# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.9051 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.002 0.001 0.003 0.008 0.003 0.961 2 A 0.169 0.013 0.005 0.010 0.021 0.010 0.773 3 A 0.498 0.017 0.015 0.027 0.056 0.013 0.373 4 F 0.659 0.007 0.014 0.023 0.029 0.011 0.256 5 Q 0.804 0.016 0.008 0.039 0.014 0.007 0.112 6 I 0.748 0.020 0.008 0.041 0.018 0.018 0.146 7 A 0.497 0.012 0.011 0.032 0.061 0.123 0.264 8 N 0.339 0.010 0.021 0.027 0.142 0.146 0.317 9 K 0.406 0.014 0.031 0.037 0.168 0.073 0.272 10 T 0.420 0.042 0.043 0.040 0.113 0.081 0.260 11 V 0.232 0.067 0.045 0.035 0.158 0.144 0.320 12 G 0.075 0.014 0.037 0.009 0.097 0.178 0.590 13 K 0.017 0.005 0.047 0.011 0.113 0.709 0.098 14 D 0.020 0.008 0.049 0.014 0.236 0.523 0.150 15 A 0.035 0.007 0.003 0.003 0.589 0.011 0.352 16 P 0.109 0.009 0.003 0.003 0.091 0.024 0.760 17 V 0.757 0.011 0.003 0.003 0.051 0.010 0.165 18 F 0.972 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 19 I 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 20 I 0.988 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 21 A 0.966 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.023 22 E 0.905 0.002 0.004 0.007 0.014 0.006 0.061 23 A 0.614 0.016 0.016 0.022 0.052 0.044 0.236 24 G 0.340 0.007 0.019 0.026 0.177 0.095 0.337 25 I 0.225 0.021 0.047 0.052 0.163 0.195 0.296 26 N 0.191 0.033 0.072 0.092 0.140 0.211 0.260 27 H 0.133 0.015 0.064 0.079 0.288 0.190 0.231 28 D 0.055 0.013 0.046 0.066 0.168 0.446 0.207 29 G 0.017 0.005 0.016 0.044 0.363 0.275 0.280 30 K 0.019 0.023 0.007 0.095 0.229 0.048 0.579 31 L 0.003 0.002 0.010 0.926 0.009 0.023 0.028 32 D 0.001 0.001 0.008 0.971 0.003 0.012 0.005 33 Q 0.001 0.001 0.010 0.968 0.002 0.008 0.010 34 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.003 35 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 36 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 37 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 38 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 39 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 40 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.012 0.001 41 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.002 0.019 0.002 42 A 0.001 0.001 0.014 0.952 0.005 0.023 0.005 43 E 0.001 0.001 0.019 0.906 0.010 0.058 0.006 44 A 0.002 0.001 0.014 0.725 0.023 0.215 0.020 45 G 0.010 0.004 0.017 0.450 0.054 0.353 0.113 46 A 0.041 0.007 0.023 0.469 0.076 0.089 0.294 47 D 0.065 0.004 0.020 0.604 0.101 0.046 0.160 48 A 0.076 0.002 0.020 0.795 0.025 0.029 0.052 49 V 0.181 0.003 0.006 0.751 0.012 0.013 0.034 50 K 0.248 0.002 0.003 0.712 0.008 0.008 0.019 51 F 0.266 0.002 0.003 0.681 0.011 0.015 0.023 52 Q 0.286 0.002 0.002 0.641 0.013 0.023 0.032 53 M 0.360 0.004 0.003 0.540 0.022 0.024 0.047 54 F 0.310 0.012 0.003 0.526 0.032 0.024 0.093 55 Q 0.187 0.009 0.005 0.494 0.031 0.033 0.240 56 A 0.026 0.002 0.035 0.818 0.013 0.044 0.061 57 D 0.039 0.004 0.145 0.633 0.030 0.082 0.067 58 R 0.027 0.004 0.231 0.555 0.029 0.094 0.060 59 M 0.069 0.013 0.150 0.524 0.040 0.117 0.086 60 Y 0.076 0.015 0.098 0.418 0.119 0.122 0.153 61 Q 0.062 0.008 0.091 0.192 0.093 0.162 0.394 62 K 0.030 0.016 0.043 0.166 0.232 0.206 0.307 63 D 0.018 0.007 0.018 0.021 0.194 0.054 0.688 64 P 0.011 0.004 0.124 0.118 0.112 0.466 0.165 65 G 0.057 0.007 0.126 0.127 0.110 0.421 0.152 66 L 0.277 0.057 0.078 0.102 0.098 0.054 0.334 67 Y 0.422 0.040 0.014 0.088 0.075 