.182 0.073 0.010 141 Y 0.010 0.082 0.238 0.367 0.220 0.080 0.004 142 V 0.003 0.009 0.015 0.066 0.305 0.541 0.062 143 A 0.008 0.025 0.103 0.297 0.370 0.182 0.015 144 R 0.169 0.408 0.261 0.120 0.034 0.008 0.001 145 L 0.117 0.278 0.313 0.224 0.060 0.007 0.001 146 N 0.177 0.383 0.233 0.136 0.053 0.016 0.002 147 R 0.035 0.133 0.226 0.290 0.233 0.078 0.005 148 P 0.035 0.096 0.162 0.306 0.282 0.107 0.013 149 M 0.023 0.039 0.066 0.125 0.244 0.394 0.109 150 I 0.010 0.010 0.020 0.067 0.174 0.431 0.289 151 F 0.021 0.026 0.040 0.091 0.209 0.373 0.239 152 S 0.050 0.086 0.117 0.168 0.197 0.216 0.166 153 T 0.077 0.109 0.126 0.190 0.194 0.197 0.106 154 A 0.057 0.080 0.102 0.189 0.225 0.265 0.082 155 G 0.093 0.125 0.151 0.185 0.222 0.186 0.039 156 A 0.148 0.176 0.165 0.203 0.189 0.101 0.018 157 E 0.118 0.225 0.209 0.221 0.143 0.076 0.008 158 I 0.044 0.152 0.276 0.301 0.175 0.049 0.003 159 S 0.148 0.416 0.275 0.118 0.035 0.008 0.001 160 D 0.016 0.079 0.194 0.341 0.277 0.084 0.008 161 V 0.001 0.005 0.014 0.065 0.313 0.527 0.075 162 H 0.005 0.092 0.303 0.395 0.164 0.039 0.002 163 E 0.014 0.194 0.383 0.295 0.091 0.020 0.002 164 A 0.001 0.001 0.003 0.020 0.173 0.649 0.152 165 W 0.001 0.002 0.010 0.098 0.389 0.469 0.032 166 R 0.008 0.224 0.422 0.262 0.069 0.013 0.001 167 T 0.004 0.036 0.164 0.399 0.304 0.090 0.004 168 I 0.001 0.003 0.008 0.064 0.385 0.503 0.036 169 R 0.020 0.168 0.364 0.334 0.097 0.016 0.001 170 A 0.324 0.493 0.130 0.043 0.008 0.001 0.001 171 E 0.076 0.278 0.352 0.224 0.063 0.007 0.001 172 G 0.319 0.444 0.168 0.057 0.011 0.001 0.001 173 N 0.051 0.148 0.254 0.310 0.203 0.033 0.001 174 N 0.090 0.342 0.292 0.211 0.059 0.007 0.001 175 Q 0.008 0.103 0.265 0.368 0.211 0.042 0.001 176 I 0.001 0.002 0.008 0.051 0.259 0.566 0.115 177 A 0.001 0.002 0.009 0.046 0.187 0.511 0.245 178 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 0.267 0.693 179 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.268 0.686 180 H 0.001 0.005 0.016 0.051 0.124 0.358 0.446 181 C 0.001 0.003 0.009 0.034 0.144 0.461 0.349 182 V 0.004 0.022 0.064 0.164 0.306 0.319 0.122 183 A 0.012 0.066 0.132 0.221 0.260 0.233 0.076 184 K 0.051 0.163 0.226 0.249 0.196 0.096 0.019 185 Y 0.017 0.047 0.108 0.258 0.314 0.223 0.032 186 P 0.127 0.302 0.266 0.180 0.090 0.032 0.003 187 A 0.068 0.121 0.191 0.284 0.242 0.087 0.007 188 P 0.345 0.346 0.177 0.093 0.030 0.007 0.001 189 P 0.359 0.289 0.182 0.116 0.044 0.009 0.001 190 E 0.433 0.347 0.142 0.058 0.016 0.004 0.001 191 Y 0.208 0.300 0.237 0.156 0.075 0.021 0.002 192 S 0.022 0.049 0.111 0.254 0.317 0.221 0.026 193 N 0.028 0.109 0.175 0.267 0.253 0.155 0.014 194 L 0.017 0.043 0.113 0.210 0.297 0.267 0.052 195 S 0.025 0.132 0.217 0.287 0.212 0.111 0.015 196 V 0.004 0.018 0.042 0.139 0.331 0.388 0.078 197 I 0.003 0.013 0.039 0.137 0.345 0.404 0.061 198 P 0.044 0.286 0.324 0.218 0.095 0.030 0.002 199 M 0.013 0.108 0.314 0.361 0.160 0.040 0.003 200 L 0.003 0.007 0.014 0.084 0.406 0.458 0.027 201 A 0.015 0.133 0.315 0.367 0.139 0.028 0.002 202 A 0.257 0.531 0.154 0.043 0.012 0.003 0.001 203 A 0.018 0.114 0.287 0.383 0.173 0.024 0.001 204 F 0.017 0.051 0.147 0.366 0.344 0.073 0.002 205 P 0.287 0.492 0.160 0.048 0.011 0.002 0.001 206 E 0.110 0.424 0.297 0.131 0.031 0.006 0.001 207 A 0.002 0.022 0.078 0.277 0.401 0.206 0.014 208 V 0.001 0.008 