# TARGET T0221 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 658 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.266 0.120 0.047 0.172 0.027 0.030 0.071 0.058 0.113 0.037 2 K 0.096 0.095 0.117 0.087 0.113 0.024 0.017 0.046 0.047 0.248 0.109 3 T 0.077 0.335 0.215 0.037 0.153 0.014 0.016 0.050 0.032 0.036 0.037 4 I 0.037 0.407 0.224 0.024 0.132 0.009 0.013 0.066 0.033 0.035 0.020 5 Q 0.066 0.164 0.121 0.017 0.128 0.011 0.018 0.246 0.135 0.067 0.028 6 P 0.030 0.145 0.092 0.022 0.063 0.030 0.043 0.370 0.113 0.063 0.027 7 C 0.036 0.329 0.106 0.011 0.111 0.011 0.028 0.267 0.048 0.034 0.020 8 S 0.049 0.222 0.075 0.007 0.080 0.007 0.015 0.342 0.083 0.095 0.024 9 V 0.020 0.049 0.022 0.007 0.034 0.010 0.011 0.666 0.128 0.040 0.012 10 E 0.004 0.022 0.008 0.004 0.009 0.007 0.011 0.837 0.076 0.014 0.006 11 D 0.004 0.017 0.004 0.001 0.010 0.001 0.007 0.875 0.061 0.018 0.002 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.072 0.009 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.038 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.031 0.001 0.001 15 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.031 0.003 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.044 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 18 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.021 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.040 0.003 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.080 0.002 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.929 0.062 0.002 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.858 0.062 0.003 0.001 23 Q 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.166 0.725 0.084 0.013 0.001 24 L 0.001 0.861 0.068 0.001 0.050 0.002 0.005 0.005 0.003 0.003 0.001 25 D 0.157 0.006 0.003 0.003 0.023 0.001 0.001 0.003 0.009 0.480 0.314 26 V 0.030 0.447 0.310 0.010 0.130 0.007 0.009 0.007 0.007 0.019 0.023 27 D 0.054 0.463 0.131 0.023 0.226 0.004 0.003 0.011 0.019 0.020 0.047 28 P 0.008 0.013 0.007 0.003 0.026 0.007 0.016 0.175 0.722 0.019 0.004 29 D 0.003 0.007 0.005 0.004 0.005 0.015 0.096 0.414 0.376 0.072 0.003 30 D 0.032 0.058 0.017 0.003 0.063 0.004 0.038 0.089 0.113 0.546 0.037 31 I 0.088 0.414 0.069 0.008 0.232 0.006 0.012 0.018 0.022 0.075 0.057 32 D 0.051 0.368 0.247 0.020 0.245 0.003 0.003 0.016 0.017 0.012 0.018 33 M 0.010 0.022 0.012 0.003 0.021 0.006 0.021 0.457 0.415 0.027 0.006 34 E 0.011 0.010 0.004 0.004 0.011 0.006 0.055 0.237 0.187 0.455 0.019 35 E 0.057 0.192 0.046 0.009 0.182 0.008 0.032 0.240 0.070 0.134 0.030 36 S 0.028 0.186 0.066 0.006 0.071 0.008 0.019 0.439 0.111 0.054 0.013 37 F 0.013 0.011 0.003 0.002 0.030 0.002 0.005 0.614 0.255 0.059 0.007 38 D 0.008 0.014 0.009 0.002 0.008 0.005 0.031 0.683 0.222 0.012 0.005 39 N 0.027 0.008 0.003 0.003 0.027 0.008 0.127 0.633 0.126 0.031 0.006 40 Y 0.012 0.473 0.266 0.074 0.091 0.011 0.010 0.029 0.011 0.020 0.004 41 D 0.063 0.048 0.058 0.121 0.055 0.048 0.011 0.017 0.013 0.371 0.196 42 L 0.127 0.135 0.026 0.020 0.227 0.039 0.021 0.110 0.100 0.108 0.085 43 N 0.050 0.090 0.129 0.135 0.094 0.040 0.080 0.178 0.054 0.108 0.041 44 S 0.108 0.225 0.038 0.005 0.155 0.005 0.028 0.226 0.120 0.069 0.021 45 S 0.205 0.027 0.005 0.008 0.125 0.014 0.011 0.323 0.091 0.033 0.158 46 K 0.008 0.080 0.034 0.016 0.047 0.011 0.047 0.706 0.033 0.016 0.003 47 A 0.051 0.009 0.002 0.001 0.047 0.001 0.003 0.778 0.073 0.025 0.011 48 L 0.004 0.010 0.002 0.008 0.013 0.011 0.010 0.880 0.060 0.001 0.001 49 I 0.008 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.917 0.034 0.002 0.010 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.031 0.002 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.060 0.002 0.001 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.920 0.069 0.003 0.001 53 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.952 0.032 0.003 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.044 0.003 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.925 0.058 0.003 0.001 56 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.849 0.079 0.002 0.001 57 W 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.016 0.172 0.692 0.101 0.007 0.001 58 L 0.001 0.840 0.130 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 59 G 0.033 0.005 0.003 0.007 0.007 0.004 0.002 0.007 0.029 0.635 0.266 60 K 0.042 0.523 0.080 0.002 0.277 0.002 0.003 0.016 0.022 0.018 0.015 61 E 0.246 0.139 0.037 0.004 0.325 0.003 0.009 0.012 0.029 0.073 0.122 62 L 0.065 0.386 0.291 0.010 0.224 0.004 0.003 0.003 0.003 0.005 0.006 63 N 0.032 0.619 0.134 0.003 0.195 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 64 P 0.102 0.016 0.003 0.002 0.156 0.001 0.005 0.248 0.385 0.053 0.027 65 V 0.006 0.020 0.007 0.002 0.021 0.006 0.045 0.593 0.279 0.019 0.002 66 L 0.028 0.017 0.003 0.002 0.053 0.005 0.076 0.556 0.178 0.072 0.010 67 I 0.014 0.006 0.003 0.011 0.014 0.030 0.102 0.352 0.318 0.130 0.020 68 F 0.020 0.124 0.022 0.018 0.078 0.013 0.024 0.200 0.386 0.102 0.013 69 N 0.019 0.009 0.006 0.004 0.021 0.027 0.109 0.075 0.244 0.450 0.035 70 Y 0.146 0.412 0.068 0.002 0.202 0.001 0.001 0.003 0.010 0.079 0.076 71 P 0.045 0.273 0.120 0.056 0.180 0.068 0.105 0.039 0.041 0.040 0.032 72 T 0.005 0.555 0.410 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.656 0.311 0.023 0.003 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.934 0.056 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.934 0.044 0.009 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.042 0.005 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.059 0.005 0.001 78 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.049 0.003 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.956 0.027 0.004 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.883 0.087 0.017 0.001 81 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.822 0.148 0.013 0.001 82 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.045 0.840 0.095 0.007 0.001 83 L 0.001 0.005 0.003 0.002 0.004 0.015 0.183 0.630 0.110 0.045 0.002 84 Y 0.035 0.014 0.003 0.002 0.033 0.005 0.052 0.494 0.148 0.164 0.050 85 L 0.021 0.039 0.016 0.012 0.038 0.018 0.043 0.411 0.197 0.182 0.023