# TARGET T0221 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 93.119 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.086 0.050 0.087 0.072 0.074 0.105 0.096 0.106 0.081 0.057 2 K 0.305 0.189 0.081 0.143 0.096 0.063 0.058 0.029 0.020 0.011 0.005 3 T 0.192 0.080 0.039 0.074 0.077 0.080 0.124 0.111 0.106 0.072 0.044 4 I 0.145 0.135 0.037 0.114 0.134 0.109 0.128 0.085 0.061 0.036 0.016 5 Q 0.364 0.178 0.068 0.117 0.078 0.057 0.055 0.033 0.025 0.017 0.008 6 P 0.395 0.107 0.050 0.134 0.098 0.070 0.074 0.034 0.023 0.011 0.004 7 C 0.149 0.072 0.037 0.059 0.069 0.085 0.159 0.142 0.111 0.077 0.040 8 S 0.048 0.293 0.127 0.210 0.109 0.081 0.062 0.031 0.020 0.013 0.007 9 V 0.043 0.050 0.065 0.113 0.157 0.205 0.202 0.090 0.049 0.020 0.007 10 E 0.511 0.181 0.185 0.090 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.054 0.098 0.180 0.355 0.172 0.081 0.046 0.010 0.003 0.001 0.001 12 I 0.002 0.003 0.025 0.011 0.013 0.030 0.129 0.170 0.230 0.228 0.160 13 Q 0.001 0.003 0.078 0.099 0.175 0.282 0.269 0.065 0.020 0.006 0.002 14 S 0.005 0.029 0.758 0.157 0.037 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 W 0.002 0.006 0.040 0.068 0.123 0.245 0.343 0.113 0.041 0.015 0.005 16 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.036 0.095 0.238 0.327 0.288 17 I 0.001 0.001 0.058 0.062 0.171 0.269 0.301 0.088 0.030 0.014 0.005 18 D 0.003 0.017 0.745 0.157 0.054 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.002 0.012 0.021 0.056 0.146 0.424 0.179 0.094 0.047 0.020 20 F 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.028 0.079 0.220 0.314 0.345 21 A 0.001 0.001 0.044 0.060 0.159 0.237 0.274 0.116 0.063 0.031 0.014 22 Q 0.010 0.028 0.680 0.165 0.070 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.004 0.010 0.018 0.055 0.137 0.414 0.190 0.112 0.044 0.015 24 L 0.004 0.002 0.003 0.005 0.007 0.016 0.078 0.133 0.222 0.272 0.258 25 D 0.350 0.277 0.109 0.144 0.073 0.028 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 26 V 0.009 0.011 0.018 0.032 0.048 0.089 0.200 0.201 0.187 0.138 0.066 27 D 0.289 0.520 0.065 0.084 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.076 0.047 0.027 0.116 0.176 0.204 0.205 0.080 0.046 0.016 0.007 29 D 0.633 0.174 0.043 0.068 0.039 0.020 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 30 D 0.065 0.152 0.095 0.284 0.181 0.113 0.075 0.020 0.010 0.003 0.001 31 I 0.007 0.003 0.001 0.005 0.015 0.040 0.134 0.191 0.225 0.211 0.169 32 D 0.220 0.510 0.107 0.112 0.035 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.031 0.054 0.027 0.088 0.108 0.126 0.200 0.136 0.111 0.079 0.039 34 E 0.412 0.199 0.070 0.150 0.094 0.042 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 35 E 0.235 0.188 0.159 0.225 0.101 0.052 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 36 S 0.071 0.095 0.052 0.148 0.141 0.131 0.159 0.087 0.059 0.034 0.021 37 F 0.034 0.013 0.013 0.022 0.036 0.079 0.186 0.177 0.182 0.142 0.117 38 D 0.218 0.218 0.225 0.186 0.083 0.037 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 39 N 0.115 0.117 0.098 0.191 0.141 0.128 0.103 0.047 0.029 0.019 0.013 40 Y 0.041 0.028 0.013 0.049 0.071 0.098 0.182 0.167 0.155 0.124 0.072 41 D 0.325 0.157 0.060 0.101 0.071 0.068 0.084 0.044 0.043 0.027 0.020 42 L 0.037 0.026 