# TARGET T0221 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 658 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.005 0.010 0.037 0.040 0.044 0.858 2 K 0.011 0.005 0.010 0.043 0.010 0.134 0.785 3 T 0.001 0.002 0.003 0.019 0.013 0.007 0.956 4 I 0.009 0.016 0.023 0.142 0.022 0.067 0.722 5 Q 0.006 0.003 0.058 0.232 0.140 0.185 0.377 6 P 0.005 0.005 0.078 0.269 0.134 0.175 0.332 7 C 0.005 0.010 0.055 0.231 0.189 0.089 0.422 8 S 0.004 0.003 0.038 0.420 0.055 0.100 0.380 9 V 0.002 0.002 0.020 0.674 0.057 0.051 0.194 10 E 0.001 0.001 0.006 0.892 0.022 0.030 0.047 11 D 0.001 0.001 0.003 0.944 0.009 0.016 0.027 12 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.005 0.006 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 15 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.023 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.738 0.010 0.246 0.003 25 D 0.001 0.001 0.005 0.095 0.069 0.713 0.116 26 V 0.002 0.010 0.003 0.007 0.440 0.024 0.515 27 D 0.007 0.020 0.007 0.003 0.059 0.008 0.897 28 P 0.001 0.001 0.857 0.050 0.012 0.070 0.010 29 D 0.001 0.001 0.846 0.040 0.016 0.085 0.011 30 D 0.002 0.005 0.840 0.036 0.027 0.063 0.027 31 I 0.023 0.055 0.098 0.125 0.280 0.054 0.366 32 D 0.012 0.016 0.037 0.027 0.054 0.059 0.794 33 M 0.006 0.010 0.258 0.203 0.060 0.384 0.079 34 E 0.006 0.004 0.231 0.306 0.095 0.279 0.079 35 E 0.010 0.007 0.179 0.460 0.164 0.067 0.114 36 S 0.019 0.012 0.056 0.523 0.063 0.106 0.220 37 F 0.008 0.004 0.144 0.690 0.017 0.088 0.048 38 D 0.003 0.002 0.286 0.597 0.012 0.083 0.017 39 N 0.006 0.002 0.290 0.531 0.023 0.127 0.021 40 Y 0.005 0.003 0.161 0.449 0.043 0.317 0.023 41 D 0.008 0.011 0.023 0.156 0.179 0.475 0.147 42 L 0.011 0.009 0.022 0.165 0.141 0.107 0.544 43 N 0.016 0.009 0.021 0.333 0.177 0.089 0.355 44 S 0.005 0.003 0.013 0.830 0.043 0.033 0.072 45 S 0.001 0.001 0.006 0.979 0.004 0.006 0.005 46 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.002 0.005 0.002 47 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 52 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 53 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 55 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 56 K 0.001 0.001 0.003 0.970 0.003 0.022 0.001 57 W 0.001 0.001 0.008 0.927 0.004 0.056 0.004 58 L 0.001 0.003 0.009 0.450 0.023 0.497 0.018 59 G 0.001 0.001 0.005 0.028 0.059 0.792 0.114 60 K 0.011 0.010 0.005 0.010 0.297 0.043 0.623 61 E 0.042 0.040 0.003 0.002 0.072 0.015 0.824 62 L 0.043 0.018 0.001 0.003 0.068 0.004 0.864 63 N 0.137 0.013 0.001 0.003 0.046 0.005 0.794 64 P 0.190 0.023 0.098 0.297 0.077 0.077 0.238 65 V 0.240 0.006 0.109 0.390 0.108 0.053 0.094 66 L 0.335 0.016 0.158 0.355 0.030 0.033 0.074 67 I 0.342 0.017 0.125 0.310 0.028 0.056 0.121 68 F 0.384 0.013 0.063 0.108 0.162 0.135 0.135 69 N 0.263 0.008 0.055 0.068 0.175 0.131 0.301 70 Y 0.065 0.008 0.008 0.013 0.319 0.040 0.547 71 P 0.043 0.045 0.002 0.003 0.291 0.018 0.598 72 T 0.019 0.041 0.001 0.003 0.115 0.002 0.820 73 I 0.001 0.001 0.011 0.970 0.006 0.005 0.006 74 A 0.001 0.001 0.006 0.982 0.004 0.006 0.003 75 Q 0.001 0.001 0.006 0.984 0.002 0.006 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 0.002 77 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.012 0.004 78 K 0.001 0.001 0.001 0.945 0.005 0.042 0.006 79 R 0.001 0.001 0.003 0.926 0.008 0.034 0.029 80 L 0.002 0.010 0.009 0.856 0.023 0.049 0.052 81 G 0.002 0.002 0.025 0.740 0.039 0.147 0.045 82 E 0.003 0.002 0.031 0.625 0.037 0.239 0.064 83 L 0.003 0.003 0.033 0.392 0.076 0.288 0.206 84 Y 0.007 0.018 0.034 0.221 0.005 0.334 0.381 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997