0.036 0.326 68 K 0.377 0.037 0.031 0.071 0.107 0.055 0.323 69 T 0.193 0.031 0.045 0.058 0.144 0.091 0.438 70 A 0.080 0.014 0.067 0.051 0.145 0.202 0.440 71 A 0.023 0.011 0.058 0.034 0.109 0.658 0.107 72 G 0.016 0.005 0.037 0.017 0.206 0.508 0.211 73 K 0.034 0.024 0.016 0.012 0.436 0.070 0.407 74 D 0.073 0.037 0.022 0.021 0.150 0.124 0.573 75 V 0.072 0.021 0.010 0.021 0.095 0.020 0.761 76 S 0.173 0.052 0.019 0.039 0.046 0.029 0.641 77 I 0.264 0.051 0.051 0.223 0.083 0.056 0.272 78 F 0.160 0.015 0.069 0.254 0.100 0.052 0.350 79 S 0.115 0.021 0.087 0.271 0.067 0.037 0.402 80 L 0.034 0.006 0.165 0.564 0.041 0.072 0.118 81 V 0.036 0.010 0.195 0.545 0.031 0.118 0.064 82 Q 0.032 0.011 0.156 0.481 0.049 0.178 0.093 83 S 0.026 0.005 0.166 0.218 0.097 0.241 0.246 84 M 0.015 0.010 0.106 0.155 0.117 0.371 0.226 85 E 0.009 0.015 0.061 0.109 0.154 0.437 0.216 86 M 0.006 0.012 0.004 0.015 0.514 0.014 0.435 87 P 0.006 0.008 0.029 0.111 0.120 0.079 0.647 88 A 0.002 0.003 0.135 0.661 0.025 0.143 0.031 89 E 0.002 0.003 0.114 0.794 0.012 0.065 0.012 90 W 0.002 0.005 0.061 0.842 0.008 0.062 0.020 91 I 0.001 0.002 0.010 0.935 0.006 0.025 0.021 92 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.002 0.002 93 P 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 94 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.003 0.001 95 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 96 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 98 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 99 R 0.001 0.001 0.005 0.973 0.001 0.020 0.001 100 E 0.001 0.001 0.010 0.909 0.004 0.074 0.002 101 K 0.001 0.001 0.010 0.160 0.012 0.812 0.005 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.941 0.019 103 V 0.072 0.007 0.001 0.001 0.043 0.003 0.874 104 I 0.706 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.247 105 F 0.909 0.011 0.002 0.001 0.007 0.002 0.069 106 L 0.913 0.004 0.002 0.001 0.009 0.004 0.068 107 S 0.794 0.010 0.005 0.001 0.053 0.006 0.130 108 T 0.574 0.014 0.006 0.001 0.076 0.012 0.317 109 V 0.178 0.014 0.014 0.003 0.123 0.094 0.575 110 C 0.105 0.089 0.014 0.007 0.357 0.061 0.366 111 D 0.048 0.024 0.005 0.006 0.348 0.007 0.562 112 E 0.002 0.002 0.185 0.335 0.032 0.426 0.018 113 G 0.003 0.005 0.157 0.369 0.027 0.423 0.016 114 S 0.005 0.005 0.151 0.674 0.018 0.083 0.065 115 A 0.010 0.004 0.047 0.853 0.012 0.020 0.053 116 D 0.016 0.003 0.064 0.838 0.016 0.029 0.035 117 L 0.016 0.004 0.070 0.849 0.012 0.034 0.015 118 L 0.014 0.003 0.046 0.884 0.009 0.036 0.008 119 Q 0.039 0.003 0.055 0.760 0.023 0.098 0.022 120 S 0.027 0.003 0.041 0.612 0.048 0.181 0.089 121 T 0.024 0.023 0.019 0.373 0.129 0.215 0.217 122 S 0.016 0.010 0.004 0.020 0.105 0.060 0.785 123 P 0.015 0.004 0.070 0.082 0.089 0.189 0.551 124 S 0.060 0.004 0.098 0.138 0.348 0.177 0.174 125 A 0.301 0.017 0.187 0.240 0.057 0.071 0.127 126 F 0.616 0.024 0.032 0.221 0.017 0.025 0.064 127 K 0.757 0.024 0.018 0.100 0.025 0.015 0.060 128 I 0.689 0.014 0.013 0.081 0.040 0.020 0.142 129 A 0.275 0.015 0.014 0.054 0.059 0.049 0.534 130 S 0.021 0.009 0.228 0.440 0.033 0.082 0.187 131 Y 0.007 0.002 0.500 0.344 0.052 0.051 0.044 132 E 0.015 0.004 0.416 0.400 0.013 0.108 0.043 133 I 0.011 0.013 0.309 0.443 0.035 0.100 0.090 134 N 0.007 0.031 0.134 0.251 0.107 0.386 0.084 135 H 0.001 0.001 0.065 0.250 0.050 0.558 0.075 136 L 0.001 0.002 0.033 0.569 0.138 0.023 0.235 137 P 0.001 0.001 0.068 0.877 0.007 0.020 0.026 