0.022 0.063 0.065 0.083 0.134 0.129 0.168 0.146 0.127 43 N 0.019 0.089 0.040 0.118 0.135 0.151 0.184 0.112 0.080 0.044 0.028 44 S 0.016 0.024 0.021 0.058 0.070 0.093 0.169 0.165 0.168 0.123 0.091 45 S 0.129 0.032 0.035 0.075 0.121 0.162 0.175 0.096 0.085 0.054 0.036 46 K 0.012 0.040 0.064 0.182 0.148 0.160 0.199 0.095 0.057 0.029 0.015 47 A 0.002 0.005 0.021 0.022 0.022 0.032 0.114 0.152 0.212 0.228 0.189 48 L 0.016 0.009 0.127 0.041 0.028 0.035 0.104 0.115 0.166 0.187 0.171 49 I 0.003 0.010 0.159 0.247 0.239 0.154 0.116 0.044 0.019 0.008 0.003 50 L 0.001 0.001 0.022 0.008 0.008 0.017 0.092 0.132 0.231 0.271 0.219 51 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.033 0.099 0.306 0.196 0.167 0.114 0.071 52 G 0.057 0.055 0.502 0.147 0.080 0.059 0.063 0.020 0.011 0.005 0.002 53 R 0.001 0.004 0.017 0.084 0.185 0.277 0.288 0.093 0.032 0.015 0.006 54 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.016 0.049 0.186 0.328 0.411 55 E 0.001 0.002 0.019 0.055 0.168 0.275 0.329 0.092 0.043 0.012 0.005 56 K 0.031 0.043 0.777 0.118 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 W 0.001 0.007 0.012 0.026 0.068 0.204 0.410 0.149 0.077 0.032 0.013 58 L 0.003 0.003 0.003 0.007 0.011 0.024 0.115 0.181 0.225 0.197 0.230 59 G 0.675 0.187 0.096 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.016 0.045 0.079 0.171 0.196 0.222 0.178 0.058 0.024 0.009 0.003 61 E 0.524 0.263 0.062 0.091 0.037 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.002 0.002 0.001 0.005 0.010 0.030 0.102 0.119 0.216 0.213 0.302 63 N 0.157 0.367 0.156 0.174 0.082 0.036 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 64 P 0.021 0.009 0.004 0.022 0.029 0.053 0.128 0.146 0.195 0.184 0.208 65 V 0.106 0.121 0.058 0.173 0.154 0.133 0.114 0.053 0.036 0.024 0.025 66 L 0.014 0.035 0.024 0.113 0.139 0.168 0.199 0.128 0.093 0.053 0.034 67 I 0.013 0.009 0.009 0.024 0.032 0.053 0.126 0.149 0.190 0.193 0.203 68 F 0.014 0.022 0.031 0.065 0.091 0.096 0.170 0.147 0.149 0.117 0.098 69 N 0.080 0.286 0.116 0.230 0.119 0.060 0.051 0.025 0.017 0.010 0.006 70 Y 0.010 0.016 0.009 0.041 0.064 0.105 0.195 0.161 0.178 0.127 0.094 71 P 0.429 0.143 0.078 0.129 0.086 0.055 0.043 0.018 0.011 0.005 0.003 72 T 0.004 0.060 0.027 0.121 0.139 0.161 0.207 0.116 0.085 0.049 0.031 73 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.025 0.091 0.141 0.226 0.235 0.262 74 A 0.058 0.037 0.052 0.173 0.216 0.239 0.156 0.041 0.019 0.007 0.003 75 Q 0.014 0.049 0.273 0.330 0.178 0.088 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.006 0.011 0.053 0.103 0.199 0.284 0.333 77 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.025 0.158 0.190 0.245 0.211 0.154 78 K 0.006 0.012 0.631 0.255 0.072 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.002 0.018 0.037 0.118 0.342 0.391 0.066 0.018 0.006 0.002 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.065 0.197 0.323 0.392 81 G 0.004 0.009 0.025 0.048 0.096 0.197 0.345 0.138 0.071 0.042 0.023 82 E 0.030 0.042 0.730 0.136 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.011 0.018 0.037 0.053 0.101 0.208 0.361 0.121 0.053 0.025 0.011 84 Y 0.010 0.012 0.032 0.025 0.018 0.025 0.083 0.116 0.214 0.236 0.228 85 L 0.012 0.024 0.061 0.082 0.121 0.147 0.180 0.127 0.108 0.084 0.055