0.023 0.079 0.315 0.479 0.095 209 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.053 0.325 0.605 210 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.036 0.220 0.730 211 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.112 0.865 212 S 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.170 0.794 213 D 0.001 0.002 0.006 0.021 0.089 0.313 0.568 214 H 0.002 0.007 0.019 0.053 0.145 0.309 0.465 215 S 0.011 0.031 0.056 0.107 0.188 0.313 0.294 216 E 0.038 0.077 0.103 0.171 0.223 0.243 0.145 217 H 0.057 0.087 0.125 0.191 0.204 0.204 0.131 218 P 0.085 0.118 0.139 0.145 0.165 0.205 0.143 219 T 0.024 0.043 0.067 0.128 0.224 0.297 0.216 220 E 0.014 0.028 0.056 0.112 0.197 0.322 0.271 221 A 0.006 0.011 0.016 0.046 0.123 0.373 0.425 222 P 0.011 0.020 0.029 0.069 0.168 0.358 0.346 223 C 0.016 0.036 0.057 0.127 0.208 0.329 0.227 224 A 0.018 0.040 0.066 0.140 0.219 0.323 0.195 225 A 0.012 0.015 0.025 0.065 0.147 0.383 0.353 226 V 0.012 0.021 0.034 0.086 0.186 0.429 0.234 227 R 0.027 0.051 0.078 0.158 0.265 0.321 0.100 228 L 0.014 0.047 0.101 0.216 0.297 0.265 0.060 229 G 0.032 0.100 0.119 0.184 0.209 0.276 0.081 230 A 0.004 0.015 0.038 0.132 0.337 0.396 0.077 231 K 0.015 0.091 0.168 0.240 0.267 0.180 0.039 232 L 0.004 0.014 0.042 0.133 0.285 0.362 0.160 233 I 0.002 0.006 0.016 0.050 0.151 0.448 0.328 234 E 0.005 0.023 0.063 0.164 0.233 0.302 0.211 235 K 0.007 0.028 0.047 0.092 0.184 0.385 0.256 236 H 0.004 0.024 0.092 0.233 0.287 0.262 0.099 237 F 0.004 0.010 0.021 0.074 0.242 0.476 0.173 238 T 0.027 0.107 0.198 0.274 0.246 0.125 0.024 239 I 0.056 0.136 0.189 0.265 0.229 0.112 0.012 240 D 0.169 0.309 0.267 0.169 0.065 0.018 0.002 241 K 0.366 0.274 0.178 0.122 0.048 0.011 0.001 242 N 0.660 0.235 0.074 0.023 0.006 0.001 0.001 243 L 0.395 0.261 0.171 0.115 0.046 0.010 0.001 244 P 0.568 0.247 0.111 0.052 0.017 0.004 0.001 245 G 0.534 0.246 0.120 0.062 0.027 0.009 0.001 246 A 0.353 0.226 0.169 0.154 0.074 0.021 0.003 247 D 0.434 0.232 0.150 0.105 0.056 0.020 0.004 248 H 0.346 0.213 0.147 0.135 0.097 0.050 0.013 249 S 0.343 0.233 0.167 0.136 0.072 0.038 0.011 250 F 0.148 0.164 0.160 0.209 0.171 0.116 0.032 251 A 0.141 0.127 0.119 0.143 0.192 0.228 0.050 252 L 0.046 0.080 0.125 0.218 0.274 0.212 0.045 253 N 0.081 0.267 0.290 0.238 0.096 0.026 0.003 254 P 0.057 0.203 0.320 0.269 0.125 0.025 0.001 255 D 0.517 0.368 0.092 0.019 0.003 0.001 0.001 256 E 0.040 0.189 0.297 0.321 0.131 0.021 0.002 257 L 0.009 0.024 0.067 0.211 0.461 0.222 0.008 258 K 0.033 0.302 0.395 0.209 0.054 0.007 0.001 259 E 0.052 0.383 0.369 0.165 0.027 0.004 0.001 260 M 0.001 0.003 0.014 0.075 0.400 0.480 0.026 261 V 0.001 0.008 0.046 0.217 0.462 0.252 0.014 262 D 0.021 0.343 0.399 0.198 0.033 0.005 0.001 263 G 0.015 0.078 0.265 0.384 0.212 0.044 0.003 264 I 0.005 0.016 0.020 0.069 0.310 0.520 0.059 265 R 0.070 0.262 0.332 0.255 0.072 0.008 0.001 266 K 0.137 0.322 0.312 0.185 0.040 0.005 0.001 267 T 0.105 0.128 0.132 0.230 0.266 0.130 0.008 268 E 0.131 0.215 0.223 0.233 0.158 0.037 0.003 269 A 0.292 0.340 0.247 0.099 0.020 0.003 0.001 270 E 0.281 0.265 0.189 0.162 0.085 0.018 0.001 271 L 0.244 0.295 0.221 0.147 0.071 0.021 0.002 272 K 0.446 0.308 0.154 0.071 0.017 0.003 0.001 273 Q 0.592 0.272 0.089 0.036 0.010 0.002 0.001 274 G 0.692 0.198 0.069 0.029 0.009 0.002 0.001