138 L 0.001 0.001 0.033 0.945 0.002 0.013 0.007 139 L 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.002 0.001 140 K 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 141 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 142 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 143 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.010 0.001 144 R 0.001 0.001 0.008 0.873 0.001 0.117 0.001 145 L 0.001 0.001 0.012 0.346 0.017 0.608 0.015 146 N 0.001 0.001 0.006 0.026 0.102 0.744 0.120 147 R 0.010 0.001 0.001 0.001 0.417 0.002 0.568 148 P 0.215 0.008 0.003 0.002 0.054 0.009 0.709 149 M 0.910 0.009 0.002 0.001 0.018 0.003 0.056 150 I 0.972 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.015 151 F 0.953 0.004 0.003 0.002 0.004 0.002 0.033 152 S 0.728 0.013 0.005 0.003 0.054 0.018 0.180 153 T 0.139 0.011 0.008 0.001 0.522 0.038 0.282 154 A 0.054 0.006 0.022 0.001 0.414 0.268 0.235 155 G 0.029 0.026 0.040 0.004 0.253 0.230 0.420 156 A 0.046 0.077 0.004 0.005 0.401 0.016 0.451 157 E 0.015 0.037 0.002 0.007 0.067 0.004 0.868 158 I 0.001 0.001 0.026 0.968 0.001 0.005 0.001 159 S 0.001 0.001 0.018 0.979 0.001 0.003 0.001 160 D 0.001 0.001 0.021 0.975 0.001 0.002 0.001 161 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 162 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 163 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 165 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 167 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 169 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 170 A 0.001 0.001 0.004 0.954 0.001 0.041 0.001 171 E 0.001 0.001 0.007 0.647 0.006 0.334 0.005 172 G 0.001 0.002 0.010 0.143 0.071 0.625 0.148 173 N 0.006 0.004 0.026 0.007 0.200 0.089 0.668 174 N 0.022 0.003 0.058 0.006 0.373 0.368 0.170 175 Q 0.161 0.003 0.049 0.003 0.301 0.316 0.168 176 I 0.889 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.088 177 A 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 178 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 179 M 0.943 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.047 180 H 0.694 0.004 0.005 0.002 0.075 0.016 0.203 181 C 0.426 0.020 0.018 0.005 0.136 0.052 0.344 182 V 0.239 0.037 0.056 0.010 0.133 0.103 0.422 183 A 0.099 0.024 0.047 0.006 0.261 0.278 0.285 184 K 0.048 0.021 0.048 0.006 0.356 0.309 0.212 185 Y 0.030 0.019 0.008 0.001 0.548 0.034 0.359 186 P 0.028 0.031 0.010 0.001 0.230 0.130 0.569 187 A 0.016 0.026 0.004 0.001 0.316 0.042 0.596 188 P 0.017 0.016 0.010 0.006 0.121 0.025 0.806 189 P 0.019 0.016 0.189 0.115 0.076 0.132 0.453 190 E 0.033 0.016 0.230 0.208 0.127 0.207 0.179 191 Y 0.035 0.025 0.176 0.287 0.113 0.090 0.275 192 S 0.050 0.039 0.092 0.384 0.100 0.093 0.242 193 N 0.061 0.019 0.082 0.337 0.086 0.085 0.331 194 L 0.003 0.002 0.125 0.804 0.006 0.050 0.010 195 S 0.002 0.003 0.137 0.777 0.006 0.067 0.008 196 V 0.001 0.001 0.095 0.851 0.003 0.033 0.015 197 I 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.003 0.003 198 P 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 199 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 200 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.004 0.001 201 A 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.012 0.001 202 A 0.001 0.001 0.007 0.874 0.001 0.117 0.001 203 A 0.001 0.001 0.008 0.520 0.007 0.458 0.007 204 F 0.002 0.004 0.005 0.040 0.237 0.171 0.540 205 P 0.006 0.004 0.015 0.008 0.171 0.112 0.683 206 E 0.082 0.010 0.044 0.009 0.340 0.128 0.386 207 A 0.432 0.021 0.019 0.006 0.115 0.022 0.385 208 V 0.789 0.021 0.005 0.003 0.019 0.006 0.156 209 I 0.808 0.046 0.004 0.003 0.014 0.007 0.117 210 G 0.551 0.029 0.007 0.004 0.086 0.027 0.296 211 F 0.201 0.015 0.037 0.006 0.153 0.175 0.412 212 S 0.110 0.040 0.050 0.005 0.209 0.194 0.392 213 D 0.095 0.054 0.063 0.007 0.235 0.163 0.382 214 H 0.040 0.021 0.077 0.010 0.300 0.189 0.363 215 S 0.028 0.020 0.078 0.012 0.276 0.268 0.319 216 E 0.020 0.023 0.082 0.021 0.337 0.249 0.267 217 H 0.025 0.018 0.027 0.020 0.356 0.068 0.486 218 P 0.032 0.016 0.070 0.053 0.143 0.147 0.539 219 T 0.070 0.037 0.061 0.137 0.171 0.137 0.387 220 E 0.059 0.030 0.036 0.329 0.080 0.047 0.419 221 A 0.068 0.009 0.018 0.457 0.035 0.013 0.400 222 P 0.101 0.005 0.030 0.539 0.034 0.030 0.260 223 C 0.097 0.004 0.028 0.781 0.031 0.022 0.036 224 A 0.044 0.001 0.016 0.919 0.006 0.005 0.010 225 A 0.051 0.001 0.017 0.914 0.005 0.009 0.004 226 V 0.102 0.002 0.016 0.840 0.006 0.028 0.006 227 R 0.129 0.005 0.013 0.741 0.014 0.078 0.020 228 L 0.103 0.004 0.019 0.377 0.060 0.370 0.067 229 G 0.080 0.002 0.014 0.109 0.152 0.482 0.161 230 A 0.372 0.007 0.011 0.034 0.099 0.092 0.386 231 K 0.835 0.007 0.007 0.014 0.032 0.033 0.073 232 L 0.952 0.002 0.003 0.007 0.004 0.008 0.023 233 I 0.966 0.002 0.002 0.006 0.003 0.002 0.018 234 E 0.956 0.001 0.002 0.005 0.007 0.003 0.026 235 K 0.829 0.008 0.002 0.005 0.038 0.008 0.110 236 H 0.318 0.011 0.001 0.002 0.091 0.007 0.569 237 F 0.090 0.018 0.003 0.003 0.184 0.034 0.667 238 T 0.049 0.034 0.010 0.005 0.147 0.043 0.711 239 I 0.016 0.009 0.282 0.100 0.111 0.340 0.142 240 D 0.011 0.008 0.384 0.104 0.064 0.308 0.119 241 K 0.019 0.019 0.327 0.091 0.123 0.273 0.148 242 N 0.033 0.089 0.081 0.061 0.268 0.148 0.319 243 L 0.027 0.052 0.013 0.007 0.455 0.040 0.405 244 P 0.014 0.015 0.038 0.010 0.160 0.598 0.164 245 G 0.010 0.015 0.046 0.013 0.183 0.592 0.141 246 A 0.026 0.050 0.053 0.020 0.271 0.237 0.343 247 D 0.014 0.061 0.025 0.022 0.268 0.104 0.506 248 H 0.010 0.023 0.095 0.125 0.276 0.208 0.264 249 S 0.006 0.008 0.308 0.197 0.064 0.296 0.122 250 F 0.016 0.011 0.347 0.137 0.063 0.341 0.085 251 A 0.027 0.050 0.204 0.062 0.138 0.346 0.173 252 L 0.031 0.151 0.032 0.023 0.327 0.206 0.230 253 N 0.006 0.016 0.006 0.003 0.088 0.020 0.861 254 P 0.001 0.001 0.449 0.421 0.006 0.088 0.036 255 D 0.001 0.001 0.372 0.541 0.003 0.082 0.002 256 E 0.001 0.002 0.365 0.580 0.002 0.043 0.008 257 L 0.001 0.001 0.020 0.971 0.001 0.006 0.002 258 K 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 259 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.006 0.001 260 M 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 261 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 262 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 263 G 0.001 0.001 0.002 0.957 0.001 0.040 0.001 264 I 0.001 0.001 0.002 0.969 0.001 0.023 0.003 265 R 0.001 0.001 0.003 0.969 0.002 0.023 0.002 266 K 0.001 0.001 0.005 0.962 0.002 0.023 0.007 267 T 0.001 0.001 0.005 0.968 0.003 0.013 0.011 268 E 0.001 0.001 0.011 0.975 0.002 0.006 0.006 269 A 0.001 0.001 0.024 0.953 0.002 0.014 0.006 270 E 0.001 0.001 0.015 0.943 0.003 0.031 0.008 271 L 0.003 0.003 0.023 0.807 0.027 0.107 0.030 272 K 0.003 0.003 0.019 0.366 0.049 0.493 0.065 273 Q 0.006 0.003 0.009 0.162 0.086 0.258 0.476 274 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.006 0.972